양도주택 외 대체주택, 임대주택은 1세대 1주택 비과세여부 산정시 주택수에 포함하여야 함

대 전 지 방 법 원 판 결 사 건 2023구단1021 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2024. 9. 12. 판 결 선 고 2024. 10. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 7. 1. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 172,283,950원의 부과 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2011. 10. 5. ■■ ■■구 ■■로 XXX, XXX동 XXX호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2020. 7. 20. 이 사건 주택을 1,300,000,000원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).
• 나. 원고는 이 사건 주택이 1세대 1주택 고가주택에 해당하는 것으로 보고 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제95조 제3항에 따라 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용하여 산출한 양도소득금액에 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율인 24%을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세로 14,185,956원을 신고․납부하였다.
• 다. 한편, 원고는 이 사건 양도 당시 2013. 1. 16.경 사업자등록 및 민간임대주택등록을 마친 임대주택인 ■■ ■■구 ■■로 XXX, XXXX호(이하 ‘이 사건 제1 임대주택’이라 한다)와 2012. 10. 9.경 사업자등록 및 민간임대주택등록을 마친 임대주택인 ■■시 ■■로 XX, XXX동 XXX호(이하 ‘이 사건 제2 임대주택’이라 하고, 이 사건 제1임대주택과 통틀어 이 사건 각 임대주택이라 한다)를 각 보유하고 있었다. 또한 원고는 2018. 10. 8. ■■ ■■구 ■■■로 XX, X동 XXXX호(이하 ‘이 사건 신규주택’이라 한다)를 취득하여 보유하고 있었다. 이 사건 양도 당시 원고가 보유하고 있었던 주택의 내역은 아래 표 기재와 같다.
• 라. 피고는 2022. 7. 1. 원고에 대하여, 이 사건 양도를 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보고, 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(일반세율에 20% 가산)을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세로 172,283,950원(가산세 포함)을 부과하는 것으로 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 10. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 5. 30. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 임대주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에서 정한 장기임대주택에 해당하므로 이 사건 양도에 관한 양도소득세의 산정의 기준이 되는 보유주택 수에서 제외되어야 한다. 또한 이 사건 양도는 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 정한 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우’에 해당한다. 그러므로 원고는 이 사건 양도 당시 1세대 1주택 소유자에 해당하고, 이 사건 양도는 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도에 해당하지 아니한다. 설령, 이 사건 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도에 해당하더라도, 원고는 이 사건 주택을 소유하다가 주거를 이전하기 위하여 대체주택으로 이 사건 신규주택을 취득한 것이어서 원고에게 투기목적이 없고 이 사건 신규주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간도 단기간이어서 사회통념상 일시적이라고 볼 만한 특별한 사정이 있다. 따라서 이 사건 양도에 관한 양도소득세 산정에 있어서는 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하고, 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 이 사건의 쟁점 이 사건 주택은 이 사건 양도 당시 구 주택법(2021. 1. 5. 법률 제17874호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역 내에 위치하고 있었고, 이 사건 양도 당시 원고는 이 사건 주택과 이 사건 각 임대주택을 보유한 상황에서 조정대상지역 내에 위치한 이 사건 신규주택을 보유하고 있었다. 또한 이 사건 주택은 양도가액이 13억 원으로 구 소득세법 시행령 제156조 에서 정한 ‘고가주택’에 해당하므로, 구 소득세법 제95조 제3항 에 따라 계산한 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대해서 양도소득세가 부과되어야 할 것이다. 한편, 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조 에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율을 적용하되(제104조 제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제104조 제7항 제3호). 이 사건의 쟁점은 이 사건 양도에 관하여 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 규정된 1세대 3주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우의 중과세율(일반세율에 20% 가산)이 적용되는지 여부 및 구 소득세법 제95조 의 장기보유특별공제가 적용되는지 여부에 있다.
• 라. 1세대 3주택 중과세율 적용 여부에 대한 판단

