법인세법에 관한 해석의 변경이 경정청구에 해당하는지 여부 및 경정청구서가 정상적으로 접수된 사실이 있는지 여부

사 건 대전지방법원-2021-구합-107489 원 고 ◯◯◯◯◯ 주식회사 피 고 ◯◯세무서장 변 론 종 결

2022. 11. 9. 판 결 선 고

2022. 12. 14.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 4. 3. 원고에 대하여 한 2014년 사업연도 법인세 경정청구 212,483,418원 및 2015년 사업연도 법인세 경정청구 94,738,246원에 대한 각 거부처분을 취소한다.

• 가. 당사자 사이의 관계 원고는 ◯◯◯ 및 연사 제조판매업 등을 목적으로 하는 ◯◯ 시 소재 회사로서 의류 등을 제조하여 백화점 등의 판매점에 공급하고 있다. 피고는 원고의 소재지를 관할하는 ◯◯ 세무서의 장이다.
• 나. 법인세법에 관한 해석의 변경

1. 기획재정부는 2016. 5. 2.경 법인세법 시행령 제68조 에 관하여 “의류 제조법인이 제품에 대한 소유권을 가지고 당해 법인의 브랜드만 취급하는 대리점사업자에게 제품을 반출하고 대리점사업자가 당해 제조법인의 판매시점 인식시스템을 통하여 소비자에게 실제 판매한 제품에 대하여만 대금청구권을 가지며 당해 제조법인이 전적으로 반출한 제품과 반입할 제품의 품목과 수량을 결정하고 대리점사업자는 주문에 대한 책임과 권한이 없는 거래에 있어서 대리점사업자가 제품을 최종소비자에게 판매하는 시점이 법인세법 시행령제68조 제1항 제1호의 ‘그 상품 등을 인도한 날’에 해당하여 판매손익 등의 귀속사업연도가 되는 것이며, 의류제조법인이 대리점사업자에게 제품 등을 반출한 날이 “상품 등을 인도한 날”에 해당하는지의 여부는 판매계약내용, 제품의 소유권, 대금지급조건 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임.“으로 해석을 변경 하였다(기획재정부 법인세제과-384).

2. 국세청은 2019. 1. 23. 법인세법 제19조 에 관하여 ”의류제조법인이 대리점사업자 판매한 재화의 손익귀속시기는 특정요건 충족 시 대리점사업자가 제품을 최종소비자에게 판매하는 시점임.“으로 해석하면서 위 기획재정부의 해석 변경 사례를 첨부하였다(사전-2018-법령해석법인-0792, 이하 위 각 해석 사례를 통틀어 ‘이 사건 변경 해석’이라 한다).

• 다. 원고의 서면 제출을 통한 이 사건 경정 청구 원고는 2020. 2. 4. 피고에게 이 사건 변경 해석에 따라 거래에 따른 손익귀속시기를 회계처리와 같이 최종소비자 판매시점으로 변경하여, 2003. 7. 1. 사업연도부터 2018. 12. 31. 사업연도까지 중 과세표준이 감소(결손금액이 증가)하는 사업연도에 대해서는 후발적 경정청구(국세기본법 제45조의2 제2항)를, 과세표준이 증가(결손금액이감소)하는 사업연도에 대해서는 수정신고를 각 하였다(이하 ‘이 사건 경정 청구’라 한다).
• 라. 원고의 이 사건 이메일 청구

1. 원고의 세무대리인(세무사 AAA)은 2020. 3. 31. ◯◯ 세무서 담당공무원(BBB 팀장)에게 ‘2020.3.30.- ◯◯◯◯◯ (주)경정청구와관련경정청구5년으로볼경우(안).pdf’ 라는 제목의 이메일에 ‘2020. 3. 30.- ◯◯◯◯◯ (주)경정청구와관련경정청구5년으로볼경우(안).pdf’ 파일을 첨부하여 발송하였는데, 위 파일의 내용은 세무사 CCC이 원고를 대리하여 이 사건 변경 해석에 따라 2014. 1. 1. 사업연도부터 2018. 12. 31. 사업연도까지 일반 경정청구(국세기본법 제45조의2 제1항) 또는 수정신고를 각 하는 내용이었다.

2. 위 1)항의 이메일의 본문은 ”BBB 팀장님 안녕하세요. ◯◯◯◯◯ (주)경정청구와 관련 후발적사유로 보지 않더라도 5년 이내 경정청구가 되었으므로 처분청에서 경정결정할 경우(안)을 보내드리오니 업무에 참고하시기 바랍니다.“라는 내용이었다(이하 ‘이 사건 이메일 청구’라 한다).

