양도토지의 환지 해당 여부

본 이의신청은 청구인 주장이 일부 이유가 있고 처분청의 결정에 일부 잘못이 있으므로 일부 인용을 결정합니다.

○○지방국세청 법인납세과에서 공익법인 표본분석 시 청구법인의 1999사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고서와 동 부속서류를 검토한 결과 1999. 4.14. ○○구 ○○동 ○○번지 전 288㎡ 외 4필지 합계 5,883㎡를 ○○공사에 1,782,0 41,000원에 양도(취득가액 68,963,395원)하였으나 양도가 아닌 환지 처분으로 보아 법인세와 특별부가세를 무신고 하였음이 확인이 되어 공익법인 서면심리 검토 결과를 안내(법인 46220-10162, 2002. 4.15.)하였으나 소명자료를 제출하지 않고 수정신고 불이행하여 2002. 6.28. 수정신고 안내 불이행 법인에 대하여 고지할 것을 관할세무서에 통보(법인 46220-10304)하고 이에 처분청은 2002. 7.25. 법인세법 제99조, 같은 법 제102조, 같은 법 시행령 제144조에 의하여 법인세 323,707,4 20원 및 농어촌특별세 14,132,890원을 결정하여 고지하였다.

첫째, 청구법인은 청구법인의 의사와 관계없이 기타법률인 󰡒택지개발촉진법󰡓의 규정에 의하여 청구법인의 종전 토지에 갈음하여 다른 토지로 바꾸어 받았으므로 특별부가세의 과세대상이 아니다. 둘째, 택지개발사업의 사업인정고시일은 1995.11. 8. (○○광역시 고지 제1995-1 67호)건설부의 위임에 의하여 1998.4.10. 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정에 의하여 감면율은 50/100이다. 셋째, 이 건 토지의 취득가액이 분명하지 않으므로 법인세법 시행령 제141조 제1항 의 규정에 따라 취득가액을 환산하여야 한다는 주장이다.

• 가. 양도토지의 환지해당 여부에 대하여

(1) 청구법인은 청구법인의 의사와 관계없이 기타법률인 󰡒택지개발촉진법󰡓의 규정에 의하여 청구법인의 종전 토지에 갈음하여 다른 토지로 바꾸어 받았으므로 특별부가세의 과세대상이 아니라고 주장하고 있으나 소득세법 제88조 제2항 및 같은 법 시행령 제152 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니하는 환지처분이란 토지구획정리사업법, 농촌근대화촉진법 또는 기타법률에 근거하여 토지의 효율적인 이용과공공시설의 정비 등을 위하여 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 내의 토지 소유자 또는 이해관계자에게 종전의 토지에 갈음하여 그 구역 내의 다른 토지(특정부지 아님)로 바꾸어 주는 것이며,

(2) 이 건의 경우 택지개발촉진법에 의거 택지개발을 위해 협의 취득한 대가로 의료법인에게 지급할 보상비를 의료법인이 추가로 취득하는 특정부지(환지로 볼 수 없음)대금과 상계처리 하였는바, 이는 보상비를 현금 대신 현물로 받은 것으로서 교환으로 볼 수 있으나 환지 처분으로 볼 수 없으며 또한 택지개발촉진법에는 택지개발의 시행방법으로 협의취득 매매방식을 규정하는 외에 환지에 관하여 명문으로 규정하고 있지 않다. 따라서 쟁점 토지에 대하여 환지로 보지 않고 유상 양도로 보아 고지 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 나. 1998. 4.10. 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 감면율 50/100 해당여부

(1) 청구법인은 이 건 택지개발사업의 사업인정고시일은 1995.11. 8. 로 1998. 4.10. 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 감면율 50/100을 적용하여야 한다는 주장에 대해 살펴보면, 1998. 4. 9. 개정 전 조세감면규제법 제63조 【공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】에 의하면 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다는 규정이다.

(2) 이 건 쟁점토지 취득일 1985. 6. 8. ○○1지구 택지개발사업 사업인정고시일1995.11. 8. 양도일 1999. 4.14. 일로 조세특례제한법 제63조

1998. 4. 9. 개정 이전에 사업인정 고시된 지역으로 사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 확인되었음으로 공공사업용 토지 등에 대한 특별부가세 감면율을 50/100으로 적용하여야 하나 당초 처분 시 25/100으로 착오 적용하였기 경정감 결정함이 타당하므로 자체 직권 시정하여 법인특별부가세를 90,771,699원으로 감액 결정하였고, 추가 감면 분에 대한 농어촌특별세는 14,132,890원을 증액 결정하였다.

