유상증자 전 비상장주식의 1주당 가액을 잘못 산정하여 과세표준을 잘못 산정한 위법이 있음

사 건 2021구합104220 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 DD 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2022. 10. 13. 판 결 선 고

2023. 1. 19.

1. 피고가 2020. XX. XX. 원고에 대하여 한 2016년도 귀속 법인세 309,679,680원의 부과 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고의 지위 등

1. 원고는 기업에 대한 투자 등을 목적으로 하는 주식회사이고, 주식회사 BB(2017. 6. 7. ‘주식회사 NN개발’로 상호를 변경하였고, 이후 다시 ‘주식회사 YY코리아’로 상호를 변경하였다. 이하에서는 상호 변경 전후를 불문하고 ‘NN개발’이라 한다)는 전자부품 관련 재료 및 소재 사업 등을 목적으로 하는 주식회사이다.

2. 원고와 NN개발은 모두 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 기업집단인 bb그룹의 계열회사이다. 원고는 2015년 말 기준 NN개발 발행주식 122,350,000주 전부를 소유하고 있었고, 2016년 당시 원고의 주식은 권PP(bb그룹 사주)이 49%, 최QQ이 29%, 성RR이 22%를 각 소유하고 있었다.

• 나. NN개발의 2016. 3. 6.자 및 2016. 12. 28.자 각 유상증자

1. NN개발은 2016. 3. 16. 아래 표 기재와 같이 유상증자를 하면서 5,326,000주의 주식을 발행하였고(액면가 1주당 500원), 원고가 증자에 참여하지 아니하여 실권된 주식 전부는 원고의 주식 29%를 소유한 주주이자 bb그룹의 다른 계열회사인 KK 주식회사의 임원 최QQ이 인수하였다(이하 ‘1차 유상증자’라 한다). 이에 따라 NN개발의 총 발행주식 127,676,000주 중 원고가 122,350,000주, 최QQ이 5,326,000주를 각 소유하게 되었다.

2. NN개발은 2016. 11. 24. 총 발행주식 127,676,000주 중 102,140,800주에 대한 무상감자를 실시하여 원고 소유의 주식 97,880,000주, 최QQ 소유의 주식 4,260,800주를 각 소각하였다. 이에 NN개발의 총 발행주식은 25,535,200주로 감소하였고, 그 중 원고가 24,470,000주, 최QQ이 1,065,200주를 각 소유하게 되었다.

3. NN개발은 2016. 12. 28. 아래 표 기재와 같이 다시 유상증자를 하면서 9,294,000주의 주식을 발행하였고(액면가 1주당 500원), NN개발의 당시 주주 중 최QQ은 증자에 참여하였으나 원고는 증자에 참여하지 아니하였으며, 원고가 증자에 참여하지 아니하여 실권된 주식은 원고의 주식 49%를 소유한 주주이자 bb그룹의 사주 권PP의 친족(매제) 김TT과 최QQ이 인수하였다(이하 ‘2차 유상증자’라 한다). 이에 따라 NN개발의 총 발행주식 34,829,200주 중 원고가 24,470,000주, 최QQ이 8,759,200주, 김TT이 1,600,000주를 각 소유하게 되었다.

• 다. 원고에 대한 세무조사 및 법인세 부과처분 등

1. 대구지방국세청장은 2020. 5. 28.부터 2020. 6. 26.까지 원고, 최QQ, 김TT에 대하여 NN개발의 2016년도 유상증자 및 무상감자 내역 및 이로 인한 주식변동과 관련한 세무조사를 실시하였고, 2020. 6. 19. 세무조사 기간을 2020. 5. 28.부터 2020. 8. 24.까지로 59일 연장하였다.

2. 대구지방국세청장은 2020. 7. 원고, 최QQ, 김TT의 권리보호 심의 요청에 따라 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 세무조사 연장 기간을 59일에서 29일 축소하여 30일로 하는 결정을 하였고(세무조사 기간 2020. 5. 28.부터 2020. 7. 26.까지), 국세청장은 2020. 8. 3. 원고, 최QQ, 김TT의 변경 심의 요청에 따라 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 세무조사 기간 연장의 근거가 부적법하다는 이유로 시정 결정을 하였으며, 이에 따라 원고, 최QQ, 김TT에 대한 세무조사는 그대로 중단되었다.