1. 관련 법령 및 법리 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 의 위임에 따라 중과세율이 적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 관하여 규정하고 있는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 “법 제104조 제7항 제3호에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다”고 규정하면서 각 호에서 중과세율이 적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보지 않는 주택을 열거하고 있는데, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 ‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)’을 들고 있으나, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 이 제8호에서 일시적으로 2주택을 소유하였다가 종전 주택을 양도하는 경우를 중과세율을 적용하지 않는 경우로 규정하고 있는 것과 달리, 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을 제외하고 일시적으로 2주택을 소유하였다가 종전 주택을 양도하는 경우를 중과세율 적용이 배제되는 경우로 규정하고 있지 않다. 이러한 관련 법령에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되는 데, 1세대가 소유하는 주택 수의 계산은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)을 제외하고는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택 수에 의하고(1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택 등도 주택 수 산정에 포함된다), 다만 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호, 제167조의10 제1항 각 호에 규정된 주택이 ‘양도의 대상’이 되는 경우에 한하여 중과세율의 적용이 배제된다고 할 것이다.

2. 이 사건에 대한 판단 앞서 든 증거들에 의하면, 원고가 소유하고 있는 주택들(이 사건 주택, 신규주택 및 각 임대주택)은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 및 제167조의10 제1항 제1호에 정한 주택에 해당하지 아니함을 인정할 수 있으므로, 이 사건 처분의 전제가 되는 주택 수 산정에 있어 이를 모두 포함하여 계산하여야 한다. 또한 이 사건 양도의 대상인 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호 및 제167조의10 제1항 각 호에 규정된 주택에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 중과세율(일반세율에 20%를 더한 세율)이 적용된다고 봄이 상당하다.

3. 원고의 주장에 대한 판단

• 가) 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다는 주장 원고는 이 사건 주택을 소유하다가 이 사건 신규주택을 취득함으로써 장기임대주택인 이 사건 임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었으나, 원고는 주거를 이전하기 위한 대체주택으로 이 사건 신규주택을 취득한 것이어서 투기의 목적이 없었고 이 사건 신규주택을 취득한 후 종전 주택인 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간도 단기간이어서 사회통념상 일시적이라고 볼 만한 특별한 사정이 있으므로, 이 사건 양도에 대하여 중과세율을 적용하는 것은 부당하다는 취지로 주장한다. 살피건대, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 중과세율이 적용되어야 함은 앞서 본 바와 같고, 다만 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 주거를 이전하기 위한 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 중과세율이 적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과하는 것이 부당하다고 볼 수 있다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조). 그러나 원고는 2018. 10. 8. 이 사건 신규주택을 취득하였음에도 그로부터 약 1년 9개월이 경과한 2020. 7. 20.에 이르러서야 이 사건 주택을 양도하였는바, 원고가 이 사건 신규주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 보기 어렵고, 달리 이 사건 양도에 대하여 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 볼만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 양도에 관하여 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 볼 수 없으므로, 이를 전제로 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 나) 개정 소득세법 시행령 제167조의2 제1항 제13호 적용 주장 원고는, 이 사건 처분에 관하여 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 및 같은 항 제13호의 규정이 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그런데 개정된 소득세법 시행령은 부칙 제2조 제2항에서 ”이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다“라고 규정하고 있을 뿐이고, 달리 위 개정 규정을 이 사건 처분에 소급하여 적용하도록 하는 규정을 두고 있지 아니하다. 또한, 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정 규정은 개정 전 규정이 위법하다는 인식하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법형성 재량권을 행사함에 따른 것으로 보인다. 따라서 이 사건 처분에 관하여 위 개정 규정이 적용되어야 한다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 마. 장기보유특별공제 적용 여부에 대한 판단

1. 관련 법령 및 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 구 소득세법 제95조 제1항 은 ‘양도소득금액은 양도차익(양도가액에서 필요경비를 공제한 금액)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제95조 제2항은 양도차익에서 공제할 ‘장기보유 특별공제액’을 규정하면서 그 본문에서 ‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을, 그 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 말한다고 규정하고 있다. 위 규정에 의하면, 양도의 대상이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에 규정된 ‘구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산’인 경우에는 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다고 할 것이다.

2. 이 사건에 대한 판단 이 사건 양도의 대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 의 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항)으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분의 규정에 따라 이 사건 주택의 양도가액 중 9억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 바. 소결론 결국, 이 사건 양도에 관한 양도소득세를 산정함에 있어 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 규정된 1세대 3주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우의 중과세율(일반세율에 20% 가산)을 적용하고, 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원 초과분에 대하여 구 소득세법 제95조 의 장기보유특별공제의 적용을 배제한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.