• 다. 토지의 취득가액이 불분명한지 여부

(1) 청구법인은 ○○공사로부터 󰡒○○종합병원󰡓의 부동산과 의료장비 등의 병원용 시설물을 포괄적으로 승계하면서, 자산별 취득가액을 알 수 없어 토지와 건물은 매매계약일의 시가표준액을 기준으로 토지 176,599,277원 건물 1,426,400,723원으로 안분하였고, 의료기기는 차관 $800,000의 매매계약일의 환율로 환산한 611,8 36,231원으로 계산ㆍ기장하여 토지 취득가액 176,599,277원은 분명한 가액이 아니므로 법인세법 시행령 제141조 제1항 의 규정에 따라 취득가액을 환산하여야 한다고 주장한다.

(2) 청구법인이 쟁점 토지를 1985. 6. 8. (취득일: 제1회 연부금납부일) ○○공사로부터 취득 시 부동산매매계약서에는 토지와 건물가액은 1,603,000,000원 특약사항으로 의료시설 공공차관 $800,000을 승계하는 조건으로 작성하였으므로 토지와 건물가액 1,603,000,000원을 시가표준액으로 계산하여 산정한 토지의 취득가액과 의료시설 공공차관 인수분 $800,000을 의료기기 취득가액으로 계산한 것은 불분명한 가액이라고 볼 수 없는 것이다.

(3) 또한 청구법인은 ○○공사로부터 󰡒○○종합법원󰡓을 취득하면서 회계처리 내역을 살펴보면 아래와 같이 회계처리하고, 자산 계상분인 건물과 의료기기에 대해 감가상각비를 비용 계상하여 왔으므로 쟁점 토지의 취득가액을 장부에 계상한 금액 176,599,277원으로 산정한 당초의 결정은 정당하다.

• 아 래 - 차 변 대 변 비고 1 토 지 176,599,277원 현금예금 160,300,000원 2 건 물 1,426,400,723원 미지급금 1,442,700,000원 소 계 1,603,000,000원 장기차입금 611,836,231원 3 의료기기 611,836,231원 합 계 2,214,836,231원 합 계 2,214,836,231원

(4) 따라서 청구법인 ○○공사에 양도한 쟁점토지는 환지가 아닌 유상양도에 해당되고, 취득가액 176,599,277원도 장부상 회계처리과정에서 확인되어 불분명한 가액이 아니므로 당초 처분이 정당하며, 다만, 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면율을 당초 25%에서 50%로 재계산하여 경정감 결정함이 타당하여 직권시정 하였다.

• 가. 양도토지의 환지 해당 여부
• 나. 당초 ○○공사로부터 토지와 건물을 일괄 취득하고 기준시가로 안분계산하여 장부상 계상한 금액이 사실상의 취득가액에 해당하는지 여부

○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】

① 제4조 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (이하생략)

② 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지 처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제152조 【환지 등의 정의】

① 법 제88조 제2항에서 “환지처분” 이라 함은 토지구획정리사업법에 의한 토지구획정리사업, 농어촌정비법에 의한 농업생산기반정비사업 기타 법률에 의하여 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 내의 토지소유자 또는 관계인에게 종존의 토지 대신에 그 구역 내의 다른 토지로 바꾸어 주는 것(사업시행에 따라 분할ㆍ합병 또는 교환하는 것을 포함한다) (1996.12.31. 개정)

② 법 제88조 제2항에서 “체비지” 라 함은 제1항의 규정에 의한 사업 시행자가 해당 법률에 의하여 사업구역 내의 토지소유자 또는 관계인에게 그 구역 내의 토지로 사업비용을 부담하게 하는 경우의 당해 토지(해당 법률의 규정에 의한 보류지를 포함한다)를 말한다.

