부가가치세 공통매입세액 정산과 안분계산 적정 여부

1. ○○문화관, 제2기숙사, 교육연구동(이하“쟁점건축물”이라 한다)의 신축과 관련하여 부가가치세를 신고한 ’03년 2기분과 ’04년 1기분의 매입세액을 총공통매입세액으로 하고, 쟁점건축물의 화장실 및 복도의 면적은 각층의 부속건물로 보아 해당 층의 과․면세사용면적비율로 우선 안분하고, 계단면적은 실질 이용상황을 고려하여, 제2기숙사 매점 및 식당, ○○병원 매점의 경우에는 임대사업장이 위치한 층의 과․면세사용면적비율로 안분하고, ○○문화관 4층에 위치한 레스토랑과 까페, 교육연구동에 위치한 비만센타(지하2층), 운동처방센타(지하2층), 뷰티센타(지하1층), 까페(1층), 매점(1층), 요가명상수련원(2층)의 경우에는 전 층의 과․면세사용면적비율로 안분한 후의 확정사용면적기준(부가가치세법 시행령 제61조의2 제2호)으로 공통매입세액의 정산하여 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 교육사업, ○○병원의 의료사업과 학생들의 복지시설 운영을 위한 임대사업(과세사업)을 영위하는 비영리 학교법인으로서, 2003. 2기 및 2004. 1기분 부가가치세 신고 시 쟁점건축물 신축과 관련하여 당해 과세기간에 수취한 매입 세금계산서에 대한 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 후 공통매입세액의 정산에 의하여 ’99. 2기부터 ’04. 1기까지 수취한 매입세금서 전체에 대한 매입세액을 재계산하여 2005.01.24. 경정청구(경정청구세액: 265,489,350원[2003. 2기분], 334,807,988원[2004. 1기분])하였으나 처분청은 2005.03.21. 청구법인의 경정청구를 거부통지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.05.23. 이 건 이의신청을 제기하였다.

(1) 청구법인은 2003. 2기 및 2004. 1기분 부가가치세신고서를 신고기한 내 제출하였고, 다만, 공통매입세액의 정산 시 총공통매입세액은 건축초기부터 최종 완료시까지의 모든 공통매입세액이므로 2003. 1기 이전분도 포함한 것이고,

(2) 청구법인은 1999.02.19. 사업자등록을 완료하였고, 쟁점건축물에 대한 매입세금계산서를 청구법인 명의로 세금계산서를 수취하였으므로 사업자등록전매입세액에 해당하지 않으며, ○○대학교 ○○캠퍼스(000-00-00000)가 본점법인으로 잘못 사업자등록 신청한 것이 매입세액공제에 미치는 영향이 없으며,

(3) 건축초기에는 일부 매점 등의 임대만 계획하였으나 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 사용면적을 기준으로 공통매입세액을 정산하여 경정청구를 한 것이며,

(4) 처분청은 학생복지시설을 사업자에게 무상으로 사용하게 하고 받은 발전기부금에 대하여 임대수입금액으로 보아 부가가치세 등을 추징되기도 한 청구법인의 임대용역은 면세사업인 교육용역의 부수용역이 아니다.

(1) ’99년 2기~’03년 1기분은 부가가치세 과세표준을 신고한 사실이 없으므로 경정청구권이 없고, 부가가치세신고를 하지 않아 매입세액 안분계산을 하지 않은 ’99년 2기~’03년 1기분은 공통매입세액 정산대상이 될 수 없으며,

(2) 청구법인은 2003.06.23. 부가가치세 과세사업인 임대업을 추가하여 과세사업자로 정정하였는바, 2003.06.23. 이전에 수취한 매입세액은 사업자등록전매입세액에 해당되고, 또한 ○○대학교 ○○캠퍼스(000-00-00000)는 별도의 본점법인으로, 당해 건물의 신축과 관련한 매입세액은 사업자등록전매입세액에 해당하며,

(3) 청구법인이 매입세액을 안분계산하지 않고 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 후, 공통매입세액을 정산할 수 없는 것이며, 또한 안분계산의 방법으로는 당해 과세기간의 과세사업 수입금액과 면세사업(교육용역) 수입금액으로 안분계산 하여야 하며,

(4) ○○문화관 및 제2기숙사의 식당 및 매점의 임대용역은 ○○지역 외의 학생을 유치하기 위하여 부득이 기숙사와 식당, 매점을 운영하는 것으로 현지 확인한 바에 따르면 청구 외 (주)○○외식에게 기숙사 식당 등 1,094평에 대한 임대료로 13, 200,000원을 수령하며, 생활관 식당운영에 관한 협약서 작성 및 공동관리되는 점등으로 보아 교육용역의 부수용역으로 보아야 하며, 무상발전기부금과 식당 등의 임대용역은 별개의 사안으로 직접적인 인과관계가 성립된다고 보기 어렵다.

