요양원과 주택을 일괄양도했으므로 안분계산한 가액을 기준으로 양도차익을 계산한 이 사건 처분은 적법함

사 건 2023구단200064 양도소득세부과처분취소 원 고 전AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 8. 24. 판 결 선 고

2023. 9. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. xx. xx. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx 원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고와 이BB는 2004. x. x. xx시 xxx xx동 xxx-x 대 xxx㎡, 같은 동 xxx-xx 대 x,xxx㎡, 같은 동 xxx-xx 대 xx㎡ 및 xx 동 xxx-x, xxx-xx 지상 건물 1) (이하 위 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 요양원’이라 한다)의 각 1/2 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고와 이BB는 2004. x. x. xx시 xxx xx동 xxx-xx 지상 주택의 각 1/2지분에 관하여 소유권이전등기를 마친 후, 이BB는 2006. xx. xx. 원고에게 위 주택 중 이BB 소유의 1/2 지분을 매도하고 2016. xx. xx. 그 소유권이전등기를 마쳐주었으며, 원고는 2006. xx. xx. xx시 xxx xx동 xxx-xx 대 xxx㎡에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다(이하 위 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 주택’이라 한다).
• 다. 원고는 2021. x. xx. 주식회사 CC(이하 ‘CC’이라고만 한다)과 사이에 이 사건 요양원 중 원고 소유의 1/2지분 및 이 사건 주택(이하 통틀어 ‘이 사건 쟁점부동산’이라 한다)을 매매대금 x,xxx,xxx,xxx원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 라. 원고는 2021. x. xx. 피고에게 이 사건 쟁점부동산 중 이 사건 요양원 부분과 이 사건 주택 부분의 거래가액을 아래와 같이 구분, 산정하여 2021년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 신고·납부하였다. xx시 xxx xx동 지분 신고서상 양도가액 이 사건 요양원 [건물] xxx-x,xxx-xx 1/2 62,617,851원 933,750,000원 [토지] xxx-x 132,248,527원 [토지] xxx-xx 729,180,928원 [토지] xxx-xx 9,702,694원 이 사건 주택 [건물] xxx-xx 1/1 15,927,700원 635,000,000원 [토지] xxx-xx 619,072,300원 합계 1,568,750,000원
• 마. 피고는 2022. x. x. 원고에 대하여, 이 사건 쟁점부동산을 일괄 양도하면서 구분기장한 양도가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 소득세법 제100조 제3항 에서 정한 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 보아 이 사건 쟁점부동산의 가액을 기준시가로 안분계산한 후 2021년 귀속 양도소득세를 xxx,xxx,xxx원(= 산출세액 xxx,xxx,xxx원 + 가산세 xx,xxx,xxx원 – 기납부세액 xxx,xxx,xxx원)으로 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2022. x. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판 원은 2022. xx. x. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 요양원은 2015년경 ‘xx시 xx1지구 지구단위계획 공동주택 개발사업’시행에 따라 처음 매매가 논의될 당시부터 이 사건 매매계약 체결 시까지 그 대금이x,xxx,xxx,xxx원으로 정해져 있었고, 이 사건 요양원의 공유자 이BB 역시 2021. x. xx. 이 사건 요양원 중 이BB 소유의 1/2지분을 xxx,xxx,xxx원(= x,xxx,xxx,xxx원/2)에 매도하였는바, 원고는 이 사건 요양원 중 원고 소유의 1/2지분에 대한 양도가액을xxx,xxx,xxx원, 이 사건 주택에 대한 양도가액을 xxx,xxx,xxx원으로 정하여 개별적으로CC에게 양도한 것이다. 따라서 원고는 이 사건 쟁점부동산을 일괄하여 양도하지 아니하였으므로 소득세법 제100조 제2, 3항이 적용될 수 없고, 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 때에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 이 사건 쟁점부동산의 양도 당시 기준시가를 기준으로 안분하여 양도소득세를 경정한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 인정사실

1. DDDD산업개발 주식회사(이하 ‘DDDD산업개발’이라고만 한다)는 2015년경부터 이 사건 요양원과 이 사건 주택을 포함한 xx시 xxx xx동 일대에서 ‘xx시 xx 1지구 지구단위계획 공동주택 개발사업’을 시행하였고, 2020년경부터는 CC이 위 개발사업을 인수받아 시행하였다.

