특허권의 양도거래는 그 실질이 허위 또는 가장행위로써 조세 부담을 부당하게 감소시켜는 행위에 해당하고 법인의 자금을 부당하게 사외로 유출한 것임

대 전 지 방 법 원 제 2 행 정 부 판 결 사 건 2023구합201576 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2024. 9. 5. 판 결 선 고 2024. 11. 7.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 1. 5. 원고에게 한 2020년 귀속 법인세 5,869,210원(가산세 포함)의 부과처분 및 별지1 목록 기재 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

• 가. 원고 회사는 2011년 설립되어 산업용 기계기구 제작 및 판매업 등을 영위하는 회사이다. CCC은 원고 회사의 대표자인 사내이사이고, DDD은 원고 회사의 직원이자 CCC의 배우자이다.
• 나. CCC, DDD은 아래와 같이 2건의 기술 장치(이하 ‘이 사건 장치’라 한다)에 대하여 공동으로 특허 등을 출원하여 이를 등록하였다(이하 아래의 특허권과 디자인권을 합하여 ‘이 사건 특허권 등’이라 한다).
• 다. 원고는 2020. 10. 21. CCC, DDD과 사이에 그들로부터 이 사건 특허권 등을 6억 8,000만 원에 양수하기로 하는 내용의 지식재산권 양도양수계약서를 작성하고, 위 특허권 등을 6억 8,000만 원의 무형자산으로 계상하였다(이하 ‘이 사건 양도거래’라 한다). 그리고 원고는 양도대금 명목으로 CCC에게 5,000만 원을 지급하고, DDD에게는 원고가 DDD에 대하여 가지는 3억 원의 가지급금(단기대여금)채권과 상계처리 하였다(이하 양도대금 명목으로 지급처리한 합계 3억 5,000만 원을 ‘이 사건 양도대금’이라 한다).
• 라. 원고는 2020년 이 사건 특허권 등에 대한 무형자산 감가상각비 24,920,000원을 손금 산입하여 법인세를 신고하였다. 그런데 피고는 2022. 1. 5. ① 원고가 이 사건 특허권 등을 취득한 것이 원고의 법인자금을 사외유출하기 위해 거래를 가장한 것으로 보아 위 감가상각비를 손금불산입하여 원고에게 법인세 5,869,210원을 부과처분하였고, ② 원고가 CCC, DDD에게 각 지급한 이 사건 양도대금을 상여로 소득처분을 하여 별지1 기재와 같이 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 2022. 3. 31. 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 29. 원고의 청구를 기각하는 재결을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제3, 4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 기재와 같다.

이 사건 특허권 등은, DDD이 원고 회사에 입사하기 전인 2006년경부터 오랜 기간 개인적으로 발명한 것이므로 직무와 무관한 개인적인 연구 성과물이다. CCC 역시 배우자인 DDD에게 이 사건 특허권 등의 기술 분야에 관한 의견을 개진하고, 조언을 거듭하였다. 따라서 이 사건 특허권 등은 원래 DDD, CCC에게 있었음에도 불구하고, 피고는 막연한 추정만으로 위 특허권 등이 처음부터 원고에게 귀속된 것으로 보고 이 사건 각 처분을 하였다. 이러한 점에서 이 사건 각 처분은 근거과세의 원칙(국세기본법 제16조)에 위배되어 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 이 사건 각 처분의 위법 여부에 대한 판단

• 가. 관련 법령 및 법리 구 법인세법 제20조 (현행 법인세법 제52조 제1항 에 해당함) 소정의 부당행위계산부인제도는 내국법인의 행위 또는 소득금액계산이 대통령령이 정하는 특수관계자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 그 법인의 행위 또는 계산의 효력을 부인하고 정부가 소득금액을 독자적으로 계산하는 제도이므로, 같은 법 제20조가 적용되기 위하여는 내국법인과 위 특수관계자 사이에 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 있어야 하나 그 기초적 사실행위에 불법행위, 허위행위 또는 가장행위가 있는 경우 과세관청으로서는 같은 법 제32조(현행 법인세법 제66조 에 해당함) 소정의 조사결정권에 의하여 그 행위의 존재자체를 부정하고 실질적인 거래에 대하여 과세하여야 하는 것은 당연한 이치라 할 것이고, 나아가 그 실질적인 거래가 위 부당행위계산에 해당하는 경우에는 같은 법 제20조에 의하여 그 행위 또는 계산의 효력을 부인하고 과세할 수 있다(대법원 1995. 2. 10. 선고 94누1913 판결 등 참조).
• 나. 구체적 판단 앞서 든 증거와 갑 제5 내지 9호증, 을 제1, 2, 5, 8, 9, 12, 13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정들에 비추어 보면, 이 사건 양도거래는 그 실질이 허위행위 또는 가장행위로서 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시켰다. 같은 취지에서 피고가 이 사건 양도거래의 존재를 부정하고, 이 사건 특허권 등에 대한 감가상각비를 손금에 불산입하여 원고에 대한 법인세 부과처분을 하고, 나아가 이 사건 양도대금 상당액이 부당하게 사외에 유출된 것으로 보아 CCC, DDD에게 각 상여처분을 하여 소득금액변동통지를 한 것은 적법하다. 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1. 이 사건 장치 중 파이프 홈 성형장치는 파이프 외주면에 나사산을 형성하기 위하여 파이프를 삽입하는 경우 자동으로 파이프를 고정·지지하여 파이프 머신의 활용성을 향상시키고 작업현장에서의 파이프 홈 성형이 용이하도록 하는 장치이고, 면취기는 수평한 파이프 가이드에 가공물을 안착시키고 고정한 뒤 커터의 회전 주행을 통해 파이프의 모서리 부분을 안정되게 면취가공할 수 있도록 하는 장치이다. 이러한 장치의 연구·개발을 위해서는 다양한 실험이 필요하고, 시제품 제작 등에 적지 않은 비용이 소요될 것으로 보인다.

