매입세액 공제대상 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

철도시설을 국가에 귀속시키고 철도시설관리권을 설정 받은 방식으로 국가에 공급하는 철도시설은 부가가치세를 면제하고 있기 때문에 한국철도시설공단(이하 “청구인”이라 하겠습니다)이 철도시설을 건설하여 국가에 귀속시킨 매입 부가가치세 897,712,206원을 2004. 1기 부가가치세 매출세액에서 공제하여 달라는 청구인의 경정청구에 대하여 처분청은 2006. 5.19. 동 매입 부가가치세를 면세관련 매입세액으로 보아 경정청구 거부처분 하였다.

2006. 5. 3. 청구인은 고속철도 건설관련 매입 부가가치세 897,712,206원을 2004. 제1기 부가가치세 매출세액에서 공제하여 달라고 경정청구 한 것은 현행 부가가치세법에서 고속철도 여객운송용역에 대하여 부가가치세를 과세하고 있으므로, 고속철도 건설단계에서 발생한 매입세액도 그에 대응하여 당연히 매출세액에서 공제하여야 할 것이므로, 청구인의 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정청구를 처분청이 거부한 것은 위법하다.

한국철도시설공단법에 의하여 설립된 청구인이 철도산업발전기본법에 의하여 철도시설을 국가에 귀속시키고 동법 제26조 및 29조에 따라 철도시설관리권을 설정하는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설은 부가가치세를 면제(조세특례제한법 제106조 제1항 제7호)하고 있는 바 동 철도시설의 건설관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 국가에 귀속시킨 철도시설에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여
• 부. 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 여객운송용역. 다만, 항공기ㆍ고속버스ㆍ전세버스ㆍ택시ㆍ특수자동차ㆍ특종선박 또는 고속철도에 의한 여객운송용역으로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. (2003.12.30.단서개정)

18. 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행령 제31조 【항공기ㆍ고속버스 등에 의한 여객운송용역의 범위】 법 제12조 제1항 제6호 단서에 규정하는 항공기ㆍ고속버스ㆍ전세버스ㆍ택시ㆍ특수자동차ㆍ특종선박 또는 고속철도에 의한 여객운송용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (2003.12.30.개정) 4.고속철도건설촉진법에 규정된 고속철도에 의한 여객운송용역 (2003.12.30.신설)

○ 부가가치세법시행령 부칙 제2조 【일반적 적용례】(2003.12.30. 대통령령 제18175호) 이 영은 이 영 시행 후 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995.12.29.개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31 개정)

○ 조세특례제한법 106조 【부가가치세의 면제 등】 (2000.10.21.제목개정)

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의 2의 규정은 2004년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다. (2003. 12. 30. 개정)

7. 한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단이 철도산업발전기본법 제3조 제2호 의 규정에 의한 철도시설(이하 이 호에서 “철도시설”이라 한다)을 국가에 귀속시키고 동법 제26조에 의하여 철도시설관리권을 설정 받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설 (2004. 12. 31. 신설)

○ 조세특례제한법 부칙 제1조【시행일】 (2004.12.31.법률 제7322호) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 개정규정은 해당 호에 규정된 날부터 시행한다.

1. 제63조의 2, 제72조, 제92조, 제105조 제1항 제3호 라목 및 제106조 제1항 제7호의 개정규정은 이 법을 공포한 날부터 시행한다.

○ 조세특례제한법 부칙 제24조 【철도시설 국가귀속에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례】 제106조 제1항 제7호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 철도시설을 국가에 귀속하는 분부터 적용한다.

○ 철도산업발전기본법 제3조 【정의】

2. “철도시설”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.

• 가. 철도의 선로(선로에 부대되는 시설을 포함한다), 역시물(물류시설, 환승시설 및 편의시설 등을 포함한다) 및 철도운영을 위한 건축물․건축설비
• 나. 선로 및 철도차량을 보수․정비하기 위한 선로보수기지, 차량저이기지 및 차량유지시설 다.~사. 항 생략

○ 철도산업발전기본법 제17조 【철도산업구조의 기본방향】

① 국가는 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하여야 한다.

