사업장 폐기물 처리 대행용역의 면세 여부

1. ○○세무서장이 2005.11. 4. 청구인에게 경정 고지한 2000년 제2기부터 2004년 제2기까지 청구인의 종합재활용센터 사업장건설폐기물 대행용역 4,305,559,344원과 매립장의 총폐기물대행용역에 대한 과세기간 사업장폐기물 반입량 비율에 해당하는 1,704,057,656원을 공급대가로 보아 과세표준을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구인은 지방공기업법과 ○○광역시도시개발공사 설치 조례에 의하여 설립된 지방공사로 ○○광역시 대행사업과 부동산개발, 동물원운영 등 자체사업을 운영하고 있으며,

○○광역시장으로부터 위탁받은 2000년 2기 ~ 2004년 2기의 사업장 폐기물처리 대행용역을 부가가치세 면세분으로 신고하였다.

○○지방국세청은 위 사업장 폐기물처리 대행용역이 부가가치세과세사업이라는 서면분석 검토결과에 따라 청구인에게 수정신고 안내하였으나, 청구인이 수정신고를 하지 않아 처분청은 2005.11. 4. 862,370천원의 부가가치세와 법인세를 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 1.27. 이건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 쟁점 1 1999년 9월 ○○지방국세청의 법인세 통합조사결과 건설대행용역과 폐기물처리 대행용역 전체를 과세사업으로 보아 1994. 2기~1999. 1기의 부가가치세를 과세하였으나, 일반생활폐기물뿐만 아니라 처분청이 사업장폐기물이라 주장하는 폐기물도 폐기물의 성상과 사회통념상 모두 생활폐기물에 해당하므로 청구인의 폐기물처리 대행용역 전체가 부가가치세 면세대상이며, 청구인이 지방공사로서 실질적인 지방정부 업무를 대행하고 있으므로 청구인의 폐기물처리 대행용역에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 부당하고, 국세심판원은 건설대행용역을 제외한 폐기물처리 대행용역이 면세사업이라고 결정하였고 그 결정에 따라 청구인의 경정청구에 대한 처분청의 기고지세액과 자진납부세액의 환급 결정은 폐기물처리 대행용역이 면세대상이라는 공적인 의사표현으로 신의성실의 원칙에 의하여 보호받아야 한다.
• 나. 쟁점 2 국세심판원의 심판결정에 이어 경정청구에 대한 처분청의 환급결정이 있은 상태에서 청구인이 이를 과세로 신고하기는 어렵고, 이에 세금계산서의 발행 및 신고하지 않은 것에 대하여 청구인에게 귀책사유를 물을 수 없으므로 세금계산서합계표미제출가산세, 신고불성실가산세, 납부불성실가산세를 부과처분은 부당하다.
• 다. 쟁점 3 위탁대행계약서는 부가가치세 포함여부가 명시되지 않아 불분명하므로 청구인이 위탁자인 ○○광역시장으로부터 수령한 금액을 공급대가로 봄이 타당함에도 이를 공급가액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 라. 쟁점 4 사업장폐기물 처리대행용역의 부가가치세 과세표준 안분계산은 사업장폐기물의 연간 반입량을 기준으로 하였으나, 분기별 반입수량을 기준으로 하여야 하고, 사업장폐기물 처리용역에 대해 부가가치세 과세대상으로 경정하면서 이에 상응하는 관련매입세액을 추가공제하지 아니하였고, 청구인이 수령하는 대행 사업비는 위탁자인 ○○광역시가 철저히 통제하고 예산 승인되어 집행되는 사업비로써 위탁자의 재산과 대행 업무에 직접 관련된 인건비 등은 청구인이 이를 전달하는 수탁자로써의 역할만 할 뿐이므로, 청구인의 관리직원 인건비와 관리비 및 위탁수수료 등 만이 공급가액이 되어야 한다.

