사업자등록 직권말소에 따른 가지급금 등을 상여처분한 것이 정당한지 여부

○○세무서장이 2005. 7. 8. 청구인에게 결정고지한 2002 과세연도 종합소득세 215,663,390원은 이를 취소합니다.

○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○회관 3층에 소재하는 ○○종합건설(주)(이하 “쟁점회사”라고 한다)의 사업자등록사항에 대하여 2002. 6.30.을 폐업일자로 하여 2002.12.30.에 직권말소한 후, 쟁점회사가 2001 사업연도 법인세 신고 시 대차대조표에 계상된 주주․임원․종업원단기채권(가지급금) 435,248,590원과 미수수익 45,866,601원 합계 481,115,191원(이하 “쟁점가지급금 등”이라 한다)을 쟁점회사의 대표이사인 청구인에게 분여한 것으로 보아 2005. 5.16. 청구인에게 상여처분 하는 것을 내용으로 하여 소득금액변동통지를 하였고, 그 후 처분청은 2005. 7. 8. 청구인에게 2002 과세기간 종합소득세 215,663,390원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 8. 2. 이 건 이의신청을 청구하였다.

• 가. 청구인이 대표이사로 있는 쟁점회사의 직권말소는 부당하다.

(1) 처분청은 휴업신고 했던 쟁점회사를 직권말소할 당시 사업장 등이 없다는 것을 확인한 후 폐업처리를 하였어야 함에도 소홀히 처리하였고

(2) 쟁점회사와 같은 소재지에 청구인이 대표이사로 있는 청구 외 ○○건설(주)(이하 “별도회사”라고 한다)라는 전문건설면허를 가진 다른 법인이 별도로 있었으며, 당시 청구인이 한꺼번에 2개 법인의 사업을 영위하기 어려워 전문건설면허가 있는 별도회사로 사업을 하고 종합면허가 있는 쟁점회사는 일시적으로 휴업신고를 한 것이고

(3) 별도회사는 현재도 건설업을 영위하고 있어 폐업처리 당시 현지확인은 못한다고 하더라도 전화로라도 사업계속 여부를 확인하였다면 폐업처리는 하지 않았을 것이고

(4) 처분청이 2002.12.30. 직권말소를 할 당시는 2002 사업연도에 대한 법인세 신고기한이 경과한 것도 아니고 단지 휴업의 연장신고를 하지 않은 것에 불과한데도 2001 사업연도에 대한 법인세 체납액 2,509,340원을 결손처분하려고 직권말소 시킨 것으로 짐작되며, 체납되었던 법인세는 직권말소된 후인 2003. 3. 5. 자진납부하여 현재는 체납세액이 없다.

• 나. 직권말소 되었으므로 청구인과 쟁점회사와의 특수관계가 소멸되었다고 본 것은 부당하다. 사업자등록과 직권말소는 세무행정상의 세적관리업무의 일환일 뿐이며, 쟁점회사가 법인을 청산한 것도 아니고 법인등기부상 청구인이 대표이사를 사임하지 않고 계속하여 재직하고 있는데도 세적정리를 이유로 청구인과 쟁점회사간에 특수관계가 소멸되었다고 간주한 것은 잘못이고, 법인과의 특수관계 소멸은 법인이 청산되거나 청구인이 대표이사를 사임하여 아무런 관계가 없을 경우를 말하는 것으로, 이 건과 같이 세적을 관리하기 위한 처분청의 직권말소를 바탕으로 특수관계가 소멸되었다고 하는 것은 과세처분만을 위한 논리의 비약이다.
• 다. 쟁점회사는 재개업 하였고, 폐업했던 법인이 사업자등록을 다시 하는 경우 인정이자만을 계산하는 국세행정 실무상의 예에도 어긋나며, 사업자등록증의 재교부로 인해 특수관계 소멸여부에 대한 논란이 제거되어 상여처분은 부당하다.

