타 연구소에 파견한 연구원의 인건비가 연구ㆍ인력개발비세액공제대상인지 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 1998년도부터 2002년도 귀속분에 대한 법인세과세표준 및 세액 신고 시 조세특례제한법 제10조 (구 조세감면규제법 제9조)의 규정에 의한 연구ㆍ인력 개발비에 대한 세액공제(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제) 총 423,119,469원(1998년64,717,216원, 1999년 68,930,149원, 2000년 114,605,748원, 2001년 90,469, 131원, 2002년 84,397,225원)을 공제받았으나, 처분청은 청구인이 (재)○○연구소에 파견된 창구인 소속 연구원에게 지급한 인건비상당액(이하 “쟁점 인건비”라 한다) 총 1,248,615,530원(1998년 189,029,970원, 1999년 265,534,330원, 2000년 260,704,690원, 2001년 254,448,540원, 2002년 278,898,000원)이 세액공제대상에 해당하지 않는다고 하여 쟁점 인건비 지급에 대한 세액공제를 배제하고 2003. 10.5. 법인세 총 294,129,220원(1998년 44,451,340원, 1999년 65,381,660원, 20 01년 139,083,620원, 2002년 45,212,600원)을 결정 고지하였다.

• 가. 공동기술개발 여부 청구인은 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 있는 비용은 조세특례제한법시행령 별표 6에서 규정하고 있으며, 청구인이 1998년부터 2002년까지 (재)○○연구소에 지급한 비용은

1. 계약서의 연구원편성표에 (재)○○연구원과 청구인 소속 연구원이 공동으로 기재되어 있고

2. 계약내용대로 공동기술개발을 수행하기 위해 (재)○○연구소에 연구인력ㆍ기술 ㆍ시험장비 등을 제공하고, 청구인은 연구비지원과 청구인 소속 연구원을 (재)○○연구소에 파견하여 상시근무 하도록 하였고

3. 특허증 등록사항 중 발명자의 이름에 (재)○○연구소의 연구원과 청구인 소속 연구원이 공동으로 등재되어 있으므로 공동기술개발에 해당한다고 주장하고 있다.

• 나. 세액공제대상 여부 청구인이 청구인 소속 연구원에게 지급한 쟁점 인건비 총 1,248,615,530원은 (재)○○연구소와 공동기술개발을 수행하기 위하여 지출한 비용으로서 청구인이 과학기술부장관에 신고 된 연구전담부서가 없더라도 이는 공동기술개발을 수행하기 위해 청구인이 청구인 소속 연구원에게 지출한 인건비를 포함하는 것으로 처분청이 쟁점 인건비에 대하여 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의한 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 배제한 당초 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

처분청은 청구인이 법인세 서면분석 검토결과 안내기간인 2003. 7.10.까지 기업 부설연구소 및 연구개발전담부서의 설립을 (사)○○기술진흥협회에 신고한 사실이 없으며, 청구인이 청구인 소속 연구원에게 지급한 쟁점 인건비가 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 비용에 해당하지 않음을 통보하자 청구인은 쟁점 인건비가 조세특례제한법시행령 제9조 제2항 관련 별표6의 제1호 가목에 기재된 자체기술개발비가 아닌 별표6의 제1호 나목 제1항의 다. 정부출연 연구기관에 해당하는 (재)○○연구소에 파견되어 공동기술개발을 수행한 것으로 주장한 바,

1. 청구인은 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 설립요건을 갖추지 못하였고

2. 청구인외 (재)○○연구소장이 맺은 계약서의 내용을 보면 청구인은 위탁자의 지위에서 (재)○○연구소에 위탁연구비를 지급하고 연구위탁에 대한 대가를 수령한 (재)○○연구소는 수탁자의 지위에서 연구계약이 이루어진 것이고

3. 청구인이 청구인 소속 연구원을 (재)○○연구소에 파견한 이후 공동기술개발 수행에 대한 당초 계약내용, 파견된 연구원이 연구한 과제물의 내용, 연구결과물의 객관적인 자료제시가 없고

4. 기업 내의 연구개발전담부서의 연구요원이 다른 기업에서 연구업무를 수행하는 경우 연구개발전담부서에서 근무하는 자로 볼 수 없는 예규에 비추어 쟁점 인건비는 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제대상이 아니므로 이를 배제한 당초 처분은 정당하다고 주장하고 있다.

