가스관 이설 공사 시 손실보상금을 재원으로 지급한 공사비 관련 매입세액은 공제가능함

철도시설공단과 가스공사가 체결한 협약에 따라 가스공사가 그 가스관 등의 이전에 대한 원인을 제공한 철도시설공단으로부터 보상을 받고 가스관 등을 이설하면서 가스공사가 이설공사를 한 사업자로부터 발급받은 세금계산서의 매입세액은 공제되는 것임

○거래흐름도

○한국가스공사 경북지역본부(이하 “가스공사”라 함)는 과세 재화인 천연가스 공급업체로써 천연가스 이송을 위해 국유지에 가스관을 매립하여 관리하고 있음

○한국철도시설공단영남본부(이하 “철도시설공단”이라 함)는 철도건설을 주업으로 하는 공익법인으로

• 경부고속철도 제10-1 공구 노반 신설공사와 관련하여 설치예정인 철도 교각이 공사 구간 내 매설된 공사 소유의 가스관과 직접 접촉될 것으로 예상하여

• 가스공사에 가스관 이설 요구 및 이에 소요되는 비용을 청구할 것을 요청함

※ 가스관 이설공사 비용부담 주체

-도로법 제76조(원인자부담금)에 따라 한국철도시설공단이 전액 부담

○가스공사는 가스관 이설공사에 따른 공사비 수령액 495,161,000원(공급가액)을 건설용역제공 대가로 보아 철도시설공단에 세금계산서를 발급하고 과세매출로 2011.1기 확정 신고한 후,

• 동 수령액은 건설용역제공 대가가 아닌 손실보상금으로 보아 과세매출에서 제외하는 경정청구를 하였고

-가스공사가 이설 공사비로 도급업체인 토성공영(주)에 지출한 320,411,000원에 대하여는 2011년 2기 확정 신고 시 매입세액으로 공제함

가스배관 이설공사 협약서(안)

갑: 한국철도시설공단 영남본부, 을: 한국가스공사 경북지역본부

제2조(협약의 범위) 본 협약의 범위는 갑의 경부고속철도 제10-1공구 노반시설 기타공사로 발생되는을 소유의 가스배관에 대한 이설공사 시행과 관련한 비용부담 및 제반업무 사항으로 한다.

제4조(이설대상 및 노선 선정) 가스배관 이설대상은 갑의 경부고속철도 제10-1공구 노반시설 기타공사에 저촉되는 가스배관으로 하며, 갑과 을이 협의한 노선으로 가스배관을 이설하고, 공사도중 변경이 필요할 경우에는 갑과 을이 상호 협의하여 처리한다.

제6조(이설공사비 부담) 갑은 일체의 이설비용을 우선 부담하고 을은 이설공사를 시행한다.

2. 신청내용

○ 부가가치세 과세대상이 아닌 이전비용(손실보상금)을 재원으로 가스관 이설공사를 하면서 도급업체에 공사비를 지급하고 매입세금계산서를 발급 받는 경우

• 공사비 관련 매입세액이 공제 가능한 매입세액에 해당하는지 여부

3. 관련법령

<부가가치세법 2013.6.7. 개정 전, 시행령 2013.6.28. 개정 전>

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 2010.1.1>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

○ 소득세법 시행령 제78조 【업무와 관련 없는 지출】

법 제33조제1항제13호에서 "직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득·관리함으로써 발생하는 취득비·유지비·수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지·건물등의 유지비·수선비·사용료와 이와 관련되는 지출금

○ 법인세법 시행령 제48조 【공동경비의 손금불산입】

① 법인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직·사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

• 가. 비출자공동사업자 사이에 제87조제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우: 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수·구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

• 나. 가목 외의 경우: 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

○ 법인세법 시행령 제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

③ 법 제27조제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】

① 법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30>

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제61조 【사업시행자 보상】

공익사업에 필요한 토지등의 취득 또는 사용으로 인하여 토지소유자나 관계인이 입은 손실은 사업시행자가 보상하여야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제75조 【건축물등 물건에 대한 보상】

① 건축물·입목·공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건(이하 "건축물등"이라 한다)에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 한다.