• 마. 이 사건 거부처분 피고는 2020. 4. 3. ‘청구법인의 2003년부터 2013년도까지의 법인세 경정청구는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하여 각하결정하고 2014년부터 2018년도의 법인세 경정청구는 청구 내용대로 법인의 손익귀속시기를 조정하면 동 과세기간의 소득금액이 오히려 증가하여 경정청구 효력이 없는 바 경정청구 거부(기각)하고자 합니다’라는 사유로 원고의 청구를 각하 또는 거부(기각)하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 바. 이 사건 결정 등

1. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2020. 6. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2021. 9. 30. 원고의 일부 청구는 인용(2015. 1. 1.~2015. 12. 31. 사업연도 및 2017. 1. 1.~2017. 12. 31. 사업연도 법인세의 경정청구 거부처분은 이 사건 변경 해석에 따라 그 과세표준과 세액을 경정한다)하고, 나머지 청구는 각하((2003. 7. 1.~2004. 6. 30. 사업연도부터 2013. 7. 1.~2013. 12. 31 사업연도까지의 법인세의 경정청구 거부처분에 대한 심판청구와 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 사업연도 법인세에 대한 심판청구는 각하한다)하는 내용의 결정(조심 2020전2404, 이하 ‘이 사건 결정’이라 한다)을 하였다. 이 사건 결정 중 인용 부분은 이 사건 경정 청구의 대상이 된 사업연도 중 일반 경정청구 기간인 5년 이내에 해당하는 사업연도의 경우 이 사건 경정 청구 중 해당 사업연도에 관한 부분은 인정해 준 것이었다 1).

2. 이 사건 결정의 주된 이유는 아래와 같다. ◦ 2013. 7. 1.~2013. 12. 31. 사업연도 및 그 이전 사업연도

• 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 의 후발적 경정청구의 취지는 경정청구기간이 경과한 과세기간에 이미 익금산입되었던 “특정한 금액”을 과세관청이 그 귀속시기를 달리하여 다른 과세기간의 과세소득으로 경정하여 과세함으로써 결과적으로 이중으로 세금이 부과되는 경우 납세의무자가 본래 익금산입한 과세기간에 경정을 구할 수 있게 한 것이다.

• 원고는 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 사업연도 법인세에 대해 수정신고를 하였을 뿐, 처분청이 2013. 7. 1.~2013. 12. 31. 사업연도의 당기매출 조정분에 대해 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 사업연도로 그 귀속시기를 달리하여 경정한 바가 없으므로 이는 후발적 경정청구 대상이 아니고 그 이전 사업연도도 마찬가지인바, 이 부분은 부적법한 심판청구이다. ◦ 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 사업연도

• 원고는 2013. 7. 1.~2013. 12. 31. 사업연도말 재고자산에 대하여 판매점 출고시점으로 수익을 인식함에 따라 이미 익금산입한 과세소득(2013. 7. 1.~2013. 12. 31. 사업연도 당기매출 조정분 1,734,145,077원)은 이월익금으로서 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 사업연도 법인세 과세소득 계산시 익금불산입되어야 한다고 주장한다.

• 원고는 2020. 2. 4. 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 사업연도 법인세에 대해 처분청에 수정신고를 하였는데, 법인세의 수정신고는 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력이 있고, 처분청이 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 사업연도 법인세에 대하여 어떠한 처분을 한 바가 없으므로 이에 대한 심판청구 역시 부적법하다.

• 원고가 2020. 3. 31. 처분청 담당공무원의 메일로 경정청구결정(안)을 발송하기는 하였으나, 국세기본법 제2조 제19호 및 제5조의2의 전자신고는 홈택스를 이용하여 신고하여야 하는 것으로 원고가 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 사업연도 법인세에 대해 경정청구서를 제출한 것으로 인정하기 어렵다. ◦ 2015. 1. 1.~2015. 12. 31. 사업연도 및 2017. 1. 1.~2017. 12. 31. 사업연도

• 국세기본법 제45조의2 제1항 의 부과제척기간(5년) 이내에 있어 경정청구가 가능하므로 이 사건 변경 해석에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다.