○ 철도산업발전기본법 제20조 【철도시설】

① 철도산업의 구조개혁을 추진함에 있어서 철도시설은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 한다.

② 생 략

③ 국가는 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 그 집행조직으로서 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 통․폐합하여 특별법에 의하여 한국철도시설공단(이하 ‘철도시설공단’이라 한다)을 설립한다.

○ 철도산업발전기본법 제21조 【철도운영】

③ 국가는 철도운영 관련 사업을 효율적으로 경영하기 위하여 철도청 및 고속철도건설공단의 관련조직을 전환하여 특별법에 의하여 한국철도공사(이하“철도공사”라 한다)를 설립한다.

○ 철도산업발전기본법 제23조 【철도자산의 처리】

⑤ 철도시설공단은 철도자산처리계획에 의하여 다음 각호의 철도자산과 그에 관한 권리와 의무를 포괄하여 승계한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 철도자산이 완공된 때에는 국가에 귀속된다.

2. 고속철도건설공단이 건설 중인 시설자산 및 운영자산

○ 철도산업발전기본법 제26조 【철도시설관리권】

② 제1항의 규정에 의하여 철도시설권리권의 설정을 받은 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관에게 등록하여야 한다. 등록한 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

○ 철도산업발전기본법 제29조 【권리의 변동】

① 철도시설관리권 또는 철도시설관리권을 목적으로 하는 저당권의 설정 ․변경․소멸 및 처분의 제한은 건설교통부에 비치하는 철도시설관리권등록부에 등록함으로써 그 효력이 발생한다.

○ 철도산업발전기본법 부칙 제2조 【제6955호, 2003. 7.29.】

③ 건설교통부장관은 고속철도가 완성되어 철도시설공단이 제23조 제5항의 규정에 의하여 시설자산을 국가에 귀속시키는 때에는 철도시설공단에 철도시설관리권을 설정한다. 이 경우 당해 철도시설관리권의 존속기간은 철도시설공단이 제24조 제2항의 규정에 의하여 승계하는 시설부채의 원리금을 상환할 때까지 한시적으로 한다.

○ 한국철도시설공단법 제7조 【사업】 공단은 다음 각호의 사업을 행한다.

○ 한국철도시설공단법 제24조 【자산․부채의 승계 등】

① 국가는 제7조의 규정에 따라 공단이 건설한 철도시설과 철도의 역세권 및 철도연변의 개발사업 등과 관련하여 취득한 재산․시설 및 그 운영에 관한 권리(이하 “자산‘이라 한다)와 그 자산과 관련된 채무 등의 의무(이하 ”부채“라 한다)를 각 사업이 종료되는 때에 이를 포괄하여 승계한다. 다만 공단이 국가로부터 기본법 제26조의 규정에 의한 철도시설관리권을 설정 받는 철도시설과 직접 관련된 부채에 대하여는 그러하지 아니한다.

○ 한국철도시설공단법 부칙 제6조 【제6956호, 2003. 7.29.】

① 이법 시행당시 철도청 및 고속철도건설공단이 취득하였거나 관계 법령 및 계약 등에 의하여 취득하기로 한 재산․시설․사업 및 그에 관한 권리(건설 중인 자산을 포함한다)중 기본법 제23조 제5항의 규정에 의한 철도자산은 공단의 설립과 동시에 공단이 이를 포괄하여 승계한다.

• 다. 사실관계

(1) 청구인은 철도산업의 경쟁력을 높이기 위한 철도산업발전기본법과 철도시설의 건설 및 관리와 그 밖에 이와 관련되는 사업을 효율적으로 시행하도록 함을 목적으로 한 한국철도시설공단법에 의하여 2004. 1. 1. 철도청 및 고속철도건설공단의 시설부문 관련조직을 통․폐합하여 설립된 법인이고, 한국철도공사는 철도운영의 전문성과 효율성을 높임으로써 철도산업과 국민경제의 발전에 이바지할 목적으로 철도산업발전기본법과 한국철도공사법에 의하여 같은 날 철도청 및 고속철도건설공단의 나머지 관련조직을 전환하여 설립된 법인이다.

