재촌·자경 요건을 갖추지 못하여 비사업용토지로 본 것은 적법함

사 건 2021구단102098 양도소득세부과처분취소 원 고 이AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2022. 4. 21. 판 결 선 고

2022. 5. 26.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. xx. xx. 원고에게 한 2016년도 귀속 양도소득세 462,017,000원에 대한 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 2. xx. 안산시 단원구 NN동 13필지 합계 46,728㎡를 취득한 다음 2008. 11. xx. 안산시장으로부터 그 중 일부 토지에 대한 개발행위 준공검사필증을 교부받아 그 지목을 농지인 전으로 변경하여 분할하였고, 그 중 별지2 부동산 목록 기재 안산시 단원구 NN동 72필지 16,873㎡(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)를 2016. 7. xx. 및 2016. 10. xx. 주식회사 @@토지신탁과 주식회사 &&토지개발에게 합계 2,193,860,000원에 양도하였다.
• 나. 원고는 2016. 9. xx. 2016. 12. xx., 2016. 12. xx. 4회에 걸쳐 이 사건 농지에 관하여 2016년 귀속 양도소득세로 취득가액을 639,928,780원으로, 양도가액을 2,193,860,000원으로 하여 납부세액 397,936,939원으로 양도소득세를 신고, 납부하였다.
• 다. 안산세무서장은 2018. 8. xx.부터 2018. 8. xx.까지 원고의 2016년 귀속 양도소득세세무조사를 실시하고, 원고가 2016년 양도소득세를 신고한 내용 중 이 사건 농지를비사업용토지로 보지 아니하였으나, 염전 복토공사와 관련한 필요경비를 부인하고 2018. 11. 2. 43,761,036원을 부과처분하였다.
• 라. 그러나 중부지방국세청은 2020. 2. xx.부터 2020. 2. xx.까지 안산세무서에 대한종합감사를 실시한 결과, 이 사건 농지는 원고가 재촌·자경하지 않은 비사업용토지에 해당한다고 보아 감사지적하였고, 안산세무서로부터 위 내용을 통보받은 피고는 이 사건 농지가 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구소득세법’이라 한다) 제104조의3 제1항에서 정하는 비사업용 토지에 해당한다고 보아같은 법 제104조 제1항 제8호에서 정한 중과세율(48%)을 적용하여 2020. 10. xx. 원고에게 2016 귀속 양도소득세로 462,017,000원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 7. xx. 과세전적부심사청구를 거쳐 2021. 1. xx. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2021. 4. xx. 국세심사위원회 심사를 거쳐 그 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8, 9, 14 내지 16호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 농지 인근에서 거주하면서 2013.부터 2016.까지 이 사건 농지에서 스스로 경작을 하여 왔는바, 이 사건 농지는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제168조의6 제1호, 제168조의8 제2항 등에 따라 비사업용토지에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 농지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지1 ‘관계 법령’ 기재와 같은데, 그 주요 내용은 다음과 같다. 구 소득세법에 의하면, 비사업용 토지는 농지의 경우 ‘토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 대통령령이 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’가 이에 해당하고(제104조의3 제1항 제1호 가목), 이를 양도할 경우에는 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 에 따른 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액을 부과하도록 규정하고 있다. 여기에서 ‘대통령령으로 정하는 기간’이란 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 ① ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간’, ② ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’, ③ ‘토지 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간(기간 계산은 일수로 한다)’ 모두에 해당하는 기간(구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호)을 의미하고, ‘소유자가농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’란 농지의 소재지와 동일한 시·군·구, 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30㎞ 이내에 있는 지역에 사실상 거주하는 자가 농지법 제2조 제5호 의 규정에 따른 자경(이하 ’자경‘이라고 한다)을 하는 농지를 제외한 농지(구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령 제168조의8 제2항)를 의미한다. 구 농지법(2017. 10. 31. 법률 제14985호 개정되기 전의 것) 제2조 제5호는 “‘자경’이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 인정사실

1. 원고의 총사업 내역 및 2004.부터 2016.까지 소득금액 내역은 아래와 같다.

2. 원고의 주민등록초본상 주소지 변동내역은 아래와 같다. [인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제1호증, 을 제8, 10 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이나(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조), 양도소득세 감면대상에서 제외되는 비사업용 토지에 해당한다는 사실에 대한 입증책임은 이를 주장하는 과세관청에 있다.
• 나) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 아니하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다. 특히 과세요건사실 중 ‘원고가 이 사건 농지의 소재지에 거주하지 않았고 자경한 토지가 아니다’는 부분은 ‘거주하고 자경하였다’는 적극사실과 달리 ‘거주하지 않고 자경하지 않았다’는 소극사실을 직접 입증한다는 것은 통상 용이하지 아니하고, 이러한 경우 결국 간접사실 특히 그 중에서도 객관적인 정황에 근거하여 경험칙에 따라 그 입증 여부를 판단할 수밖에 없다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두7899 판결 등 참조).
• 다) 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목의 위임에 따라 장기보유 특별공제요건인 ‘자기가 경작’의 의미를 구체화한 구 소득세법 시행령 제168조의8 제2항 은 비사업용 토지와 관련된 자경의 개념을 구 농지법 제2조 제5호 의 자경 규정과 동일한내용으로 구체화하여 규정하였다. 이에 따르면 ‘자기가 경작하는 것’, 즉 ‘자경’이라 함은 거주자가 그 소유 농지에서 ‘농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사’하거나 ‘농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배’하는 것을 말한다. 여기에서 말하는 ‘1/2 이상의 자기 노동력’의 의미는 문리대로 해석하여 농작업의 2분의 1 이상을 자신이 직접 또는 손수 담당하여야만 자경 요건을 충족한다고 보아야 한다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결, 대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결 등 참조).