3. 피고는 2021. 10. 19. 이 사건 결정에 따라 원고에게 2015년 법인세(4,188,139원 감소) 및 2017년 법인세(30,313,513원 감소)를 경정 결정하고 환급해 주었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 3, 4, 7, 10호증, 을 제2호증 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장의 요지 원고가 후발적 경정청구를 원인으로 하는 이 사건 경정 청구를 하자, 피고의 담당공무원(BBB 팀장)은 유선으로 이 사건 변경 해석은 후발적 경정청구의 원인이 될 수 없다고 답변하였다. 이에 원고는 위 공무원에게 이 사건 이메일 청구를 하였고, 세법에는 경정청구서를 어떠한 방식으로 제출하여야 한다는 규정이 없는바, 서식에 따라 작성된 경정청구서가 세무당국에 전달이 되면 이는 경정청구를 한 것으로 보아야 할 것이므로, 피고 담당공무원의 이메일로 경정청구서를 발송한 행위를 홈택스를 통한 신고가 아니라는 이유로 경정청구가 아니라고 할 수는 없다. 따라서 이 사건 이메일 청구는 적법한 경정청구로 보아야 한다. 한편, 원고는 기존에 백화점 등 판매점과 체결한 특정매입계약에 따라, 판매점에 공급한 재화의 손익귀속시기를 회계상으로는 ‘판매점이 최종 소비자에게 판매하는 날이 속하는 회계연도’로 인식하였으나, 세무상으로는 ‘판매점에 재화를 인도하는 날이 속하는 사업연도’로 인식하도록 하였다. 이에 원고는 해당 사업연도의 회계상 당기순이익(매출 – 원가)에 세무조정(회계상·세무상 차이나는 부분을 반영함)을 거쳐 각 사업연도의 법인세 과세표준을 산출한 후 여기에 세율을 곱하여 나온 법인세를 납부하여 왔다. 그런데 이 사건 변경 해석에 따라 회계상·세무상 손익귀속시기가 일치되게 되면서, 원고가 당초 회계상 인식한 당기순이익이 세무조정을 거칠 필요 없이 곧바로 세무상 과세표준이 되었다. 따라서 원고가 기존에 세무조정 절차를 거쳐 산출·납부한 법인세의 경우 과다하게 납부한 부분이 생기므로, 이 부분은 경정을 통하여 당초의 세무조정을 바로 잡아 환급되어야 한다. 즉, 원고의 2014년 사업연도의 경우 세무상 매출액은 23,851,768,290원(=26,121,474,400원 – 2,269,706,110원), 원가는 6,174,827,445원(= 6,788,595,595원–613,768,150원)이 된다. 따라서 정정한 매출액 및 원가에 따라 계산된 법인세액은 –67,666,380원이므로, 당초 법인세 신고 당시 계산된 금액인 144,817,038원을 고려하면, 이 부분에 관하여 원고에게 합계 212,483,418원(= 144,817,038원 + 67,666,380원)이 환급되어야 한다. 2015년 사업연도의 경우 같은 방법에 의하면(다만 2014년 사업연도에 관하여 이 사건 이메일 청구를 통해 반영된 부분을 다시 2015년 사업연도에 반영하여야 한다) 총 98,926,385원(= 32,631,548원 + 66,294,837원)이 환급되어야 한다. 다만 피고는 이 사건 결정 이후 원고에게 2015년 법인세 중 4,188,139원을 환급해 주었으므로, 나머지 94,738,246원(= 98,926,385원 – 4,188,139원)을 추가로 환급하여야 한다(2013년 사업연도 및 그 전의 경우 경정청구 기한인 5년이 도과하였으므로 논외로 한다). 따라서 이 사건 이메일 청구에 대한 거부처분인 이 사건 거부처분 중 2014년 사업연도 법인세 212,483,418원 및 2015년 사업연도 법인세 94,738,246원에 대한 부분(이하 ‘청구취지 기재 처분’이라 한다)은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관련 법령 별지 ‘관련 법령’ 기재와 같다.
• 다. 본안전항변에 대한 판단

1. 피고의 본안전항변의 요지 원고의 이 사건 이메일 청구를 피고에게 경정청구를 한 것으로 보기 어렵다. 또한 이 사건 거부처분은 원고가 서면으로 청구한 이 사건 경정 청구에 대한 것으로 이 사건 이메일 청구에 대한 내용이 아니다. 따라서 이 사건 거부처분 중 청구취지 기재처분이 이 사건 이메일 청구에 대한 것이라고 주장하며 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다.

2. 관련 법리 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결). 행정소송에 있어 쟁송의 대상이 되는 행정처분의 존재는 소송의 적법요건이라고 할 것이므로, 원고가 취소를 구하는 부과처분이 존재하지 아니하는 이상 소는 부적법하여 각하되어야 한다(대법원 1997. 8. 26. 선고 96누6707 판결).

3. 판단 살피건대, 원고가 2020. 3. 31. 이메일로 ◯◯세무서의 담당공무원에게 이 사건 이메일 청구를 한 사실은 앞서 본 것과 같고, 여기에 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 더하여 보면, 이 사건 이메일 청구를 국세기본법 제45조의2 제1항 의 일반 경정청구로 볼 수 없는바, 원고의 유효·적법한 이 부분 경정청구가 있다고 보기 어렵고, 그렇다면 피고가 가사 이 사건 거부처분을 통하여 이 사건 이메일 청구를 거절하였다 하더라도 이를 항고소송의 대상이되는 거부처분으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소는 존재하지 않는 처분에 대한 것으로서 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 본안전항변은 이유 있다.

