사실과 다른 세금계산서인지 여부

대 전 지 방 법 원 제 2 행 정 부 판 결 사 건 2024구합201313 부가가치세 부과처분, 대표자 상여처분 취소청구의 소 원 고 ♤♤ 주식회사 피 고 ◎◎세무서장 변 론 종 결 2025. 3. 20. 판 결 선 고 2025. 5. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 9. 5. 원고에 대하여 한 법인세 26,853,667원 부과처분과 부가가치세 26,258,718원 부과처분 및 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2012. 10. 25. 토목, 건축, 포장공사의 용역, 설계시공업을 영위하기 위한 목적으로 설립된 법인이다.
• 나. 원고는 AAA 주식회사(이하 ‘AAA’이라고 한다)와 공동수급체(지분비율: 원고 53.82%, AAA 46.18%)를 구성하여 ★★지방조달청(수요기관: ☆☆ ☆☆군)이 발주하는 ‘☆☆군 노인복합단지조성 장기계속공사(이하 ‘이 사건 단지조성공사’라고 한다)‘ 입찰에 참여하여 2010. 4. 9. ★★지방조달청과 총 공사대금을 13,339,790,000원으로, 총 준공일을 2012. 4. 2.로 하는 공사도급계약을 체결하였다.
• 다. ★★지방국세청은 2022. 4. 20.부터 2022. 8. 13.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고, 피고에게 원고가 이 사건 단지조성공사 중 조경공사와 관련하여 농업회사법인 BBB 주식회사(이하 ‘BBB’이라고 한다)로부터 아래와 같이 허위의 세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라고 한다)를 발급받았다는 내용의 세무조사 결과통지를 하였다.
• 라. 피고는 위 거래를 부인하여 위 금액 상당액을 손금불산입하고 이를 사외 유출로 보아서 2022. 9. 5. 원고에 대하여 ① 2017 사업연도 법인세 26,853,667원(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라고 한다)을, ② 2017년 제2기 부가가치세 26,258,718원(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라고 한다)을 각 경정·고지하고, ③ 소득자를 원고의 대표이사 CCC로 하여 1억 4,200만 원을 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라고 하고 이 사건 각 법인세 및 부가가치세 부과처분과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).
• 마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2022. 11. 29. 이의신청을 거쳐 2023. 3. 17. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2023. 12. 18. 원고의 심판청구를 기각하였다.
• 바. 한편, ★★지방국세청장은 원고와 원고의 대표이사, EEE 등을 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였는데, ■■경찰서장은 2023. 6. 2. 아래와 같은 사유로 증거불충분하여 혐의 없다는 이유로 불송치결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 5, 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 매입세금계산서는 허위의 세금계산서가 아니다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 관련 법리 1) 부가가치세법 제39조 제1항 은 “제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하면서, 같은 항 제2호에서 “발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ’필요적 기재사항‘이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우”를 규정하고 있다. 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에 규정한 ’사실과 다르다‘는 의미는 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

2. 한편 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2013. 1. 10.자 2012두21253 판결 등 참조).

• 나. 판단 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 매입세금계산서가 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 재화나 용역을 공급하거나 공급받고 이에 따라 이 사건 매입세금계산서를 발행·수취하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1. 원고는 이 사건 단지조성공사 중 조경공사에 관하여 이 사건 단지조성공사 현장에 있던 수목을 가이식하였다가 일부가 훼손되자 훼손된 수목과 같은 종류의 수목을 식재하기 위하여 2017. 9.경 BBB과 다시 수목식재용역계약(이하 ’이 사건 용역계약‘이라고 한다)을 하였고, 이 사건 매입세금계산서는 이 사건 용역계약에 따라 발급받은 것이라고 주장한다. 그런데 원고가 이 사건 용역계약과 관련한 계약서를 전혀 제출하지 못하고 있고, BBB의 2017년 손익계산서(을 제17호증)에 따르더라도 BBB이 이 사건 용역계약 수행을 위해 지출한 비용 등이 전혀 확인되지 않는바, BBB의 견적서(을 제16호증)와 입출금거래내역(갑 제11, 12호증)만으로는 BBB이 원고와 이 사건 용역계약을 체결하고 수목을 식재하였다고 인정하기에 부족하다.

2. 한편, 원고의 실제 운영자인 EEE이 BBB의 대표이사를 자신의 외삼촌인 DDD으로 등기하여 두고, EEE 자신이 실제로 BBB을 운영하였고, BBB은 독립적인 인적·물적 설비가 없이 원고의 사업장을 사용하였으며, 원고의 대표이사가 BBB을 포함하여 원고가 거래하는 주식회사 ○○○, 주식회사 △△△, 주식회사 □□□, ●●●(이하 BBB 외 위 5개 법인을 통칭하여 ’원고 외 법인‘이라고 한다)의 세금계산서 발행 및 금융거래를 직접 관리하였던 것으로 보인다. 특히 원고의 대표이사는 BBB의 공사계약서, 사업자등록증, 인감복사본 등을 본인 PC에 저장하여 필요할 때마다 사용할 수 있었다. 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 용역계약에 관한 형식적인 외관을 확인하기 어렵고, BBB이 원고와 인적·물적으로 독립된 회사라고 보기도 어려운 점까지 더하여 보면 원고의 대표이사가 EEE의 지시를 받아 실물거래 없이 이 사건 매입세금계산서를 발행하였을 가능성이 높아 보인다.

3. 원고는 이 사건 단지조성공사 중 조경공사는 원고의 책임 하에 이루어지는 것인 점, 발주자인 ★★지방조달청이 원고에게 이 사건 단지조성공사 중 조경공사에 대한 기성금을 전액 지급한 점, 공사 완료된 현장에 조경수가 식재되어 있는 점 등의 사정에 비추어 보면 BBB과 원고의 거래가 실제로 존재한 것을 알 수 있다고 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 사정만으로는 BBB이 원고에게 수목 식재 용역을 실질적으로 공급하였다고 인정하기도 어렵고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다.

4. 한편, ★★경찰서가 2023. 6. 20. 이 사건 매입세금계산서의 발급과 관련하여 문제된 공사가 완료되었거나 진행 중이므로 원고 등이 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발급받았다고 인정할 증거가 부족하다는 이유로 불송치 결정을 하였으나, 형사사건과 행정사건은 그 입증책임의 분배나 입증의 정도를 달리하는바, 위와 같은 불송치결정만으로는, 앞서 본 판단을 뒤집기 어렵다.

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.