사무장병원 부가가치세 과세여부

사 건 2023구합200474 법인세부과처분등취소 원 고 AA재단 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2024.5.16 판 결 선 고 2024.7.11

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 9. 6. 원고에 대하여 한 2011사업연도 법인세 22,389,267원, 2012사업연 도 법인세 3,909,032원, 2013사업연도 법인세 4,325,417원, 2014사업연도 법인세 518,622원, 2015사업연도 법인세 38,252,263원, 2019사업연도 법인세 55,736,398원 및 피고가 2021. 7. 22. 원고에 대하여 한 2011년 1기분 부가가치세 250,870,929원, 피고 가 2021. 9. 6. 원고에 대하여 한 2011년 2기분 부가가치세 262,489,669원, 2012년 1기 분 부가가치세 256,722,641원, 2012년 2기분 부가가치세 265,056,610원, 2013년 1기분 부가가치세 315,279,146원, 2013년 2기분 부가가치세 180,062,931원, 2014년 1기분 부 가가치세 229,251,009원, 2014년 2기분 부가가치세 224,146,259원, 2015년 1기분 부가 가치세 199,495,777원, 2015년 2기분 부가가치세 203,188,897원, 2016년 1기분 부가가 치세 194,740,423원, 2016년 2기분 부가가치세 201,121,359원, 2017년 1기분 부가가치 세 227,922,563원, 2017년 2기분 부가가치세 217,524,054원, 2018년 1기분 부가가치세 64,361,297원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 당사자들의 관계 원고 의료법인 BB의료재단(이하 ‘원고 의료법인’이라고만 한다)은 2007. 8. 28. 의료법 제48조, 제33조 제2항에 의해 의료기관을 설치·운영할 목적으로 설립된 법인으 로, 충청남도 금산군 금산읍에 ‘CC병원(이하 ‘이 사건 요양병원’이라 한다)을 개설하여 운영하고 있다. 지DD은 2008. 6. 9. 원고 의료법인의 이사장에 취 임한 후 2011. 6. 9. 퇴임한 자이다.
• 나. 지DD의 이 사건 요양병원 운영 경위

1. 원고 의료법인은 충남 금산군 금산읍 토지 및 건물을 기본재산으 로 하여 적법한 절차를 거쳐 2007. 8. 21. 설립허가를 받아 이 사건 요양병원을 개설하 여 운영을 시작하였고, 지DD은 이 사건 요양병원의 행정원장으로 근무하였다. 지DD 은 2008. 6. 초순경 원고 의료법인의 이사장으로부터 이 사건 요양병원의 물 적·인적시설과 원고 의료법인의 채권·채무를 각각 인수하여 이 사건 요양병원의 운영 권 일체를 포괄적으로 양수하였다.

2. 지DD은 의료인이 아니었음에도 불구하고 그때부터 2015. 11.경까지는 원고 의료법인의 이사장으로서, 2015. 11. 9.경부터 2018. 2. 14.까지는 처남인 강EE를 원 고 의료법인의 이사장으로 내세워 원고 의료법인의 이사회에 의하여 이 사건 요양병원 을 운영하지 않은 채 전적으로 자신의 의사에 따라 이 사건 요양병원을 실제로 운영하 였다.

3. 지DD은 2008. 6. 9.경부터 2017. 11.경까지 위와 같이 이 사건 요양병원을 운영하면서 의사를 고용하여 환자를 진료하게 한 다음 건강보험심사평가원에 요양급여 비용 명세서를 근거로 심사를 의뢰하고, 그 심사 결과를 통보받아 국민건강보험공단으 로부터 2008. 8. 26.부터 2017. 11. 2.까지 별지1 ‘요양급여 지급내역’ 기재와 같이 113 회에 걸쳐 요양급여비 명목으로 합계 13,650,224,150원을 지급받았다.

• 다. 관련 형사판결의 경과

1. 지방검찰청 검사는 2018. 9. 28. 대전지방법원 2018고합호로서 ‘의료 인이 아닌 지DD이 위와 같이 2008. 6. 9. 고FF로부터 이 사건 요양병원의 물적·인 적시설과 원고 의료법인의 채권·채무를 각각 인수하여 이 사건 요양병원의 운영권 일 체를 포괄적으로 양수한 후 2017. 11.경까지 이 사건 요양병원을 실제 운영하면서 피 해자 국민건강보험공단으로부터 2008. 8. 26.부터 2017. 11. 2.까지 요양급여비 명목으 로 합계 13,650,224,150원을 지급받아 편취하였다.’는 내용의 공소사실로 지DD을 의 료법위반 및 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기)죄로 기소하였다.