• 가. 쟁점 1에 대하여 폐기물의 종류는 폐기물 배출장소의 사업장 해당여부에 따라 결정되는 것이며, 청구인이 주장하는 바와 같이 폐기물의 성상 또는 사회통념에 의하여 청구인이 대행처리하고 있는 모든 폐기물을 생활폐기물로 보아야 한다는 주장은 타당성이 없고, 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하더라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 조세정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 적용되는 것으로 기본적으로 처분청이 납세자에게 신뢰의 대상이 될 수 있는 공적인 의사표현을 해야 하는데 잘못된 사실판단에 근거한 쟁점심판청구 결정을 ‘사업장폐기물은 면세’라는 처분청의 공적인 의사표현으로 보기 어렵고 오히려 청구인에게 100% 출자한 ○○광역시장이 국세청에 질의한 예규〔부가46015-16, 1998. 1.7.〕에 의하여 건설폐기물 등에 대한 대행 사업비는 과세대상이라는 답변이 건설폐기물의 부가가치세 과․면세여부에 대한 국세청의 공적인 의사표현에 해당된다고 판단되므로 청구인의 주장은 타당성이 없다.
• 나. 쟁점 2에 대하여 위 질의회신으로 사업장폐기물 대행 사업비가 과세대상이라는 사실을 인지하였음에도, 세금계산서 발행 및 신고를 누락함에 있어서 청구인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 의무불이행에 따른 가산세 부과가 부당하다는 청구인의 주장은 타당성이 없다.
• 다. 쟁점 3에 대하여 청구인은 위탁자인 ○○광역시장으로부터 수령한 금액에 대해 거래당사자간에 면세수입금액으로 보아 계산서를 발행하면서 부가가치세를 거래징수하지 않았고, 위탁대행 계약서에 첨부된 2000년 매립장 운영․관리 위탁대행 사업비 소요내역서의 세부항목에 부가가치세가 포함되지 않았음이 명백한 바 공급가액으로 봄이 타당하므로 청구인의 주장은 이유 없다.
• 라. 쟁점 4에 대하여 매립장의 부가가치세 과세표준 결정은 매립장의 총매출액 중 건설용역에 대한 매출을 차감한 금액에 해당 분기의 폐기물 종류별 반입수량을 기준으로 안분 계산하였고 매립장 관련 매입세액 추가공제 또한 이미 상기 기준으로 안분 계산하여 기 반영하였기에, 상기 매출 과세표준 계산에 대한 청구인의 주장은 부가가치세 산정내용을 잘못 이해한 것으로 판단되고, ○○광역시장으로부터 폐기물처리 운영․관리업무 일체를 위탁받아 사업을 수행하면서 위탁사업에 대한 관리비, 인건비, 기타 부대비용 등을 청구인의 이름과 계산 하에 지급․집행하고 있으며, 수령하는 총 대행 사업비에 대하여 계산서를 발행하고 이를 법인의 수입금액으로 계상하고 이와 관련하여 지출된 인건비 등을 손금으로 회계처리 하였으며 이를 근거로 법인세 신고하였는바 총 대행 사업비 중 위탁수수료 등 일부만이 공급가액이라는 청구인의 주장은 현재 청구인의 회계처리를 전면 부인하는 것으로 타당성이 없다.

• 가. 쟁점

(1) 사업장폐기물 처리 대행용역의 과․면세여부와, 이 사건 부과처분 전의 국세심판원의 심판결정과 처분청의 환급결정은 공적인 의사표현으로서 신의성실의 원칙이 적용되어야 하는지

(2) 쟁점 심판결정과 환급결정에 기인한 청구인의 신고․납부 사실에 대해 청구인에게 납세의무 해태로 인한 세금계산서합계표미제출가산세, 신고불성실가산세, 납부불성실가산세의 추징이 부당한지

(3) 청구인이 수령하는 사업장폐기물처리 위탁대행 사업비를 공급대가로 볼 것인 지, 공급가액으로 볼 것인지

(4) 부가가치세 매출과세표준 안분계산기준, 관련 매입세액 공제, 과세대상 범위의 적정여부

• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역으로서 대통령령(시행령 제29조)이 정하는 것과 혈액

○ 같은 법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

○ 같은 법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 같은 법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

7. 기타 재정경제부령(시행규칙 제11조의 2)이 정하는 의료보건위생용역

○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

○ 같은 법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정 신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 면세공급가액 관련된 매입세액＝공통매입세액 × ───────────── 총공급가액

○ 같은 법 시행규칙 제11조의 2 【기타의료보건용역의 범위】

4. 폐기물관리법에 의하여 생활폐기물의 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역.

