원고가 이 사건 공사계약을 체결하고 수행할 당시 사업자로 등록되어 있지 않았다고 하더라도 독립적으로 공사용역을 제공한 사업자임.

문서번호 대전지방법원-2023-구합-204148 결정유형 국승 세목 국기 생산일자 2025.04.24 귀속연도 2017~2021 제목 원고가 이 사건 공사계약을 체결하고 수행할 당시 사업자로 등록되어 있지 않았다고 하더라도 독립적으로 공사용역을 제공한 사업자임. 요지 원고가 이 사건 공사계약을 체결하고 수행할 당시 사업자로 등록되어 있지 않았다고 하더라도 독립적으로 공사용역을 제공한 사업자임. 원고는 필요경비 인정 요건을 충족하지 못하였고, 주택건설용역은 관련 법에 의해 등록한 자가 공급하는 경우에만 면세가 적용되므로 이 사건 처분은 실질과세 원칙이나 과잉금지 원칙을 위반한 것이 아님 내용 판결 내용은 붙임과 같습니다.

국세기본법 제14조 【실질과세】 상세내용 사 건 2023구합204148 부가가치세등부과처분취소 원 고 이OO 피 고 홍성세무서장 변 론 종 결 2025. 3. 13. 판 결 선 고 2025. 4. 24.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 8. 17. 원고에 대하여 한, 2017년 제1기 부가가치세 44,472,050원의, 2017년 제2기 부가가치세 129,668,010원의, 2021년 제2기 부가가치세 15,144,554원의,2017 과세연도 종합소득세 108,253,715원의, 2021 과세연도 종합소득세 108,253,715원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2016. 7. 26. 정OO(이하 ‘건축주’라고 한다)와 하남시 OO동 868-4 지 상에 상가주택을 신축하는 ‘미사 R2-8-5 상가주택신축공사’(이하 ‘제1공사’라고 한다)계약을 체결하면서, 건축주 정OO, 시공자 원고, 도급금액 710,000,000원(VAT 별도),공사기간은 2016. 8. 14.부터 2017. 1. 31.까지로 정하였다(이하 ‘제1공사계약’이라고 하고, 신축된 상가주택을 ‘이 사건 상가주택’이라고 한다).
• 나. 원고는 2016. 9. 1. 건축주와 용인시 처인 OO읍 OO리 156-3 외 1필지 지상에 근린생활시설을 신축하는 ‘근린생활시설 신축공사’(이하 ‘제2공사’라고 한다) 계약을 체 결하면서, 건축주 정OO, 시공자 원고, 도급금액 260,000,000원(VAT 별도), 공사기간은 2016. 9. 1.부터 2016. 12. 25.까지로 정하였다(이하 ‘제2공사계약’이라고 하고, 신축된 근린생활시설을 ‘이 사건 근린생활시설’이라 하며, 제1,2공사계약을 통칭하여 ‘이 사건 공사계약’이라고 한다).
• 다. 건축주는 제1공사계약과 관련하여 이 사건 상가주택에 지하층을 추가하는 것으 로 설계를 변경하고 2016. 10. 4. 건축허가사항 변경허가를 받았다. 제1,2공사가 완공 된 이후 건축주는 2017. 3. 8. 이 사건 근린생활시설에 대하여 소유권보존등기를 마쳤 고, 2017. 10. 25. 이 사건 상가주택에 대하여 소유권보존등기를 마쳤다.
• 라. 원고는 2018. 8. 29. 건축주를 상대로 제1공사와 관련하여 미지급 공사대금 및 설계변경에 따른 추가 공사대금의 지급을 청구하는 소를 제기하였고, 정OO는 원고에 대하여 하자보수공사대금 및 준공지연에 따른 손해배상 청구의 반소를 제기하였다. 위 사건에서 법원은 ‘건축주는 원고에게 하자보수비용 등을 공제한 미지급 공사대금 186,567,998원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하라’는 내용의 원고 일부 승소 판결을 하였고, 위 판결은 2021. 10. 18. 확정되었다[수원지방법원 성남지원 2018가합1519(본소), 2018가합411086(반소), 수원고등법원 2020나24881(본소), 2020나24898(반소), 대법원 2021다255525(본소), 2021다255532(반소), 이하 ‘선행 민사판결’이라고 한다].
• 마. 피고는 2022. 7. 6.부터 원고에 대하여 2016 ~ 2017과 2021 과세연도에 대한 개 인통합조사를 실시하였고, 원고가 이 사건 공사와 관련한 공사대금 946,363,636원과 제1공사의 추가공사대금 105,061,816원, 지연손해금 33,173,322원을 신고 누락하였다고 판단하여, 2022. 8. 9. 원고에 대하여 아래와 같이 부가가치세 합계 189,284,600원 및 종합소득세 합계 122,798,330원을 결정 고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).
• 라. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2022. 8. 22. 이의신청을 거쳐 2022. 12. 31.조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2023. 4. 4. 원고가 부가가치세법상 사업자에 해당한다고 판단하여 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

