주택의 부속토지에 대한 지분만 소유한 경우 주택분 종합부동산세 부과처분의 적법 여부

사 건 2022구합106780 종합부동산세부과처분취소 원 고 AAA주식회사 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 23. 판 결 선 고

2025. 9. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 11. 19. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 종합부동산세 ㅇㅇ,ㅇㅇㅇ,ㅇㅇㅇ원과 농어촌특별세 ㅇ,ㅇㅇㅇ,ㅇㅇㅇ0원 합계 ㅇㅇ,ㅇㅇㅇ,ㅇㅇㅇ원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2015. ××. ××.자 임의경매로 인한 매각을 원인으로 울산 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ 대 ㅇ,ㅇㅇㅇ㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관한 소유권을 취득하였다.
• 나. 이 사건 토지 지상 건물에는 총 18개 호실이 집합건물(공동주택인 아파트)로 각 소유권이전등기가 경료되어 있는데, 원고는 12개 호실의 각 소유자에게 그 각 대지권 비율에 해당하는 이 사건 토지의 지분을 매도하여, 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 당시 6개 호실(제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호)의 대지권비율에 해당하는 이 사건 토지 중 20,938,000분의 6,979,336 지분(이하 ‘이 사건 지분’이라 한다)을 소유하고 있었다(위 6개 호실의 건물에 관하여도 각 제3자 명의로 소유권이전등기가 경료되어 있다).
• 다. 피고는 이 사건 지분을 주택분 종합부동산세 과세대상으로 보아 2021. ××. ××. 원고에 대하여 2021년 귀속 종합부동산세 29,783,890원, 농어촌특별세 5,956,770원을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 2021. ××. ××. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. ××. ××. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증, 을 제2 내지 4, 6, 8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 이 사건 토지 지상의 건물을 소유하고 있지 않고, 이 사건 토지는 전유부분으로부터 분리되어 처분된 경우에 해당하여 전유부분을 위한 대지사용권이 소멸되었으므로 위 공동주택의 부속토지에 해당하지 않는다. 또한 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 지상의 공동주택은 신축되고 있었을 뿐 사용승인을 받지 못한 상태였는바, 사용승인을 받지 않은 건물은 미완성 건축물로 주택법상 주택으로 볼 수 없고, 또한 사용승인을 받지 않은 건물의 부속토지는 지방세법 시행령 제101조 제1항 단서에 의해 별도합산과세대상에서 제외되어 역시 주택의 부속토지로 볼 수 없으므로 원고의 이 사건 지분에 대해서는 종합부동산세를 부과할 수 없다. 설령 원고의 이 사건 지분에 대하여 종합부동산세를 부과할 수 있다고 하더라도, 원고는 주택을 소유하고 있지 않으므로 다주택을 보유한 것으로 보아 그에 따른 세율을 적용하는 것은 부당하다. 한편 설령 이 사건 토지 위 건물이 완성된 주택이라고 하더라도 원고는 주택소유자에게 이 사건 지분을 임대하고 있고 그 주택이 국민주택규모 이하이므로 합산배제 임대주택에 해당한다. 원고는 이 사건 토지를 취득하면서 토지에 대한 취득세를 납부하였음에도, 재산세, 종합부동산세의 경우에는 이 사건 토지를 주택의 부속토지로 보아 상이한 과세기준 아래 중복되고 과도한 조세를 부담하였는바, 이 사건 처분은 과세의 일관성 원칙, 납세자의 예측가능성, 신뢰보호의 원칙에 반한다. 이 사건 토지 위 건물의 각 호실은 공시가격을 기준으로 1억 원이 되지 않는데 원고가 6채를 보유하고 있다는 이유로 다주택자 중과세율을 적용하여 과세표준과 실질 자산의 가치 사이에 현저한 불균형이 초래되었는바, 종합부동산세법의 입법 취지, 실질과세 원칙, 비례과세 원칙, 과세 형평성, 신뢰보호의 원칙에 반한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 규정 및 법리