• 가. 쟁점

(1) 경정청구의 적법성 및 과세기간의 적정 여부

(2) 사업자 등록 전 매입세액 해당 여부

(3) 공통매입세액 정산과 안분계산 적정 여부

(4) 면세사업(교육용역)에 필수적으로 부수되는 용역 해당 여부

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. [개정 2000․12․29]

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. [개정 92․12․31, 95․12․30]

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행령 제61조의2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액＝ 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 {총공통매입세액×(1－─────────────────)－기공제세액} 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액＝ 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 {총공통매입세액×(1－─────────────────)－기공제세액} 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적

• 다. 사실관계

(1) 경정청구 대상인 쟁점건축물중 ○○문화관(1개 동)과 제2기숙사(A동, B동, C동)는 ○○동 ○○대학교내에 소재하며, 교육연구동(A동, B동, A동은 ○○대학교○○캠퍼스와 ○○대학교 ○○아카데미아학교기업으로, B동은 ○○대학교부속○○병원으로 사용되고 있음)은 ○○동에 소재하고 있으며, 과세사업에 사용하는 부분으로는 ○○문화관에 레스토랑(4층)과 까페(4층), 제2기숙사에 매점(A동 1층)과 식당(B동 1층, 2층), 교육연구동에 비만센타(A동 지하2층), 운동처방센타(A동 지하2층), 뷰티센타(A동 지하1층), 까페(A동 1층), 매점(A동 1층), 요가명상수련원(A동 2층), 매점(B동 1층)이 있다.

(2) 현재 청구법인의 본점법인은 (학)○○학원이며, (학)○○학원의 지점법인은 임대사업(○○빌딩)과 교육사업(○○대학교), 의료사업(○○대학교부속 ○○병원 및 병원)을 운영하며 각각 사업자등록되어 있으며, ○○대학교는 교육사업과 의료사업 및 학생들의 복지시설 운영을 위한 임대사업을 하고 있으며 이에 대하여는 ○○대학교에서 (학)○○학원과는 별도의 독립된 회계처리를 하고 있다.

(3) 청구법인은 ’99년 2기～’03년 1기분은 부가가치세 과세표준을 신고한 사실이 없고, ’03년 2기와 ’04년 1기에 해당하는 부분만 부가가치세 신고를 하였으나 ’99년 2기～’04년 1기에 걸쳐 공사가 이루어진 쟁점건축물의 총공사에 따른 전체 매입세액을 총공통매입세액에 포함하여 공통매입세액 정산의 방법으로 부가가치세법 시행령 제61조의2 [공동매입세액의 정산]의 2호 산식(과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 사용면적을 기준)을 적용하여 경정청구 하였다.

(4) 사업자등록 및 정정사항으로 청구법인인 ○○대학교(000-00-00000)는 2002. 07.15. 본지점구분을 본점사업자에서 지점사업자로, 2003.06.23. 임대업을 추가하여 과세사업자로 사업자등록을 정정하였고, ○○대학교 ○○캠퍼스(000-00- 00000, 업종: 서비스/피부비만, 요가, 휘트니스클럽)는 2004.06.22. 법인명을 ○○대학교로, 본지점구분을 본점사업자로 사업자등록한 이후, 2005.05.26. 법인명을 ○○대학교 ○○아카데미아학교기업으로, 본지점구분을 지점사업자로 정정하였고, ○○대학교부속○○병원(000-00-00000)은 2004.08.16. 사업자등록 하였다.

(5) 별도의 임대사업체인 ○○빌딩의 신고분을 제외한 학생회관, 인문회관, 한의학관, 도서관, 등 기존건물에서 발생된 수입임대료(공급가액)는 2003. 2기분 59,051, 210원, 2004. 1기분 65,851,540원이며, 임대료 외 과세사업수입금액(공급가액)은 2003. 2기분 1,217,092원, 2004. 1기분 4,886,848원이며, 면세사업수입금액(등록금 및 ○○병원과 ○○병원(각각 ○○, ○○, ○○에 소재함)의 병원진료비)은 2003. 2기분 35,951,741,767원, 2004. 1기분 40,458,814,702원으로 확인된다.

