정부출연금의 익금산입 시기

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2005. 2.15.부터 2005. 2 23.까지 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에 소재하는 (주)○○기계항공(이하 “청구법인”이라 한다)의 2002 사업연도에 대한 법인세 일반조사를 실시한 결과, 청구법인이 2001. 12.경 제2단계(사업기간: 2001.12. 1.～2002.11.30.) 사업으로 전문연구기관인 ○○기술평가원장과 민군겸용기술개발과제협약을 체결하고 협약내용에 따라 ○○기술평가원장으로부터 2001.12.31. 정부출연금 1,050,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급받아 자본조정항목으로 처리한 후 결산 시 자산차감으로 대체한 사실에 대하여 처분청은 2005. 2.25. 청구법인에게 쟁점금액을 포함한 기타 조사적출금액을 익금산입하여 2001 사업연도 법인세 459,019,880원을 고지할 것을 내용으로 세무조사결과통지를 하였다. 이에 청구법인은 2005. 3.18. 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 2005. 5. 7. 쟁점금액을 2003 사업연도의 익금으로 하여 법인세 과세표준 및 세액을 결정할 것으로 과세전적부심사청구에 대한 일부 채택결정을 하였다. 그 후 처분청은 2005. 5.10. 청구법인에게 2003 사업연도 법인세 191,461,430원을 경정고지 하였고, 청구법인은 이에 다시 불복하여 2005. 7.22. 이 건 이의신청을 청구하였다.

청구법인은 각 쟁점별로 다음과 같이 주장하고 있다.

• 가. 쟁점 1과 관련하여 청구법인은 (1) 쟁점금액을 수령한 때에는 쟁점금액이 예수금의 성격으로 순자산이 증가하였다고 볼 수 없고, 또한 권리가 확정되었다고 볼 수 없으므로 익금산입 시기에 해당하지 아니하고 (2) 과제성공 판정을 받았을 때에는 순자산이 증가하였다고 볼 수 없고, 또한 권리가 확정되었다고 볼 수 없으므로 익금산입 시기에 해당하지 아니하고 (3) 과제성공 판정을 받은 후 매출액이 발생하여 쟁점금액의 50%에 해당하는 기술료 납부를 완료했을 때에는 기술개발사업으로 발생된 지적재산권, 유형적 발생품에 대한 소유권을 청구법인이 주장할 수 있어 동 시점에서 순자산이 증가하였다고 볼 수 있고, 또한 권리가 확정되었다고 할 수 있으므로 쟁점금액의 익금산입 시기를 기술료를 완납한 날로 보아야 하는 것으로 처분청이 쟁점금액의 익금산입 시기를 기술개발 사업의 성공여부가 확정되는 날이 속한 2003 사업연도로 결정한 처분은 부당하다.
• 나. 쟁점 2와 관련하여 개발 과제가 실패하여 매출액이 발생하지 않아 기술료 납부의무가 없는 경우에는 동 기술개발로 인하여 청구법인에게 유입된 순자산이 없을 뿐만 아니라 기술개발로 발생한 지적재산권 및 유형적 발생품 등이 국가에 귀속되며, 또한 향후 기술료를 완납한 시점에서 쟁점금액의 구성을 보면 기술료 납부금액은 845,455,000원(응용연구단계 1차 연도 70,688,000원 이상, 응용연구단계 2차 연도 249,769,000원 이상, 시험개발단계 525,000,000원 이상)과 이미 2003년도에 반환한 금액 6,762, 000원과 익금대상금액 197,783,000원으로 구성되어 기술료를 완납한 시점에서 익금산입 대상금액은 기술료 납부금액과 반환금액을 제외한 197,783,000원이므로 익금산입 대상금액을 쟁점금액에서 기술료와 반환금액을 제외한 197,783,000원으로 하여야 하는 것으로 처분청이 쟁점금액 전액을 익금산입한 처분은 부당하다.

처분청은 각 쟁점별로 다음과 같이 주장하고 있다.