2. 지방법원은 2019. 8. 22. ‘원고 의료법인은 그 명의로 개설·운영된 이 사 건 요양병원이 적법한 의료기관인 것과 같은 외관을 만들기 위하여 형식적으로 설립되 어 존속하였을 뿐이고, 의료인이 아닌 지DD이 실질적으로 이 사건 요양병원을 운영 하였다’고 판단하여 위 공소사실을 유죄로 인정한 후 지DD을 징역 3년에 처하는 판 결을 선고하였다. 지DD은 위 판결에 불복하여 항소 및 상고를 제기하였으나, 모두 기 각되어 위 판결은 확정되었다(이하 ‘확정된 관련 형사판결’이라 한다).

• 라. 원고 의료법인 등에 대한 요양급여비용 환수결정 국민건강보험공단은 2018. 12. 10. 원고 의료법인 및 지DD에 대하여 의료법 제33조 제2항을 위반하여 요양급여비용을 청구·지급받았다는 이유로, 원고 의료법인에게 17,415,801,080원의, 지DD에게 9,779,895,810원의 요양급여비용 환수결정을 하였다(이 하 ‘이 사건 요양급여 환수처분’이라 한다).
• 마. 법인세 및 부가가치세 경정 내역

1. 지방국세청장은 원고 의료법인에 대하여 2021. 3. 9.부터 2021. 7. 23.까 지 2011 ~ 2019 사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시하였고, 그 결과 원고 의료법 인은 국민건강보험공단을 기망하여 속칭 ‘사무장병원’을 운영하였음에도 적법한 의료기 관인 것처럼 부가가치세 면제를 적용하여 2011년 제1기 ~ 2018년 제1기 부가가치세 3,292,233,564원을 포탈하였고, 원고 의료법인 이사장 지DD은 변칙 회계처리를 통해 원고 의료법인의 자금을 부당하게 유출하여 2011 ~ 2019사업연도 법인세 776,338,378 원(고지세액: 781,175,425원, 환급세액: 2018년 사업연도 법인세 4,787,047원)을 포탈하 였다는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

2. 이에 피고는 통보받은 과세자료에 따라 원고 의료법인에 대하여 2021. 9. 6. 별지2 ‘법인세 경정내역’ 기재와 같이 법인세를, 2021. 7. 22. 및 2021. 9. 6. 별지3 ‘부 가가치세 경정내역’과 같이 부가가치세를 결정·고지하였다. 이후 지방국세청장은 2022년 2월경 지DD이 원고 의료법인의 자금을 부당 유출하여 개인적으로 사용한 자 금에 대하여 상여처분으로 익금산입하면서 손금산입을 하지 않아 법인세가 과다하게 부과된 사실을 확인하고 익금산입한 금액 1,661,615,010원을 손금산입 함으로써 2011 년도 ~ 2018년도 법인세 667,343,261원을 직권 감액하였다.

3. 이에 대하여 원고 의료법인은 2021. 8. 20. 원고 의료법인이 아닌 지DD이 의료용역 제공의 주체이자 수입금액의 실질적 귀속자이므로 원고 의료법인에 한 위와 같은 과세처분은 취소되어야 한다는 취지의 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2022.

10. 27. 원고의 심판청구를 기각하였다.

• 바. 이 사건 각 환수처분 관련 행정소송 경과 원고 의료법인과 지DD은 국민건강보험공단을 상대로 서울행정법원 2018구합 호로서 이 사건 요양급여 환수처분에 대한 취소청구 소송을 제기하였고, 서울행 정법원은 2020. 12. 24. 이 사건 요양병원은 의료법 제33조 제2항 을 위반하여 개설된 의료기관에 해당하고, 원고 의료법인은 이 사건 요양병원을 개설한 명의자로서 국민건 강보험공단으로부터 이 사건 요양병원에 대한 요양급여비용을 지급받았으므로, 국민건 강보건법 제57조 제1항에 의해 부당징수처분의 상대방이 된다는 이유 등으로 처분사유 는 인정하였으나, 원고 의료법인에게 요양급여비용 전액을 징수하는 것은 비례의 원칙 을 위반하여 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다고 보면서 법원이 직권으로 적정한 재 량권의 범위를 판단할 수 없다고 보아 원고 의료법인에 대한 처분은 전부 취소하고, 지DD에 대한 처분은 적법하다고 보아 지DD의 청구를 기각하는 판결을 선고하였
• 다. 1) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

피고의 원고 의료법인에 대한 부과처분과 관련한 별지2 ‘법인세 경정내역’ 중 ‘경정 세액에서 감액경정세액을 공제한 나머지 법인세 부분’ 및 별지3 ‘부가가치세 경정내역’ 의 ‘경정세액’ 기재와 같은 부가가치세 부분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)은 다음과 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.

