절차적 하자 및 사실과 다른 세금계산서 여부

대 전 지 방 법 원 2 제 행 정 부 판 결 사 건 2023구합200740 부가가치세등부과처분취소 원 고 AAA 주식회사 피 고 논산세무서장 변 론 종 결 2025. 3. 13. 판 결 선 고 2025. 5. 15.

1. 원고의 주위적 청구를 기각한다.

2. 피고가 2020. 8. 7. 원고에게 한 2016년 제2기 부가가치세 관련 ‘세금계산서 지연발급․지연수취․미발급 등 가산세’ 과세처분 중 4,200,000원 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 예비적 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 95%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 주위적으로, 피고가 2020. 8. 7. 1) 원고에게 한 2016년 제2기 부가가치세 679,288,620원과 2016 사업연도 법인세 89,248,200원의 각 부과처분이 무효임을 확인하고, 예비적으로, 위 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2015. 7. 16. 설립되어 신재생에너지 발전설비 설치업 등을 영위하는 회사이다.
• 나. 원고는 2016. 2. 31.부터 2016. 12. 31.까지 별지1 기재와 같이 주식회사 CCC(이하 ‘CCC’이라고만 하고, 다른 회사 명칭도 ‘주식회사’ 기재는 생략한다)으로부터 태양광모듈 36,975개(이하 ‘이 사건 태양광모듈’이라고 한다)를 공급받는 것으로 하여 공급가액 합계 8,319,915,000원 상당의 매입세금계산서 7매를 발급받았다(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라고 한다)
• 다. 원고는 2016. 12. 26. 별지1 기재와 같이 DDD에게 각 공사현장에 대한 토공사, 전기공사 용역을 공급한 것으로 하여 공급가액 합계 5,730,400,000원 상당의 매출세금계산서 36매를 발급하였다(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라고 한다)
• 라. OO지방국세청장은 2019. 6. 25.부터 2020. 7. 15.까지 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 매입세금계산서는 원고가 실제 거래 없이 거짓으로 발급받은 것이고, 이 사건 매출세금계산서는 용역의 공급시기 도래 전에 과다하게 발급한 것으로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 마. 이에 따라 피고는 이 사건 매입․매출세금계산서에 해당하는 매출세액을 감액․익금불산입하고, 매입세액을 불공제․손금불산입하여 2020. 8. 7. 원고에게 2016년 제2기 부가가치세(가산세 포함)를 679,288,620원으로, 2016 사업연도 법인세(가산세 포함)를 893,962,050원으로 각 경정․고지하였다.
• 바. 원고는 이에 불복하여 2020. 11. 5. 이의신청을 하였고, 피고는 그 무렵 2016 사업연도 법인세(가산세 포함)를 89,248,200원으로 직권 감액경정 하였다. 이후 원고는 위 2016년 제2기 부가가치세(가산세 포함) 679,288,620원 및 2016 사업연도 법인세 89,248,200원(가산세 포함)의 취소를 구하는 조세심판 청구를 하였고(이하 원고가 취소를 구하는 각 과세처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다), 조세심판원은 2022. 11. 4. 원고의 청구를 기각하였으며, 위 기각 결정은 2022. 11. 8. 원고에게 송달되었다.
• 사. 2020. 8. 7.자 이 사건 처분의 개요는 다음과 같다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증, 을 제3, 5, 25호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 기재와 같다.

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 중대․명백한 하자가 있으므로 무효이고(주위적 청구), 설령 그 하자가 중대․명백하지는 않다 하더라도 취소되어야 한다(예비적 청구).

