2010년 귀속 종합소득세에 대하여 2011.12.31. 개정된 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단 조항을 적용할 수 있는지 여부(소급입법 여부)

사 건 2024구합200808 종합소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2025. 4. 24. 판 결 선 고 2025. 6. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 12. 8. 원고에게 한 2010년 귀속 종합소득세 172,285,780원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 CC(이하 ‘㈜CC’라고 한다)는 1986. 8. 25. 고철제조업 등을 목적으로 설립된 법인이고, 원고는 1998. 10. 25.부터 ㈜CC의 대표이사로 재직하였다.
• 나. DD세무서장은 2018. 3. 12.부터 2018. 6. 18.까지 ㈜CC에 대한 2009년 제1기부터 2010년 제2기까지 부가가치세 부분 조사를 실시한 결과, ㈜CC가 EE자원으로부터 공급가액 합계 886,051,120원의 가공세금계산서를 수취하였다고 보아 2018. 8. 1. 그 공급대가 974,656,232원(2009년 귀속 541,355,210원, 2010년 귀속 433,301,022원)을 귀속 불분명 사외유출로 하여 ㈜CC의 대표이사인 원고에게 상여 처분하는 내용의 소득처분을 하고, 소득금액변동통지(이하 각 ‘이 사건 소득처분’ 및 ‘이 사건 소득금액변동통지’라고 한다)를 하였다.
• 다. ㈜CC는 2018. 10. 10. 위 소득금액변동통지 내용을 반영하여 소득세법 시행령 제185조 제1항 에 따라 2010년 귀속 소득세의 원천징수세액을 144,072,590원으로 수정하는 원천징수이행상황신고서를 제출하였으나, 이를 납부하지 않았다.
• 라. 원고는 2018. 11. 9. 2010년 귀속 종합소득세 수정신고를 하였고, 이에 대해 DD세무서장은 2018. 10. 25. 피고에게, ㈜CC가 원천징수세액을 납부하지 않았으므로 원고에 대하여 직접 소득세를 징수하도록 과세자료를 통보하였다.
• 마. 이에 피고는 2020. 12. 8. ‘원천징수되지 않은 금액을 기납부세액으로 공제하여 종합소득세 수정신고를 하였다’는 사유로 원고에게 2010년 귀속 종합소득세 172,285,780원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).
• 바. 원고는 2021. 2. 22. 이 사건 부과처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2023. 11. 28. 원고의 심사청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

이 사건 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 이 사건 소득처분은 귀속이 불분명한 금액에 대한 것이므로 그에 대한 소득세 납세의무자는 원고가 아니라 ㈜CC이고, 납세의무자가 아닌 원고에게 이 사건 부과처분을 하는 것은 위법하다.
• 나. 과세관청은 원고에게 이 사건 소득금액변동통지를 한 경우에만 원고에 대해 이 사건 부과처분을 할 수 있는데, DD세무서장은 원고에게 소득금액변동통지를 한 사실이 없다. 설령 원고에게 소득금액변동통지를 하였다 하더라도 이는 소득세법 시행령 제192조 제1항 후단의 요건에 해당하지 않는 통지이므로 위법하다.
• 다. 2011. 12. 31. 개정된 국CC본법 제26조의2 제1항 제1호 후단에 따르면 납세자가 사기나 부정행위로 포탈하거나 환급․공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세의 부과제척기간도 10년으로 연장하도록 법률이 개정되었고, 부칙 제2조 제1항은 위 개정 규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 법인세법 제67조 에 따라 처분하는 금액부터 적용하도록 하였다. 그러나 2010년 귀속 종합소득세인 이 사건 부과처분에 대해서도 위 개정 규정을 적용하는 것은, 2010. 12. 31. 이미 종료된 사실관계에 대해 소급하여 부과제척기간을 늘리는 결과를 발생시키므로 진정 소급입법에 해당하여 위법하다. 설령 위 개정 법률이 부진정 소급입법에 해당한다 하더라도 이 사건 부과처분에까지 위 개정 법률을 적용하는 것은 그로 인해 얻을 수 있는 공익보다 침해되는 원고의 신뢰보호 이익이 더 크므로 위법하다. 그러므로 이 사건 부과처분에는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정 규정이 적용되지 않고 원칙에 따라 그 제척기간은 5년으로 보아야 한다. 이 사건의 경우 과세표준 신고기한의 다음 날부터 제척기간을 기산해야 하고, 그때로부터 5년이 경과한 2016. 3. 31. 그 제척기간이 도과하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하다.