(1) 쟁점회사는 2004.10.25. 재개업을 사유로 종전과 동일한 사업자등록번호로 사업자등록증을 재교부 받았으므로 처분청으로부터 계속 법인으로 인정된 것이고, 청구인은 계속하여 쟁점회사의 대표이사이므로 특수관계가 소멸되었다고 인정하여 가지급금을 상여처분 하는 것은 논리의 모순으로서 부당하고

(2) 쟁점회사는 사업자등록증을 재교부 받은 후 2002 사업연도와 2003 사업연도의 대표이사에 대한 가지급금의 인정이자를 익금에 산입하여 기한 후 신고로 인정이자상당액에 대한 법인세를 신고납부 하였고, 2005. 3.경 2004 사업연도의 법인세도 정상적으로 신고납부 하였고

(3) 당초 2개 법인의 경영을 함께하는 것이 어려워 휴업신고를 하고 건설업등록증을 반납하였고, 지인들이 등록증 없이 할 수 있는 하도급일을 주겠다고 했으나 여의치 않았고, 최근 경쟁이 더 치열해져 건설업등록증이 있어야 건설업을 할 수 있을 것 같아 2005. 2. 5. ○○도지사에게 건축공사업과 토목공사업의 건설업등록증을 신청하여 2005. 2.19.에 건설업등록증을 다시 교부받았고

(4) 처분청이 쟁점회사의 사업자등록증을 재교부하였다면 가동 중인 법인임을 인정한 것인데도, 폐업자이므로 특수관계가 소멸되었다고 보아 가지급금을 상여처분 함은 논리의 모순으로서 부당하므로 청구인에 대한 종합소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

• 가. 쟁점회사가 2002. 4.19. 종합건설면허와 전문건설면허를 각각 ○○도지사와 ○○시장에게 자진반납한 사실 등을 근거로 처분청은 2002.12.30. 쟁점회사의 사업자등록을 직권말소 하였고, 쟁점회사는 직권말소일 이후에 부가가치세․법인세 등 국세와 관련된 제반신고를 이행한 사실이 없고, 사업을 계속하였다고 볼 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있고
• 나. 쟁점회사의 법인세 2,815,460원이 2002.12.30. 결손확정된 점으로 볼 때 쟁점회사의 직권말소는 체납정리를 위한 징세과의 폐업의뢰에 따른 것이고, 전산조회사항 이외의 폐업조사서의 확인은 불가하나 징세과의 결손처분조사서에 의하면 사업장의 영업여부 조사결과 영업이 없는 것으로 기재하고 있고, 특히 쟁점회사가 2004.10.20. 제출한 고충민원에 대한 의견서에 의하면 직권말소 당시 쟁점회사가 폐업사실을 이미 알고 있었음을 적시하고 있고, 대표자 인정상여의 세부담이 있자 사업자등록을 재개하고 이의신청을 제기한 사실이 확인되므로 처분청의 당초 처분은 정당하다고 주장하고 있다.

• 가. 쟁점 쟁점회사의 사업자등록을 직권말소한 것에 터잡아 청구인과 쟁점회사의 특수관계가 소멸된 것으로 보아 쟁점가지급금 등을 청구인에게 상여처분한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. (단서 규정 생략)

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

○ 소득세법 제20조 【근로소득】

① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

• 다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액
• 다. 사실관계

(1) 국세통합전산망의 휴․폐업자 상세 조회서를 보면 쟁점회사는 사업부진을 사유로 2002. 4.18.부터 2002. 6.30.까지를 휴업기간으로 하여 2002. 4.19. 휴업신고를 하였고, 처분청은 2002. 6.30.을 폐업일자로 하여 2002.12.30. 쟁점회사의 사업자등록을 직권으로 말소시킨 것을 알 수 있다.

(2) 쟁점회사의 2001 사업연도 세무조정계산서를 보면 대차대조표에 주주․임원․종업원단기채권 435,248,590원과 미수수익 45,866,601원 합계 481,115,191원이 계상되어 있고, 가지급금등의인정이자조정명세서(을)에 2001.12.31. 현재 대표이사인 청구인에게 가지급금 미회수 잔액 435,248,590원이 계상되어 있는 것을 알 수 있다.