청구인이 (재)○○연구소에 파견한 청구인 소속 연구원에게 지급한 쟁점 인건비가 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제대상인지 아닌지 여부

○ 조세감면규제법 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】(법률 제5493호로 개정된 것)

① 제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하“기술ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다.(1996.12.30. 개정)

○ 조세감면규제법시행령 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제(1997.12. 31. 대통령령 제15562호로 개정된 것)

② 법 제9조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표4의 비용을 말한다.

○ 조세감면규제법시행령 제7조 【기술 ㆍ인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위 】(199. 4.14. 총리령 제628호로 개정된 것)

① 영 별표 3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비 란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

② 영 별표 3의 13. 중소기업의 품질보증체제 인증획득 지원 란 및 영 별표 4의1. 기술개발 란 자목에서 “총리령이 정하는 것”이라 함은 중소기업이 신규로 품질보증체제인증을 획득하기 위하여 품질경영촉진법 제25조의 규정에 의하여 지출한 비용을 말한다.

○ 조세특례제한법 제10조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정된 것)

① 제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. (1996.12.30. 개정)

○ 조세특례제한법시행령 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】(1998.12. 31. 대통령령 제15976호로 개정된 것)

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표6의 비용을 말한다.

○ 조세특례제한법시행규칙 제7조 【기술 ㆍ인력개발비의 범위】(1999. 4.26. 재정경제부령 제76호로 개정된 것)

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

○ 조세특례제한법시행규칙 제6조 【기술개발준비금의 사용기준】

① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 기업의 연구기관 전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부 장관에게 신고한 기업의 연구개발 전담부서(이하“전담부서”라 한다)를 말한다.

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 ①에서 “전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것)

① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하“연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다.

○ 조세특례제한법시행령 제9조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】(2000.12. 29. 대통령령 제17034호로 개정된 것)

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

○ 조세특례제한법시행규칙 제7조 【기술 ㆍ인력개발비 범위】(2001. 3.28. 재정경제부령 제184호로 개정된 것)

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

○ 조세특례제한법시행규칙 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】

① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 기업의 연구 개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입 기술의 소화개량비란 가목①에서 “전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자 (주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

• 가. 사실관계

1. 청구인이 1998년부터 2002년까지 (재)○○연구소에 연구과제를 위탁하고 연구비로 지급한 비용은 청구인과 (재)○○연구소 연구원의 공동기술 개발에 해당한다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴보면

• 가) 청구인은 연구소의 부지매입비, 건축비, 고가의 장비수입비용 등 경제적인 여건이 충족되지 않아 자체연구소를 갖추고 있지 못하여 각 계약건별로 연구계획서에 제시된 내용과 범위의 연구를 (재)○○연구소에 위탁하였으며
• 나) 청구인이 본 청구와 관련하여 제출한 청구인과 (재)○○연구소와 맺은 계약서 11건의 내용을 보면 청구인이 각 계약 건별로 연구계약서에 제시된 내용과 범위의 연구를 (재)○○연구소에 위탁하고 (재)○○연구소는 이를 수락하는 것으로 표기되어 있고
• 다) 각 계약 건별로 작성된 연구계획서에는 기술개발의 필요성, 연구개발 목표 및 내용, 추진전략 및 방법, 연구책임자, 연구추진계획, 연구개발비소요명세서에 대하여 기술하고 이와 더불어 연구원편성표에 (재)○○연구소와 청구인 소속 연구원이 표기되어 있으며
• 라) 본 청구에 대한 심리종결시점까지 청구인이 주장하는 청구인 소속 연구원이 연구한 과제물의 내용, 연구결과물 등의 객관적인 자료 제시가 없다.

2. 청구인이 본 청구와 관련하여 제출한(사)○○기술진흥협회장이 2003. 8.20. 청구인에게 통보한 『기업부설연구소/연구개발전담부서 인정ㆍ확인서수령 통보』공문 (문서번호: ○○ 2003-03호0과 (사)○○기술진흥협회장이 발급한 기업부설연구소인정서(발급번호: 제200300호)에 의하면 청구인은 2003. 8.18. 기술개발촉진법 제16조 및 동법시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정된 사실이 있다.