① 국세기본법 제45조의2 제1항 은 ”과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.“라고 규정하고 있다. 그런데 원고가 주장하는 이 사건 이메일 청구는 관할 세무서장인 피고에게 제출된 것이 아니라 ◯◯세무서의 법인세 담당공무원에게 제출된 것인바, 당해 담당공무원은 법인세 경정청구가 제기될 경우 내부 업무분장 등을 통하여 이를 검토하는 권한을 가지고 있는 것으로 보일 뿐, 직접 피고를 대리하여 경정청구를 수리할 권한까지 가지고 있다고 보이지 않는다.

② 국세기본법 제2조 제18호 는 ”정보통신망이란 전기통신기본법 제2조 제2호 에따른 전기통신설비를 활용하거나 전기통신설비와 컴퓨터 및 컴퓨터의 이용기술을 활용하여 정보를 수집, 가공, 저장, 검색, 송신 또는 수신하는 정보통신체계를 말한다.“라고 정하고, 같은 조 제19호는 ”전자신고란 과세표준신고서 등 이 법 또는 세법에 따른 신고 관련 서류를 국세청장이 정하여 고시하는 정보통신망(이하 “국세정보통신망”이라 한다)을 이용하여 신고하는 것을 말한다.“라고 규정하였으며, 같은 법 제5조의2는 ‘우편신고 및 전자신고’라는 표제 하에 제2항에서 ‘경정청구서 등을 국세정보통신망을 이용하여 제출하는 경우’에 대하여 정하고 있고, 제3항에서는 ‘제2항에 따라 전자신고 또는 전자청구된 경우’에 관하여 정하고 있으며, 제4항에서는 ‘전자신고에 의한 절차 등에 관한 세부적인 사항’을 하위 법령에 위임하고 있고, 결국 위 제5조의2 제4항, 같은 법시행규칙 제1조에 의하여 최종적으로 ‘홈택스 이용에 관한 규정(국세청고시)’을 마련해 두었는바, 이를 종합하여 보면, 국세기본법이 예정하고 있는 ‘경정청구에 관한 전자청구’란 ‘경정청구서를 국세정보통신망을 이용하여 제출하는 경우’로서 ‘홈택스’를 이용하는 경우를 뜻한다고 봄이 상당하다.

③ ‘홈택스’를 이용하는 경우 당해 체계를 통한 공인인증서의 사용 및 이를 통한 전자서명 등으로 전자적으로 제출된 서류의 진실성을 담보할 수 있어 전자민원 내지 전자신고의 효력을 인정할 수 있다. 반면, 이 사건 이메일 청구와 같은 이메일을 통한 전자민원 내지 전자신고의 효력을 인정할 경우 그 서류의 진실성 또는 민원 내지 신고의 진실성을 담보할만한 아무런 수단이 없다.

④ 한편, 이 사건 이메일 청구는 원고의 세무대리인에 의하여 이루어진 것인데, 세무대리인은 분명 ‘홈택스’를 사용할 수 있었을 것으로 보임에도 담당공무원에게 파일을 이메일로 전달하는 방법을 택한 것으로 보이고, 여기에 당시 원고의 세무대리인이 사용한 이메일의 제목과 본문의 내용, 원고가 이 사건 이메일 청구를 하게 된 경위, 원고가 이 사건 소를 제기하면서 관련 청구를 ‘주위적·예비적 청구’로 호칭하고 있는 점등을 더하여 보면, 최초 원고의 이 사건 이메일 청구의 의도는, 이미 서면을 통한 이 사건 경정 청구로서 2003. 7. 1. 사업연도부터 2018. 12. 31. 사업연도 전체에 관하여 후발적 경정청구를 하였으므로, 후발적 경정청구 사유가 인정되지 않을 경우 위 이 사건 경정 청구 기간에 포함되며 일반 경정청구가 가능한 2014. 1. 1. 사업연도부터 2018. 12. 31. 사업연도까지는 이 사건 이메일 청구의 내용대로 일반 경정청구를 인정해 주어야 한다는 것, 즉, 이 사건 이메일 청구가 이메일로 제출되었다 하더라도 이 사건 경정 청구에 대하여 예비적 지위를 가지고 있으므로 그것으로 충분하다는 취지였던 것으로 보인다. 그러나 이 사건 경정 청구와 이 사건 이메일 청구의 내용이 다른 이상 (예를 들어 2014년 사업연도의 경우, 이 사건 경정 청구에 따르면 오히려 법인세의 과세표준이 증가하여 수정신고의 대상이나, 이 사건 이메일 청구에 따르면 약 212,483,418원을 환급해야 한다 2)) 양자는 서로 다른 청구로 보아야 하고, 그렇다면 이 사건 이메일 청구에 관하여는 원칙으로 돌아가 새로운 별도의 경정청구로서 법령에 정한 방식을 갖추었어야 한다고 봄이 상당하다.

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.