• 가. 쟁점 1과 관련하여 청구법인이 연구개발비로 출연 받은 쟁점금액은 연구결과의 최종 평가내용에 따라 무상이 되는지 상환의무가 있는 부채 성질의 금액이 되는지 여부가 확정되므로 쟁점금액은 ○○이 연구개발과제에 대해 성공평가를 통보한 2003. 8.19.에 비로소 익금으로 확정되었으므로 처분청이 성공 여부가 확정된 날이 속하는 사업연도에 전액 익금산입한 처분은 정당하다.
• 나. 쟁점 2와 관련하여 청구법인과 ○○이 체결한 민군겸용기술개발과제 협약서 제10조에서 정하고 있는 기술료는 연구개발의 수행 결과에 따라 납부의무가 발생하는 것이 아니라 연구결과물의 사용에 따라 생산하는 제품의 매출액에 기초하여 납부의무가 발생하고, 매출액이 발생하지 않는 경우 납부의무가 없는 점 등에 비추어 동 기술료는 쟁점금액의 일부를 상환하는 부채 성질의 금액이 아니라 쟁점금액으로 수행한 연구 결과 취득한 지적재산권을 사용한 대가로 보아야 하고, ○○의 회신내용에 따르면 동 기술료는 정부출연금의 환수의 의미보다는 기술개발 결과로 얻어지는 기술개발사업의 권리(결과물)를 획득하는 대가로 권리의 소유자인 국가에 지급하는 일종의 로열티 성격으로 보아야 한다고 해석하고 있으므로 처분청이 쟁점금액 전액을 익금산입한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점금액의 익금산입 시기를 기술개발 사업의 성공여부가 확정되는 날로 볼 것인지 아니면 기술료를 완납한 날로 볼 것인지 여부

(2) 익금산입 대상금액을 쟁점금액 전부로 할 것인지 아니면 쟁점금액에서 기술료와 반환금액을 제외한 금액으로 할 것인지 여부

• 나. 관련법령

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

• 다. 사실관계

(1) 2001.12.경 ○○(갑)과 청구법인(을) 및 청구법인의 대표이사(병)가 체결한 민군겸용기술개발과제 협약서의 내용은 다음과 같다. (가) 기술개발 과제명: 화재 진압용 비활성가스제너레이터(IGG) 개발 (나) 총연구기간: 1999.12. 1. ~ 2002.11.30. (다) 총연구비

• 응용연구단계 2,359,064천원(1차 1999.12. 1.~2000.11.30. 2차 2000.12. 1.～2001.11.30.)

• 시험개발단계 1,050,000천원 (2001.12. 1.~2002.11.30.)

• 합계 3,409,064천원 (라) 협약내용

• 제3조 (연구비의 확정 및 지급)

① 갑은 당해 연구단계동안 위의 내용에 따라 을에게 정부출연금을 연구비로 지급한다.

• 제5조 (연구결과의 보고 및 평가)

⑤ 평가 결과 중단평가를 받은 경우 또는 단계 또는 최종평가에서 실패로 최종 판정된 과제의 경우 갑은 을과 병 및 참여기업의 귀책여부를 조사하여 시행규정이 정하는 바에 따라 정부출연연구비의 환수 또는 정부출연 연구개발사업에의 참여제한 등의 조치를 취할 수 있다.

• 제7조 (기술실시계약의 체결 등)

① 을은 기술개발성과를 이용하고자 하는 기업(이하 “실시기업”이라 한다)의 대표와 기술실시계약을 체결하여야 한다. 다만, 을과 실시기업의 법인격이 구분되지 아니하는 경우는 갑이 을을 대신하여 실시계약을 체결한다.

• 제8조 (실용화 촉진 및 특별관리)

② 갑은 당해 기술개발과제의 종료이후에는 계속 관리하여 기술료 징수완료 및 발생품의 양여를 종료한 후 정부차원의 과제관리를 종료한다.

• 제9조 (지적재산권 및 발생품의 귀속 등)

① 본 기술개발과제수행으로 취득되는 연구기자재․연구시설과 동 사업의 결과로 얻어지는 지적재산권․연구보고서의 판권․시작품 등 중 정부출연금 지분에 상당하는 부분은 을의 소유로 한다. 다만, 참여기업이 소유하고자 부담한 연구기자재 및 연구시설은 본 과제가 종료된 후 참여기업의 소유로 한다.

② 을이 시행규정 제2조 제3호의 민간연구기관인 경우에는 제1항에도 불구하고 연구자재 및 연구시설과 정부출연금 지분에 상당하는 지적재산권과 발생품은 갑이 소유한다.

④ 참여기업 또는 기타 실시기관은 기술료를 완납하거나 정부지분에 해당하는 금액을 납부한 후 당해 기술개발과제의 수행과정에서 취득된 지적재산권, 유형적 발생품 등에 대하여 양도를 요청할 수 있다. 이 경우 갑 또는 을은 특별한 사유가 없는 한 무상양여 하여야 한다.

