사실과 다른 세금계산서 여부

사 건 2021구합107267 부가가치세 환급거부결정처분취소 원 고 ◎◎◎◎주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2022. 10. 13 판 결 선 고

2023. 02. 16

1. 원고의 청구를 기각한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지 피고가 2020. 11. 5. 원고에 대하여 한 부가가치세 환급거부결정처분을 취소한다.

• 가. PP와 한KK 및 이MM 사이의 상가 공급계약 체결

1. 한KK와 이MM(이하 합하여 ‘이 사건 수분양자들’이라 한다)은 2019. 4. 16. 시행사인 주식회사 PP(이하 ‘PP’라고만 한다)로부터 아래 표 기재와 같이 LL시 UU면 B리 상가 총 15호실(이하 각 호실을 ‘이 사건 ○호’라 하고, 각 호실을 총칭하여 ‘이 사건 각 상가’ 라 한다)을 총 분양대금 ,,***원(부가가치세 포함)에 매수하는 내용으로 각 공급계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 각 공급계약’이라 한다).

2. 이 사건 수분양자들은 2019. 4. 16. PP에게 계약금 및 중도금 합계 ,,*원을 지급하였고, PP로부터 이와 관련한 매입세금계산서를 교부받아서 2019. 5. 1. 피고에게 2019년 제1기 부가가치세 조기환급신고를 하여 피고로부터 환급금 ***원을 수령하였다.

• 나. LL로컬푸드 영농조합법인의 이 사건 각 공급계약 매수인 권리의무 승계 등

1. LL로컬푸드 영농조합법인(대표이사 한KK, 이하 ‘LL로컬푸드’이라 한다)은 이 사건 수분양자들로부터 이 사건 각 공급계약에 따른 매수인의 권리의무를 포괄적으로 승계하는 계약을 각 체결하였다(이 사건 각 공급계약서에는 권리의무승계일이 각 기재되어 있지 않다).

2. LL로컬푸드는 입주지정일인 2019. 7. 23.까지 PP에 나머지 잔금을 지급하지 않은 상태에서 2019. 8. 9. 농업회사법인 RR로컬푸드주식회사(사내이사 한KK, 이하 ‘RR로컬푸드’라 한다)와 사이에 이 사건 101호에 관하여 임대차보증금을 ***원, 임대차기간을 2019. 10. 24.부터 2029. 10. 23.까지로 하는 임대차계약을 체결하였고(이하 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다), RR로컬푸드는 2019. 10. 25. 법인소재지를 이 사건 제101호로 하여 이 사건 임대차계약과 같은 내용으로 사업자등록 정정신고를 하였다.

3. LL로컬푸드는 2019. 10. 16. PP에게 이 사건 각 공급계약의 잔금 ***원을 지급하였다.

• 다. 원고의 이 사건 각 공급계약 매수인 권리의무 승계 등

1. 원고는 한KK에 의하여 2019. 12. 17. 주택 임대업, 상가 입대업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인인데, 2020. 6. 29. 이 사건 수분양자들로부터 이 사건 각 공급계약에 따른 매수인의 권리의무를 포괄적으로 승계하는 계약을 체결하였다.

2. 한편 원고는 2020. 7. 16. PP와 사이에 이 사건 상가에 대한 잔금유예의 방식으로 원을 PP로부터 차용하되, 원(차용금원의 10%)에 대하여는 2021. 7. 16.까지, 원(차용금원의 10%)에 대하여는 2022. 1. 16.까지, 원(차용금원의 80%)에 대하여는 2022. 7. 16.까지 각 변제한다는 내용의 금전소비대차약정을 체결하였다.

3. 원고는 2020. 7. 20. 이 사건 각 상가에 관하여 2019. 4. 16.자 매매계약을 원인으로 소유권이전등기를 마쳤고, PP는 같은 날 이 사건 각 상가에 관하여 근저당권자 PP, 채무자 원고, 채권최고액 ****원으로 하는 근저당권설정등기를 마쳤다.

• 라. 피고의 부가가치세 환급거부결정 및 원고의 조세심판 청구

1. 원고는 2020. 7. 24. PP로부터 작성일 2020. 7. 16., 총 공급가액이 원인 매입세금계산서 총 15매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받았고, 2020. 8. 1. 피고에게 이 사건 세금계약서의 매입세액 원을 환급받기 위하여 2020년 제2기 부가가치세 조기 환급을 신고하였다.

