기한 후 신고의 통상경정청구 적법성

사 건 2020구합104398 부가가치세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서 변 론 종 결 2022.6.9 판 결 선 고 2022.8.25

1. 이 사건 소 중 2015년 제1기 부가가치세, 2016년 제1기 및 2016년 제2기 부가가치세에 관한 각 경정거부처분의 취소를 구하는 부분을 각 각하한다.

2. 피고가 2020. 9. 17. 원고에 대하여 한 2015년 제2기 부가가치세 34,566,399원에 관한 경정거부처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 7/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 주문 제2항 및 피고가 2020. 9. 17. 원고에 대하여 한 2015년 제1기 부가가치세27,361,158원, 2016년 제1기 부가가치세 32,076,201원, 2016년 제2기 부가가치세25,208,705원에 관한 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2015. 4. 1.경부터 폐업일인 2017. 3. 22.경까지 ㅇㅇ시 ㅇㅇ에서 자동차부품 제조업을 영위하던 C.C산업(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)의 사업자로 등록되어 있던 사람이다.
• 나. 피고는 2016. 1.경부터 2017. 5.경까지 이 사건 사업장과 관련한 부가가치세를 결정·고지하였는바, 그 구체적인 내용은 다음과 같다(이하에서는 이 사건 사업장과 관련한 부가가치세를 통칭할 경우 ‘이 사건 각 부가가치세’라 한다).
• 다. 원고는 2020. 7. 20.경 피고에게 ‘이 사건 사업장의 실제 사업자는 원고가 아닌 원고의 형 손.D.D(이하 ’손.D.D‘이라고만 한다)이고, 원고는 위 사업에 전혀 관여하지 않았으므로, 이 사건 각 부가가치세의 납세의무자를 손.D.D으로 변경하여 줄 것’을 구하는 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2020. 9. 17. ‘원고가 이 사건 사업장의 실제 사업자가 아니라고 판단할 객관적인 서류가 부족하다’는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다).
• 라. 원고는 2020. 11. 17. 조세심판원에 이 사건 경정거부처분의 취소를 구하는 심판 청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 30. 위 심판청구를 각하하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~3호증, 제19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 본안전 항변의 요지 이 사건 경정청구는 국세기본법이 정한 경정청구기간이 도과된 후에 제기된 것이어서 부적법하고, 이에 과세관청인 피고로서는 위 경정청구에 따라 과세표준 및 세액을 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 이 사건 경정거부처분은 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다.
• 나. 관련 법리 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항은 ‘국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 경정을 청구 할 수 있다’고 규정하고 있는바, 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결 참조).
• 다. 판단

1. 이 사건 소 중 2015년 제1기 부가가치세에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

• 가) 2016. 1. 12.자로 결정·고지된 20,243,937원 관련 (1) 국세기본법 제45조의2 제1항 본문은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자’ 또는 ‘제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자’에게 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장을 상대로 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 구할 수 있는 자격을 부여하고 있다.

(2) 그런데 같은 법 제45조의3 제1항이 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자로 하여금 ‘관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지’ 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있도록 규정하고 있으므로, 원고가 이 부분 부가가치세의 경정을 구하기 위해서는 피고가 원고에게 이부분 부가가치세를 결정·고지한 2016. 1. 12. 전까지 이에 관한 기한후과세표준신고서를 제출하였어야 함에도, 앞서 본 바와 같이 원고는 피고가 이 부분 부가가치세를 결정·고지한 이후인 2016. 3. 18.에서야 이에 관한 기한후과세표준신고서를 제출하였다.

(3) 결국 이 부분 부가가치세의 경정을 구할 자격이 없는 원고의 이 부분 경정청구는 부적법하고, 이에 피고가 이 부분 부가가치세에 관한 원고의 경정청구를 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로, 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 있다.

• 나) 2016. 4. 1.자로 결정·고지된 7,117,221원 관련

(1) 앞서 본 바와 같이 이 부분 부가가치세는 2015년 제1기 부가가치세에 관한 피고의 2016. 1. 12.자 결정 이후 원고의 2016. 3. 18.자 기한 후 신고로 인해 증가된 부분이다.