• 제10조 (기술료의 징수 및 감면)

① 을은 실시기업으로부터 제품 등의 매출액 발생시점으로부터 8년 이내에 정부출연연구비의 50%이상을 기술료로 징수하고 별도로 적립하여야 한다.

(2) ○○이 2005. 6.22. 청구법인에 통보한 민군겸용기술개발사업 협약서 내용 질의에 대한 답변의 내용을 보면 다음과 같이 회신하고 있음을 알 수 있다. (가) 질의 1. 협약서 제8조(실용화 촉진 및 특별관리)에 대한 답변

• 주관기관이 영리기관인 경우 기술개발사업으로 발생된 지적재산권, 유형적 발생품 중 정부출연금 지분은 기술료를 납부하기 전까지는 정부 소유로 함. 청구법인의 경우 기술료 납부가 완료되지 않은 상태이므로 기술개발과제 성과에 대한 소유권을 주장할 수 없음 (나) 질의 2. 협약서 제9조(지적재산권 및 발생품의 귀속 등)에 대한 답변

• 질의 1과 동일함

• 정부출연금 지분이라 함은 기술개발에 소요된 총사업비 중 정부출연금의 비율을 의미함 (다) 질의 3. 협약서 제10조(기술료의 징수 및 감면)

• ①항에서 “50%이상”이라 함은 을이 실시기업으로부터 징수하는 것이고, ②항에서 “50%”라 함은 을이 실시기업으로부터 징수한 기술료를 갑에게 납부하는 것임. 즉, 을은 실시기업으로부터 정부출연금의 80%를 징수하여도 갑에게는 정부출연금의 50%만 납부하면 됨. 나머지는 을의 연구비 또는 연구원의 인센티브 등으로 사용할 수 있음

(3) ○○이 2003. 8.19. 청구법인에 통보한 최종평가결과 통보의 내용을 보면 다음과 같이 회신하고 있음을 알 수 있다. (가) 과제명: 화재 진압용 비활성가스 제너레이터 개발 (나) 평가결과: 성공

(4) 청구법인이 제출한 2001 사업연도의 국고보조금 계정원장을 보면 청구법인은 2001.12.31. ○○으로부터 연구개발비인 쟁점금액을 수령하여 다음과 같이 회계처리한 사실을 알 수 있다. (차변) 보통예금 1,050,000,000원 / (대변) 국고보조금 1,050,000,000원 (자본조정)

(5) 청구법인이 제출한 2002 사업연도의 국고보조금 계정원장을 보면 청구법인은 2002.12.31. 쟁점금액을 다음과 같이 회계처리한 사실을 알 수 있다. (차변) 국고보조금 1,050,000,000원 / (대변) 국고보조금 1,050,000,000원 (자본조정) (자산의 차감)

(6) 청구법인이 2005. 8.11. 우리 청에 보정자료로 제출한 2002 사업연도의 연구개발비 계정원장을 보면 청구법인은 다음과 같이 2002 사업연도에 민군겸용기술개발과제협약과 관련하여 총 1,550,979,021원을 자산계정인 연구개발비로 계상한 사실을 알 수 있다. (원) 구분 금액 구분 금액 구분 금액 1월 368,593,628 5월 92,911,200 9월 178,599,867 2월 52,741,907 6월 73,683,600 10월 57,540,280 3월 46,245,966 7월 136,898,502 11월 42,948,827 4월 57,243,158 8월 425,742,086 12월 17,830,000

(7) 청구법인이 2005. 8.11. 우리 청에 보정자료로 제출한 내용 중 ○○회계법인이 청구법인의 민군겸용기술개발사업인 “화재 진압용 비활성가스제너레이터 개발”과 관련한 연구개발비 사용실적에 대한 감사를 실시하고 2003. 1.16. 작성한 감사보고서에 의하면 청구법인은 연구개발비 집행기준에 준거하여 적정하게 집행한 사실을 알 수 있고, 또한 동 감사보고서에 첨부된 연구개발비 사용실적명세서를 보면 청구법인은 2001.12. 1.부터 2002.11.30.까지 다음과 같이 연구개발비를 집행한 사실을 알 수 있다. (천원) 비목 예산 집행액 집행잔액 현금(A) 현물(B) 현금(C) 현물(D) 현금 (A-C) 현물 (B-D) 인건비 225,000 225,877 △877 직접연구비 941,960 1,022,230 △80,270 간접연구비 32,352 34,818 △2,466 위탁개발사업비 300,688 294,091 6,597 합계 1,275,000 225,000 1,351,139 225,877 △76,139 △877

(8) ○○이 2005. 5. 4. 처분청에 통보한 민군겸용기술개발과제협약 관련 질의에 대한 회신의 내용을 보면 협약서 제10조에서 말하는 기술료라 함은 기술개발사업의 성과를 실시하는 권리를 획득하는 대가로 실시권자가 기술개발사업 성과의 소유권자에게 지급하는 금액이므로 환수의 의미보다는 로얄티 성격으로 보는 것이 타당함이라고 회신하고 있다.