(2) 청구인은 철도산업발전기본법과 한국철도시설공단법에 의하여 ○○고속철도 총 사업내역 중 1단계 사업(○○~○○간 신선건설, ○○~○○간과 ○○․○○ 도심통과구간 기존선 전철화 사업)을 철도청 및 고속철도건설공단으로부터 시설부문을 그대로 승계하여 2004. 3.31. 완공하고 철도산업발전기본법 제23조 제5항 에 의하여 국가에 귀속시키고 철도시설 관리권을 설정 받은 사실이 있다.

(3) 청구인은 이의신청일 현재 ○○고속철도 총 사업내역 중 2단계 사업(○○~○

○~○○ 신선건설, ○○․○○ 도심통과구간 신선건설)을 진행 중에 있으며 2004.12.30. 에는 2단계 사업 중 완공된 일부자산에 대하여 추가로 국가에 귀속시키고 철도산업발전기본법 제26조 제2항 과 제29조 제1항에 따라 철도시설관리권을 변경등록 한 사실이 건설교통부 공문에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 처분청에 “2단계 사업”과 관련하여 2004년 제1기 과세기간 중 ○○건설(주)본사 등으로부터 청구인이 공급받은 세금계산서〔총 12매 공급가액 8,977,122,128원 부가가치세 897,712,206원(이하 “쟁점세금계산서”라고 하겠습니다)〕는 ○○고속철도 건설관련 부가가치세 매입세액에 해당되므로 2004년 제1기 부가가치세 897,907,512원을 환급하여야 한다는 내용의 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였고, 처분청은 2006. 5.19. 동 경정청구를 거부 처분한 사실이 있다.

• 라. 판단 청구인은 현재 고속철도 여객운송용역을 과세한 상황에서 청구인의 고속철도 건설관련 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 적법하고, 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 는 ○○고속철도 1단계 사업에만 적용되는 사문화된 조항으로서 ○○고속철도 2단계 사업과 관련한 건설단계 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있으나

• 부가가치세법에서는 고속철도 여객운송용역에 대하여 2004. 1. 1.부터 과세하고 있는 것은 사실이나 청구인이 건설한 ○○고속철도 1단계 사업에 의한 철도시설은 철도산업발전기본법 제23조 제5항 의 규정에 따라 국가에 귀속시킨 자산으로 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 에 규정하고 있는 국가 등 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 해당되어 동 고속철도 1단계 사업과 관련된 매입세액은 부가가치세가 면제되는 사업과 관련된 매입세액에 해당되고

• ○○고속철도 2단계 사업과 관련된 매입세액은 2004.12.31. 신설한 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 에서 “한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단이 철도산업발전기본법 제3조 제2호 의 규정에 의한 철도시설(이하 이 호에서 “철도시설”이라 한다)을 국가에 귀속시키고 동법 제26조에 의하여 철도시설관리권을 설정 받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설“은 부가가치세를 면제 하도록 하고 있고,

• 같은 법 부칙 제24조에서 ”제106조 제1항 제7호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 철도시설을 국가에 귀속하는 분부터 적용한다.“라고 규정하고 있는 바

• 청구인은 동 철도시설을 2004.12.30. 추가로 국가에 귀속시키고 철도산업발전기본법 제26조 제2항 과 제29조 제1항에 따라 철도시설관리권을 변경등록 한 사실이 건설교통부 공문에 의하여 확인되므로 쟁점세금계산서는 부가가치세가 면제되는 사업과 관련된 매입세액에 해당된다. 따라서 청구인의 ○○고속철도 1․2단계 사업과 관련된 건설단계 매입세액은 어느 모로 보나 부가가치세가 면제되는 사업과 관련된 매입세액으로 판단되는 바 처분청이 ○○고속철도 2단계 사업의 건설과 관련된 쟁점 세금계산서에 대하여 부가가치세가 면제되는 사업의 매입세액으로 보아 청구인의 과세표준 및 세액의 경정청구를 거부한 당초 처분은 적법하다 판단된다.

이 건 이의신청은 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.