연구 및 인력개발비 세액공제 적정 여부 등

○○세무서장이 2003.10.15. 청구법인에게 한 1998년부터 2002년까지의 법인세 연구 및 인력개발비세액공제 배제금액 합계 231,734,752원의 부과처분 및 1999년 1기부터 2001년 1기까지 부가가치세 합계 43,230,995원의 부과처분은

1. 연구 및 인력개발비 세액공제 배제금액 중 119,168,077원 (1998년 12,574,145원, 1999년 19,267,287원, 2000년 9,157,646원, 2001년 12,633,283원, 2002년 6 5,535,716원)을 부과하지 아니하는 것으로 하여 경정하고

2. 부가가치세법 제22조 제5항 제2호 의 규정에 의한 납부불성실가산세는 이를 취소하며

3. 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 법인세 일반조사 시 연구 및 인력개발비 세액공제 금액 1,608,057,737원 중 1,453,743,957원을 부인하고 법인세 231,734,752원을 부과처분 <연구 및 인력개발비 세액공제 관련 처분 및 이의신청 내역> 구 분 1998년 1999년 2000년 2001년 2002년 합계 청구법인계상금액 333,843,670 387,379,671 223,241,245 211,634,462 451,958,689 1,608,057,737 처 분 청 공제부인 247,428,890 343,365,671 199,356,245 211,634,462 451,958,689 1,453,743,957 이의신청 금 액 53,369,610 78,013,111 41,701,490 68,417,462 222,676,189 464,177,862 공제배제세 액 37,114,333 51,504,850 29,903,437 31,745,169 81,466,963 231,734,752 이의신청세 액 12,574,145 19,267,287 9,157,646 12,633,283 65,535,716 119,168,077
• 나. 지점 사업장에 대하여 등록을 하지 않고 본점에서 일괄 신고ㆍ납부하여 부가가치세 43,230,995원을 부과처분 <임대사업장 연도별 부과처분 내역> 구 분 합 계 1998년 1999년 2000년 2001년 임대수입금액 51,842,511 10,333,249 22,933,862 16,045,719 2,529,682 미등록가산세 10,576,961 2,066,650 4,586,772 3,209,144 714,395 신고불성실가산세 5,184,251 1,033,325 2,293,386 1,604,572 252,968 납부불성실가산세 27,469,783 17,180,150 9,147,482 1,142,151 가산세계 43,230,995 3,099,975 24,060,308 13,961,198 2,109,514

• 가. 연구 및 인력개발비 세액공제 배제금액 중 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 관련 별표6의 제1호 사목의 규정은 연구개발 전담 부서의 설치를 승인 받는 것이 전제 조건이 아니고 고유상표 및 디자인개발을 위한 비용에는 디자인 개발을 담당하는 직원의 인건비 및 관련 비용도 당연히 포함되어야 하는 것으로 재경부(조예 46019-192, 2003. 9.30.)예규에서 해석하고 있으므로 인건비등 464,177,862원을 세액공제 배제하여 법인세 119,16 8,077원을 과세함은 부당하고
• 나. 임대사업장별로 사업자등록은 하지 않았지만 본점에서 합산 신고하였고, 부가가치세를 탈루하려는 의도가 없었다면 국세심판례(국심 96부 2254, 국심 2003서401, 국심 2003구 803)에서와 같이 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 부과하는 행정법적인 성격인 신고불성실가산세 5,184,251원 및 납부불성실 가산세 27, 469,783원을 과세함은 부당함.

• 가. 연구 및 인력개발비 세액공제대상비용은 연구개발 전담부서 설치를 전제로 한 것으로 청구법인은 연구개발 전담부서가 설치신고 되지 않았고, 기술 및 인력개발비 지출에 관한 명세서를 보면 자체 기술개발을 위한 비용이고 연구개발 전담부서가 과학기술처장관에게 설치 승인을 득한 경우에만 인정되고 국세청 예규 (서이 46012-11222, 2003. 6.27.)에서 공제 대상이 아니라고 해석하고 있으므로 당초 처분은 정당한 것임
• 나. 부가가치세법 제4조 제1항 에서 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 하며 신규사업자는 사업장마다 사업개시일 부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있고 청구법인은 지점법인으로 등록하거나 총괄납부승인신청을 한 사실이 없으며 본점에서 합산 신고 납부한 것은 임대 사업장에 대한 미등록 무신고를 한 것이므로 부가가치세법 제22조 제1항 및 동조 제5항의 가산세를 적용함은 당연한 것임

• 가. 연구 및 인력개발비 세액공제 적정 여부.
• 나. 부가가치세 신고ㆍ납부불성실 가산세 적용 여부

• 가. 쟁점 “가” 에 관한 법령

○ 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비” 라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용 받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.(2002.12.11. 개정)

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법(2002.12.11. 개정)

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2002.12.11. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용” 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. (2000.12.29. 개정) o 별표6 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용 받는 비용(제9조 제2항 관련)

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

• 사. 고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용

○ 서이 46012-11222(2003. 6.27.) 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 비용 중 같은 법 시행령 별표6의 구분 1. 기술개발란 사목에서 고유상표 및 고유디자인 개발을 위한 비용이라 함은 고유상표 등을 개발하는 데 직접 소요되는 비용을 말하는 것으로 제품의 고유상표 등 개발업무에 근무하는 자의 인건비는 해당하지 아니하는 것임

○ 조예 46019-192 (2003. 9.30.) 조세특례제한법시행령 제9조 제2항 과 관련한 별표6의 제1호 사목란의 고유상표(공동상표 포함) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용에는 고유상표의 개발과 관련이 있는 전문디자이너에 대한 위탁개발 용역비, 자체고용 디자이너의 인건비, 디자인 설계기기(CAD)등 관련설비의 임차료, 디자인설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료 및 시약류 구입비 등은 해당하는 것이나 초도금형의 매입비용은 해당하지 아니하는 것임

• 나. 쟁점 “나” 에 관한 법령

○ 부가가치세법 제4조 【납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다.