(9) 청구법인이 2005. 8.11. 우리 청에 보정자료로 제출한 회신 내용을 보면 과제성공 후 기술료 외에 반환한 금액이 있는 경우 관련 입증서류를 제출하라는 보정사항에 대하여 쟁점금액 중 반환된 금액이 없음을 확인합니다.라고 회신하고 있음을 알 수 있다.

• 라. 판단

○ 쟁점 1에 대하여 청구법인은 과제성공 판정을 받은 후 매출액이 발생하여 쟁점금액의 50%에 해당하는 기술료 납부를 완료했을 때에는 기술개발사업으로 발생된 지적재산권, 유형적 발생품에 대한 소유권을 청구법인이 주장할 수 있어 동 시점에서 순자산이 증가하였다고 볼 수 있고, 또한 권리가 확정되었다고 할 수 있으므로 쟁점금액의 익금산입 시기를 기술개발 사업의 성공여부가 확정되는 날이 속한 2003 사업연도로 결정한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 법인세법 제40조 제1항 의 규정에 의하여 쟁점금액의 익금산입시기는 권리가 확정된 날이 속하는 사업연도에 익금산입하는 것으로, 청구법인이 기술료를 완납함에 따라 동 기술개발에 따른 지적재산권․유형적 발생품에 대한 소유권을 취득하는 시기와 관계없이, 쟁점금액에 대한 연구결과의 최종 평가내용에 따라 쟁점금액이 상환의무가 없는 특별이익이 되는지 아니면 상환의무가 있는 부채금액이 되는지 여부가 확정되는 것이므로 처분청이 동 기술개발 사업의 성공여부가 확정되는 2003 사업연도에 쟁점금액을 익금산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

○ 쟁점 2에 대하여 청구법인은 기술개발로 발생한 지적재산권 및 유형적 발생품 등이 일단 국가에 귀속되고, 또한 향후 기술료를 완납한 시점에서 쟁점금액은 기술료 납부금액 845,455,000원(응용연구단계 1차 연도 70,688,000원 이상, 응용연구단계 2차 연도 249,769,000원 이상, 시험개발단계 525,000,000원 이상)과 이미 2003년도에 반환한 금액 6,762,000원과 익금대상금액 197,783,000원으로 구성되어 기술료를 완납한 시점에서 익금산입 대상금액은 기술료 납부금액과 반환금액을 제외한 197,783, 000원이므로 처분청이 쟁점금액 전액을 익금산입한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, (가) 청구법인과 ○○이 체결한 민군겸용기술개발과제 협약서 제10조의 규정에 의하면 동 기술료는 쟁점금액의 일부를 상환하는 부채 성질의 금액이 아니라 쟁점금액으로 수행한 연구 결과 취득한 지적재산권을 사용한 대가로 보아야 하고 (나) ○○이 처분청에 회신한 내용에 의하면 동 기술료는 기술개발사업의 성과를 실시하는 권리를 획득하는 대가로 실시권자가 기술개발사업 성과의 소유권자에게 지급하는 금액이므로 환수의 의미보다는 로얄티 성격으로 보는 것이 타당하다고 해석하고 있고 (다) 청구법인이 과제성공 후 쟁점금액 중 상환의무가 있어 반환한 금액이 전혀 없고, 또한 동 기술개발에 따른 지적재산권․유형적 발생품에 대한 소유권을 취득하기 위하여 기술료로 납부한 금액이 전혀 없는 것으로 확인되고 (라) 청구법인이 쟁점금액을 수령한 2001 사업연도에 보통예금으로 자산처리 하였다가 2002 사업연도 말에 자산의 차감항목으로 대체 차감하였고, 또한 2002 사업연도 기간에 민군겸용기술개발과제협약과 관련하여 총 1,550,979,021원을 자산계정인 연구개발비로 계상하여 추후 연구개발비의 상각에 의한 손금산입이 가능한 점에 비추어 보아 처분청이 쟁점금액 전액을 익금산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.