2. 피고는 2020. 11. 5. “매입세액 공제한 건물의 공급시기는 2019년 RR로컬푸드가 실제로 사용·수익을 개시한 때이므로 2020. 7. 16. 발급받은 매입세금계산서(**백만 원)는 사실과 다른 매입세금계산서에 해당하여 매입세액 불공제함”을 사유로 하여 부가가치세 환급거부결정을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3. 원고는 이에 불복하여 2021. 1. 6. 이의신청을 거쳐 2021. 3. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 9. 14. 원고의 심판청구를 기각하였다 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증 내지 갑 제8호증, 갑 제14호증, 갑제15호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 2020. 7. 16. 이 사건 수분양자들로부터 이 사건 각 공급계약을 승계하고 PP에게 잔금을 지급한 다음 이 사건 각 상가에 관한 소유권이전등기를 마쳤으므로, 그 무렵 원고가 PP로부터 이 사건 각 상가를 공급받은 것이므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. 그럼에도 피고는 이 사건 각 상가에 관한 소유권이전등기를 마치지 않은 LL로컬푸드가 2019. 10. 24. 이 사건 각 상가를 사용·수익한 것을 기화로 재화의 공급시기를 앞당겨 해석함으로써, 이 사건 각 상가가 PP에서 LL로컬푸드로, LL로컬푸드에서 원고로 전매되었다고 판단하여 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 아니하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판 단

1. 관련 법리 가) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 ‘사실과 다르다’는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 부가가치세법 제32조 제1항 제1호 는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭을 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있으므로 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에 있어서의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 공제받을 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2007두15469 판결 등 참조). 나) 부가가치세법 제6조 제1항, 제9조, 부가가치세법 시행령 제14조 등의 취지를 종합하면, 재화의 공급이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하는 것으로서 부가가치세의 성질에 비추어 보면 그 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하는 것이라고 할 것인바, 사업자가 건물을 매도하기로 하는 매매계약을 체결한 다음, 매매대금이 청산되거나 거래상대방 명의로의 이전등기를 경료하기 이전이라도, 거래상대방으로 하여금 사실상 소유자로서 당해 건물에 대한 배타적인 이용 및 처분을 할 수 있도록 그 점유를 이전하였다면, 이는 부가가치세법상 재화의 공급에 해당한다(대법원2006. 10. 13. 선고 2005두2926 판결).

2. 구체적 판단 위 법리에 비추어 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, LL로컬푸드가 PP로부터 이 사건 각 상가를 취득한 후 원고에게 매도하였다고 봄이 타당하고, 이 사건 세금계산서에는 공급시기 및 실제 공급하는 자와 세금계산서상의 공급자가 다르게 기재되어 있으므로, 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다. 따라서 이 사건 세금계산서의 매입세액을 공제받을 수 없다고 판단한 이 사건 처분은 적법하다.