• 가. 제1주장에 관한 판단

1. 원고는, 구 법인세법 시행령(2010. 7. 21. 대통령령 제22282호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제106조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에 따라 귀속자가 불분명하여 대표이사에게 귀속된 것으로 의제된 경우에는 대법원 1988. 9. 27. 선고 87누519 판결에 따라 법인이 대표이사에게 구상권을 행사할 수 없으므로 그 소득세의 납세의무자는 대표이사가 아닌 해당 법인이 되어야 한다고 주장한다.

2. 그러나 원고가 인용하고 있는 위 대법원 1988. 9. 27. 선고 87누519 판결은 대법원 2008. 9. 28. 선고 2006다49789 전원합의체 판결로 변경․폐기되었고, 위 변경된 법리에 따르면 익금산입액의 귀속이 불분명한 경우에도 법인이 대표이사에게 구상권을 행사할 수 있다. 원고의 주장은 잘못된 법리를 전제한 것이므로 주장 자체로 이유 없다.

3. 나아가 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서가 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다’는 취지로 규정하고 있고, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있다(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누3120 판결 참조). 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 갑종근로소득세를 납부할 의무가 있다(대법원 2008. 9. 28. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 소득처분 대상 금원의 귀속이 분명하다는 점을 인정하기 어려우므로 원고는 그에 대한 근로소득세를 납부할 의무가 있다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

• 나. 제2주장에 관한 판단

1. 과세관청이 법인세법 제67조 에 따라 상여로 소득처분을 한 경우, 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지서가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제1호 (다)목 소정의 ‘법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액’에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 된다(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결, 대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결 등 참조). 따라서 DD세무서장이 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 에 따라 이 사건 소득처분을 한 이상 원고에게 이 사건 소득금액변동통지를 하였는지 여부와는 상관없이 위 소득금액은 원고에 대한 근로소득세의 과세대상이 된다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

2. 나아가 원고의 주장을, ‘원고가 이 사건 소득금액변동통지서를 받지 못해 종합소득세의 추가신고 및 자진납부 할 수 있는 절차적 기회를 박탈당하였다’는 취지의 주장으로 선해한다 하더라도, 을 제2호증의 기재에 따르면 DD세무서장이 2018. 9. 14. 등기우편으로 원고의 주소에 이 사건 소득금액변동통지서를 발송하였고 그 통지서가 반송되지 않은 사실을 알 수 있어 이 사건 소득금액변동통지서가 원고에게 도달된 사실이 추정되므로 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

• 다. 제3주장에 관한 판단

1. 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호는 국세의 부과제척기간에 관하여 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로, 같은 항 제3호는 ‘제1호 등에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하고 있었다. 그런데 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국CC본법은 제26조의2 제1항 제1호 후단에 ‘부정행위로 포탈하거나 환급․공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세에 대해서도 그 소득세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다’는 규정(이하 ‘개정규정’이라 한다)을 신설하였다. 개정규정의 적용과 관련하여 위 개정된 국세기본법 부칙 제2조 제1항은 ‘제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조 에 따라 처분하는 금액부터 적용한다’고 규정하고 있다.