2. 원고와 이BB이 이 사건 요양원 및 이 사건 주택에 관하여 DDDD산업개발 또는 CC과 체결한 부동산매매계약의 내역은 아래 표 기재와 같다. 매도인 매수인 계약일자 매매대금(원) 비고 이 사건 주택 이 사건 요양원 원고 oooo 산업개발

2015. 7. 30.

• 1,867,500,000 (1/2: 933,750,000) 토지만 거래대상 oooo 산업개발

2016. 4. 20. 335,000,000 1,867,500,000 (1/2: 933,750,000) 토지만 거래대상 oo 외 1개사

2020. 9. 7.

• 933,750,000 oo

2021. 4. 21. 1,568,750,000 이 사건 매매계약 이BB oooo 산업개발

2015. 7. 30.

• 1,867,500,000 (1/2: 933,750,000) 토지만 거래대상 oooo 산업개발

2016. 4. 20.

• 1,867,500,000 (1/2: 933,750,000) 토지만 거래대상 oo 외 1개사

2020. 9. 7.

• 933,750,000 oo

2021. 4. 16.

• 933,750,000

3. 이 사건 요양원 및 이 사건 주택에 관하여, 2021. x. xx. CC 명의의 소유권이전등기가 마쳐진 후, 같은 날 EE자산신탁주식회사 명의의 2021. x. xx.자 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

4. 이 사건 요양원 건물 부분은 2021. x. xx., 이 사건 주택 건물 부분은 2021. x. xx. 각 멸실되었다.

5. 원고가 당초 신고한 이 사건 쟁점부동산 양도가액과 피고의 안분계산액 및 그 차이는 아래와 같다. 구분 신고가액(원) (①) 기준시가(원) 안분가액(원) (②) 차액 (③=①-②) 비율차이 (=③/②× 100) 이 사건 요양원 원고의 1/2 지분 933,750,000 572,840,780 1,241,493,983 -307,743,983 -24.79% 이 사건 주택 635,000,000 151,000,000 327,256,016 307,743,984 94.04% 합계 1,568,750,000 723,840,780 1,568,750,000 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4 내지 9호증의 각 기재, 증인 조FF의 증언, 변 론 전체의 취지

• 다. 판단

1. 관련 규정 및 법리 가) 소득세법 제100조 제2항 전문은 ‘양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제6항은 ‘법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호는 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 모두 있는 경우는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되, 다만 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다.

• 나) 구 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 는 모두 “토지와 건물 등”이라는 표현을 사용하고 있다. 위 규정들은 그 문언에 비추어 볼 때 ‘토지와 건물’을 일괄 양도하는 경우뿐만 아니라 ‘토지와 토지’ 및 ‘건물과 건물’을 일괄 양도하는 경우에도 적용됨을 전제로 하고 있다고 보인다. 위 규정들은 ‘토지와 건물’은 물론 ‘토지와 토지’, ‘건물과 건물’ 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서, 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 입법취지가 있다고 보는 것이 타당하다.
• 다) 한편 납세의무자가 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 참조).

2. 이 사건 각 부동산의 일괄 양도 여부에 관한 판단 살피건대, 앞서 든 증거들과 갑 제2호증의 2, 제10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고는 CC과 사이에 이 사건 매매계약을 체결함으로써 이 사건 쟁점부동산을 일괄적으로 양도하였다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 매매계약서에는 이 사건 쟁점부동산의 매매대금이 x,xxx,xxx,xxx원으로 기재되어 있을 뿐 이 사건 요양원과 이 사건 주택의 양도가액이 구분되어 기재되어 있지 아니하고, 단위면적당 가액 등 그 산정근거도 기재되어 있지 아니하다.

② 원고는 2015년경부터 이 사건 요양원의 양도가액은 x,xxx,xxx,xxx원으로 정해져 있었다는 취지로 주장하나, 원고와 이BB이 2015. x. xx. 및 2016. x. xx. 이 사건 요양원에 관하여 DDDD산업개발과 체결한 매매계약은 이 사건 요양원 중 토지 부분만을 그 목적물로 하는바, 이 DDDD산업개발로부터 공동주택 개발사업을 인수받으면서 기존에 합의된 매매대금 액수를 확정적으로 넘겨받았다기보다는 상호 협의의 여지를 남겨둔 채 이를 인수하였다고 봄이 상당하다.