• 가. 절차적 하자에 관한 주장 OO지방국세청은 2016년 귀속 세금에 대한 세무조사를 실시하던 중 별도의 문서통보 없이 임의로 2017년 귀속 세금에 대해서까지 조사 범위를 확대하였으므로 국세기본법 제81조의9 의 세무조사 범위 확대 제한규정을 위반하였다.
• 나. 실체적 하자에 관한 주장

1. 이 사건 매입세금계산서 태양광모듈의 1․2차 유통사인 BBB, CCC은 제조사 DDD로부터 이 사건 태양광모듈 36,975개를 매수하되 언제든 현장으로 배송할 수 있도록 DDD의 창고에 물품을 계속 보관하기로 하였고, 원고는 CCC으로부터 이를 다시 매수하며 그 목적물반환청구권을 양도받는 형태로 인도받았다. 따라서 이 사건 매입세금계산서는 실제 있었던 재화의 공급을 바탕으로 발급․수수된 진실한 세금계산서이다.

2. 이 사건 매출세금계산서

• 가) ○○○ 1차 1~14호의 토공사는 부지조성공사가 아닌 개발행위 인․허가 전 진입로 확보 및 도로 포장을 위한 30일짜리 사전공사이다. 원고는 계약에 따라 사전공사를 시공하였고, 발주처인 EEE로부터 공사 완료 확인을 받은 후 같은 날 세금계산서를 발급하였으므로 이 부분 세금계산서는 정상적으로 발급된 것이다.
• 나) 전기공사 부분과 관련하여, 각 현장의 전기공사 계약은 기성금 지급시기를 ‘모듈 입고 후 30일 이내’로 정하고 있고, 원고는 각 모듈을 제조사이자 원도급자인 DDD의 창고에 보관하며 언제든 현장으로 발송할 수 있도록 제공하였으므로 ‘모듈의 입고’라는 조건은 충족되었으며, 입고일로부터 30일 이내에 세금계산서를 발급하였으므로 이 부분 세금계산서 역시 계약내용과 법 규정에 따라 정상적으로 발급된 것이다.

4. 이 사건 처분의 적법여부에 관한 판단

• 가. 절차적 하자 주장에 관한 판단 원고는 OO지방국세청이 2016년 귀속 세금에 대한 세무조사를 실시하던 중 별도의 문서통보 없이 임의로 2017년 귀속 세금에 대해서까지 조사 범위를 확대하였다고 주장한다. 그러나 을 제3, 4호증의 각 기재에 따르면, 원고 스스로 2016년 2기에 발급된 세금계산서 중 일부의 적법한 공급시기는 2017년 2기임을 인정한다는 소명자료를 제출하였고, OO지방국세청은 그에 따라 관련 과세자료를 관할 세무서에 통보하였을 뿐이므로 세무조사 범위를 확대하였다고 보기 어렵다. 그 외 원고가 제출한 증거만으로는 OO지방국세청이 2017년 귀속 세금에 대해서까지 세무조사를 확대하였음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 나. 실체적 하자 주장에 관한 판단

1. 관련 법리 특정 거래가 부가가치세법이 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래 별로 거래 당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호(현행법에서는 제39조 제1항에 같은 취지의 규정을 두고 있다)가 정한 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이라 할 것이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조). 그러나 납세의무자가 신고한 특정 재화의 거래에 관한 세금계산서가 재화의 수수없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2013. 1. 10.자 2012두21253 판결 등 참조).