• 가) LL로컬푸드는 이 사건 수분양자들과 사이에 이 사건 각 공급계약에 따른 매수인 지위를 이전받는 권리의무승계계약을 체결하였을 뿐만 아니라 매도인인 PP도 이에 동의하여 매수인 지위가 LL로컬푸드에 적법하게 이전되었다. LL로컬푸드는 2019. 10. 16. 매도인인 PP에게 이 사건 각 공급계약에 따른 잔금을 모두 지급함으로써 매수인의 계약상 의무를 다한 것으로 보인다.
• 나) LL로컬푸드는 위와 같은 권리의무승계계약을 체결한 직후인 2019. 8. 9. RR로컬푸드와 사이에 이 사건 임대차계약을 체결하였고, 이 사건 상가의 잔금을 지급한 직후인 2019. 10. 24. RR로컬푸드에게 이 사건 임대차계약에 따라서 이 사건 101호에 대한 점유를 이전하여 주었던바, 매도인인 PP는 비록 LL로컬푸드 명의로 이 사건 각 상가에 관한 소유권이전등기를 마치지 아니하였지만, 적어도 2019.10. 24.부터는 LL로컬푸드로 하여금 사실상 소유자로서 이 사건 각 상가를 배타적으로 이용 및 처분할 수 있도록 그 점유를 이전한 것으로 보인다.
• 다) 원고가 2020. 6. 29. 이 사건 수분양자로부터 이 사건 각 공급계약에 따른 매수인 지위를 이전받는 권리의무승계계약을 각 체결하였다고 하나, 당시 이미 LL로컬푸드는 PP에게 매매대금을 모두 지급한 상태였을 뿐만 아니라 이 사건 각 상가에 관하여 배타적인 이용 및 처분을 할 수 있도록 점유를 이전받았던 것으로 보이는데, 당시 LL로컬푸드와 PP의 이 사건 각 공급계약이나 권리의무승계 계약이 해제되었다는 등의 특별한 사정을 찾아 볼 수 없는 상황에서 PP와 원고가 이 사건 각 공급계약에 대하여 다시 권리의무승계계약을 체결하였다는 원고의 주장은 선뜻 수긍하기 어렵다.
• 라) 원고는 LL로컬푸드가 수분양자로부터의 계약승계를 포기하고 해제하였다고 주장하나, 원고가 수분양자들과 승계계약을 체결하였다고 주장하는 2020. 6. 29. 당시 LL로컬푸드가 권리의무승계계약을 해제하였다고 볼 만한 아무런 자료도 없고, 만일 적법하게 이 사건 각 공급계약을 해제한 것이라면 LL로컬푸드가 PP에게 지급한 이 사건 각 상가의 잔금을 돌려받아야 할 것이지만 이를 반환받지도 않았을 뿐만 아니라 LL로컬푸드가 이 사건 각 상가에 대한 점유를 반환하지도 않은 것으로 보인다(이 사건 각 공급계약서의 이 사건 수분양자들과 LL로컬푸드 사이의 권리의무 승계내역에 사선이 그어져있다는 것만으로 위 계약이 곧바로 해제되었다고 볼 수 없다).
• 마) LL로컬푸드는 PP를 상대로 제기한 지급명령신청서(갑 제13호증)에서 ‘이 사건 각 상가에 대한 소유권이전등기를 하려고 하였으나 영농조합법인은 부가가치세가 일부 밖에 환급되지 않는다고 하고, 갑자기 분양 해지로 분양율이 저조하게 되었으며, 시행사와 시공사가 분위기가 좋지 않아서 어느 정도 호전되면 하려고 소유권이전등기를 미루고 있다가, 원고 법인을 설립하여 이 사건 각 상가를 전매하고 소유권이전등기를 한 것이라’는 취지로 주장하고 있다.
• 바) 결국 위와 같은 이 사건 각 분양계약과 권리승계계약 체결 및 그 이행경위, 이 사건 수분양자 중 한KK가 LL로컬푸드와 RR로컬푸드의 대표자로서 밀접한 관련이 있는 점 등을 종합하여 보면, 비록 이 사건 수분양자들이 원고에게 이 사건 각 공급계약의 권리의무를 양도한다는 내용의 승계계약을 체결하였다 하더라도, 그 실질은 LL로컬푸드가 사실상 소유자로서 이 사건 각 상가를 세금이나 대출 문제 때문에 원고에게 매도하는 계약을 체결한 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 각 상가에 관하여 원고에 대한 공급자를 LL로컬푸드가 아닌 PP로, 그 공급시기를 2020. 7. 16.로 각 기재한 이 사건 세금계산서는 사실과 달리 기재된 것으로서 이를 이유로 한 이 사건 처분에 위법이 있다고 볼 수 없다.
• 사) 이에 대하여 원고는 이 사건 각 상가에 대한 소유권이전등기 여부를 기준으로 재화의 공급이 이루어졌는지를 판단하여야 하고, LL로컬푸드가 아닌 원고가 이 사건 각 상가에 관한 소유권이전등기를 마쳤으므로, 원고가 LL로컬푸드로부터 이 사건 각 상가를 매수하였다고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 거래상대방 명의로의 이전등기를 경료하기 이전이라도 거래상대방으로 하여금 사실상 소유자로서 당해 건물에 대한 배타적인 이용 및 처분을 할 수 있도록 그 점유를 이전한 경우 부가가치세법상 재화의 공급에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 주장과 같이 해석할 아무런 법적 근거가 없다(원고는 피고가 처분사유가 부당하게 추가되었다는 취지의 예비적 주장을 하나, 이 사건 처분 및 조세심판의 경위 그 내용에 비추어 원고의 주장과 같이 처분사유가 추가되거나 변경되었다고 볼 수 없으므로, 원고의 위와 같은 주장 역시 이유 없다).

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한