등기부가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 결정한 처분의 적법 여부

사 건 2022구단103388 양도세부과처분의 취소 및 감액청구 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 7. 20. 판 결 선 고

2023. 8. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 1. 10. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 91,494,345원 및 가산세 49,484,715원의 부과처분을 취소한다.

• 가. BBBBBB법인 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’)는 2010. 10. 27. 설립되어 인삼, (발효) 홍삼 제조 및 수출업 등을 영위하다가 2020. 12. 7. 해산간주된 회사이고, 원고는 이 사건 회사의 대표이사였던 사람이다.
• 나. 원고는 2010. 10. 28. OO OO군 OO면 OO리 CCC-C 임야 25,190㎡, 같은리 DDD-D 전 1,845㎡, 같은 리 EEE-E 전 6,149㎡ 중 각 3분의 1 지분에 관하여, 2010. 12. 28. 같은 리 FFF 전 2,619㎡(이하 위 토지들을 ‘이 사건 토지들’이라 하고, 그 중 원고 소유 부분을 ‘이 사건 쟁점 토지들’라 한다)에 관하여, 각 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였는데, 이후 이 사건 토지들은 아래 표 기재와 같이 분할되었다.
• 다. 한편, OO OO군 OO면 OO리 CCC-C 임야 25,190㎡, 같은 리 DDD-D 전1,845㎡, 같은 리 EEE-E 전 6,149㎡ 중 나머지 3분의 2 지분에 관하여는 2011. 1. 21. 이 사건 회사 명의로 각 2011. 1. 12.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었다.
• 라. 원고는 이 사건 토지들에 관하여 이 사건 회사의 채무를 담보하기 위하여 GG은행에게 근저당권을 설정하여 주었는데, 이 사건 회사의 채권자인 주식회사 GG은행의 임의경매개시신청으로 임의경매절차가 개시되었고(대전지방법원 2016타경OOOO호), 위 임의경매절차에서 2018. 3. 6. 이 사건 토지들을 포함한 토지들이 5,800,000,000원에 HH전문 유한회사에게 매각되었다.
• 마. 원고가 이 사건 쟁점 토지들을 임의경매의 방법으로 양도하였음에도 이에 대한 양도소득세의 과세표준 및 세액을 신고·납부하지 아니하자, 피고는 이 사건 쟁점 토지들의 양도가액을 위 임의경매절차의 경락대금을 기초로 681,819,306원으로 인정하고, 취득가액을 등기부등본에 기재된 가액인 298,200,000원으로 인정하여 양도소득세를 산정한 후, 2022. 1. 10. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 140,979,060원(= 산출세액 91,494,345원 + 일반무신고 가산세 18,298,869원 + 납부불성실 가산세 31,185,846원)을 결정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 3. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 7. 25. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 7호증, 을 제1, 2, 4호증의 각 기재, 이 법원에 현저한 사실, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 이 사건 회사의 대표이사로서 이 사건 쟁점 토지들에 관하여 소유권이전등기를 경료한 것일 뿐이고, 이 사건 쟁점 토지들의 실질적 소유자는 이 사건 회사이다. 이 사건 쟁점 토지들에 관한 임의경매절차에서의 경락대금은 국세, 지방세, 이 사건 회사의 대출채무 등에 모두 충당되었으므로, 원고는 이 사건 쟁점 토지들을 양도하여 어떠한 이득을 얻은 사실이 없다. 그럼에도 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘제1주장’이라 한다). 2) 소득세법 제100조 제1항 은 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르도록 규정하고 있으므로, 이 사건 쟁점토지들의 취득가액은 등기부상 기재가액이 아닌 매매계약서상의 실지거래가액을 기준으로 산정되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 제1주장에 관한 판단