2. 한편, 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조의 취지에 따르면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 그 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있음이 원칙이고 특별한 예외규정이 없는 한 그 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건사실에 소급하여 적용하는 것은 허용될 수 없지만(대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 등 참조), 헌법 제13조 제2항 내지 국CC본법 제18조 제2항에서 말하는 소급입법은 이미 과거에 완성된 사실․법률관계를 규율의 대상으로 하는 이른바 진정소급효를 가지는 입법만을 말하는 것이므로, 개정 법률 시행 당시 사실관계가 진행 중이거나 부과제척기간이 진행 중에 있는 것에 관하여는 이른바 부진정 소급효의 입법에 불과하여 원칙적으로 새로운 법령의 적용이 가능하다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누423 판결, 대법원 1999. 9. 3. 선고 98두7060 판결, 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결, 헌법재판소1997. 6. 26. 선고 96헌바94 결정 등 참조). 위 법리에 비추어 개정규정을 보면, 진정소급입법은 허용되지 않으므로, 2012. 1. 1. 이후 소득처분이 이루어진 경우라고 하더라도 개정규정의 시행일 전에 이미 부과제척기간이 도과한 경우에는 개정규정의 부칙규정을 적용할 수 없으나, 개정규정의 시행일 당시 아직 부과제척 기간이 도과하지 아니한 상태에서 2012. 1. 1. 이후에 소득처분이 이루어졌다면 개정규정의 부칙규정이 적용되어 그 포탈한 법인세에 관한 상여처분으로 인한 소득세의 부과제척기간은 10년이 된다고 보아야 한다.

3. 그런데 이 사건 부과처분은 그 종합소득세의 신고기한인 2011. 5. 31. 다음날인 2011. 6. 1.부터 부과제척기간이 진행하므로, 개정규정의 시행일인 2012. 1. 1. 당시 개정 전의 규정이 정한 5년의 부과제척기간이 도과하지 않았다. 따라서 개정규정은 원고에 대한 2010년 귀속 종합소득세에 관하여, 과거에 시작되었으나 아직 완성되지 아니하고 현재 진행 중에 있는 부과제척기간에 적용하는, 이른바 부진정 소급입법에 해당하고 이는 원칙적으로 허용된다.

4. 그리고 국세의 부과제척기간은 개별 세목의 성격, 과세권의 발생원인 등 다양한 요소에 따라 광범위한 입법재량이 인정되는 영역이다. 부과제척기간에 관한 국세기본법 제26조의2 는 1984. 8. 7. 법률 제3746호로 신설된 이래 납세의무자의 새로운 행위유형 등에 대응하여 부과권을 적정하게 행사하기 위해 여러 차례 추가․연장되어 왔다. 그러므로 2010년 귀속 종합소득세의 부과제척기간이 구법에 따라 5년으로 계속 유지․적용될 것이라는 원고의 기대 내지 신뢰는 불확실하고 잠정적인 것에 불과하여 헌법상 보호해야 할 필요가 있는 신뢰에 해당한다고 보기 어렵다. 또한 개정규정의 입법취지는, 인정상여에 따른 소득세 부과제척기간을 부정행위로 포탈한 법인세에 대한 부과제척기간과 동일하게 10년으로 규정함으로써 조세회피를 방지하고 실질과세 및 공정과세를 실현하고자 하는 것인바, 이러한 입법목적과 비교할 때 원고의 위와 같은 신뢰를 우선하여 보호해야 할 합리적인 이유도 없다.

5. 이 사건에서 을 제2 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ㈜CC가 2009년 1기부터 2010년 2기까지 실물거래 없이 EE자원으로부터 886,051,120원에 이르는 가공의 세금계산서를 발급받은 사실이 인정되고, 이는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위로서 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 가 정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당한다. 따라서 이와 같이 포탈한 법인세와 관련하여 상여 처분된 금액에 대한 소득세에 관해서는 개정규정에 따라 10년의 부과제척기간이 적용된다. 그런데 피고는 위 2011. 6. 1.부터 10년이 경과하기 전인 2020. 12. 8. 이 사건 부과처분을 하였으므로, 이 사건 부과처분은 부과제척기간 내에 이루어졌다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.