(2) 그런데 국세기본법 제45조의2 제1항 단서는 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다’고 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 피고가 2016. 4. 1.자로 이 부분 부가가치세를 결정·고지하였다면, 원고는 적어도 이 사건 사업장에 관한 폐업신고가 이루어진 2017. 3. 22.경에는 이를 알았다고 보아야 함에도, 원고는 그로부터 90일이 경과하였음에 역수상 명백한 2020. 7. 20.에 이르러서야 피고에게 이 부분 부가가치세의 경정을 청구하였다.

(3) 결국 이 부분 부가가치세에 관한 원고의 경정청구는 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 것이어서 부적법하고, 이에 피고가 이 부분 부가가치세에 관한 원고의경정청구를 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로, 피고의 이 부분 본안전 항변도 이유 있다.

2. 이 사건 소 중 2015년 제2기 부가가치세에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부 앞서 본 바와 같이 원고는 피고가 원고에게 이 부분 부가가치세를 결정·고지하기 전인 2016. 3. 18. 이에 관한 기한후과세표준신고서를 제출하였고, 원고가 피고에게 이부분 부가가치세에 관한 경정을 청구한 2020. 7. 20.은 위 부가가치세의 법정신고기한인 2016. 1. 25.(국세기본법 제2조 제16호, 부가가치세법 제49조 제1항, 제5조 제1항 제2호)로부터 5년 이내임은 역수상 명백하다. 따라서 이 부분 부가가치세에 관한 원고의 경정청구는 경정청구기간 이내에 제기된 것이어서 적법하므로, 피고의 이 부분 본안전 항변은 받아들일 수 없다.

3. 이 사건 소 중 2016년 제1기 부가가치세 및 제2기 부가가치세에 대한 각 경정거부처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

• 가) 원고가 이 부분 각 부가가치세에 관한 경정청구를 하기 위해서는 피고가 위 각 부가가치세의 과세표준과 세액을 결정하여 이를 원고에게 통지하기 전까지1) 기한후과세표준신고서를 제출하였어야 함에도(국세기본법 제45조의2 제1항 본문, 제45조의3 제1항), 피고가 이 부분 각 부가가치세의 과세표준 및 세액을 결정하여 이를 원고에게 통지하기 전까지 원고가 이에 관한 기한후과세표준신고서를 제출하였음을 확인할 수 있는 아무런 자료가 없다.
• 나) 결국 이 부분 각 부가가치세의 경정을 구할 자격이 없는 원고의 이 부분 각 경정청구는 부적법하고, 이에 피고가 위 각 부가가치세에 관한 원고의 경정청구를 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로, 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 있다.
• 다) 이에 대해 원고는 ‘2015년 제2기 부가가치세에 관하여 적법한 기한 후 신고가 있었던 이상 이 부분 각 부가가치세에 관한 원고의 경정청구는 적법하다’는 취지로 주장하는 것으로 보이나(2022. 5. 31.자 준비서면 1~2쪽), 소득세나 부가가치세 등과 같이 일정한 기간을 과세단위로 하는 세목에 있어서 과세기간을 달리하는 과세처분은 각기 독립한 별개의 처분으로 보아야 하므로(대법원 1996. 2. 23. 선고 95누12057 판결 등 참조), 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 라. 소결론

1. 따라서, 이 사건 소 중 2015년 제1기 부가가치세 중 2016. 1. 12.자로 결정·고지된 20,243,937원 부분, 2016년 제1기 부가가치세 및 2016년 제2기 부가가치세에 관한 각 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 그 경정을 구할 자격이 없는 원고에 의해 제기된 것이어서 부적법하고, 2015년 제1기 부가가치세 중 2016. 4. 1.자로 결정·고지된 7,117,221원 부분은 그 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 것이어서 부적법하므로, 이를 지적하는 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 있다.

2. 반면, 이 사건 소 중 2015년 제2기 부가가치세에 관한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 그 경정을 구할 자격이 있는 원고가 경정청구기간 내에 제기한 것이어서 적법하므로, 피고의 이 부분 본안전 항변은 받아들일 수 없다.