• 가) 원고 주장의 취지가 다소 불분명하나, 이를 이 사건 회사가 이 사건 쟁점 토지들을 원고에게 명의신탁한 것이므로 명의수탁자에 불과한 원고에게 양도소득세 납부의무가 인정되지 않는다는 주장으로 선해하여 살피건대, 부동산에 관하여 그 소유자로 등기되어 있는 자는 적법한 절차와 원인에 의하여 소유권을 취득한 것으로 추정되므로 그 등기가 명의신탁에 기한 것이라는 사실은 이를 주장하는 자에게 증명책임이 있고(대법원 2008. 4. 24. 선고 2007다90883 판결, 대법원 2014. 9. 4. 선고 2013다57122판결 등 참조), 부동산을 제3자에게 명의신탁한 경우 명의신탁자가 자신의 의사에 의해 부동산을 양도하여 그 양도로 인한 소득이 명의신탁자에게 귀속되었다면, 국세기본법 제14조 제1항 에서 규정하고 있는 실질과세의 원칙상 당해 소득세의 납세의무자는 양도의 주체인 명의신탁자이지 명의수탁자가 그 납세의무자가 되는 것은 아니기는 하다(대법원 1997. 10. 10. 선고 96누6387 판결, 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두10710판결 등 참조). 그러나 원고는 명의신탁에 관한 객관적이고 구체적인 자료를 전혀 제출하지 아니하였고, 원고가 제출한 원고 명의 계좌(갑 제12호증)나 이 사건 회사의 통장사본(갑 제6호증)만으로는 이 사건 회사가 이 사건 쟁점 토지들에 대한 매매대금을 부담하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 원고가 이 사건 쟁점 토지들의 명의수탁자임을 인정할 증거가 없다.
• 나) 원고의 제1주장을 원고에게 이 사건 쟁점 토지들의 양도에 따른 양도소득이 없다는 취지로 선해하여 보더라도, 소득세법 제88조 제1호 본문은 양도소득세의 과세요건인 ‘양도’를 ‘자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다’고 정의하고 있고, 근저당권 실행을 위한 경매는 담보권의 내용을 실현하는 환가행위로서 매수인은 목적부동산의 소유권을 승계취득하는 것이므로 위 규정에서 말하는 ‘양도’에 해당한다고 할 것이며, 경매의 기초가 된 근저당권이 제3자의 채무에 대한 물상보증을 한 것이더라도 양도인은 물상보증인이고 매각대금은 경매목적 부동산의 소유자인 물상보증인의 양도소득으로 귀속되는바(대법원 2021. 4. 8. 선고 2020두53699 판결 등 참조), 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 쟁점 토지들을 이 사건 회사의 채무에 대한 물상보증으로 제공하였다가 임의경매절차에서 제3자에게 매각됨에 따라 원고는 물상보증인의 지위에서 벗어난 것이므로, 원고가 실제로 이 사건 회사로부터 구상을 받았는지에 상관없이 원고는 이 사건 쟁점 토지들의 매각으로 인한 양도소득을 보유한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 제1주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

2. 제2주장에 관한 판단

• 가) 관련 규정 및 법리 (1) 소득세법 제114조 제5항 은 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 ’등기부 기재가액‘이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다’고 규정하면서 같은 항 단서에서 ‘다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다. 소득세법 제114조 제5항 및 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제176조 제5항에 의하면, 예정신고 또는 확정신고 의무자가 그 신고를 하지 아니한 경우로서, ①등기부 기재가액을 실지거래가액으로 추정하여 계산한 납부할 양도소득세액이 300만원 미만인 경우에는, 아무런 절차 없이 등기부기재가액을 실지거래가액으로 추정할 수 있고, ② 300만 원 이상인 경우에는, 관할 세무서장 등이 ‘기한후신고를 하지 아니할 경우 등기부기재가액을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 것임을 확정신고의무자에게 통보(이하 ’사전통보절차‘라 한다)하고, 확정신고의무자가 이를 통보받은 날로부터 30일 이내에 기한후신고를 하지 아니하였을 때’ 등기부기재가액을 실지거래가액으로 추정할 수 있다.

(2) 소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조). 한편, 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서 및 인감증명서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 각 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 위 각 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하지만(대법원 1996. 6. 25. 선고 95누3183 판결 등 참조), 그 증빙서류로 제출한 부동산매매계약서의 진정성립을 인정할 증거가 없는 등 특별한 사정이 있는 경우에는 그 계약서의 기재만으로는 실지거래가액을 확인할 수 없다고 할 것이다(대법원 1997. 6. 27. 선고 96누5810 판결 등 참조).

• 나) 인정사실

(1) 원고는 2010. 10. 22. ‘OO OO군 OO면 OO리 CCC-C 임야 25,190㎡’ 중 3분의 1 지분을 JJJ로부터 매수하였는데, 위 지분에 대한 등기부상 거래가액은 76,200,000원이다. JJJ은 위 토지 지분 양도 후 양도소득세 신고를 하지 않아 등기부상 거래가액인 76,200,000원을 양도가액으로 보아 부과된 양도소득세 6,601,190원을 납부하였다.

