선발행세금계산서를 경정한 후 해당 공급시기에 발행한 매입자발행 세금계산서의 매입세액은 공제 가능

사업자가 대가의 지급 없이 선발행세금계산서를 발급받아 관할세무서장으로부터 경정처분을 받은 후, 그 공급시기가 속하는 과세기간에 적법하게 발행된 매입자발행 세금계산서의 매입세액은 공제 가능함

○ 0000는 2012.1기 부가가치세 확정신고시 기계장치 취득과 관련한 매입세금계산서(선발행세금계산서)를 발급 받고 부가가치세 환급신청을 하였으나

• 관할세무서장은 해당 매입세금계산서에 대하여 기계장치 취득 전에 대가의 지급없이 발급받은 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제함

○ 0000는 매입세액 불공제 이후 실제 재화(기계장치)를 공급받은 날이 속하는 과세기간(2012.2기)에 세금계산서를 다시 발급 받으려 하였으나 매출처가 발급하지 아니하자

• 세금계산서 발급시기로부터 3개월 내에 관할세무서에 거래사실확인을 신청하여 관할세무서로부터 거래사실 확인 통지를 받고 매입자발행 세금계산서를 발행하였음

2. 질의내용

○ 사업자가 재화의 공급시기 도래전에 대가의 지급없이 세금계산서를 발급받은 것에 대해 관할세무서장으로부터 매입세액 불공제 받은 후

• 재화의 공급시기로부터 3개월 이내에 관할세무서장의 승인을 받고 매입자발행세금계산서를 발행한 경우 해당 매입자발행세금계산서의 매입세액공제가 가능한지 여부

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 2010.1.1>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제54조【세금계산서의 발급특례】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(다음 달 10일이 공휴일 또는 토요일인 때에는 해당 일의 다음 날을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다. <신설 2007.2.28, 2010.2.18>

1. 거래 당사자간의 계약서 약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것

2. 대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것(2013.2.15. 개정에 따라 삭제되었음)

3. 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것

○ 부가가치세법 시행령 제60조【매입세액의 범위】

② 법 제17조제2항제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급받은 경우(제54조제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

○ 조세특례제한법 제126조의4【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】

① ｢부가가치세법｣ 제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 ｢부가가치세법｣ 제16조에 따른 세금계산서 발급이시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 ｢부가가치세법｣ 제17조제1항 및 제26조제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제121조의4【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

① 법 제126조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 ｢부가가치세법｣ 제16조에 따른 세금계산서 발급의무가 있는 사업자(｢부가가치세법｣ 제25조제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, ｢부가가치세법 시행령｣ 제79조의2제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 발급의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다. <개정 2010.2.18>

② 법 제126조의4제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 ｢부가가치세법｣ 제16조에 따른 세금계산서 발급시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2010.2.18>

⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 발급하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 발급한 것으로 본다.

⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 발급한 신청인은 ｢부가가치세법｣ 제18조에 따른 예정신고 및 동법 제19조에 따른 확정신고 또는 ｢국세기본법｣ 제45조의2제1항에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 ｢부가가치세법｣ 제17조제1항 및 제26조제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

4. 관련 사례

○ 법규과-27, 2010.1.13.

사업자가 공급시기 도래 전에 대가의 지급 없이 선발행세금계산서를 발급받아 부가가치세 예정신고를 하여 관할세무서장으로부터 경정처분을 받은 후, 해당 재화 또는 용역의 공급시기를 거래일자로 하는 세금계산서를 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 다시 발급받아 경정청구 등을 하는 경우 해당 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제17조제1항에 따라 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

○ 서면3팀-880, 2008.5.2.

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 ｢부가가치세법｣ 제9조에 따른 공급시기에 같은 법 제16조제1항에 의한 세금계산서를 발급하여야 하는 것으로, 당해 공급시기 이후에 세금계산서를 발급한 때에는 같은 법 제22조제2항제1호에 의한 가산세가 적용되는 것이며, 당해 세금계산서의 매입세액은 공급받는 자의 매출세액에서 공제할 수 없는 것임

다만, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우에는 당해 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 것이나, 같은 법 제22조제5항에 따른 가산세를 적용하는 것임

○ 재소비-36, 2006.1.11.

【질의】

당사는 다음과 같이 중간지급조건 없이 공사계약체결 후 세금계산서를 수취, ｢부가가치세법｣ 제9조제3항에 따라 2004년 2기 확정 부가세 신고를 하였던 바, 대금지불이 이루어지지 않았다는 이유로 매입세액 불공제 처분을 받았음

그렇다면 정식용역 완료일인 2005.2.7.에 정상 세금계산서를 수취하여 부가가치세 공제를 받을 수 있는지

(사실내용)

공사기간: 2004.11.3.∼2005.2.7. 도급금액: 160,000,000

매입세금계산서 수취일자: 2004.12.28. 공급가액: 72,727,272

2004.12.29. 공급가액: 72,727,272

대금지급: 2004.12.27. 20,000,000(공급가액: 18,181,818) 공제

2005.2.7. 140,000,000(공급가액: 127,272,727) 불공제

※ 당초 2004. 2기에 수취한 세금계산서를 무효화해서 2005.2.7.자로 세금계산서를 수취하여 공제를 받고자 함

【회신】

사업자가 공급시기(2005년 1기분)가 도래하기 전에 건설용역에 대한 대가를 전혀 지급하지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에는 당해 용역과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임. 다만, 계약 등 당해 거래에 대한 공급시기가 도래하여 세금계산서를 적법하게 발급받은 경우에는 매입세액 공제가 가능한 것임

○ 대법2006두9900, 2008.09.11.

｢부가가치세법｣ 제17조제2항제1호의2는, 발급받은 세금계산서에 법 제16조제1항제1호 내지 제4호에 의한 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외하는 것으로 규정하고 있고, 시행령 제60조제2항은 법 제17조제2항제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우의 하나로, 제3호에서 ‘재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우’를 규정하고 있는바, 여기서 시행령 제60조제2항제3호에 의하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것은, 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되고 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서상의 "작성연월일"이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다.)에 한하는 것이고(대법원 2004. 11. 18. 선고, 2002두5771 전원합의체 판결 ; 2005. 6. 23. 선고, 2004두10425 판결 등 참조), 이는 당해 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 그 공급일 이후에 폐업한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아님