• 가) 과세기준일 현재 ‘주택분 재산세’의 납세의무자는 주택분 종합부동산세를 납부할 의무가 있고[구 종합부동산세법(2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종합부동산세법’이라 같다) 제7조 제1항, 제8조 제1항], 종합부동산세의 과세대상이 되는 ‘주택’은 ‘세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지‘를 말하는 것으로서(종합부동산세법 제2조 제3호 본문, 지방세법 제104조 제3호, 주택법 제2조 제1호), 위 ‘주택’의 건물과 부속토지는 일반적인 토지 및 건축물에 대한 재산세와 구분되는 별도의 재산세인 ‘주택분 재산세’의 과세대상이 되며(구 종합부동산세법 제2조 제5호, 지방세법 제105조, 제107조), 주택분 재산세의 과세대상인 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우에는 그 주택에 대한 산출세액을 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분 계산한 부분에 대하여 각자 납세의무를 부담하도록 되어 있어서(지방세법 제107조 제1항 단서 제2호), 결국 주택의 부속토지만을 보유한 소유자도 주택분 재산세의 납세의무가 있는 것으로 규정되어 있다. 위와 같은 법령 규정의 내용을 종합해 보면, 주택분 재산세의 과세대상인 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우에는 건물 소유자와 부속토지 소유자는 각기 주택분 재산세를 안분하여 납세할 의무를 부담하므로 결국 부속토지 소유자도 주택분 재산세의 과세대상인 ‘주택’을 소유하고 있는 것으로 보아야 한다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두23910 판결 등 참조).
• 나) 구 종합부동산세법(2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항, 제2조 제3호, 제5호, 구 지방세법(2009. 6. 9. 법률 제9774호로 개정되기 전의 것) 제180조 제3호, 제183조 제1항 단서, 구 주택법(2009. 1. 30. 법률 제9366호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호의 문언 내용에 아울러 2005. 1. 5. 재산세 개편 및 종합부동산세 도입 이전에는 주택의 건물과 부속토지를 구분하여 각각 재산세와 종합토지세의 과세대상으로 삼았던 점, 주택의 부속토지만을 보유한 소유자도 주택분 재산세의 납세의무가 있는 점 등을 종합하여 보면, 주택의 건물과 부속토지 소유자가 다를 경우에는 주택의 건물 소유자가 주택분 종합부동산세 납세의무자가 아니라고 하더라도 주택의 부속토지만을 소유한 자는 과세기준금액의 초과 여부에 따라 주택분 종합부동산세 납세의무자가 될 수 있다(대법원 2013. 2. 28. 선고 2011두27896 판결 등 참조)

2. 구체적 판단

• 가) 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들, 을 제1, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 이 사건 토지 위 건물의 각 호실은 주택법 제2조 제3호 의 공동주택[건축물의 벽·복도·계단이나 그 밖의 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다. 위 위임에 따른 주택법 시행령 제3조 제1항 제1호 는 공동주택(아파트)에 대하여 규정하고 있다]에 해당하고, 이 사건 지분은 그중 6개 호실(제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호)의 부속토지에 해당한다. 그렇다면 앞서 본 관련 규정 및 법리에 따라 이 사건 지분을 소유한 원고는 공동주택에 해당하는 위 각 호실을 소유하고 있지 않다고 하더라도 위 각 호실에 대한 주택분 종합부동산세의 납세의무자가 된다고 봄이 타당하다. 또한 종합부동산세법 제9조 제2항 은 납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체인 경우의 세율을 규정하고 있고, 같은 항 제2호는 3주택 이상을 소유한 경우의 세율을 1천분의 60으로 규정하고 있으며, 원고는 6주택에 해당하는 위 각 호실에 대한 주택분 종합부동산세 납세의무자이므로 종합부동산세법 제9조 제2항 제2호 에서 규정한 세율의 적용은 적법하다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.
• 나) 한편 아래와 같은 이유로 원고가 주장하는 사정들만으로는 이 사건 처분이 위법하게 된다고 할 수 없으므로, 원고의 주장은 모두 받아들이지 않는다.