아래와 같은 이유로 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 원고는 ① 계속적·반복적으로 건설용역을 제공한 것이 아니고, ② 건축주에 종속 된 지위에 있을 뿐 독립된 지위에 있지 않았으므로, 부가가치세법 제2조 제3호 의 사업 자에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 원고가 사업자라고 하더라도, 원고는 이 사건 공사와 관련하여 지출한 금액에 대 하여 비용공제를 받지 못하였고, 이 사건 상가주택과 관련하여 조세특례제한법 제106 조 제1항 제4호에 따른 면세 혜택을 받지 못하였으므로 이 사건 부과처분은 실질과세 원칙에 반한다.
• 다. 이 사건 부과처분으로 원고가 부담하여야 할 세액이 실제 원고가 납부하여야 할 세액을 초과하고, 이로 인하여 원고가 입게 되는 불이익이 이 사건 부과처분으로 얻게 되는 공익보다 크므로 과잉금지의 원칙에 반한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 부가가치세법상 사업자 해당 여부

1. 관련 법리 가) 부가가치세법 제2조 제3호 는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 사업자라 하여 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있 는데, 여기서 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'란 부가가치를 창출하 여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다(대법원 1989. 2. 14. 선고 88누5754 판결, 대법원 2010. 9. 9.선고 2010두8430 판결 등 참조).

• 나) 민사재판에서 다른 민사사건 등의 판결에서 인정된 사실에 구속받는 것은 아니 라고 할지라도 이미 확정된 관련 민사사건에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 되므로 합리적인 이유를 제시하지 않고 이를 배척할 수 없고(대법원

2020. 7. 9. 선고 2020다208195 판결 참조), 이는 행정재판 역시 마찬가지이다.

2. 판단 앞서 인정한 사실과 증거에 갑 제11 내지 21호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 원고가 이 사건 공사계약을 체결하고 수행할 당시 사업자로 등록되어 있지 않았다고 하더라도 사 업성과 독립성을 갖추고 건설용역을 제공하였으므로, 부가가치세법 제3조 제1항 제1 호, 제2조 제3호의 사업자에 해당한다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 원고는 시공자로서 건축주와 사이에 2016. 7. 제1공사계약을 체결하고, 2016.

9. 제2공사계약을 체결하였으며, 위 각 계약에 따라 이 사건 공사와 추가공사를 모두 수행하였고, 그에 대한 공사대금을 지급받았다. 원고는 1992년부터 건축사사무소 및 건설회사 등에서 근무한 경력이 있고, 이 사건 공사계약 체결 당시 원고는 건축주에게 ’디엠건설 대표이사’라고 표기된 명함을 교부하였는데, 위 명함에는 원고가 설계 및 시 공을 담당하는 것으로 기재되어 있다. 이 사건 공사계약에는 ‘제11조(안전관리 및 재해보상)’이라는 제목 하에 ‘원고는 산업재해를 예방하기 위하여 안전시설의 설치 및 보험의 가입 등 적정한 조치를 하여야 하고, 이 때 건축주는 계약금액에 안전관리비 및 보험료 상당액을 계상하여야 한다’고 규정되어 있고, 같은 맥락에서 제1계약의 계약특기사항에는 ‘10. 고용, 산재보험은 공사비에 포함된다’고 기재되어 있다. 원고는 이 사건공사 이후인 2021. 2. 7. 위 상호와 유사한 상호로 건설업 사업자등록을 하였다. 위와같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 이 사건 공사 당시에도 사업상 독립적으로 건설용역을 제공하는 사업자에 해당한다.