(3) 처분청이 제출한 소득금액변동통지서(2)를 보면 처분청은 2005. 5.16. 청구인에게 귀속된 2002 과세기간 인정상여금액 481,115,000원이 있음을 통지하였고, 처분청의 ○○과장이 2005. 5.18. 청구인에 대한 인정상여소득의 과세자료를 ○○과장에게 통보한 사실을 알 수 있다.

(4) 국세통합전산망의 납세자별 결손이력조회를 보면 처분청은 2002.12.30. 쟁점회사의 체납액(2001 사업연도 법인세 신고무납부액) 2,815,460원을 무재산으로 결손처분 하였고, 2003. 3. 5. 동 결손처분을 취소한 사실을 알 수 있다.

(5) 처분청이 제출한 결손처분조사서의 체납처분사항에 대한 해당여부의 조사내용을 보면 ① 사업장 재산조사결과 압류대상 자산: 없음 ② 사업장의 영업여부에 대한 조사결과: 없음 ③ 주소지 재산조사결과 압류대상 재산: 없음 ④ 전화가입권 조사결과: 없음 ⑤ 제2차납세의무자, 연대납세의무자 등: 없음 ⑥ D/B조회서, 수색조서 등 확인결과 압류대상재산: 없음이라고만 기재되어 있고, 결손처분조사서 작성 시 쟁점회사의 사업 계속여부에 대하여 구체적으로 현장조사를 실시한 사실이 없음을 알 수 있다.

(6) 국세통합전산망의 사업자명단조회 및 사업자세적변경이력 조회를 보면, 쟁점회사는 ① 상호: ○○종합건설(주) ② 사업자등록번호: 000-00-00000 ③ 개업일: 2001. 3. 1. ④ 폐업일: 2002. 6.30. ⑤ 대표자: 청구인 ⑥ 사업장: ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○회관 3층 ⑦ 업태: 건설 ⑧ 주종목: 토목공사업으로 등록되어 있다가, 2004.10.25. 신규등록 하여 2004.12. 9. 상호를 ○○종합건설(주)로 변경(신규등록일자와 상호 외에는 변경된 사실이 없음)한 사실을 알 수 있다.

(7) 국세통합전산망의 사업자명단조회 및 사업자세적변경이력 조회를 보면, 별도회사는 ① 상호: ○○건설(주) ② 사업자등록번호: 000-00-00000 ③ 개업일: 2000. 3.13. ④ 사업자상태: 계속사업자 ⑤ 대표자: 청구인 ⑥ 사업장: ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ⑦ 업태: 건설 ⑧ 주종목: 철근콘크리트공사로 등록되어 있다가, 2000. 6.28. 사업장을 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○회관 ○○로 이전하여 2004. 5.27. 상호를 ○○건설(주)로 변경(신규등록일자와 상호 외에는 변경된 사실이 없음)한 사실을 알 수 있다.

(8) 청구인이 2004.10. 처분청에 제출한 고충청구서의 내용을 보면 다음과 같이 기재되어 있음을 알 수 있다.

① 청구취지: 처분청이 2002.12.30. 직권으로 말소처리한 쟁점회사의 사업자등록을 부활하고 사업자등록증을 재교부하여 주기 바람

② 청구주장: 처분청에서 쟁점회사를 직권폐업 처리할 당시 현지확인 하여 사업장이 없다는 것을 확인한 후 폐업처리를 하여야 하는데도 현지확인을 하지 않은 것 같고, 현지확인이 불가하더라도 쟁점회사와 같은 사업장소재지에 청구인이 대표이사로 있는 별도회사가 있었고 현재도 건설업을 영위하고 있으며 전화번호도 같은 번호를 사용하고 있어 전화로라도 사업계속 여부를 확인하였다면 이런 민원은 발생하지 않았을 것임