3. 대구지방국세청장은 위 세무조사 결과, ① 1차 유상증자 시 최QQ이 유상증자에 참여하여 증자 전 1주당 평가액 91원보다 고가인 1주당 500원에 신주를 인수함으로써 원고가 특수관계에 있는 최QQ으로부터 2,087,792,000원의 이익을 분여 받았다고 보아 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항, 제3항, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제9호에 따라 위 금액을 익금에 산입하고, ② 2차 유상증자 시 최QQ, 김TT이 유상증자에 참여하여 증자 전 1주당 평가액 540원보다 저가인 1주당 500원에 신주를 인수함으로써 원고가 특수관계에 있는 최QQ, 김TT에게 합계 258,282,732원(최QQ: 211,882,732원, 김TT: 46,400,000원)의 이익을 분여한 것으로 보고, 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 에 따라 부당행위계산 부인하여 위 금액을 익금에 산입하며, ③ 최QQ, 김TT은 원고로부터 위 각 금액을 증여받은 것으로 본 조사 내용을 원고, 최QQ, 김TT의 각 관할 세무서인 피고, 동수원세무서장, 금정세무서장에 각 과세자료로 통보하였다.

4. 이에 따라 피고는 2020. 10. 5. 아래 표 기재와 같이 원고에 대하여 2016년 귀속 법인세 309,679,689원을 경정·고지하였고(피고에게 실제 고지된 금액은 국세징수사무처리규정 제10조에 따라 10원 미만을 버린 309,679,680원이다. 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 동수원세무서장은 같은 날 최QQ에게 증여세 50,348,766원, 금정세무서장은 같은 날 김TT에게 증여세 7,216,664원을 각 경정·고지하였다.

5. 원고, 최QQ, 김TT은 2021. 1. 5. 국세청장에 이 사건 처분 및 위 각 증여세 부과처분에 대하여 불복하여 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2021. 4. 23. 위 심사청구를 기각하였으며, 원고는 2021. 5. 7. 위 기각 결정문을 송달받았다.

• 라. 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 NN개발의 주식 가액을 평가한 방법

1. 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 2016. 3. 16.자 1차 유상증자 전 NN개발의 주식 가액을 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조가 규정하고 있는 보충적 평가방법에 따라 아래와 같이 1주당 91원으로 산정하였다(을 제2호증 참조).

• 가) NN개발은 평가기준일이 속한 사업연도인 2016년의 3년 전 사업연도부터 계속하여 손금의 총액이 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인에 해당하므로, 구 상증세법 시행령 제54조 제3항 제3호, 제2항에 따라 1주당 순자산가치에 따른다(1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수).
• 나) NN개발의 순자산가액은, NN개발이 제출한 2015년도 사업연도 법인세 신고서상의 대차대조표 기재 자산가액 68,935,620,166원과 부채가액 64,871,024,113원을 기초로 하되(을 제3호증), 토지 자산과 관련하여 구 상증세법 제61조 제1항 제1호, 구 상증세법 시행령 제55조 제1항에 따라 개별공시지가 기준 평가액 9,913,286,860원과 장부가액 2,743,332,197원의 차액에 해당하는 7,169,954,663원(= 9,913,286,860원 – 2,743,332,197원)을 자산가액에 가산하여 산정하였다.
• 다) 이에 따라 NN개발의 순자산가액은 11,234,550,716원(= 68,935,620,166원 + 7,169,954,663원 – 64,871,024,113원)이고, 이를 평가기준일 현재 발행주식수인 122,350,000주로 나누면 1주당 가액은 91원이 된다(원 미만 버림).

2. 한편, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 2016. 12. 28.자 2차 유상증자 전 NN개발의 주식 가액을 아래와 같은 근거에 따라 1주당 540원으로 산정하였다.

• 가) 앞서 산정한 1차 유상증자 전 NN개발의 주식 1주당 가액 91원을 기준으로 1차 유상증자 후 NN개발의 순자산가액을 계산하면 13,796,850,000원[(증자 전 1주당 가액 91원 × 증자 전 발행주식총수 122,350,000주) + (신주 인수가액 500원 × 증자로 발행된 주식 수 5,326,000주)]이 된다.
• 나) 한편, 2016. 11. 24.자 무상감자로 인하여 NN개발의 발행주식총수가 127,670,000주에서 25,535,200주로 감소하였으므로, 결국 2차 유상증자 전 NN개발의 주식 1주당 가액은 540원(= 순자산가액 13,796,850,000원 ÷ 발행주식총수 25,535,200주, 원 미만 버림)이 된다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제10호증, 을 제1호증 내지 을 제3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자 주장의 요지