• 나) 이에 대하여 원고는 이 사건 공사는 실질적으로 건축주가 수행한 것이고, 원고 는 건축주에게 종속되어 공사를 수행하고 수수료 명목의 대금을 받았을 뿐이며 일회성 의 용역제공에 불과하므로 부가가치세법상 사업자에 해당하지 않는다고 주장한다. 살피건대, 제1계약의 공사이행확인서에 따르면 제1공사는 건축주 직영공사라고 명 시되어 있고, 또 이 사건 공사 과정에서 건축주가 설계변경과 관련하여 적극적이고 구 체적인 지시를 하였으며, 이 사건 상가주택과 근린생활시설에 대하여 건축주 명의로 소유권보존등기를 마친 사실이 인정되기는 하나, 위와 같은 사정만으로는 앞서 본 판 단을 뒤집고, 원고가 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 제공하는 자가 아니라 건축 주에게 종속되어 피용자로서 노무를 제공한 것이라고 할 수 없다.
• 다) 한편, 원고는, 이 사건 공사는 건축주의 책임과 계산으로 이루어졌고, 원고는 수수료 명목의 금원만을 지급받았을 뿐 이 사건 공사계약에 기재된 공사대금 상당의 이익을 취득하지 않았다고 주장한다. 살피건대, 제1계약 공사계약 특수조건과 계약특기 사항에 따르면 원고는 건축주와 사이에, 공사대금은 건축주 명의 계좌로 입금하고 원 고에게 건축주 명의 직불카드를 교부하여 사용하도록 하는 방식으로 지급하도록 정하 였고, 건축주는 원고에게 위 계약에 따른 방식으로 공사대금을 지급하였던 것으로 보 인다. 뿐만 아니라 선행 민사판결에서 원고가 제1공사 시공의 대가로 건축주로부터 계 좌로 698,000,000원을 지급받은 사실과 건축주는 원고에게 공사대금으로서 제1공사대금의 부가가치세에 해당하는 71,000,000원을 지급할 의무가 있다고 인정하였다. 원고의이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 라) 오히려, 원고와 건축주가 주고받은 대화 내역을 살펴보면 원고가 이 사건 공사 현장에 대한 관리 감독 권한을 가지고 독립적으로 공사를 수행한 것으로 보이고, 부가 가치세 및 종합소득세에 대한 부담을 덜기 위하여 ‘건설사 계약서’를 작성하지 않은 정 황이 드러난다.
• 나. 실질과세원칙 위반 여부

1. 관련 법리 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기 초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하는 것이지만, 필요 경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실 관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명 이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세 의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2013. 2. 15. 선고 2012두942 판결 참조).

2. 판단 앞서 인정한 사실과 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고가 필요경비를 공제하지 않고, 이 사건 상가주택 공급과 관련하여 조세특례제한법에 따른 면세를 적 용하지 않았다고 하더라도 이 사건 처분이 실질과세의 원칙이나 과잉금지원칙을 위반 하였다고 할 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적 법하다.

• 가) 종합소득세 산정에 관하여, 원고는 이 사건 공사 관련하여 지출한 경비에 대한 증빙을 제출하지 못하고 있다. 원고가 제출한 입출금 내역(갑 제22 내지 25호증)만으로는 원고가 건축주로부터 지급받은 공사대금 중 이 사건 공사와 관련하여 지출한 경비를 확인하기 어렵다.
• 나) 부가가치세 산정에 관하여, 원고는, 이 사건 상가주택의 2층 내지 4층은 주택 법 제2조 제6호의 국민주택규모 이하의 주택에 해당하므로 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따라 위 주택 부분의 공급에 대하여는 부가가치세가 면세된다고 주장한
• 다. 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 에 따르면 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 위 조항의 위임을 받 은 같은 법 시행령 제106조 제4항에 따르면 법 제106조 제1항 제4호에서 대통령령으 로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역이란 ‘ 주택법 제2조 제1호 에 따른 주택으로 서 그 규모가 같은 조 제6호에 따른 국민주택규모(기획재정부령으로 정하는 다가구주 택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다) 이하인 주택의 건설용 역으로서 건설산업기본법･전기공사업법･소방시설공사업법･정보통신공사업법･주택법･하 수도법 및 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률(이하 앞서 열거한 법률를 통틀어 ’관 련 법률‘이라고 한다)에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것을 말하는바, 원고가 제출 한 증거들만으로는 제1공사 당시 원고가 관련 법률에 따라 등록을 하였다는 사실이 확 인되지 않는다. 이 사건 상가주택의 주택 부분에 위 조세특례제한법의 부가가치세 면 세 조항이 적용될 수 없다.
• 다. 비례의 원칙 위반 여부 이 사건 부과처분은 부가가치세법 및 소득세법에 따라 적법하게 이루어진 것으로, 위 나.항에서 본 바와 같이 세액 산정 과정이 위법하다고 볼 수 없다. 부가가치세법과 소득세법에 따른 조세 부과처분은 기속행위이므로 피고에게 원고가 주장하는 사정을 참작하여 과세 여부를 결정할 재량권이 있다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 이 사건 처 분이 비례의 원칙에 반한다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.