(2) 원고는 ‘OO OO군 OO면 OO리 DDD-D 전 1,845㎡, 같은 리 EEE-E 전 6,149㎡’ 중 3분의 1 지분을 KKK로부터 매수하였는데, 위 지분에 대한 등기부상 거래가액은 24,000,000원이고, KKK는 2010. 12.경 24,000,000원을 양도가액으로 하여 ‘OO OO군 OO면 OO리 DDD-D 전 1,845㎡, 같은 리 EEE-E 전 6,149㎡’ 중 3분의 1 지분‘에 대한 양도소득세 신고를 하였다.

(3) 원고는 ‘OO OO군 OO면 OO리 FFF 전 2,619㎡’를 2010. 12. 28. LLL로부터 매수하였는데, 위 토지의 등기부상 거래가액은 198,000,000원이고, LLL는 198,000,000원을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였다.

(4) 이 사건 회사는 OO OO군 OO면 OO리 CCC-C 임야 25,190㎡, 같은 리 DDD-D 전 1,845㎡, 같은 리 EEE-E 전 6,149㎡ 중 나머지 지분을 MMM, NNN로부터 각 3분의 1 지분씩 매수하였다.

(5) 피고는 2020. 4. 11. 원고에게 아래와 같은 내용의 ‘양도소득세 기한 후 신고 안내문’을 발송하였고, 위 안내문은 그 무렵 원고에게 송달되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1, 3, 5 내지 7호증의 각 기재, 이 법원에 현저한 사 실, 변론 전체의 취지

• 다) 구체적 판단 살피건대, 원고가 이 사건 쟁점 토지들에 관하여 양도소득 과세표준 확정신고를 하지 아니한 사실 및 등기부 기재가액을 실지거래가액으로 추정하여 계산한 이 사건 쟁점 토지들의 양도소득세액이 300만 원 이상인 사실은 앞서 본 바와 같고, 피고는 2020. 4. 11.경 원고에게 ‘양도소득세 기한 후 신고 안내문’을 발송하면서 등기부 기재가액을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득세 과세표준과 세액이 결정될 것임을 통보하였으므로 소득세법 시행령 제176조 제5항 제2호 에 따른 사전통보절차도 거친 것으로 봄이 상당하다. 위 ‘양도소득세 기한 후 신고 안내문’의 과세자료 내용(양도물건)에 이 사건 원고 토지 중 일부가 누락된 사실은 인정되나, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 위 사실만으로 곧바로 이 사건 처분이 취소사유에 이를 정도의 절차상 하자가 있다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 제2주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

① 이 사건 토지들은 임의경매절차에 따라 2018. 3. 6. 일괄적으로 양도되었으므로, 위 안내문의 양도물건에 이 사건 토지들 중 일부에 대한 기재가 누락되었다고 하더라도 원고로서는 양도된 이 사건 쟁점 토지들 전체에 대하여 등기부기재가액이 실지거래가액으로 추정될 수 있음을 충분히 예상할 수 있었을 것으로 보인다.

② 소득세법 제114조 제5항 및 동법 시행령 제176조 제5항은 등기부 기재가액이 실지거래가액으로 추정되는 것에 불과하므로, 원고는 불복기간 또는 경정청구기간 내에 얼마든지 등기부기재가액과 다른 실지거래가액을 입증하여 그 추정을 복멸시킬 수 있다.

③ 원고는 등기부 기재가액과 다른 실지거래가액이 있다면 조세심판원 심판청구 심리 종결 시나 이 사건 변론종결 시까지 이에 대한 입증자료를 제출할 기회가 충분히 있었다고 할 것인데, 원고가 제출한 이 사건 쟁점 토지들 중 OO OO군 OO면 OO리 CCC-C 중 3분의 1 지분에 관하여 원고와 JJJ 사이에 작성된 2010. 10. 22.자 매매계약서(갑 제5호증의 1)는 그 계약서상 매매대금이 76,200,000원으로 위 지분에 대한 등기부상 거래가액과 일치하고, 달리 원고는 나머지 이 사건 쟁점 토지들에 관하여 등기부 기재가액과 다른 실지거래가액을 확인할 수 있는 처분문서 등의 객관적 자료를 제출한 바 없다(원고가 제출한 갑 제5호증의2, 제8, 9호증은 이 사건 회사 명의로 소유권이전등기명의가 경료된 이 사건 쟁점 토지들 외의 나머지 3분의 2 지분에 대한 매매계약서이고 이 사건 쟁점 토지들과 매도인도 서로 다르므로, 이 사건 쟁점 토지들의 실지거래가액을 증명할 수 있는 증거라고 볼 수 없다).

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한