○ 같은 법 기본통칙 13-48-1 【세액이 별도 표시되지 아니한 경우의 과세표준 및 세액계산】 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는 지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다.

○ 폐기물관리법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (95. 8. 4. 개정)

2. “생활폐기물”이라 함은 사업장폐기물 외의 폐기물을 말한다.

3. “사업장폐기물”이라 함은 대기환경보전법ㆍ수질 환경보전법 또는 소음ㆍ진동규제법의 규정에 의하여 배출시설을 설치ㆍ운영하는 사업장 기타 대통령령(시행령 제2조)이 정하는 사업장에서 발생되는 폐기물을 말한다.

○ 같은 법 시행령 제2조 【사업장의 범위】 법 제2조 제3호에서 “기타 대통령령이 정하는 사업장”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 사업장을 말한다.

7. 폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장

8. 건설 산업기본법 제2조 제4호 의 규정에 의한 건설공사로 인하여 폐기물을 5톤 이상 배출하는 사업장

9. 일련의 공사 또는 작업으로 인하여 폐기물을 5톤 이상 배출하는 사업장

○ 부가46015-716, 1999.03.18. 부가가치세 과세표준에는 거래상대방으로부터 받는 대금, 요금, 수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함함

○ 서면3팀-1608, 2005.09.23. 부가가치세가 구분표시 되지 아니한 경우 거래금액의 110분의 10에 상당하는 금액을 부가가치세로 봄

○ 재소비46015-147, 2003.05.29. 폐기물관리법에 의한 허가를 받지 아니하는 사업자가 지방자치단체로부터 광역생활폐기물 소각장 시설의 관리ㆍ운영을 위탁받아 제공하는 관리ㆍ운영용역은 부가가치세 과세되며, 그 대가로 받는 운영비 등은 명목여하에 불구하고 과세표준에 포함됨

○ 부가46015-16, 1998. 1. 7. 지방공기업법에 의하여 설립된 ○○광역시도시개발공사와 위탁대행계약을 체결하고 ‘매립장 및 그 부대시설’로 반입되는 건설폐기물과 재활용품 판매 등을 관리·운영하는 위탁대행용역을 제공하고 ○○시로부터 대행 사업비를 지급받는 경우에는 부가가치세법 제7조 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

① 청구인은 자체 사업과 ○○광역시의 대행 사업으로 체육시설관리, 주차장관리, 상가임대, 폐기물운반, 청소대행 및 택지개발 사업을 운영하고 있다.

② ○○지방국세청은 2005.10월 청구인의 2000. 2기분 ~ 2004. 2기분 부가가치세 신고분에 대한 서면분석결과 청구인이 면세분으로 신고한 ○○사업소의 매립장 수입금액 1,704,058천원과 ○○센터 수입금액 4,305,559천원의 사업장폐기물처리용역을 부가가치세 과세대상 사업으로 보고, 매립장의 폐기물반입량과 재활용센터의 사업부분별 지출내역을 근거로 사업부분별 수입금액을 구분 정산하여, 사업장 생활․건설 폐기물 처리용역에 대한 수입금액 6,009,617천원을 공급가액으로 하여 600,961천원을 누락된 매출세액으로 하고, ○○매립장과 ○○센터의 사업장폐기물 사업부분의 매입세액 134,422천원을 추가공제하고 세금계산서합계표 미제출가산세와 신고납부불성실가산세를 포함한 부가가치세와 추가공제 부가가치세 매입세액을 손금불산입하여법인세를 결정․고지할 것을 처분청에 통보하였고, 처분청은 810,978천원의 부가가치세와 51,392천원의 법인세를 2005.11. 4. 고지한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