○ 구 법인세법 제99조 【특별부가세의 과세표준】 (2001.12.31. 개정이전)

① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자 지분(이하 “토지 등” 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.(1998.12.28. 개정)

② 제1항에서 “양도” 라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (1998.12.28. 개정)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도 당시의 기준시가와 취득 당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. (1998.12.28. 개정)

1. 취득가액 (생략)

2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. (1998.12.28. 개정)

⑤ 법인이 토지 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액과 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (생략)

⑦ 제3항에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 토지 - 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가

2. 건물 - 제3호의 경우를 제외한 건물의 경우에는 대통령이 정하는 과세시가표준액에 의한 가액 (이하생략)

⑪ 합병ㆍ법인의 분할ㆍ조직변경 및 교환으로 인하여 소유권이 이전되거나 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지 처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 이월과세 또는 과세이연을 적용 받을 수 있다. (1998.12.28. 개정)

○ 구 법인세법시행령 제140조 【특별부가세의 과세표준 계산】 (2001.12.31. 개정이전)

① ~ ⑤ 생략

⑥ 법 제99조 제11항에서󰡒환지처분󰡓이라 함은 토지구획정리사업법 기타 법률에 의하여 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 안의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지에 갈음하여 그 구역 안의 다른 토지로 바꾸어 주는 것을 말하며, 사업시행으로 인한 분할ㆍ합병 또는 교환의 경우를 포함한다.(1998.12.31. 개정)

⑦ (이하생략)

○ 구 법인세법시행령 제141조 【기준시가의 산정】 (2001.12.31. 개정이전)

① 법 제99조 제4항에서 󰡒대통령령이 정하는 산식󰡓이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다 (1998.12.31. 개정)

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우 (1998.12.31. 개정) 취득 당시의 기준시가 양도가액 × ------------------ 양도 당시의 기준시가

② 법 제99조 제5항에서 󰡒대통령령이 정하는 방법󰡓이라 함은 각호의 방법을 말한다.(1998.12.31. 개정)

1. 기준시가가 있는 자산만을 취득하거나 양도한 경우에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 방법(이하생략)

⑤ 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득 당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 산식 중 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 산식 중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액으로 한다.(1998.12.31. 개정) 취득 당시의 시가표준액

1990. 1. 1. 개별공시지가 × ------------------------ 1990.8.30. 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 금액

○ 구 법인세법 제102조 【신고ㆍ납부ㆍ결정 및 징수】(2001.12.31. 개정이전) 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 토지 등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ신고ㆍ납부ㆍ결정 및 징수한다. (생략)

○ 구 조세특례제한법 제63조 【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】개정전 (1998. 4. 9.) - 1993.12.31. 법률 제4666호 개정

① 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하󰡒토지 등󰡓 이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 도시재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 도시재개발구역을 제외한다) 안의 토지 등을 동법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득

② (생략)

○ 구 조세특례제한법 제63조 【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】개정후 (1998. 4.10.) - 법률 제5534호 개정

① 다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업 인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2000년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급 받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다.(이하생략)

○ 구 조세감면규제법제11조【양도소득세 등에 관한 경과조치】부칙 (1998. 4.10. 법률 제5534호) 이 법 시행 전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 양도소득세 또는 특별부가세의 감면과 그 감면의 종합한도에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

• 가. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 (가) 청구법인의 󰡒○○선병원󰡓토지 15,065㎡ 중 14,041㎡가 택지개발지구로 지정되어 도로 및 아파트부지로 편입하는 과정에서 소유 토지 중 5,883㎡를 1999. 4.14. 양도하였고 ○○공사로부터 병원용지로 7,826.7㎡를 취득(2000. 9.29.)하게 되었다 청구법인이 제출한 1999. 3.25. 취득부지매매계약서 및 환매특약부 존치대상 토지 매매계약서(매도인: 의료법인 ○○의료재단, 매수인: ○○공사)에 의하면 양도가액이 아래와 같으며 양도가액에 대해서는 쌍방 간에 다툼이 없다.

• 아 래 - 번 호 소 재 지 지 목 면 적(㎡) 양 도 가 액(원) 비 고 1

○○구 ○○동 ○○번지 전 288 81,216,000 2

○○구 ○○동 ○○번지 전 32 10,192,000 3

○○구 ○○동 ○○번지 답 2,741 888,084,000 4

○○구 ○○동 ○○번지 전 343 127,767,500 5

○○구 ○○동 산 ○○번지 임야 2,479 674,781,500 계 5,883 1,782,041,000 (나) 쟁점 부동산의 취득가액에 대하여 살펴본다. 1984.12.11. 매도인 ○○공사와 매수인 선○○과의 부동산 매매계약서에 의하면 부동산(토지와 건물)대금은 1,603,000,000원으로 토지와 건물가액이 구분하지 않고 금액만을 명시하고 있어 청구인은 이때 당시의 건물 및 토지 기준시가에 의해 안분계산하여 토지 176,599,277원 및 건물 1,426,400,723원으로 계상하였으며, 처분청은 토지 장부의 상기 금액을 실지취득금액으로 보고 아래와 같이 계산하였다.