1. 원고

• 가) 피고는 원고의 권리보호 심의 요청에 따른 국세청장의 시정 결정으로 세무조사가 조사기간의 연장 없이 중단됨에 따라 NN개발의 주식 가액 평가에 필요한 자료를 확보하지 못한 채 단지 NN개발의 2015년 법인세 신고서상의 대차대조표에 기초하여 1차 유상증자 전 1주당 가액을 91원, 2차 유상증자 전 1주당 가액을 540원으로 각 평가하였고, 이를 기준으로 원고의 2016년 귀속 법인세의 과세표준을 산정하여 이 사건 처분을 하였다.
• 나) 그런데 피고는 1차 유상증자 전 NN개발 주식의 1주당 가액을 평가하기 위하여 NN개발의 순자산가액을 산정하면서, ① NN개발의 소유 토지 중 가동이 중단된 수원공장 부지의 장부가액 12,502,038,327원이 대차대조표 계정과목 중 ‘토지’ 가 아닌‘기타투자자산’에 반영되어 있음을 간과하고 토지의 장부가액을 2,743,332,197원으로 보아 개별공시지가 기준 평가가액 9,313,286,860원과의 차액인 7,169,954,663원을 과대계상하였고, ② 대차대조표 계정과목 중 ‘제품’ 및 ‘반제품’의 평가충당금을 반영하지 않아 1,775,308,792원을 과소계상하였으며, ③ 대차대조표 계정과목 중 ‘기타투자자산’의 손상차손을 반영하지 않아 2,381,025,066원을 과소계상하였고, ④ 각종 유형자산과 관련하여 국고보조금이 차감되어 있는 대차대조표상의 장부가액을 그대로 반영하여 1,236,996,627원을 과소계상하는 오류를 저질렀다.
• 다) 나아가 피고는 1차 유상증자 전인 2016. 3. 15. 기준 가결산된 NN개발의 재무제표, 계정별원장 등이 확보되지 아니하여 정확한 1차 유상증자 전 NN개발 주식의 1주당 가액은 산정하기 어렵다는 입장을 밝히고 있고, 2차 유상증자 전인 2016. 12. 27. 기준 가결산된 NN개발의 재무제표, 계정별원장에 근거하면 2차 유상증자 전 NN개발 주식의 1주당 가액은 540원이 아닌 음수로 산정된다는 점을 인정하고 있다.
• 라) 이와 같이 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 과세표준 산정의 기초가 되는 NN개발 주식의 1주당 가액을 산정함에 있어서 심각한 오류를 저질렀고, 따라서 이 사건 처분은 과세표준을 잘못 산정한 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

2. 피고

• 가) 피고는 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 가 규정하고 있는 보충적 평가방법에 따라서 NN개발의 2015년 법인세 신고서상의 대차대조표 등을 근거로 NN개발 주식의 1차 유상증자 전 1주당 가액을 91원으로, 2차 유상증자 전 1주당 가액을 540원으로 각 산정하였다.
• 나) 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 NN개발의 주식 1주당 가액을 산정하면서 토지의 장부가액을 잘못 반영하는 등의 오류를 저질렀고, 2차 유상증자 전 기준으로 작성된 NN개발의 재무제표, 계정별원장에 근거하면 2차 유상증자 전 NN개발 주식의 1주당 가액이 이 사건 처분 과정에서 산정된 540원이 아닌 음수로 산정되기는 한다. 그러나 과세처분의 위법 여부는 처분 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 따라 판단되어야 하는데, 2차 유상증자 당시 NN개발 주식의 1주당 가액이 음수였다면 김TT, 최QQ은 가치가 없는 주식을 액면가인 1주당 500원으로 고가 인수함에 따라 이 사건 처분에서 2차 유상증자와 관련한 부당행위계산 부인으로 인정된 익금 258,282,732원보다 더 많은 3,268,612,467원 상당의 이익을 원고에게 분여하였다고 보아야 하고, 위 금액은 원고의 익금으로 산입되어야 하므로, 결과적으로 이 사건 처분 세액은 정당한 세액에 미치지 못하게 된다. 따라서 이 사건 처분은 취소되어서는 안 된다.
• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 피고의 NN개발의 주식 가액 평가가 적법한지 여부

