양도소득세 계산시 자본적지출액에 대한 입증책임

사 건 대전지방법원-2021-구단-100771 원 고 AAA 피 고 ◯◯세무서장 변 론 종 결

2022. 6. 23. 판 결 선 고

2022. 8. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 12. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 230,000,000원의 부과처분 중 150,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 2000. 1. 10. ○○시 ○○구 ○○동 900-1 대 349.9㎡ 및 그 지상 건물(이하 건물과 대지를 통칭하여 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 건물만을 지칭할 때는 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 매수한 후, 2018. 10. 1. BBB과 CCC에게 4,970,000,000원에 이를 매도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
• 나. 원고는 2018. 12. 31. 이 사건 양도에 관하여 이 사건 부동산의 취득가액은 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액인 1,656,729,850원으로, 기타 필요경비를 32,573,939원으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 928,074,686원을 신고․납부하였다.
• 다. 피고는 2019. 9. 6.부터 2019. 10. 11.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 이 사건 부동산의 취득가액을 1,017,642,898원으로 확인하고, 기타 필요경비는 인정하지 아니하여 2019. 12. 3. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 230,000,000원(가산세 30,000,000원 포함)을 추가로 부가․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 2. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 3. 11. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체 의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 이 사건 건물에 리모델링공사를 하면서 엘리베이터와 냉난방시스템을 설치하였는데, 그 설치공사비는 약 1억 5천만 원 정도를 상회하는바, 이는 자본적 지출액으로서 양도소득세 과세표준 계산시 필요경비로 인정되어야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 1억 5천만 원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제2호는 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있고, 구 소득세법시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항 제1호, 제67조 제2항 제2호에서는 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’의 하나로 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치를 들고 있다.
• 나) 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하는 것이지만 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2013. 2. 15. 선고 2012두942 판결 참조).

2. 구체적 판단 앞서 든 증거들과 갑 제3 내지 6호증, 을 제4 내지 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 주장하는 1억 5천만 원이 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 의 자본적 지출액으로서 구 소득세법 제97조 제1항 제2호 의 필요경비에 해당한다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이를 전제로 한 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

① 원고가 이 사건 건물을 매수한 이후 이 사건 건물에 엘리베이터와 냉난방시스템이 설치된 사실은 인정된다. 그러나 원고는 원고가 이 사건 건물에 엘리베이터 1대와 냉난방시스템을 설치하도록 하였다고 주장하면서도 위 엘리베이터와 냉난방시스템을 설치한 구체적인 시기나 공사금액을 특정하지 못하고 있고, 원고가 제출한 엘리베이터 설치공사에 관한 각 견적서, 과거거래내역조회 등은 구 소득세법 제160조의2 제2항 에 따른 증명서류(전자계산서나 영수증, 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증)에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 위 각 견적서는 이 사건 건물에 엘리베이터가 설치될 당시 견적된 것이 아니라 2020. 3. 23. 또는 2020. 4. 17.에 견적된 것에 불과하고, 위 과거거래내역조회는 원고 명의의 계좌내역인지 불분명한데, 그 내용에 의하더라도 원고가 이 사건 건물의 냉난방비시스템 설치비용으로 송금하였다고 주장하는 거래내역의 상대방이 누구인지조차 확인할 수 없고, 원고도 위 과거거래내역조회에 기재된 금액은 냉난방시스템 설치공사의 일부라고 주장하고 있으므로, 이를 근거로 원고가 이 사건 건물의 엘리베이터 및 냉난방시스템 설치에 실제 지출한 금액이라고 특정할 수는 없다.

② 원고는 2000. 1. 28. 이 사건 부동산에 관한 임대차사업자등록을 하였는데, 원고가 냉난방시스템 설치공사비와 관련하여 2010년에 2건, 2011년에 2건의 지출이 있었다고 주장하는 것과는 달리, 원고는 2010. 12. 3.부터 2011. 9. 1.까지의 기간에 부가가치세 신고시 위 지출금액을 고정자산 매입으로 신고한 바 없다.

③ 한편, 이 법원의 감정인은 이 사건 건물에 관한 일반건축물대장의 변동사항 중 ‘변동일’을 ‘2006. 10. 2.’로 한 ‘변동내용 및 원인’란에 ‘승강기 승용 1대’ 등이 기재되어 있는 것을 근거로 2006. 10. 2.경 이 사건 건물에 엘리베이터가 설치된 것으로 판단하여 그 때를 기준으로 엘리베이터 설치공사비를 평가하였고, 과거거래내역조회에 있는 2010. 12. 3.자 ‘냉난방기설치 20,000,000원’의 기재를 근거로 2010. 12. 3.경 이 사건 건물에 냉난방시스템이 설치된 것으로 판단하여 그 때를 기준으로 냉난방시스템 설치공사비를 평가하였다. 그러나 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 에 따르면 이 사건과 같이 실지취득가액에 의하여 양도소득세를 산정하는 경우 자본적 지출액 또한 ‘양도자산의 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용’이나 ‘용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’ 등으로 실제 지출된 비용을 특정하여 이를 공제하여야 하는데, 위 법원감정인의 감정평가는 원고가 이 사건 건물을 취득한 때로부터 약 22년이 경과하여 이루어진 소급감정인데다, 2014년 당시의 엘리베이터 및 냉난방시스템 설치공사비용을 산정한 후 각 원고가 주장하는 설치시점을 기준으로 환가하여 감정평가한 것이므로, 그 감정평가액을 실제로 엘리베이터 및 냉난방시스템 설치에 지출된 비용이라고 단정할 수 없다. 게다가 이 법원 감정인의 감정평가는 원고가 감정인에게 제출한 감정자료에 기초하여 이루어졌는데, 앞서 본 바와 같이 엘리베이터 및 냉난방시스템이 설치된 구체적인 시기를 확인할 수 없고, 원고가 감정인에게 제출한 감정자료 중 과거거래내역조회 등의 기재를 그대로 믿을 수없는 이상, 이에 기초한 감정결과도 마찬가지로 신뢰할 수 없다.

④ 나아가 구 소득세법 시행령은 양도가액에서 공제되는 자본적 지출액에 관하여 추계조사의 방법을 규정하고 있지 아니한데, 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위한 공사가 이루어진 경우 과세관청으로 하여금 공사비감정으로 산출된 공사비용의 범위 내에서 그 금액의 부존재를 입증하도록 한다면, 사실상 자본적 지출액에 관하여 추계조사의 방법을 창설하는 결과를 낳게 되어, 과세요건뿐만 아니라 비과세․감면요건도 법률에 따르도록 한 조세법률주의 원칙에 반하게 될 위험이 있다. 따라서 이 법원 감정인의 감정촉탁결과만으로 원고가 엘리베이터 및 냉난방시스템 설치에 실제 지출한 금액을 인정할 수는 없다.

⑤ 원고의 주장과 같이 원고가 약 1억 5천만 원을 이 사건 건물의 엘리베이터 및 냉난방시스템 설치비용으로 실제로 지출하였다는 것을 뒷받침하거나 추단할 수 있는 계약서, 세금계산서, 영수증 등의 객관적인 자료는 전혀 제출되지 않았다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.