사실과 다른 세금계산서는 부가가치세법상 불공제대상 매입세액에 해당함

사 건 2021구합101245 부가가치세부과처분취소 원 고 ######## 주식회사 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2022. 04. 07. 판 결 선 고

2022. 04. 28.

1. 이 사건 소 중 가산세 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 8. 9. 원고에 대하여 한 2015년 제2기 부가가치세 629,797,900원의 부과처분을 취소한다.

• 가. △△△△△는 군수품의 납품을 위하여 3개의 지점[○○지점: 제화사업소, ◎◎지점: 피복사업소, ◇◇지점: 두채사업소]을 설립·운영하다가 2013. 1. 1.경 위 지점들을 직영사업소인 ★★★★★★로 통합하여 운영하여 왔으나, 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률(이하 ‘국가계약법’이라 한다) 시행령 제26조가 개정되어 특별법으로 설립된 법인(이하 ‘특별법인’이라 한다)에 대한 수의계약 제도가 폐지되는 등의 사업 환경 변화에 대응하기 위하여, 2015. 9. 30. 별도의 법인인 원고를 설립하여 ★★★★★★가 운영하던 사업 일체(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)를 현물로 출자하기로 의결하였다. 이후 △△△△△는 2015. 12. 1. 원고를 설립하였고, 같은 날 원고와 사이에 ‘이 사건 사업 관련 자산·부채를 비롯한 일체의 권리·의무를 원고에게 포괄적으로 양도한다’는 내용의 사업양수도계약(이하 ‘이 사건 사업양수도계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 지방국세청은 2019. 4. 26.부터 2019. 7. 9.까지 △△△△△에 대한 정기조사를 하던 중 원고가 △△△△△ 지점 명의로 세금계산서를 발급·수취한 사실을 확인함에 따라 2019. 6. 10.부터 2019. 7. 9.까지 원고에 대한 법인통합조사 및 조세범칙조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 뒤 관련 자료를 *세무서, &&세무서 및 %%세무서에 각 통보하였다.
• 다. 피고는 원고가 2015년 제2기(2015. 7. 1. ~ 2015. 12. 31.)에 이 사건 사업양수도계약에 따라 △△△△△로부터 승계한 기존 수의계약(이하 ‘기존 수의계약’이라 한다)과 관련하여 방위사업청 등에게 재화를 공급하거나 한국전력공사 등으로부터 재화·용역을 공급받았음에도 원고가 아닌 △△△△△ ○○지점 명의로 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고함으로써 공급가액 3,762,007,253원의 매출을 누락한 것으로 보아, 2019. 8. 9. 원고에게 다음과 같이 2015년 제2기 부가가치세 629,797,900원(이하 ‘이 사건 부가가치세’라 한다)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 2019. 11. 6. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였는바, 조세심판원은 2020. 12. 7. 다음과 같은 이유로 이 사건 부가가치세 중 가산세 부분에 관한 원고의 심판청구를 인용하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정(이하 ‘이 사건 심판결정’이라 한다)을 하였다. 제1 쟁점: 정부기관이 계약당사자 변경 절차를 지체함에 따라 종전 사업장(△△△△△ 지점) 명의로 세금계산서 등을 발급한 것이 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하는지 여부에 관한 판단 ● 원고가 재화를 공급하였음에도 원고 명의가 아닌 △△△△△ 지점 명의로 세금계산서를 발급·교부한 것은 구 부가가치세법(2015. 12. 15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제60조 제2항 제2호 가목의 ‘세금계산서를 발급하지 아니한 경우’ 또는 같은 조 제3항 제3호의 ‘재화를 공급하고 실제로 재화를 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급하는 경우’로서 가산세 부과대상에 해당함 ● 그러나 원고가 설립되기 전 △△△△△ 명의로 체결된 기존 수의계약에 따른 납품거래의 경우, 정부기관이 기존 수의계약의 계약자 명의를 원고로 변경하기 전까지는 사실상 원고 명의로 세금계산서를 발급하거나 대금을 청구하기 어려웠음 ● 이러한 사정 등을 고려하면, 정부기관과의 기존 수의계약에 따른 납품거래의 경우 원고가 자신의 명의로 세금계산서 등을 발급하여 부가가치세 신고·납부의무를 이행할 것을 기대하기 어려웠던 사정이 있고, 이는 이 사건 부가가치세의 신고·납부에 관한 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하므로, 이 사건 부가가치세 중 가산세 부분은 부과하지 않는 것으로 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨 제2 쟁점: 종전 사업장의 사업장등록번호로 수취한 세금계산서상의 매입세액이 공제대상인지 여부에 관한 판단 ● 원고는 사업자등록을 마친 후 실제로 재화와 용역을 공급받았음에도 특별한 사정없이 종전 사업장(△△△△△ 지점)을 공급받는 자로 하여 매입세금계산서를 수취하였는바, 이러한 세금계산서는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 및 제32조 제1항에서 필요적 기재사항으로 정한 ‘공급받는 자의 등록번호’를 사실과 다르게 기재한 세금계산서에 해당함 ● 또한 위와 같이 세금계산서의 공급받는 자를 사실과 다르게 기재한 것은 부가가치세법시행령 제75조 제2호 의 ‘착오로 사실과 다르게 적힌 경우’에도 해당하지 아니하고, 설령 나머지 기재사항에 의해 거래사실을 확인할 수 있다고 하더라도 위 세금계산서의 매입세액은 공제대상이 되지 아니함
• 마. 피고는 이 사건 심판결정에 따라 2020. 12. 21. 이 사건 부가가치세 중 가산세254,169,175원을 감액하는 경정처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 11, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 본안전 항변 요지 피고는 이 사건 심판결정에 따라 이 사건 부가가치세 중 가산세 부분을 면제하는 감액경정처분을 하였으므로, 이 사건 소 중 위 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법·각하되어야 한다.
• 나. 관련 법리