2. 위 인정사실에 앞서 든 증거들과 갑 제2 내지 7, 13, 28호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 위에서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 농지 소재지에 생활근거지를 두고 거주하지 아니하거나 이 사건 농지를 직접 경작하지 아니하였음을 경험칙에 비추어 넉넉히 추인할 수있고, 원고가 제출한 증거만으로는 이를 뒤집기 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 원고는 2004. 4. xx.부터 2011. 12. xx.까지 가족들의 주소지 근처인 서울에서 장JJ과 약 6년간 주택신축판매사업을 공동으로 영위하였고, 그 사업을 폐업한 직후인 2012. 1.경부터 2016. 1.경까지 주식회사 CC건설의 지분 30%를 보유한 주주로서 대표이사로 등재되어 급여를 수령하였는데, 위 기간 동안 위 CC건설은 충남 보령에 소재하였다.

② 원고의 가족들은 서울에 거주하고 있었고, 원고 혼자 2008. 1. xx. 이 사건 농지 소재지에 주민등록이전을 하였는데, 원고는 이 사건 농지를 전으로 형질 변경한 2008. 11. xx.부터 이 사건 농지의 양도일인 2016. 10. xx까지도 원고의 근로소득이 발생한 충남 및 가족들이 거주하는 서울에서 주로 신용카드를 사용하였다.

③ 원고는 이 사건 농지에 대한 재촌·자경기간 동안 이 사건 농지 소재지에 거주하였다고 주장하면서 전YY의 주택거주사실 확인서와 중개업자인 임KK의 거주 사실확인서를 작성하여 제출하였고, 위 각 확인서에는 ‘원고가 이 사건 농지 인근에서 거주하고자 2008. 1. xx. 전YY 소유의 안산시 단원구 NN동 주택의 방 한 칸을 임차하고 거주에 필요한 공과금은 원고가 납부하는 조건으로 2009. 4. xx.경까지 생활하였으며 2016. 6. xx.에는 임KK 소유의 안산시 단원구 NN동의 공과금을 납부하는 조건으로 해당 주소지로 이전하여 생활하였다’는 취지로 기재되어 있으나, 위 확인서 외에 원고가 위 사실확인서의 내용과 같이 공과금을 대신 납부하였음을 인정할만한 객관적인 자료 등을 제출하지는 못하고 있고, 위와 같은 사실확인서가 그 자체로 객관적인 자료에 해당한다고 보기는 어렵다.

④ 원고는 이 사건 농지의 형질변경이 이루어진 2008년 이후부터 경작을 하였고, 특히 2013년부터 2016년까지 이 사건 농지에서 각종 채소를 경작하였다고 주장하면서도 그 기간 동안 수확한 농작물에 대한 출하내역을 전혀 제시하지 못하고 있는바, 이 사건 농지가 형질변경된 토지인 사정을 감안하더라도 이 사건 농지의 면적, 원고가 자경하였다고 주장하는 기간 등에 비추어 원고의 위와 같은 주장을 선뜻 믿기 어렵다.

⑤ 원고는 자경 사실을 입증하기 위해 농기계 및 농자재 등 구매내역을 제출하였으나, 이 사건 농지의 규모를 고려할 때 원고가 제출한 내역은 지극히 적은 양이어서 위와 같은 자료가 원고의 자경사실을 뒷받침한다고 보기는 어렵다.

⑥ 농지원부는 농지관리 및 농업정책의 효율적 추진을 위해 작성하는 자료일 뿐 자경사실을 증명하는 효력이 있다고 할 수 없고, 각종 조세의 감면을 위하여 형식적으로 작성되는 경우도 상당히 존재하며, 그에 대한 행정관청의 실질적 심사도 충분하지 아니한 것이 현실이므로, 농지원부의 기재만으로는 원고의 자경 사실을 인정하기에 부족하다.

⑦ 원고는 위 CC건설의 실제 대표는 자신의 매제인 백BB이고 자신은 명의만을 대여해 준 것이며 위와 같이 지급받은 금원 또한 명의대여에 대한 대가일 뿐이라고 주장하나, 백BB이 작성해 주었다는 사실확인서는 백BB과 원고와의 관계 등에 비추어 그 내용을 그대로 믿기 어렵다.

3. 따라서 이 사건 농지는 원고가 재촌·자경 요건을 갖추지 못하여 구 소득세법 제104조의3 에 따른 ‘비사업용 토지’로서 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 에서 정한 세율이 적용되므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ▣ 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. ▣ 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것 ▣ 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제96조(양도가액)

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따른다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지인 경우 제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 제104조의3(비사업용 토지의 범위)

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ▣ 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의8(농지의 범위 등)

① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 제주특별자치도설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는자가 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 을 준용한다.

③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 "농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다.

1. 농지법 제6조 제2항 제2호·제3호·제9호·제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지

2. 농지법 제6조 제2항 제4호 에 따라 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 3년이 경과하지 아니한 토지

3. 농지법 제6조 제2항 제5호 에 따라 이농당시 소유하고 있던 농지로서 그 이농일부터 3년이 경과하지 아니한 토지

4. 농지법 제6조 제2항 제7호 에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

5. 농지법 제6조 제2항 제10호 라목부터 바목까지에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

6. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

④ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 국토의 계획및 이용에 관한 법률에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

⑤ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지

2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지

⑥ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 3년을 말한다. 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 ▣ 구 농지법(2017. 10. 31. 법률 제14985호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "자경"이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.