2. 이 사건 매입세금계산서에 관한 판단 앞서 든 증거들 및 갑 제11호증의2, 을 제6 내지 14, 18, 20 내지 23, 28호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합해 보면, 이 사건 매입세금계산서는 실제 재화의 공급 없이 발급․수수되었음이 상당한 정도로 증명되었고, 원고가 제출한 증거만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 이 사건 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 할 것이므로, 피고가 이와 같은 전제에서 이 사건 처분을 한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 이 사건 태양광모듈 중 34,000개에 대한 세금계산서는 다음과 같은 흐름에 따라 발급되었다. 제조사(DDD) → 1차 유통사(BBB) → 2차 유통사(CCC) → 시공사(원고) → 원도급사(DDD) → 시행사(EEE) 이후 위 태양광모듈을 최종 공급받은 EEE는, 최초 공급자인 DDD와 대물변제계약을 체결하는 방법으로 이 사건 태양광모듈 34,000개를 다시 DDD에게 재판매하였다.
• 나) 원고는 이 사건 태양광모듈을 실제로 매입하였고, 태양광모듈의 부피가 크고 무거워 공급처에서 최종 소비처로 직송되는 단축급부 형식을 택했을 뿐이라고 주장한다. 그런데 단축급부 형식의 거래로 인해 물품에 대한 직접 점유가 생략되는 경우에도 그 거래의 실체를 인정하려면 적어도 물품의 내역, 수량, 검수절차의 이행 등 최소한 물품의 실제 존재를 확인할 수 있는 정도의 사정은 당연히 확인되어야 할 것이다. 그러나 이 사건 쟁점 거래는 대상 물품이 제대로 특정되지 않고, 1․2차 유통사들이 해당 물품을 구체적으로 점유, 관리하였다거나 원고에게 물품 반출권한을 양도하였다고 할 만한 자료가 부족하며, 거래 내용이나 과정에 합리성이 결여되어 있는 등 그 거래의 진정성을 의심하기에 충분한 정황이 있다.
• 다) 이 사건 매입세금계산서의 발급․수수에 관여한 업체인 원고, CCC, BBB, EEE는 모두 단 한 사람의 실질적 총괄 운영자인 FFF(예명 FFF)의 지시에 따라 운영되는 특수한 관계에 있다. 특히 BBB, GGG, EEE는 모두 같은 건물, 같은 층 사무실에 위치해있고, 이 사건 매입세금계산서는 각 단계별 발급업체가 상이함에도 모두 동일한 IP와 동일한 Mac 주소를 가진 컴퓨터 1대에서 발급되었으며, 각 업체의 OTP 비밀번호 생성기는 특정 직원의 서랍에 한꺼번에 보관되어 관리되었다.
• 라) OO지방국세청은 세무조사 당시 DDD를 상대로, DDD가 BBB에게 공급하였다는 태양광모듈의 모듈데이터 자료를 제출할 것을 요청하였고, DDD는 이 사건 태양광모듈에 대한 모듈데이터를 제출하였다. 그런데 위 모듈데이터의 내역을 추적한 결과 그 중 6,828건은 공급일시 이전에 이미 다른 현장에 설치된 모듈로 확인되는 등 DDD가 마치 BBB에게 해당 모듈을 공급한 것처럼 제출한 모듈데이터는 허위임이 밝혀졌다. 이에 대해 DDD의 대표이사는 당시 생산관리시스템에 랜섬웨어 바이러스가 감염되어 정확한 정보를 제공할 수 없었다는 취지의 사실확인서를 작성하였으나, 이는 원고, BBB, CCC 등과 DDD의 관계 및 자료제출의 경위, 사실확인서 작성 시점 등에 비추어 그대로 믿기 어렵다.