4. 본안에 관한 판단: 2015년 제2기 부가가치세에 관한 경정거부처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 사업장의 실제 사업자는 원고가 아니라 원고로부터 사업자 명의를 빌려 실질적으로 이를 운영하였던 손.D.D인바, 이 부분 경정거부처분은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관련 법리 국세기본법 제14조 제1항 은 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”라고 하여 실질과세의 원칙을 천명하고 있다. 따라서 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 지배·관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배·관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 할 것이다. 그리고 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리·처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 한편 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하는바, 이는 거래 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다고 다투어지는 경우에도 증명책임을 전환하는 별도의 법률규정이 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 마찬가지이다. 다만 과세관청이 사업명의자를 실사업자로 보아 과세를 한 이상 거래 등의 귀속 명의와 실질이 다르다는 점은 그 과세처분을 받은 사업명의자가 주장·증명할 필요가 생기는데, 이 경우에 증명의 필요는 법관으로 하여금 과세요건이 충족되었다는 데 대하여 상당한 의문을 가지게 하는 정도면 족하다. 그 결과 거래 등의 실질이 명의자에게 귀속되었는지 여부가 불분명하게 되고 법관이 확신을 가질 수 없게 되었다면 그로 인한 불이익은 궁극적인 증명책임을 부담하는 과세관청에 돌아간다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 등 참조).
• 다. 구체적 판단 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들에 갑 제5~18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 명의대여자가 아닌 이 사건 사업장의 실제 사업자라는 점에 대하여 상당한 의문이 있으므로, 이와 달리 원고가 위 사업장의 실제 사업자임을 전제로 이루어진 이 부분 경정거부처분은 국세기본법 제14조 제1항 이 규정한 실질과세의 원칙에 반하여 위법하므로, 취소되어야 한다.

1. 원고는 이 사건 사업장이 운영되는 기간에 계속적으로 ‘주식회사 에스AB’ 또는 ‘에스’에 근무하면서 근로소득을 지급받아 온 반면(갑 제7호증 참조), 위 사업장의 주된 업무인 자동차부품 제조업에 관해서는 별다른 경험이나 경력이 없는 것으로 보인다.

2. 원고는 거듭된 사업 실패로 인하여 자신의 명의로는 사업자 등록을 하기 어려웠던 손.D.D의 부탁을 받아 이 사건 사업장의 사업자등록을 원고 명의로 하여 이 사건 사업장을 운영할 수 있도록 허락하고, 원고 명의로 된 온양농협 계좌(이하 ‘이 사건 사업용 계좌’라 한다)를 손.D.D에게 교부하여 이를 사용할 수 있도록 허락한 것으로 봄이 상당하다(갑 제15, 17호증 참조).

3. 한국전력공사에는 이 사건 사업장의 고객명으로 원고가 아닌 손.D.D이 기재되어 있는데다가, 손.D.D은 이 사건 사업용 계좌를 가족 명의의 보험료 납부 또는 반려견 관련 지출 등 개인적인 용도로도 사용하여 온 것으로 보인다(갑 제8, 10~14호증 참조).

4. 원고가 직접 이 사건 사업장에 관한 사업자등록 및 폐업신고를 한 것으로 보이고, 위 사업장의 운영 과정에서 발생한 세금이 체납됨에 따라 그 징수를 위하여 원고 소유의 아파트에 대한 압류 및 공매공고 등의 절차가 진행되었음에도 상당 기간 그에 관한 이의를 제기하지 아니하는 등 원고에게 불리한 사정들이 있다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 원고에 대한 과세요건이 충족되었다는 데 대하여 상당한 의문이 있는 만큼 피고가 이에 대한 충분한 증명을 하지 못하였다면 그로 인한 불이익은 궁극적인 증명책임을 부담하는 과세관청인 피고에게 귀속된다고 봄이 타당하다.

그렇다면, 이 사건 소 중 2015년 제1기 부가가치세, 2016년 제1기 부가가치세 및 2016년 제2기 부가가치세에 관한 각 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 모두 각하하고, 나머지 2015년 제2기 부가가치세의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.