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제2항의 규정에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻어야 한다.(1995.12.29. 개정)

○ 부가가치세법 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일 부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

○ 부가가치세법 제18조 【예정신고와 납부】

① 사업자는 각 과세기간 중 다음에 규정하는 기간(이하 “예정신고기간” 이라 한다)의 종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하거나 개시하고자 하는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업개시일 또는 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 날로부터 그날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지의 한다. 제1기분 예정신고기간: 1월1일부터 3월 31일까지 제2기분 예정신고기간: 7월1일부터 9월30일까지

○ 부가가치세법 제19조 【확정신고와 납부】

① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

① 사업자는 제5조 1항에 규정하는 기한 내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일 부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고 기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

⑤ 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하진 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(생략)및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체금출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

○ 관련심 판례 국심부1085, 1998.12.26. 법인이 지점사업장을 사업자등록 않고 본점에서 신고ㆍ납부했어도 사업장별로 과세하므로 지점에서 매출한 분은 지점에 대해 과세하며 이 경우 공제할 매입세액은 없고 신고납부불성실 가산세 부과됨

○ 국심 2003서 401, 2003. 6.10. 부동산 임대용역에 대한 부가가치세를 수년간 타 사업장 관할세무서에 신고ㆍ납부한데 대해 부동산 소재지 관할세무서장이 경정하면서 사업자 미등록 가산세 및 신고불성실가산세를 부과함은 정당하고, 부가가치세법 제22조 제1항 제2호 의 규정에 의한 납부불성실 가산세는 취소한다.

• 가. 사실관계 및 판단

○ 쟁점 가에 대하여 본다. (가) 청구법인은 1998년부터 2002년까지 연구 및 인력개발비로 1,608,057,737 원을 지출하여 세액공제를 받았음이 확인된다. (나) 국세청 예규(서이 46012-11222, 2003. 6.27.)에서 “ 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 비용 중 같은 법 시행령 별표6의 구분 1. 기술개발란 사목에서 고유상표 및 고유디자인 개발을 위한 비용이라 함은 고유상표 등을 개발하는 데 직접 소요되는 비용을 말하는 것으로 제품의 고유상표 등 개발업무에 근무하는 자의 인건비는 해당하지 아니하는 것”으로 해석하였으나 (다) 재경부(조예 46019-192, 2003. 9.30.) 예규에서 기술개발 비용 중 고유상표 및 고유디자인 개발을 위한 비용에는 고유상표의 개발과 관련이 있는 전문 디자이너에 대한 위탁개발 용역비, 자체고용 디자이너의 인건비, 디자인 설계기기(CAD)등 관련설비의 임차료, 디자인 설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료 및 시약류 구입비 등은 기술개발 비용에 해당하는 것으로 달리 판단하고 있으므로 관련 비용이 고유상표 및 디자인 개발을 위한 비용인지를 살펴보면 이의신청한 금액 중 인건비 118,972,290원은 송○○, 권○○, 박○○, 박○○, 김○○의 인건비로 제품 인쇄박스 디자인개발 및 해외 홍보용 디자인관리 등을 업무내용으로 하고 있으므로 자체고용 디자이너의 인건비에 해당하고, 재료비 및 기타비용 345,205,572원 중 일부인 5건에 153,461,300원의 증빙 자료를 보정 요구하여 검토한 바 카다록디자인ㆍ샘플제작 등 고유상표 및 디자인개발에 사용되었음이 확인되므로 청구법인의 주장에 이유가 있다고 판단된다.

○ 쟁점 나에 대하여 본다. (가) 청구법인은 ○○시 ○○동 소재 1,2 공장 및 ○○동 사업장을 1998년 이전부터 임대하여 오다가 2001. 3.24. ○○세무서장에게 사업자등록을 신청하고, 부동산임대 수입금액에 대하여 본점에서 일괄로 신고ㆍ납부한 것이 신고서등에 의하여 확인된다. (나) 부가가치세법 제4조, 제5조, 제18조, 제19조 및 제22조에서 부동산 임대업을 영위하는 사업자는 등기부등본상의 부동산 소재지 관할세무서장에게 사업자등록을 하고 각 과세기간에 대한 부가가치세 예정신고 및 확정 신고를 하여야 하며, 사업자등록을 하지 아니하거나 예정신고 및 확정 신고를 이행하지 아니한 겨우 사업자미등록가산세와 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과한다고 규정하고 있다. (다) 부가가치세법 제22조 제5항 제2호 에서 사업자가 예정신고 또는 확정 신고에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 때에는 그 미달한 세액)에 납부기한의 다음 날부터 납세고지일까지의 기간에 1일 1만분의 5의 율을 적용한 이자율을 곱한 금액을 납부불성실가산세로 납부세액에 가산한다고 규정하고 있고, 이는 사업자가 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때 당해 납부하지 아니한 세액이나 미달하게 납부한 세액에 지연이자 상당액을 납부불성실가산세로 납부세액에 가산한다는 취지인 바, 청구법인이 쟁점부동산의 임대에 대하여 신고한 납부세액을 납부하지 아니하거나 당해 납부세액이 납부하여야 할 세액에 미달하지 아니한 사실에 다툼이 없는 이 건의 경우 청구법인에게 조세채권의 실현을 용이하게 하고 납세자의 성실한 납세의무의 이행을 담보하기 위한 행정법인 납부불성실 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (관련 심판례 국심 2003서401, 401. 2006. 6.10., 국심 2003구 803 2003. 6. 2. 참조)

이 건 이의신청은 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.