• 가) 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성과 과세요건사실의 존재 및 과세근거로 되는 과세표준에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결, 대법원 2021. 9. 16. 선고 2017두68813 판결 등 참조).
• 나) 피고는 이 사건 처분 과정에서 NN개발의 1차 유상증자 전 1주당 주식 가액을 평가하면서 NN개발의 2015년 재무제표에 기초하여 토지의 장부가액을 2,743,332,197원으로 보고, 구 상증세법 제61조 제1항 제1호에 따른 부동산의 평가방법인 개별공시지가 기준 평가액 9,913,286,860원과 장부가액 2,743,332,197원의 차액 7,169,954,663원을 자산가액에 가산하여 산정한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제3호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, NN개발의 소유 토지 중 가동이 중단된 수원공장 부지의 장부가액 12,502,038,327원은 2015년 대차대조표 계정과목 중 ‘토지’가 아닌 ‘기타투자자산’에 반영되어 있었던 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면 NN개발의 토지 자산의 경우, 구 상증세법 제61조 제1항 제1호에 따른 평가 가액 9,913,286,860원이 장부가액 15,245,370,524원(= 2,743,332,197원 + 12,502,038,327원)보다 적어 구 상증세법 시행령 제55조 제1항 후문에 따라 장부가액을 그대로 자산가액에 반영하여야 할 것임에도, 피고는 이 사건 처분 과정에서 NN개발의 토지 장부가액이 구 상증세법 제61조 제1항 제1호에 따른 평가액보다 적다는 잘못된 전제에서 NN개발의 자산가액에 평가차액 7,169,954,663원을 가산하였고, 이에 따라 1차 유상증자 전 NN개발 주식의 1주당 가액을 잘못 산정하였다고 판단된다.
• 다) 또한, 을 제4호증 내지 을 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, NN개발은 2차 유상증자 전 총 자산가액이 총 부채가액을 초과하고 있었던 사실, 이에 따라 NN개발의 2차 유상증자 전 순자산가액은 영 이하인 음수로 산정되고, 결국 순자산가치에 따라 산정되는 2차 유상증자 전 주식 1주당 가액 또한 영 이하인 음수로 산정되는 사실을 각 인정할 수 있다. 그럼에도 피고는 위 나)항과 같이 잘못 산정된 NN개발 주식의 1차 유상증자 전 1주당 가액 91원에 기초하여 2차 유상증자 전 1주당 가액을 540원으로 산정하였는바, 이 사건 처분은 이러한 점에서도 과세표준을 잘못 산정한 위법이 있다.

2. 이 사건 처분의 취소 여부

• 가) 과세관청이 과세표준과 세액을 산출 결정하는 과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 위법한 경우라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것은 아니다(대법원 1993. 9. 28. 선고 92누10180 판결 등 참조).
• 나) 피고는 이 사건 처분의 과세표준 산정에 위와 같은 위법이 있음을 인정하면서도, 결과적으로 이 사건 처분 세액이 정당한 세액을 초과하지 않으므로 이 사건 처분을 취소할 수 없다는 취지로 주장한다.
• 다) 그러나 앞서 본 법리에 의하면 ‘과세관청의 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도가 아닌 경우’에 한하여 정당세액 범위 내의 처분을 취소할 수 없다 할 것인데, 이 사건 처분은 2차 유상증자와 관련하여 최QQ, 김TT이 저가로 신주를 인수함으로써 원고가 최QQ, 김TT에게 합계 258,282,732원의 이익을 분여한 것으로 보고 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 에 따른 부당행위계산 부인으로 위 금액을 익금에 산입하여 과세표준을 산정하였으나, 피고의 주장에 의하더라도 2차 유상증자 전 NN개발의 주식 1주당 가액은 영 이하인 음수에 해당하여 최QQ, 김TT은 2차 유상증자에 따라 고가로 신주를 인수함으로써 원고에게 이익을 분여하였다고 보아야 하므로, 원고가 분여받은 이익을 구 법인세법 제15조 제1항, 제3항, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 에 따라 직접 익금으로 산입하여 과세표준을 산정하여야 한다는 것인데, 이와 같이 구체적인 처분사유 및 근거 조문 자체가 달라지는 경우에는 위와 같은 법리가 적용될 수 없다고 봄이 타당하다.
• 라) 나아가 구 상증세법 시행령 제29조 제2항 단서에 따라 증자 전·후의 주식 1주당 가액이 모두 영 이하인 경우에는 구 상증세법 제39조 제1항에 따른 유상증자로 인하여 받은 이익이 없는 것으로 보아야 하는데, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, NN개발의 주식 1주당 평가가액은 2차 유상증자 전뿐만 아니라 증자 후에도 여전히 음수로 산정된다고 볼 여지가 있어 피고의 주장처럼 원고가 2차 유상증자로 인하여 최QQ, 김TT으로부터 이익을 분여받았다고 볼 수 있는지 자체에도 의문이 있다. 또한, 피고는 이 사건 처분 과정에서 1차 유상증자 및 2차 유상증자 당시 NN개발의 순자산가액과 주식 1주당 평가가액의 산정에 위법이 있음을 인정하면서도, 변론종결 시까지 원고에 대한 2016년도 법인세의 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하고 있어 결국 원고에 대하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두72935 판결 등 참조), 피고의 위 주장은 이러한 점에서도 받아들이기 어렵다.
• 마) 따라서 이 사건 처분은 과세표준을 잘못 산정한 위법이 있으므로 그 전부가 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.