• 마) 이 사건 매입세금계산서에는 이 사건 태양광모듈이 설치될 예정인 공사현장 약 20곳의 명칭이 특정되어 있으나, 일부 공사현장은 세금계산서 발급 당시 개발행위허가 조차 받지 못한 상태였거나 현장 자체가 존재하지 않음에도 가칭으로 현장 이름만 만들어 놓은 곳이고, 세금계산서 발급 이후부터 이 사건 처분 당시까지 해당 공사현장에 실제 이 사건 태양광모듈이 투입된 사실이 없다.
• 바) 원고, BBB, CCC은 각 공사현장에 필요할 것으로 예상되는 태양광모듈 등 태양광발전시설 자재를 저렴한 가격에 우선 확보하기 위해 선제적으로 대량 매입․유통하였다고 주장한다. 그러나 1차 유통사인 BBB와 DDD는 2016. 11. 8. 이 사건 태양광모듈에 대한 공급계약을 체결하였음에 반해 각 태양광모듈의 설치가 예정되어 있다는 공사현장에 대한 태양광발전시설 건설공사의 도급계약이 최초로 체결된 시점은 2016. 12. 1.로 확인된다. 즉, 1차 유통사인 BBB는, 시행사와 시공사가 각 공사현장에 대한 건설공사계약을 체결하기도 전에 DDD, 원고, CCC 등 3∼4개 업체의 순차 발주를 거쳐 제조사인 DDD와 가액 67억 원에 달하는 태양광모듈의 공급계약부터 체결했다는 것인바, 이는 합리적인 계약 당사자라면 도저히 선택하기 어려운 비정상적인 거래 행태이다.
• 사) 원고, BBB, CCC, EEE 등의 실질 운영자인 FFF은 P2P 금융인 HHH로부터 ●●● 1호 현장에 대하여 36억 원의 대출을 일으켰는데, 그 과정에서 이 사건 매입세금계산서가 활용된 것으로 보인다.
• 아) 원고는 이 사건 소 제기 이후 OO지방검찰청이 FFF의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등), 조세범처벌법위반 혐의에 대해 혐의없음(증거불충분) 결정을 한 것에 비추어 볼 때, 이 사건 매입세금계산서는 진실된 공급 거래를 토대로 발급․수수된 것이라고 주장한다. 그러나 이는 형사범죄를 증명할 증거가 부족하다는 것에 불과하고, 행정재판이나 민사재판은 과세관청이나 수사기관의 조사 결과에 구속받는 것이 아니며 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있고(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 또 행정재판은 형사재판과 다른 입증책임의 분배 원리를 갖고 있으므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
• 자) 또한 원고는 이 사건 태양광모듈이 실재하였음을 증명하는 자료라고 주장하며 2017. 1. 6. DDD 문경공장에서 촬영한 태양광모듈 및 보관증 사진을 제출하였다. 그러나 ① 이 사건 매입세금계산서를 허위로 발급하게 된 주된 목적이 금융기관 대출을 일으키기 위한 것으로 의심되는데, 위 사진은 OO카드 대출 담당자가 원고 및 BBB에 대한 대출 여부를 심사하기 위해 원고 측의 요청을 받고 현장에 방문하여 촬영한 사진인 점, ② DDD와 원고, BBB, CCC이 일반적인 제조사와 유통사의 관계로 보이지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 위 사진만으로는 이 사건 태양광모듈의 실제 거래를 인정하기 부족하다.