• 가. 법인세법 제4조 제1항 제1호 는 각 사업연도의 소득에 대하여 법인세를 과세하 도록 규정하고 있고, 부가가치세법 제4조 제1호 는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세하도록 규정하고 있는바, 이 사건 요양급여 환수처분으로 인해 원 고 의료법인에는 법인세 과세대상인 사업소득이 존재하지 않고, 부가가치세 과세대상 인 재화나 용역의 공급 대가가 존재하지 않게 되었다(이하 ‘제1 주장’이라 한다).
• 나. 부가가치세법 제26조 에 의하면 같은 법 시행령 제35조 제1항은 의료법에 따른 의사, 간호사 등이 제공하는 용역에 대하여 부가가치세 면제를 규정하고 있는바, 원고 의료법인은 모두 의료법에 따른 의사들이 요양급여를 실시하였으므로, 원고 의료법인 이 소위 사무장병원이라는 사유만으로 부가가치세 면제 대상이 아니라고 볼 수 없다 (이하 ‘제2 주장’이라 한다).
• 다. 확정된 관련 형사판결에서 지DD이 원고 의료법인의 명의를 빌려 의료기관을 개설하여 개인 사업으로 의료기관을 운영한 것으로 본 이상, 이 사건 각 부과처분은 이 사건 요양병원의 실질적인 사업자가 아닌 단순 명의자에 불과한 원고 의료법인에 대한 것으로서 국세기본법 제14조 제1항 의 실질과세 원칙에 반한다(이하 ‘제3 주장’이 라 한다).

별지4 ‘관계 법령 등’ 기재와 같다.

• 가. 제1 주장에 대한 판단

1. 관련 법리

• 가) 형법상 뇌물, 알선수재, 배임수재 등의 범죄에서 몰수나 추징을 하는 것 은 범죄행위로 인한 이득을 박탈하여 부정한 이익을 보유하지 못하게 하는 데 목적이 있으므로, 이러한 위법소득에 대하여 몰수나 추징이 이루어졌다면 이는 위법소득에 내 재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화된 경우에 해당한다. 따라서 이러한 경우에는 소득이 종국적으로 실현되지 아니한 것이므로 납세의무 성립 후 후발적 사유 가 발생하여 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 것으로 보아 납세자로 하여 금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함이 타당하다. 즉, 위법소득의 지 배․관리라는 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다고 하더라도 그 후 몰수나 추징과 같은 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화되 는 후발적 사유가 발생하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립 하였던 납세의무가 전제를 잃게 되었다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자는 국세기본 법 제45조의2 제2항 등이 규정한 후발적 경정청구를 하여 납세의무의 부담에서 벗어 날 수 있다. 그리고 이러한 후발적 경정청구사유가 존재함에도 과세관청이 당초에 위 법소득에 관한 납세의무가 성립하였던 적이 있음을 이유로 과세처분을 하였다면 이러 한 과세처분은 위법하므로 납세자는 항고소송을 통해 취소를 구할 수 있다(대법원

2015. 7. 16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결 등 참조).

• 나) 위와 같이 위법소득을 몰수 또는 추징함으로써 범죄행위로 인한 이득을 박탈하여 부정한 이익을 보유하지 못하게 하려는 취지는 국민건강보험공단에 의한 요 양급여비용 환수결정의 경우에도 유사한 점, 환수처분에 의한 환수가 실제로 이루어지 기 전까지는 납세자가 이미 지급받은 요양급여비용에 대한 경제적 이익을 향수하고 있 다고 볼 수 있는 점, 일단 위와 같은 요양급여 비용에 대해 과세하더라도 향후 실제로 납세자가 지급받은 급여비용을 반환하는 경우 후발적 경정청구를 통해 구제받을 길이 열려있는 점, 이처럼 위법한 행위를 통해 얻은 이익에 대해 과세하지 않으면 그 사람 을 적법한 거래행위를 한 사람보다 더 우대하는 결과를 초래하게 되어 조세정의와 형 평에 어긋나는 점 등을 종합하여 보면, 국민건강보험공단으로부터 환수결정 통보를 받 은 요양급여비용 역시 실제 환수가 이루어지기 전까지는 부가가치세 과세대상에 해당 한다고 보아야 한다.