2. 그런데 CCC은 이 사건 장치의 발명에 실질적으로 기여한 바가 없는 것으로 보인다. 또, DDD은 기계 제작 및 설비와 관련한 전문성이 있는 점 등에 비추어 이 사건 장치를 발명한 것으로 보이기는 하나, 다음과 같은 사정들 즉 ① 이 사건 특허권 등은 원고 회사의 사업 분야인 산업용 기계기구 및 분기배관 제작 등의 공정을 개선하기 위한 것으로 원고 회사의 사업과 직접 관련이 있는 점, ② DDD은 2015년 4월경 원고 회사에 입사한 후 기계 설비의 제작, 관리 등의 업무를 담당한 것으로 보이는바, 이 사건 장치의 발명을 통해 제조공정을 개선하고 매출 증대를 위해 노력하는 것은 DDD의 직무수행의 일환으로 볼 수 있는 점, ③ DDD이 원고 회사에 입사하기 전에 이 사건 장치의 발명을 완료한 것으로 보이지 않고, 원고 회사에서 근무하면서 원고의 시설 등을 이용하여 위 장치를 발명한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 장치는 DDD이 개인발명하였다고 볼 수 없고, 이 사건 특허권 등은 실질적으로 원고 회사에게 귀속되어야 한다.

3. 그럼에도 불구하고 CCC, DDD은 이 사건 장치에 대하여 특허 등을 공동출원 하였을 뿐 아니라, 원고는 DDD이 이 사건 특허권 등에 관한 등록을 마치기 전인 2020년 4월경부터 이사회와 임시주주총회를 개최하여 위 특허권 등의 취득을 각 결의하고, 특허권 매입에 관한 내부문서 작성 등 절차를 진행하였으며, 2020. 9. 9. 특허권 등록이 마쳐진 후 불과 한 달여 만인 2020. 10. 21. 이 사건 특허권 등을 양수하였다. 원고가 이와 같이 특허권 등록이 마쳐지기 훨씬 전부터 미리 그 매입을 결정하고 관련 절차를 신속하게 진행하여 양수계약 체결에까지 이른 것은 매우 이례적이다.

4. CCC은 원고 회사가 이 사건 특허권 등을 양수한 2020. 10. 21. 당시 원고 회사의 주식 89.6%를, DDD은 10%를 각 보유하고 있었고, 나머지 원고 회사의 주식들도 CCC, DDD의 자녀들이 가지고 있었다. 따라서 CCC과 DDD은 원고 회사가 이 사건 특허권 등을 출원 및 등록하고, 이 사건 양도거래를 함에 있어서 원고 회사의 의사결정에 절대적 영향력을 미칠 수 있는 지위에 있었다.

5. 원고의 의뢰로 이 사건 특허권 등에 대한 감정평가를 한 EEE 감정평가법인 주식회사는 이 사건 특허권 등의 가액을 6억 8,000만 원으로 평가하였고, 이를 근거로 이 사건 특허권 등의 양도대금이 결정되었다. 그러나 위 감정평가는 원고가 제출한 자료만을 근거로 이루어진데다가, 위 감정평가에 따르면 이 사건 특허권 등과 관련된 매출액이 원고 회사 전체 매출액의 90%라고 추정하였으나, 원고 회사의 제무재표상 위 특허권 등을 양수한 이후 매출액이나 영업이익이 위와 같은 정도로 증가된 것으로 보이지 않는다. 이러한 사정에 비추어 보면, 위 감정평가 결과가 적정하다고 보기도 어렵다.

6. 게다가 대표이사 등 임원이 상여 등을 통해 법인의 이익잉여금을 배당받을 경우 구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제55조에 따라 최대 42%의 세율이 적용되는 반면, 이를 특허권의 양도대금으로 지급받을 경우에는 소득세법 제21조 제1항 제7호, 소득세법 시행령 제87조 제1의2호에 따라 기타소득으로 분류되어 70%를 필요경비로 인정받음으로써 보다 적은 세율이 적 용된다. 또한, 이 경우 법인의 입장에서도 양수한 특허권을 자산으로 계상한 뒤 매년 감가상각을 통해 법인세를 절감할 수 있다.

따라서 이 사건 각 처분은 적법하므로, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.