③ 이BB은 이 사건 요양원 중 1/2 지분만을 매도한 것이고, 원고는 이 사건 요양원 중 1/2 지분 및 이 사건 주택을 함께 매도한 것이어서 매매목적물의 범위가 상이하고, 공동주택 개발사업 시행을 위한 토지를 매수하는 과정에서 매도인들의 협상력, 주변 상황 등에 따라 면적당 매매대금은 충분히 달라질 수 있는바, 원고와 이BB이 이 사건 요양원을 1/2 지분씩 공유하고 있었고, 이BB이 이 사건 요양원 중 1/2지분을 xxx,xxx,xxx원에 매도하였다는 사정만으로 원고와 CC이 이 사건 매매계약을 체결하면서 이 사건 요양원과 이 사건 주택을 구분하여 이 사건 요양원 중 원고 소유 1/2지분의 매매대금을 xxx,xxx,xxx원으로 정하였다고 단정할 수 없다.

④ 원고가 당초 신고한 양도가액에 의하면, 이 사건 요양원 중 원고 소유의 1/2 지분에 대한 양도가액은 기준시가 대비 약 163%에 해당하는데 비해 이 사건 주택의 양도가액은 기준시가 대비 약 420.5%에 달하는바, 이 사건 요양원과 이 사건 주택은 그 지리적 위치가 유사한 점, 이 사건 요양원 및 이 사건 주택의 각 건물 부분은 모두 공동주택 개발사업 시행으로 철거될 예정인 점 등을 고려하면, 위와 같은 양도가액이 합리적인 가액 구분이라고 보기 어렵다. 나아가 원고가 1세대 1주택 비과세 부분 및 장기보유특별공제 한도를 높여 양도소득세액을 낮추기 위하여 이 사건 주택의 양도가액을 높게 책정하였을 가능성도 배제할 수 없다고 할 것이다.

⑤ CC은 공동주택 개발사업 시행을 위하여 이 사건 쟁점부동산을 포함한 xx시 xxx xx동 일대의 토지를 매입할 필요가 있었으므로, 이 사건 요양원과 이 사건 주택의 개별 매매대금보다 이 사건 쟁점부동산 전체의 매매대금이 계약체결의 가장 중요한 요소였을 것으로 보이고, 달리 CC에게 이 사건 주택을 개별적으로 떼어 이례적인 고액으로 매수할 경제적 동기를 찾아볼 수 없다. CC의 설립자라고 주장하는 증인 조FF은 이 사건 요양원에 대하여는 평당 250만 원, 이 사건 주택에 대하여는 평당 600만 원으로 양도가액을 산정하였다는 취지로 증언하면서도, 개발사업을 진행하는 입장에서 원고가 해 달라는 대로 해주겠다고 협의한 것이고 이 사건 쟁점부동산에 대한 평균치를 내면 비교적 높은 가격도 아니었다는 취지로도 증언하고 있어, 증인 조FF의 증언만으로 CC과 원고 사이에 이 사건 요양원과 이 사건 주택에 관하여 각 개별적으로 매매계약이 체결되었음이 곧바로 인정된다고 볼 수 없다.

⑥ 원고가 xx시 xxx청으로부터 발급받은 부동산거래계약신고필증에도 이 사건 쟁점 부동산의 총 실제거래가격(전체)이 1,568,750,000원으로 기재되어 있다.

3. 안분계산의 적법 여부에 관한 판단 가) 소득세법 제100조 제3항 은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 위와 같이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있는데, 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 위 조항의 입법 취지, 예외를 허용하는 단서를 두지 않은 위 조항의 문언 내용 및 형식, 조세명확주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 소득세법 제100조 제3항 은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다.

• 나) 살피건대, 원고는 이 사건 쟁점부동산을 정금에게 일괄 양도하였고, 원고가 구분 기장한 양도가액이 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 구 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제54조 에 따라 피고가 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있음은 앞서 본 바와 같다. 그렇다면 소득세법 제100조 제3항 에 따라 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 보게 되고, 소득세법 제100조 제2항 에 따라 위와 같이 피고가 안분계산한 가액을 기준으로 이 사건 쟁점부동산의 양도차익을 산정하여야 하는바, 이와 같은 전제에서 원고의 2021년 귀속 양도소득세를 산정한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 위 건물은 2006. xx. x. 일반음식점에서 노유자시설(노인복지시설)로 용도변경되었다.