(9) 위 (8)의 고충민원에 대하여 처분청이 작성한 의견회보서의 검토의견을 보면 ① 직권폐업처분 당시 청구법인에서 직권폐업된 사실을 인지하고 있으면서도 폐업취소요구나 기타 계속사업 의사를 표현하지 아니하였고 ② 현재까지 계속사업을 하였다고 볼 수 있는 구체적인 근거가 미비하므로 직권폐업에 대한 취소처분은 불가하나 사업을 재개할 목적으로 사업자등록신청을 하는 경우에는 납세서비스사무처리규정 제35조 폐업 후 사업재개 법인의 민원처리에 의거 사업자등록증 재교부가 가능하다고 판단됨이라고 기재되어 있음을 알 수 있다.

(10) 청구인이 제출한 부동산임대차계약서와 세금계산서 및 국세통합전산망의 세금계산서합계표 조회를 보면, 청구인은 별도회사가 사업장으로 사용하고 있는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○회관 3층 사무실(59.5㎡)을 전 건물주인 청구 외 ○○금고와 이○○로부터 임차하여 사용하여 왔고, 쟁점회사는 개업시점부터 별도회사와 같은 곳에 있는 사무실을 함께 사용하고 있음을 알 수 있다.

(11) 청구인이 제출한 가입전화 가입원부 등록사항증명서를 보면, 쟁점회사와 같은 소재지에 위치하고 있는 별도회사는 2000. 5.24.부터 현재까지 다음과 같이 총 4대의 전화를 사용하고 있음을 알 수 있다. 전화번호 가입자 성 명 설치장소 가입 연월일 가입 구분 가입종류 가입유형 000-000-0000

○○건설(주)

○○동 ○○번지

○○빌딩3층 ○○

94. 6.14. 청색 일반전화 장기 가입비형 100,000원 000-000-0000

○○건설(주)

○○동 ○○번지

○○빌딩3층 ○○

00. 5.24. 청색 일반전화 장기 가입비형 100,000원 000-000-0000

○○건설(주)

○○동 ○○번지

○○빌딩3층 ○○

00. 5.24. 청색 일반전화 장기 가입비형 100,000원 000-000-0000

○○건설(주)

○○동 ○○번지

○○빌딩3층 ○○

00. 5.24. 청색 일반전화 장기 가입비형 100,000원

(12) 청구 외 노○○이 제출한 근무확인서를 보면, 노○○은 ① ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○회관 3층에 있는 별도회사에 2001. 3. 5.부터 2005. 1.31.까지 근무하였고 ② 직책은 관리차장이었으며, 별도회사와 같은 사무실에 위치한 쟁점회사는 별도회사와 대표자가 동일하여 본인이 쟁점회사의 업무도 병행하였고 ③ 2002. 7.경부터 쟁점회사가 휴업중인 것으로 알고 있으며, 세무서로부터 쟁점회사의 폐업여부에 대한 확인조사나 전화연락은 없었다고 진술하고 있고, 청구인은 노○○에게 2002. 2.부터 2005. 1.까지 급여를 지급한 예금계좌(○○은행, 계좌번호: 00000-000000)를 보정요구자료로 제출하고 있다.

(13) 청구인이 제출한 2002 사업연도 손익계산서의 매출액은 0원, 판매비와 관리비는 56,588,760원, 영업외수익(이자수익)은 65,743,754원, 법인세비용 등은 2, 055,580원이고, 법인세과세표준및세액신고서의 결산서상 가지급금인정이자 회사계상액 65,735,136원, 과세표준 9,154,994원, 산출세액(차감납부할세액) 1,868,716원이고, 국세통합전산망의 납세자별 수납현황 순차조회를 보면 쟁점회사는 2004. 11.19. 처분청에 확정신고분 법인세 1,894,670원을 납부한 사실을 알 수 있다.