3. 이 사건 매출세금계산서에 관한 판단

• 가) 토공사 관련 부분(△△△ 1∼14호) 피고는, 원고와 DDD가 체결한 △△△ 1∼14호 현장 토공사(이하 ‘이 사건 토공사’라고 한다) 계약을 태양광발전시설의 설치를 위한 ‘부지조성공사 계약’으로 본 다음 해당 현장에 대한 개발행위 허가일은 2017. 9. 13.임에도 이 사건 토공사 관련 세금계산서는 2016. 12. 26. 발급된 점에 비추어 실제로는 토공사를 시작하지도 않은 시점에 세금계산서를 과다하게 발급하였다는 전제 하에 이 사건 처분을 하였다. 그러나 앞서 든 증거 및 갑 제15, 16호증, 을 제24, 25호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면, 피고가 제출한 증거들 및 그 주장 사정들만으로는 이 사건 토공사 관련 매출세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거나 사정이 없다. 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.

(1) 특정 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 원칙적으로 과세관청이 부담한다.

(2) 이 사건 토공사 계약은 ① 계약서에는 공사명칭이 단순히 ‘태양광발전소 설치공사 중 토공사’라고만 특정되어 있어 계약서 기재만으로는 이 사건 토공사가 ‘부지조성공사’인지 ‘진입로 포장 공사’인지 여부를 특정할 수 없는 점, ② 이 사건 토공사 현장 이외에 또 다른 태양광발전소 설치 현장의 부지조성공사 계약은 공사기간을 1년으로 정하였음에 비해 이 사건 토공사 계약은 공사기간이 1달에 불과한 점, ③ 원고가 이 사건 토공사 현장에 대한 부지조성공사는 2017. 9. 19. 다른 업체와 별도의 공사계약을 체결하여 진행했다며 관련 계약서를 제출하고 있는 점 등에 비추어, 피고가 제출한 증거만으로는 원고의 위 주장을 배척하고 이 사건 토공사가 ‘부지조성공사’임을 인정하기 부족하다.

(3) 이 사건 토공사의 발주자인 EEE는 원고에게 2016. 12. 26. 이 사건 토공사 용역의 제공이 완료되었다는 내용의 확인서를 발급해주었는데, 위 확인서는 처분문서로서 그 진정성립이 인정되고, 달리 그 기재 내용을 부인할 만한 반증이 존재하지 않는다.

(4) DDD는 원고로부터 이 사건 토공사 관련 매입세금계산서를 발급받았고, 과세관청(OO세무서장)은 위 매입세금계산서를 토대로 DDD에게 2016년 2기 부가가치세와 2016 사업연도 법인세를 부과하였다. 이에 대해 DDD는 이 사건 토공사 관련 매입세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’가 아니라고 주장하며 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 DDD의 주장을 받아들여 이 부분 매입세금계산서로 인한 각 부과처분을 취소하는 취지의 결정을 하였다. 조세심판원은 원고가 청구한 조세심판에서도 이 부분 세금계산서는 정상적으로 발급된 세금계산서라고 판단하였다.

• 나) 전기공사 관련 부분 앞서 든 증거 및 을 제4, 5, 24, 25호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면 이 사건 매출세금계산서 중 전기공사 관련 부분은 모두 공급시기가 도래하지 않은 시기에 과다하게 발급된 것으로서 이를 전제로 한 피고의 처분은 적법하다. 이 부분 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

(1) △△△ 1∼14호 현장의 전기공사에 관하여 △△△ 1∼14호 전기공사 용역의 공급시기는 부가가치세법 제16조 제1항 에 따라 ‘역무의 제공이 완료되는 때’이다. 그런데 위 각 현장의 ‘전기공사사용 전 검사확인증’은 2019. 1. 이후에서야 발급되었고, 매출세금계산서 발급 시기인 2016. 12. 26.에는 전기공사의 용역 제공이 완료되지 않았음이 인정되므로 이 부분 매출세금계산서는 공급시기가 아닌 때 과다하게 발급된 세금계산서에 해당한다. 원고 역시 OO지방국세청 세무조사 당시 매출세금계산서 중 △△△ 1∼14호 현장에 관한 부분은 공급시기가 아님에도 과다하게 발급한 것임을 인정한 바 있다.

(2) △△△ 1∼14호 현장을 제외한 나머지 전기공사에 관하여 부가가치세법 제16조 제2항, 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제3호 는 ‘중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 본다’고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 부가가치세법 시행규칙 제20조 는 ‘중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우’란 ‘계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우’를 말한다고 규정하고 있다. △△△ 1∼14호 현장을 제외한 나머지 현장의 전기공사(이하 ‘이 사건 나머지 전기공사’라고 한다)는 모두 전체 공사대금을 선급금 10%, 기성금 80%, 잔금 10%(대동2호, 성산2호 현장은 각 선급금 40%, 기성금 50%, 잔금 10%) 등으로 분할하여 지급하고, 그 중 선급금은 계약체결 후 30일 이내에 지급하며, 공사기간은 계약체결일부터 1년으로 한다는 내용으로 계약이 체결되었다. 즉, 이 사건 나머지 전기공사는 부가가치세법 시행규칙 제20조 에서 정한 ‘중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우’에 해당하므로, 각 기성금에 해당하는 용역의 공급시기는 계약상 기성금을 받기로 한 때인 ‘주요자재(모듈) 입고 후 30일 이내’로 봄이 타당하다. 이에 관해 원고는 이 사건 태양광모듈을 제조사인 DDD의 창고에 보관하며 단축급부의 형태로 현장에 공급․제공하였으므로 ‘모듈의 입고’라는 조건은 충족되었다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 태양광모듈은 실제 재화의 공급 없이 세금계산서만 발급․수수된 가공거래이고, 이 사건 태양광모듈이 최종적으로 공사현장에 입고되지 않고 다시 제조사에게 반환되었으므로 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이기 어렵다. 그리고 주요자재인 태양광모듈이 입고되지 않은 이상 이 부분 전기공사의 용역은 모두 공급시기가 도래하지 않았고, 그럼에도 원고는 공급시기가 도래한 것처럼 이 사건 세금계산서를 발급하였는바, 이는 공급시기가 아님에도 과다하게 발급한 세금계산서라고 봄이 타당하다.