1. 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과가 발생하는 처분이어서, 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다(대법원 1996. 11. 15.선고 95누8904 판결 등 참조).

2. 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 아니하며, 존재하지 아니하는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2015. 6. 11. 선고 2015두38139 판결 참조).

• 다. 판단 피고가 2020. 12. 21. 이 사건 부가가치세 중 가산세 254,169,175원 부분을 면제하는 감액경정처분을 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 소송의 대상은 위 감액경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다. 따라서 이 사건 소 중 가산세 부분에 대한 취소청구는 이미 소멸하고 없는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 본안에 관한 판단: 이 사건 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 요지 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 기존 수의계약에 따른 납품거래와 관련하여 △△△△△ 명의로 발급·수취한 세금계산서(이하에서는 원고가 2015. 7. 1.부터 2015.12. 31.까지 기존 수의계약과 관련하여 △△△△△ 지점 명의로 발급·수취한 세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)의 매입세액도 공제대상에 포함되어야 하므로, 이를 공제하지 않은 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1. 제1 주장 이 사건 세금계산서에는 ‘공급받는 자’로 △△△△△가 기재되어 있기는 하나, 위 세금계산서에 기재된 사업장 주소, 업태 및 종목 등은 △△△△△가 아닌 원고의 것이어서 그 거래의 당사자가 원고라는 점을 쉽게 확인할 수 있었음을 고려하면, 이 사건 세금계산서는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 의 ‘사실과 다른 계산서’에 해당하지 아니한다.

2. 제2 주장 원고가 △△△△△ 지점 명의로 이 사건 세금계산서를 발급·수취한 것은, 정부기관이 이 사건 사업양수도계약이 체결된 때로부터 5, 6개월이 지나도록 기존 수의계약의 계약당사자 명의를 원고로 변경해주지 않음에 따른 부득이한 조치였음을 고려하면, 이 사건 처분은 위 명의변경 절차의 지연으로 인한 불이익을 원고에게 전가하는 것이어서 부당하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고는 2015. 12. 1. △△△△△와 사이에 이 사건 사업양수도계약을 체결한 후 기존 수의계약의 승계 및 계약당사자 명의 변경 등을 위하여 다음과 같은 조치를 취하였다.

2. △△△△△가 소속된 공동수급체는 2015. 8. 19. 방위사업청과 사이에 기능성전투화에 관한 공동수급 물품구매계약(이하 ‘이 사건 구매계약’이라 한다)을 체결하였는바, 원고는 위 구매계약에 따른 기능성전투화 제작·납품의무를 이행하기 위하여 2015. 12. 2.부터 2015. 12. 7.까지 합계 851,908,034원 상당의 자재를 수입하고, 그에 관한 수입세금계산서를 발급하면서 공급받는 자(수입자) 항목을 다음과 같이 기재하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3~10, 13, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 관련 법리 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공급주체가 세금계산서 발행 명의자와 다른 소위 위장거래로 발급된 세금계산서도 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

2. 제1 주장에 관한 판단 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’로서 그 세금계산서상의 매입세액은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 의 불공제대상 매입세액에 해당한다고 봄이 타당하다.