2. 구체적 판단

• 가) 원고 의료법인이 국민건강보험공단으로부터 이 사건 요양급여 환수처분 을 통보 받은 사실, 이에 대하여 관련 행정소송이 계류 중에 있고 아직까지 확정되지 않은 사실, 원고가 현재까지 이 사건 요양급여 환수처분에 따른 환수금을 국민건강보 험공단에 납부하지 않은 사실은 앞에서 본 바와 같거나 당사자들 사이에 다툼이 없다.
• 나) 위 인정사실을 위에서 본 법리에 비추어 보면, 원고 의료법인이 국민건 강보험공단으로부터 환수금 결정 통지를 받았을 뿐, 그 해당 금액을 납부하지 아니한 이상, 원고 의료법인의 국민건강보험공단으로부터 지급받은 요양급여에 대한 경제적 이익을 향수하고 있으므로 위 요양급여는 법인세 및 부가가치세 과세대상이 된다고 보 아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고 의료법인의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나. 제2 주장에 대한 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제5호는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘의료보건 용역으로서 대 통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 (2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조는 ‘법 제12 조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건 용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.’고 규정하면서 제1호에서 ‘의료법에 따른 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호 사가 제공하는 용역’을 들고 있다. 이러한 법령규정의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 보면, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역은 의료법에 규정하는 의사 등(의료법의 규정에 의하여 의료기관을 개설한 자를 포함한다)이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건 용역을 의미한다고 봄이 타당하다(대법원

2013. 5. 9. 선고 2011두5834 판결 등 참조).

• 나) 의료법이 제33조 제2항에서 의료인이나 의료법인 기타 비영리법인 등이 아닌 자의 의료기관 개설을 원칙적으로 금지하고, 제87조 제2항 제2호에서 이를 위반 하는 경우 처벌하는 규정을 둔 취지는 의료기관 개설자격을 의료전문성을 가진 의료인 이나 공적인 성격을 가진 자로 엄격히 제한함으로써 건전한 의료질서를 확립하고, 영 리 목적으로 의료기관을 개설하는 경우에 발생할지도 모르는 국민 건강상의 위험을 미 리 방지하고자 하는 데에 있다(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018도10779 판결 등 참조). 따라서 의료인의 자격이 없는 일반인이 그와 같이 주도적인 입장에서 필요한 자금을 투자하여 시설을 갖추고 유자격 의료인을 고용하여 그 의료인 명의로 의료기관 개설신 고를 한 행위는 형식적으로만 적법한 의료기관의 개설로 가장한 것일 뿐 실질적으로는 의료인 아닌 자가 의료기관을 개설한 경우에 해당하고, 개설신고가 의료인 명의로 되 었다거나 개설신고 명의인인 의료인이 직접 의료행위를 하였다 하여 달리 볼 수 없다 (대법원 2011. 10. 27. 선고 2009도2629 판결 등 참조). 그리고 이러한 법리는 의료법 에 의하여 의료기관을 개설할 수 있는 ‘비영리법인’의 명의로 부설 의료기관을 개설 신 고한 경우(대법원 2015. 12. 23. 선고 2015도10322 판결 참조) 뿐만 아니라 ‘의료법인’ 명의로 의료기관을 개설 신고한 경우에도 마찬가지로 적용된다.
• 나) 구체적 판단 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에서 살피건대, 이 사건 요양병원에서의 진 료행위가 의료인에 의해 행하여졌다 하더라도 실제 진료행위 등 용역을 공급한 주체는 그러한 의료인이 아니라 형식상 원고 의료법인의 명의로 이 사건 요양병원을 개설·운 영한 지DD이라 할 것이고, 이와 같은 사실은 확정된 관련 형사판결에서도 확인된 사 실인바, 지DD이 구 의료법(2020. 3. 4. 법률 제17069호로 개정되기 전의 것) 제33조 제2항 각 호에서 규정하고 있는 의사 등 의료기관을 개설할 수 있는 자격을 갖추지 못 하였으므로 이 사건 요양병원에서 이루어진 진료행위 등의 용역은 구 부가가치세법 및 같은 법 시행령에서 정한 부가가치세 면제 대상인 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역’에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고 의료법인의 이 부분 주장도 이유 없다.
• 다. 제3 주장에 대한 판단 원고 의료법인은 지DD이 이 사건 요양병원의 운영으로 인한 소득의 실질적인 귀속 주체였음을 근거로 원고 의료법인에 대한 이 사건 각 부과처분이 실질과세원칙에 반한다고 주장하나, 이 사건 요양병원의 수익은 법인사업자로 등록된 원고 의료법인에 귀속되는 이상 과세관청이 원고 의료법인의 소득을 근거로 이 사건 각 부과처분을 한 것은 적법하다고 할 것이다. 설령 원고 의료법인의 소득을 결과적으로 지DD이 취한 다고 하더라도 이는 의료법 위반을 회피하기 위한 불법적인 수단과 방법을 활용하는 과정에서 발생한 내부적인 사정에 불과하므로 그와 같은 사정만으로 이 사건 각 부과 처분이 실질과세의 원칙에 반한다고 볼 수는 없다. 따라서 원고 의료법인의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고 의료법인의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 결정한