③ 처분청은 1999. 9월 ○○지방국세청의 청구인에 대한 세무조사결과에 따라 199 4. 2기 ～ 1999. 1기분 부가가치세 674,475천원을 2000. 2.29. 납부기한으로 경정 고지한 사실과, 청구인은 동 고지세액을 납부한 사실이 TIS에 의해 확인되고, 국세심판결정(국심2000전1102, 2000.12.22.)이후 처분청은 2001. 1.16. 건설대행용역을 제외한 폐기물처리대행용역을 면세로 경정하여 부가가치세 494,772천원을 결정 취소한 사실과 청구인이 1999. 2기와 2000. 2기분 중 부가가치세 과세분으로 신고한 종합재활용 사업부분에 대하여 경정 청구하여 기 납부세액 14,303천원을 환급․감액 결정한 사실이 확인된다.

○ 판단

① 부가가치세법 제12조 (면세)는 ‘폐기물관리법에 의하여 생활폐기물의 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역’만을 면세대상으로 하고 있고, ‘폐기물관리법’에서 ‘생활폐기물’이라 함은 사업장폐기물 외의 폐기물을 말하고, ‘사업장폐기물’이라 함은 대기환경보전법 등의 규정에 의하여 배출시설을 설치․운영하는 사업장 기타 대통령령이 정하는 사업장에서 발생되는 폐기물을 말한다. 라고 규정하고 있어, 폐기물의 배출장소의 사업장 해당여부에 따라 과세대상 사업장폐기물 여부가 결정되는 것으로 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

② 1999. 9월 ○○지방국세청은 청구인이 폐기물처리용역에 대하여 허가를 받지 않았다 하여 폐기물처리용역 전체를 과세사업으로 보아 과세하였고, 국세심판원은 청구인과 처분청간에 생활폐기물을 처리한다는 점에 다툼이 없는 것을 전제로, 실질적으로 허가권자인 ○○광역시장의 지도․감독관계에 있거나 지휘․감독을 받아 대행 업무를 수행하였으므로 허가를 받아 수행하는 것과 그 실질을 같이한다 하여 폐기물처리 대행용역의 부가가치세가 면제되어야 한다는 심판결정을 한 것으로 이 사건 쟁점사항과 다르며, 이는 국세심판원의 결정과 다른 사실관계에 대하여 경정한 것으로 신의성실의 원칙을 위반했다 볼 수 없고, 그 심판결정에 따라 기 고지 납부분과 자진신고 납부분에 대하여 환급결정 이후, 다시 이건 부과처분을 하면서 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우로 볼 수 없어 가산세 부과 또한 다른 잘못이 없어 보인다.

③ 청구인이 위탁자인 ○○광역시장과 체결한 위탁계약서에 부가가치세 포함여부가 명시되지 아니하여 불분명하고 수령한 대행료를 면세 재화로 보아 계산서를 발행하여 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우로 거래금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 되어야 한다는 청구인 주장은 이유가 있다고 판단된다.

④ 청구인은 폐기물 반입량에 따라 대행 사업비를 수령하고 있고, 과․면세 수입금액을 구분할 수 없는 상황으로 2000년 2기 ~ 2004년 2기의 매립장의 과세표준 결정은 매립장의 총매출액 중 건설용역에 대한 매출을 차감한 금액에 해당 분기의 폐기물 종류별 반입수량을 기준으로 안분 계산하였고 매립장 관련 매입세액 추가공제 또한 이미 상기 기준으로 안분 계산하여 기 반영되었고, 대행 사업비 수령시 시설보수비, 전기료, 인건비 등과 수수료를 포함하여 대행 사업비를 수령하고 또한 이러한 비용은 대행 사업비에 해당하는 수입금액에 대응하는 원가를 구성하고 있는 상태에서 과세표준 계산시 대행 사업비 전체를 대상으로 한 부과처분 또한 달리 잘못이 당초처분 잘못이 없다.

위와 같이 청구인의 주장은 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.