• 가) 구 부가가치세법은 ‘공급받는 자의 등록번호’를 세금계산서의 필요적 기재사항 중 하나로 규정하고 있는바(제32조 제1항 제2호 본문), 원고는 이 사건 세금계산서를 발급·수취하면서 공급받는 자의 등록번호로 원고의 ○○지점 사업자번호가 아닌 △△△△△ ○○지점의 사업자번호를 기재하였다.
• 나) 원고는 ‘이 사건 세금계산서에 기재된 나머지 필요적 기재사항 및 임의적 기재사항을 통해 원고의 거래사실을 쉽게 확인할 수 있으므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서 및 같은 법 시행령 제75조 제2호에 의한 매입세액 공제가 가능하다’고 주장하나, 받아들일 수 없다. 그 이유는 다음과 같다.

(1) 원고와 △△△△△는 그 명칭, 조직구성 및 사업자번호 등이 명확히 구분되는 별개의 권리의무주체이다.

(2) 이 사건 세금계산서에 기재된 공급받는 자의 상호는 △△△△△이고, 성명은 △△△△△의 이사장인 ÅÅÅ이며, 업태 및 종목도 △△△△△가 기존에 수행하던 군납 사업에 관한 것임을 고려하면, 위 세금계산서에 기재된 공급받는 자의 사업장 주소가 원고의 것이라고 하여 위 세금계산서의 원인이 된 거래의 당사자가 △△△△△가 아닌 원고라는 점을 쉽게 확인할 수 있었다고 보기 어렵다.

3. 제2 주장에 관한 판단 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고 주장의 사정만으로는 원고가 △△△△△ 지점 명의로 이 사건 세금계산서를 발급·수취한 행위가 원고 측의 책임 없는 사정에 의한 부득이한 조치로서 정당화된다고 볼 수 없으므로, 이와 반대되는 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 구 국가계약법 시행령이 2010. 7. 21. 대통령령 제22282호로 개정됨에 따라 ‘특별법인에 대한 수의계약 제도’가 폐지되었으나, 이러한 제도의 변화로 인해 특별법인이 받게 될 불이익을 최소화하기 위하여 개정 국가계약법 시행령은 2015년까지는 종전의 수의계약금액의 범위에서 단계적으로 수의계약을 감축하여 체결할 수 있도록 하였다(개정 국가계약법 시행령 부칙 제7조). 그럼에도 △△△△△는 위 시행령이 개정된 때로부터 5년 이상이 지난 2015. 9. 1.에서야 원고의 설립을 의결하였고, 위 부칙조항에서 정한 경과조치 기간의 만료가 임박한 2015. 12. 1.에서야 원고를 설립하고 이 사건 사업양수도계약을 체결하였으며, 이에 원고가 기존 수의계약의 계약당사자 명의를 △△△△△에서 원고로 변경하기 위한 절차에 착수한 시기가 위 경과조치 기간의 만료를 3주도 채 남기지 않은 2015. 12. 11.경이었음을 고려하면, 위 경과조치 기간이 만료되기 전에 기존 수의계약의 계약당사자 명의변경 절차가 완료되지 않은 것은 정부기관이 아닌 원고 측의 책임 있는 사유로 인한 것이라 봄이 타당하다.
• 나) 원고는 기존 수의계약의 승계 및 그에 따른 계약당사자 명의변경 절차가 완료된 2016. 5. 이후 이 사건 세금계산서의 공급받는 자를 △△△△△에서 원고로 변경하기 위한 수정세금계산서(구 부가가치세법 제32조 제7항, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제6호)를 발급하고 그에 따른 후속조치를 취하는 방법으로 그 위법을 시정할 기회가 있었음에도, 2019. 6. 내지 7.경 ★★지방국세청으로부터 이 사건 세무조사를 받은 후 2019. 8. 9. 피고로부터 이 사건 처분을 받을 때까지 아무런 조치도 취하지 않았다.

그렇다면, 이 사건 소 중 가산세 부과처분에 대한 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.