고유목적 사업에 직접사용 여부

처분청이 청구법인에게 2003.6.25 경정청구 거부통지 한 2002사업 연도 분 법인세 1,092,972,120원의 부과처분은 종업원의 주거용도로 3년 이상 사용한 아파트의 양도로 인한 자산매각수입은 법인세 과세소득에서 제외하여 경정하는 것으로 합니다.

청구법인이 2003. 3.31. 2002년 도분 법인세 과세표준을 4,092,489,348원으로 자진 신고한 후, 자산매각수입 및 원가를 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적 사업에 사용한 부동산이므로 과세대상 소득이 아니 것으로 하여 원천 납부한 1,092,972,120원을 환급하여 줄 것을 2003. 6.25. 경정 청구하였으나 법령 또는 정관에 규정된 고유목적 사업에 직접 사용한 부동산에 해당되지 않는 것으로 보아 당초 신고내용이 타당한 것으로 회신함.

청구법인은 국방과학연구소법에 의하여 국방에 필요한 과학기술의 조사연구 및 시험 제작 등을 담당하여 자주국방의 완수에 기여함을 목적으로 설립된 비영리공익법인으로 수익사업을 영위하지 않고 있으며, 매각한 부동산은 조사연구 및 행정지원을 전업으로 하고 있는 사원들의 아파트 및 업무용 토지로서 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하였던 부동산이므로 법인세법에서 정한 과세대상 소득이 아니므로 당초 신고 시 잘못 신고 납부한 법인세 1,092,972,120원을 환급하여 주어야 한다.

국세청예규에서 비영리법인 사원용 아파트를 양도함으로 인하여 발생한 수입에 대하여는 법인세가 과세된다고 해석하고 있으므로 당초 신고한 내용이 타당하다.

고유목적 사업에 직접사용 여부

• 가. 관계법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득 (1998.12.28. 개정)

2. 청산소득(1998.12.28. 개정)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득으로 한다. (1998.12.28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 󰡒대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 당해고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.(1998.12.31. 개정)

○ 재재산46014-280, 2001.11.20. 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 부목사 또는 전도사가 교회로부터 제공된 사택을 3년 이상 사용한 경우 당해 사택은 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호 에서 규정하는󰡒종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등 󰡓에 해당함.

○ 법인 46012-987, 1998. 4.22. 종교 법인이 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해 법인에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 성직자에게 사택으로 제공한 부동산은 법인세법시행령 제2조 제2항 의 규정에 의한 󰡒고유목적사업에 직접 사용한 고정자산󰡓및 조세감면규제법 제74조 제1항 제2호의 규정에 의한 󰡒고유목적사업에 직접 사용한 토지 등󰡓에 해당 되는 것임.

○ 법인 46012-128, 1994. 1.13. 학술연구단체인 비영리법인이 연구원 등의 사원용 아파트를 연구원 및 직원에게 양도하므로 인하여 발생한 수입에 대하여는 법인세법 제1조 제1항 제6호 의 규정에 의거 법인세가 과세되는 것임

○ 법인세제과 -197, 2003.12.10. 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 사용된 사택은 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되는 것임

• 나. 사실관계

(1) 청구법인이 2003.3.31일 2002사업연도 법인세 과세표준을 4,092,489,348원, 산출세액 1,092,972,123원, 기납부한 원천세액 1,685,456,610원, 환급세액 592,48 4,487원을 신고하였다.

(2) 청구법인은 2003. 6.25일 상기 (1)항의 2002사업연도 법인세 과세표준을 고정자산 처분일 현재3년 이상 계속하여 고유목적 사업에 직접 사용한 부동산으로 과세소득이 아닌 데 과세소득으로 신고하였다 하여 자산 매각수입 16,177,345,000원을 손금산입하고, 자산원가 7,992,366,304원을 익금 산입하여 과세표준 및 산출세액을 영(0)으로 하여 경정 청구하였다.

(3) 청구법인은 ○○구 ○○동 ○○번지 외 1필지 (히아에서는 󰡒쟁점1 부동산󰡓이라 한다)를 2002. 3. 8일 건설교통부에, ○○구 ○○동 ○○외7필지(이하에서는󰡒쟁점 2 부동산󰡓이라 한다)를 2002. 3.18일 ○○광역시에, ○○구 ○○동 ○○ 소재 사원용 아파트(이하에서는 󰡒쟁점 3 부동산󰡓이라 한다)를 2002. 4. 6일 ○○공제회에, ○○아파트 ○○동 ○○호(이하에서는 󰡒쟁점 4-1 부동산󰡓이라 한다)를 2002. 4.23일 구○○에게, 같은 아파트 ○○동 ○○호(이하에서는 󰡒쟁점 4-2 부동산󰡓이라 한다.)를 2002. 6.20일 ○○공사에 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호(이하에서는 󰡒쟁점 6 부동산󰡓이라 한다)를 2002. 8.16일 김○○ 에게 매도하였다.

• 다. 심리의견 상기 매각 부동산에 대하여 고유목적사업에 직접 사용여부를 살펴보면

(1) 쟁점 1,2 부동산은 1975 ~ 1976년에 취득하여 청구법인의 진입도로 등으로 사용하여 업무용토지임이 확인된다.

(2) 쟁점 3부동산 1975.12.20. 취득하여 사원용 아파트로 사용 후 매각하였다 주장하여 청구법인의 소택관리규정 및 관련공문을 검토한 바 입주대상이 󰡒연구소 직원으로서 부양가족이 있는 무주택세대주로 한다󰡓라고 규정하고 있고, 재경부 예규(재재산 46014-280, 2001.11.20.)및 국세청 예규(법인 46012-987, 1998. 4.22.)에서 사택으로 제공한 부동산은 법인세법시행령 제2조 제2항 의 규정에 의한 󰡒고유목적사업에 직접 사용한 고정자산󰡓에 해당되는 것으로 해석하고 있으므로 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 고정자산임이 확인된다.

(3) 쟁점 4-1, 4-2 부동산은 99. 1.19. 취득하여 사원용 아파트로 사용하였으나 3년 미만이므로 고유목적 사업에 직접사용 하였다 하더라도 과세대상 소득에 해당한다.

(4) 쟁점 5,6 부동산은 90.11월 및 95년 10월 취득하여 사원용 아파트 및 도로로 사용하였으므로 3년 이상 직접 고유목적에 사용한 고정자산임이 확인된다. 처분청이 인용한 국세청 예규(법인 46012-128 1994. 1.13.)는 사원용 아파트를 양도하는 경우 법인세법 제1조 제1항 제6호 의 규정에 의거 법인세가 과세되는 것으로 해석한 예규이나 법인세법 시행령 제2조 제2항 에서 󰡒당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.󰡓라고 규정하고 있고, 재경부예규(법인세제과-197. 2003.12.10.)에서 종업원의 주거용도로 사용된 사택은 고유목적 사업에 직접 사용한 부동산으로 해석하고 있으며, 국세청예규(법인 46012-10368. 2003. 12.19)에서도 󰡒종업원의 주거용도로 3년 이상 계속하여 사용하던 아파트를 양도하는 경우 당해 아파트는 연구소의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당한다󰡓 라고 해석하고 있으므로 청구법인의 주장을 인용하는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서, 청구법인의 주장에 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.