• 아 래 - 5,883㎡(양도면적) 취득가액: 176,599,277원 × ------------------------ = 68,963,395원 15,065㎡(장부상 총 토지면적) 청구법인은 1990. 8.30. 이전에 취득(1985. 6. 8.)한 토지로 구 법인세법 제141조

⑤ 항에 규정에 의거 환산 취득가액을 아래와 같이 계산하였다.

• 아 래 - 7,411,568원 789,320,000원 × ---------------------------- = 356,926,956원 (90. 1. 1. 공시지가) (19,530,740원 + 13,249,631) ÷2 (다) 1999. 3.25자 ○○공사(매수인)과 의료법인 ○○의료재단(매도인)간에 체결된 󰡒계약변경합의서󰡓에 의하면 1997.12.31. 계약 체결한 환매특약부 존치대상 토지매매계약 체결한 토지 중 존치 건축물부지에서 제외되는 취득부지(○○구 ○○동 ○○번지, 동번지 산○○번지)는 협의취득매매계약으로 하고 그 외의 토지는 환매특약부 매매계약으로 계약 변경키로 하는 환매특약부 존치대상 토지매매계약과 취득부지매매계약을 체결한 것과 (의)○○의료재단이 ○○공사로부터 존치부지에 연접한 토지(○○구 ○○동 ○○번지) 7,826.7㎡를 2000. 9.29. 일 3,036,160,000원에 매매계약으로 취득하였다. 또한 청구법인은 ○○공사의 택지개발계획에 따라 일부 토지를 매각하고, 존치시설물인 병원 인접한 일부 토지는 매입한 이 사건 부동산의 소유권이전이 소득세법 제88조 에 의한 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지 처분으로 지목 또는 지번이 변경된 경우 및 동 법 시행령 제152조에 의거 도시개발사업 등 법률에 의하여 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역내의 토지소유자에게 종전 토지대신에 그 구역 내의 다른 토지로 바꾸어 준 것으로 교환 등에 해당하여 양도에 해당하지 않는 다는 주장이다.

○ 판단 (가) 토지 취득가액에 대해서 살펴보면 취득가액은 당초 ○○공사로부터 취득(1985. 6. 8.)시 토지와 건물가액을 합쳐서 1,603,000,000원에 구입한 것으로 토지와 건물가액이 불분명 한 경우에 해당하므로 청구법인의 주장과 같이 199.8.30. 이전에 취득한 토지로 구 법인세법 시행령 제141조

⑤ 하에 규정에 의거 환산 취득가액356,926,956원이 타당하다. (나) 청구법인이 ○○공사의 택지개발계획에 따라 일부 토지를 매각하고, 존치 시설물인 병원에 인접한 일부 토지는 매입한 이 사건 부동산의 소유권이전이 소득세법 제88조 에 의한 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지 처분으로 지목 또는 지번이 변경된 경우 및 동법 시행령 제152조에 의거 도시개발사업 등 법률에 의하여 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 내의 토지소유자에게 종전 토지 대신에 그 구역 내의 다른 토지로 바꾸어 준 것으로 환지 처분에 해당하는지 여부에 대해 살펴본다. 소득세법에서 규정하고 있는 환지처분이란 토지구획정리사업법, 농촌근대화촉진법 또는 기타 법률에 근거하여 토지의 효율적인 이용과 공공시설의 정비 등을 위하여 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 내의 토지소유자 또는 이해관계자에게 종전의 토지에 갈음하여 그 구역 내의 다른 토지를 바꾸어 주는 경우를 말하는 바 이 경우는 ○○광역시장이 택지개발촉진법에 의거 실시계획승인 고시한 택지개발을 위해 협의 취득한 대가로 ○○공사(매수인)가 ○○의료재단(매도인)이 부담하여야 할 존치부담금 및 추가 취득부지 대금과 상계처리 하였는바 이는 보상비를 현금 대신 존치부담금 및 현물로 받은 것으로서 환지 처분으로 볼 수 없으며, 용지조성사업구내에서 존치부지(병원시설)에 연접한 특정부지를 ○○공사로부터 매매계약에 의거 취득하였으므로 환지 처분으로 볼 수 없다고 판단된다.(국심2001중844, 200 1.08.07. 같은 뜻)

상기와 같이 심리판단 되므로 국세기본법 제66조 및 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정함이 타당하다.