(6) 신축된 쟁점건축물의 과세(임대료)수입금액은 제2기숙사의 구내식당과 매점 등에서 2004년 1기에 6,933,333원이며 면세수입금액은 없는 것으로 확인된다.

• 라. 판단

○ 쟁점①에 대하여, 매입세액의 안분계산은 매입세액으로 공제 가능한 요건을 구비하여야 하는 것이어야 하며, 공통매입세액의 정산은 당초 매입세액을 안분계산한 후 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고 하는 것으로 매입세액 안분계산한 사실을 전제하는 것인데, 청구법인은 2003.06.23. 임대업을 추가하여 과세사업자로 사업자등록을 정정하여, ’99. 2기~’03. 1기 과세사업자 등록 시 까지는 과세사업자가 아니므로 매입세액이 공제되지 않으며, 청구법인이 ’99년 2기~’03년 1기분 부가가치세를 신고하지 아니하였음에도, 동 기간의 매입세액을 총공통매입세액에 포함하여 공통매입세액의 정산을 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려우며,

○ 쟁점②에 대하여,

○○문화관과 제2기숙사 건물신축에 관한 매입세액은 과세사업자등록일인 2003. 06.23.로부터 20일 이전의 매입세액은 사업자등록전매입세액에 해당하여 청구주장은 받아들이기 어려우며, 교육연구동 건물신축에 관한 매입세액은 별도의 회계업무를 하는 본교에서 세금계산서를 수취하였으므로 사업자등록 전 매입세액에 해당에 해당하지 않는다는 청구인의 주장은 이유 있다고 판단되며,

○ 쟁점③에 대하여, 과세수입금액 및 면세수입금액이 쟁점건축물에서 발생하지 않고 다른 건물에서 발생한 수입금액이고, 더욱이 면세수입금액은 ○○대학교에서 발생된 등록금뿐만 아니라 ○○대학교부속○○병원(○○, ○○, ○○에 소재)과 ○○병원(○○, ○○, ○○에 소재)의 병원진료비로서, 수입금액발생의 관점에서 쟁점건축물과 의 관련성을 찾기 어려워, 쟁점건축물에 대한 매입세액에 대하여 공급가액을 기준(부가가치세법 시행령 제61조

①)으로 하는 안분계산방법보다 예정사용면적을 기준(부가가치세법 시행령 제61조

④ 제4호)으로 하는 안분계산방법과 확정사용면적기준(부가가치세법 시행령 제61조의2 제2호)으로 하는 공통매입세액의 정산방법이 쟁점건축물별 이용 상황을 감안한 실지 귀속의 관점에서 보다 관련성이 있는 것으로 보여 지어 청구인의 주장은 이유 있다고 판단되며 예외규정이라고 보고 있고(심사부가98-414, 1998.09.18.), 쟁점건축물의 과․면세사업사용면적은 경정청구서 및 보정서류의 면적과 같고(과세사용면적: 756.02㎡, 면세사용면적: 4,933.42㎡), 공용면적을 보면 청구법인은 쟁점건축물 각 층의 계단, 화장실, 복도 전부를 공용면적(2,973.22㎡)으로 보았으나 화장실 및 복도의 면적은 각층의 부속건물로 보아 해당 층의 과․면세사용면적비율로 우선 안분하고, 계단면적은 실질 이용 상황을 고려하여, 제2기숙사 매점 및 식당, ○○병원 매점의 경우에는 임대사업장이 위치한 층의 과․면세사용면적비율로 안분하고, ○○문화관 4층에 위치한 레스토랑과 까페, 교육연구동에 위치한 비만센타(지하2층), 운동처방센타(지하2층), 뷰티센타(지하1층), 까페(1층), 매점(1층), 요가명상수련원(2층)의 경우에는 전 층의 과․면세사용면적비율로 안분한 후의 확정사용면적기준(부가가치세법 시행령 제61조의2 제2호)으로 공통매입세액의 정산하여야 할 것으로 판단되며(국심97서1148, 1998.04.03.),

○ 쟁점④에 대하여, 청구법인은 2003.06.23. 임대업을 추가하여 과세사업자로 사업자등록을 정정하였을 뿐만 아니라, 학생복지시설을 임대하고 사업자에게 받은 수입임대료에 대하여 부가가치세를 신고․납부하였으므로 청구인의 주장은 이유 있다고 판단된다.

이상과 같이 살펴볼 때, 이 건 이의신청은 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.