• 나. 판단

1. (사)○○기술진흥협회는 기술개발촉진법 제16조 와 동법 시행령 제28조 제1항의 규정에 의거하여 기업부설연구소와 연구개발전담부서 설립 신고 제도를 1994년 2월부터 과학기술부로부터 이관 받아 수행하고 있는 바, 이는 일정요건을 갖춘 기업부설연구소와 연구개발전담부서를 신고케 함으로써 각종 조세지원, 자금지원, 병역특례 등의 혜택을 부여하고 기업의 기술개발을 적극적으로 촉진ㆍ유도하는 동시에 이들 연구조직을 효율적으로 육성ㆍ지원하기 위한 것으로 설립신고요건을 보면 인적요건으로 연구소의 유형에 따라 연구전담요원수와 연구전담요원의 자격을 강제하면서 연구전담요원, 연구보조원, 연구관리직원은 연구소 내에 상주 근무하도록 되어 있으며, 물적 요건으로 연구개발활동을 수행에 나가는데 있어서 필수적인 독립된 연구시설을 보유할 것을 강제하고 있다.

2. 청구인이 (재)○○연구소에 파견한 청구인 소속 연구원에게 지급한 쟁점 인건비가 공동기술개발을 수행함에 따른 비용에 해당하는지의 여부에 대하여 관련 예규(법인 46012-68. 2000.11.11.)는 『 조세특례제한법시행령 별표 6의 1. 기술개발란 나목 제1항의 “공동기술개발을 수행함에 따른 비용”이라 함은 동 별표 6의 1. 가목의 자체기술개발에 지출된 각 항의 금액과 나목의 ㉮ 내지 ㉴의 기관에 지출한 비용을 말하는 것』으로 되어 있으며, 별표6의 1. 가목의 자체기술개발에 지출된 각 항의 금액에는 ① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비가 명시되어 있는 자 재정경제부령이 정하는 자에 대하여는 기술개발촉진법시행규칙 제7조 제8조에 의거 과학기술부장관에 신고한 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구원으로 (사)○○기술진흥협회장이 교부한 인증서에 의해 확인된 이후 지출된 인건비에 대하여 세액공제대상으로 인정하고 있으며 이는 기업의 기술개발을 적극적으로 촉진ㆍ유도하는 동시에 이들 연구조직을 효율적으로 육성ㆍ지원하기 위한 것임을 알 수 있다. 따라서 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 설립요건을 갖추지 못한 청구인이 청구인 소속 연구원에게 지급한 인건비를 정부출연 연구기관인 (재)○○연구소의 연구원과 공동기술개발을 수행함에 따른 비용이라고 주장하는 것은 각종 조세지원 및 자금지원 등을 통하여 기업의 기술개발을 적극 촉진하고 연구조직을 육성시키려는 제도에 반하는 것이며, 위 관련예규의 내용은 기업부설연구소 및 연구전담부서의 설립요건을 갖추고 과학기술부장관에게 신고 및 설립인증서를 교부받은 기업의 연구원이 기업 내의 연구소 또는 연구전담부서에 상주하면서 별표 6의 1. 기술개발이란 나목의 ㉮ 내지 ㉴의 기관과 공동기술개발을 할 경우 등 기관에 지출한 직접 비용과 연구원의 인건비 등이 포함된 자체연구개발비를 동시에 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제대상으로 인정해 준다는 취지라고 해석하는 것이 타당할 것이다.

3. 관련예규(서이 46012-11859, 2003.10.24.)는 『과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서의 연구요원이 다른 기업에서 연구업무를 수행하는 경우 연구개발전담부서에서 근무하는 자로 볼 수 없는 것』으로 되어 있는 바 청구인의 경우 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서없이 (재)○○연구원에 파견한 청구인 소속 연구원은 연구개발전담부서에서 근무하는 자로 볼 수 없는 것이 타당하고, 관련예규(법인 46012-509, 2001. 3. 8.)는 『 조세특례제한법시행령 별표 6의 구분1. 기술개발란 비용 나. 위탁 및 공동기술개발 ①의 ㉲ 국내외 기업의 연구기관 (과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서라 함은 그 전담부서 등의 소재지가 국내외의 여부에 관계없이 적용되는 것이고, 전담부서는 기술개발촉진법시행규칙 제5조 의 구정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서를 말하는 것』으로 되어 있어 연구개발전담부서의 설립요건을 갖추고 과학기술부장관((사)○○기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소 인정서를 인정받은 사실이 확인된다.) 이상의 내용을 종합하여 보면 청구인이 1998년도부터 2002년까지 (재)○○연구소에 파견한 청구인 소속 연구원에게 지급한 쟁점 인건비 1,248,615,530원은 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의하여 세액공제를 받을 수 있는 연구ㆍ인력개발비에 해당하지 않는다고 판단된다.

• 다. 결론 위와 같이 판단해 보건대 청구인의 주장은 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.