(14) 청구인이 제출한 2003 사업연도 손익계산서의 매출액은 0원, 판매비와 관리비는 1,502,700원, 영업외수익(이자수익)은 74,782,469원, 법인세비용 등은 15, 126,030원이고, 법인세과세표준및세액신고서의 결산서상 가지급금인정이자 회사계상액 74,782,469원, 과세표준 73,279,769원, 산출세액 10,991,965원, 가산세 2,758,983원, 차감납부할세액 13,750,948원이고, 국세통합전산망의 납세자별 수납현황 순차조회를 보면 쟁점회사는 2004.11.19. 처분청에 확정신고분 법인세 13,958,690원을 납부한 사실을 알 수 있다.

(15) 국세통합전산망의 신고서조회를 보면 쟁점회사는 2005. 3.30. 2004 사업연도 법인세과세표준및세액신고를 이행하였으며, 청구인이 제출한 2004 사업연도 손익계산서의 매출액은 0원, 판매비와 관리비는 25,278,017원, 영업외수익(이자수익)은 80,804,154원이고, 법인세과세표준및세액신고서의 결산서상 가지급금인정이자 회사계상액 80,804,154원, 과세표준 55,226,137원, 산출세액(차감납부할세액) 8,283, 920원이고, 국세통합전산망의 납세자별 수납현황 순차조회를 보면 쟁점회사는 2005. 3.31. 처분청에 확정신고분 법인세 8,283,920원을 납부한 사실을 알 수 있다.

(16) 청구인이 제출한 쟁점회사의 등기부등본을 보면 상호, 본점, 공고방법, 1주의 금액, 발행할 주식의 총수, 발행주식의 총수와 그 종류 및 각각의 수, 자본의 총액, 목적, 임원에 관한 사항, 회사성립연월일이 기재되어 있고, 해산이나 청산절차에 대하여 등기된 바가 없음을 알 수 있다.

(17) 청구인이 제출한 건설업등록증을 보면 쟁점회사는 2005. 2.19. 건설산업기본법 제9조 의 규정에 의한 건설업자(건축공사업)로 등록한 사실을 알 수 있다.

• 라. 판단

(1) 사업자가 폐업한 후 폐업신고를 하지 아니한 때에는 사업장관할세무서장이 사업의 계속 여부와 사업자의 유지 및 관리상태 등 구체적인 사실을 종합하여 그 사업을 실질적으로 폐업한 날을 폐업일로 하여 등록을 말소하여야 하는 것이나, 실질적으로 사업을 계속 영위하는 때에는 등록을 말소할 수 없는 것이고

(2) 법인이 폐업한 경우에도 해산 및 청산하지 아니하고 존속하는 경우에는 당해 법인과 그 주주 및 대표이사는 법인세법시행령 제87조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 특수관계가 존속하는 것이고, 부가가치세법상 사업의 개시․폐지 등은 법상의 등록․신고여부와는 관계없이 그 해당사실의 실질에 의하여 결정되는 것이고, 법인이 약정 등에 의하여 회수할 가지급금을 계상한 이후에 무단폐업하여 정상적인 영업을 영위하지 아니한 상태에서 사실상 그 가지급금에 대하여 회수를 포기한 것으로 인정되는 경우에는 가지급금 계상 및 회수가능성 여부에 따라 사실판단해야 하는 것으로

(3) 처분청이 제시한 결손처분조사서를 보면 사업장의 재산, 사업장의 영업여부, 주소지의 재산, 전화가입권, 제2차납세의무자와 연대납세의무자, D/B조회서와 수색조서 등에 대한 구체적이고 직접적인 현장조사가 이루어진 것으로 보여지지 아니하고, 또한 청구인을 비롯하여 임대인이나 직원들을 상대로 사업의 계속여부에 대한 간접적인 확인조사가 이루어진 것으로 보이지 아니하여, 결국 처분청은 단순히 쟁점회사가 체납한 법인세 2,815,460원을 결손처분하기 위하여 사업자등록을 직권말소한 것으로 인정되므로 처분청이 쟁점회사의 사업자등록을 직권말소한 것에 터잡아 청구인과 쟁점회사의 특수관계가 소멸된 것으로 보아 쟁점가지급금 등을 청구인에게 상여처분한 것은 부당하다고 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.