(1) 6개 호실(제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호)의 건물 소유자와 그 대지권에 해당하는 이 사건 지분의 소유자(원고)가 다르지만, 원고가 위 각 호실의 부속토지인 이 사건 지분을 소유하고 있는 이상 원고는 앞서 본 관련 규정 및 법리에 따라 위 각 호실에 대한 주택분 종합부동산세의 납세의무자가 된다.

(2) 당해 재산이 훼손되거나 일부 멸실 혹은 붕괴되고 그 복구가 사회통념상 거의 불가능하게 된 정도에 이르러 재산적 가치를 전부 상실하게 된 때에는 재산세 과세대상이 되지 아니하나, 재산세에 있어 현실적으로 당해 재산을 그 본래의 용도에 따라 사용·수익하였는지 여부는 그 과세요건이 아닌 점(대법원 2001. 4. 24. 선고 99두110 판결 등 참조), 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하는 점 등을 고려하면, 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 당시 이 사건 토지 지상 건물의 각 호실이 물리적으로 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 건축되어 있는 이상, 위 건물이나 각 호실이 위 과세기준일 당시 사용승인을 받지 않았다는 사정만으로 원고의 이 사건 지분에 대하여 주택분 종합부동산세를 부과할 과세요건을 갖추지 못한 것이라고 할 수 없다(한편 원고는 지방세법 시행령 제101조 제1항 단서를 근거로 사용승인을 받지 않은 건물의 부속토지에 종합부동산세 를 부과할 수 없다고 주장하나, 이 사건 토지는 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목의 ‘공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’에 해당하지 아니하므로 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다).

(3) 또한 위 6개 호실(제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호, 제ㅇㅇㅇ호)은 각기 건물 소유자가 따로 있고, 원고가 위 6개 호실 건물을 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대하고 있는 것도 아니므로, 달리 위 각 호실이 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 에서 규정하고 있는 과세표준 합산에서 제외되는 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대주택에 해당한다고 볼 수 없다.

(4) 재산세는 지방자치단체장이 매년 과세기준일 당시 토지의 현황이나 이용상황 등에 따라 구분하여 과세하는 것이므로 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 토지 지상에 건물이 없는 나대지 기준으로 취득세를 부담하였다고 하더라도 과세기준일인 2021. 6. 1. 당시 나대지라고 볼 수 없는 이상, 피고가 과세기준일의 현황에 따라 원고에 대하여 한 종합부동산세 부과가 원고가 주장하는 원칙인 과세의 일관성 원칙이나 납세자의 예측가능성, 신뢰보호의 원칙에 반하는 것이라고 할 수 없다.

(5) 위와 같이 이 사건 처분은 법령의 규정에 따라 적법하게 부과한 것이고, 한편 헌법재판소는 2024. 5. 30. 구 종합부동산세법(2021. 9. 14. 법률 제18449호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, 구 종합부동산세법(2020. 8. 18. 법률 제17478호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항, 구 종합부동산세법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정된 것) 제9조 제4항, 구 종합부동산세법(2020. 8. 18. 법률 제17478호로 개정되고, 2022. 9. 15. 법률 제18977호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항을 비롯한 2021년 귀속 주택분 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과 근거 규정에 대해 조세법률주의, 포괄위임금지원칙, 과잉금지원칙, 조세평등주의, 소급입법금지원칙, 신뢰보호원칙 등에 어긋나지 않고 재산권 등 기본권을 과도하게 침해하지 않아 헌법에 위반되지 않는다고 결정하였다(헌법재판소 2024. 5. 30. 선고 2022헌바238 등 결정 참조). 따라서 이 사건 처분 및 그 근거규정이 원고가 주장하는 원칙, 즉 ‘실질과세 원칙, 비례과세 원칙, 과세 형평성, 신뢰보호 원칙’ 등에 반하는 위헌·위법적인 것이라는 취지의 원고 주장도 받아들이지 않는다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.