• 다. 하자의 중대․명백 여부 행정처분이 무효가 되기 위해서는 처분에 위법사유가 있고 이러한 하자가 법규의 중요한 부분을 위반하여 중대하며 객관적으로 명백하여야 하는데(대법원 2022. 5. 12. 선고 2021두56350 판결 참조), 앞서 일부 인정한 이 사건 처분사유의 하자가 중대하다고 할 수는 있지만, 명백하다고 하기는 어렵고, 나머지 처분사유에는 아무런 하자가 없다. 따라서 이 사건 처분의 무효 확인을 구하는 원고의 주위적 청구는 모두 이유 없고, 아래에서는 그 취소를 구하는 예비적 청구에 대해서만 살펴본다.

• 가. 관련 법리 과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1982. 5. 11. 선고 81누296 판결, 대법원 2006. 6. 15. 2004두3823 판결 등 참조). 또한 본세와 가산세, 나아가 같은 가산세더라도 신고ㆍ납부 불성실 가산세와 세금계산서 불성실 가산세의 각 부과처분은 각각 별개의 독립한 처분이므로, 위 각 세액이 정당세액의 범위 내에 있는지도 별도로 판단되어야 한다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두7064 판결 참조).
• 나. 구체적 판단

1. 이 사건 매출세금계산서 중 이 사건 토공사 관련 부분(공급가액 합계 420,000,000원, 이하 ‘이 사건 쟁점 세금계산서’라고 한다)은 ‘사실과 다른 세금계산서’로 인정되지 않음은 앞서 본 바와 같으므로 이 사건 처분 중 이에 해당하는 부분은 처분사유가 존재하지 않는다. 그런데 이 사건 쟁점 세금계산서는 매출세금계산서이고, 그 실질이 인정되는 이상 이 사건 처분 중 부가가치세 본세와 법인세 본세 및 각 그에 대한 ‘과소․초과환급신고 가산세’와 ‘납부․환급 불성실 가산세’의 정당한 세액은 이 사건 처분에 따른 각 세액보다 오히려 증액되어야 한다. 따라서 이 사건 처분에 따른 위 각 세액은 정당한 세액의 범위 내에 있어 위법하지 않다.

2. 다만, 이 사건 처분 중 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제60조 제2항 제5호에 따른 ‘세금계산서 지연발급․지연수취․미발급 등 가산세’의 경우 이 사건 쟁점 세금계산서의 공급가액에 1%를 곱한 금액인 4,200,000원(= 420,000,000원 × 1%) 만큼 감액되어야 하는바, 이 부분 세액은 정당한 세액을 초과하였으므로 위법하다. 따라서 이 사건 처분 중 2016년 제2기 부가가치세 관련 ‘세금계산서 지연발급․지연수취․미발급 등 가산세’ 4,200,000원 부분은 취소되어야 한다.

그러므로 원고의 주위적 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 예비적 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하며, 나머지 예비적 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.