원고는 비과세사업을 영위하였으며, 비과세사업과 관련한 매입세액은 불공제됨

사 건 2020구합103190 부가가치세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무저장 변 론 종 결

2024. 01. 17. 판 결 선 고

2024. 02. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 원고가 신고 및 납부한 2014년 1기부터 2018년 2기까지의 부가가치세 중 별지1 [매입세액 불공제 내역] 기재 세액 합계 xx,xxx원에 관한 경정(환급)청구에 대한 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 철도산업발전기본법(이하 ‘철도산업법’이라 한다) 제20조 제3항 및 □□법에 따라 철도시설의 건설 및 관리와 그 밖에 이와 관련되는 사업을 효율적으로 시행하게 함으로써 국민의 교통편의의 증진과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 설립된 공법인이다.
• 나. 국가는 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부 문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하고자 2003. x. xx. 법률제6955호로 구 철도산업법을 제정하고, 기존의 ○

○ 청과

○○ 공단의 관련 조직을 통·폐합하거나 그 조직을 전환하여 원고(2020. x. xx. 상호변경 전 명칭: ○○공단)와 △△△△(일명: △△△)를 각각 설립한 후, 철도시설 부문에 관하여는 원고로 하여금 철도의 선로 등 철도시설의 건설 및 관리 등에 관한 업무를 대행하도록하고, 철도운영 부문에 관하여는 △△△△로 하여금 철도 여객 및 화물운송 등 철도운영사업을 수행하도록 하였다.

• 다. 원고는 철도시설의 건설 및 관리사업 외에도 정부가 위탁한 사업 등을 시행하는데(□□법 제7조), 정부는 2004. x.경 원고와 사이에 철도자산 전반에 관한 관리업무를 위탁하고자 ‘일반철도 시설자산 관리위탁계약’(이하 ‘이 사건 관리위탁계약’이라 한다)을 체결하고, 현재에 이르기까지 수차례에 걸쳐 유사한 내용으로 계약을 연장하여 오고 있다. 이 사건 관리위탁계약은, ‘철도시설자산의 유지보수 관리업무 중 위탁계약ㆍ계약수립ㆍ관리ㆍ정산 및 평가 등의 정부의 업무는 원고가 시행한다’(제13조)고 정하고 있다.
• 라. 원고는 철도산업법 제31조 에 따라 △△△△와 고속철도·일반철도 선로 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비 등 원고가 관리하는 철도시설을 임대하고 사용료를 지급받는 계약(이하 ‘이 사건 사용계약’이라 하고, 위 계약에 따라 임대용역을 공급하는 사업을 ‘이 사건 임대사업’이라 한다)을 체결하였다.
• 마. 한편 원고는 철도산업법에서 규정한 철도시설관리자로서 일반철도 시설의 선로 등을 유지ㆍ보수할 의무가 있으나 철도산업법 제38조 제1항 단서 규정(철도시설유지보수 시행업무는 △△△△에 위탁한다)에 따라 원고가 이를 직접 수행하지 않고 △△△△와 철도시설 유지보수 위ㆍ수탁계약(이하 ‘이 사건 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였다. 원고는 이 사건 유지보수계약에 따라 △△△△에게 일반철도시설유지보수에 관한 용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 위탁하고 △△△△로부터 그 용역을 제공받고 있다. 이 사건 유지보수계약에서는 ‘위탁업무에 소요되는 사업비(이하 ’위탁사업비‘라 한다)는 당해연도 확정금액(△△△△가 공제받을 수 있는 매입세액 제외)으로 하고, 매년 이를 별도의 문서로 원고가 △△△△에게 통보하며 위탁사업비는 국가가 부담하는 부분(이하 ’국가부담분‘이라 한다)과 선로사용료로 충당하는 부분(이하 ’선로사용료분‘이라 한다)으로 구분하고, △△△△는 책정된 금액 범위 내에서 위탁사업비를 집행하여야 하며, 유지보수 외의 용도로 사용해서는 아니된다’(제5조)고 정하고 있고, 또한 ‘원고는 위탁사업비와 관련된 별도의 계정을 설정하고, 수입과 지출을 원고의 다른 회계와 구분하여 계리하여야 한다’(제7조 제1항)고 정하고 있다.
• 바. 또한 이와 별도로 원고는, △△△△와 일반철도 건널목 관리에 관한 용역(이하 ‘건널목 관리 용역’이라 한다) 계약을, 민간업체와 터널, 교량, 관제센터 등 고속철도·일반철도 관련 국가중요시설에 대한 방호 용역(이하 ‘방호 용역’이라 한다) 계약을 각 체결하였다.
• 사. 원고는, 이 사건 용역계약에 따라 △△△△에게 지급하여야 할 선로유지보수대금(이하 ‘이 사건 용역대금’이라 한다) 중 70%는 원고가 이 사건 사용계약에 따라 △△△△로부터 징수하는 선로사용료(이하 ‘이 사건 선로사용료’라 한다)와 상계하고,나머지 30%는 정부로부터 받은 정부 출연금(이하 ‘이 사건 출연금’이라 한다)을 △△△△에게 지급함으로써 이 사건 용역대금을 지급하였다. 원고는 이 사건 용역대금 중 이 사건 선로사용료와 상계한 부분의 세금계산서와 이 사건 출연금으로 지급하는 부분의 세금계산서를 분리하여 수수하고, 이 사건 출연금을 다른 출연금 등과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여 왔다.
• 아. 원고는 부가가치세 신고 시 이 사건 용역대금 중 이 사건 선로사용료와 상계되는 부분(70%)에 대하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였으나, 이 사건 출연금으로 지급된 부분(30%)에 대해서는 관련 매입세액을 불공제 신고하여 왔다.
• 자. 원고는 2019. x. xx. 피고에게 “2014년 1기부터 2018년 2기까지 신고 및 납부한 부가가치세 중 이 사건 출연금으로 지급한 용역대금 관련 매입세액 합계 xxx,xxx원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)은 과세사업인 이 사건 임대사업과 관련된 용역에 관한 것이므로 공제할 수 있는 매입세액에 해당한다”고 주장하면서 당초 불공제 처리된 이 사건 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고는 2019. x. xx. 이 사건 매입세액은 비과세사업 또는 면세사업과 관련하여 지급된 것이므로 공제할 수 없는 매입세액에 해당한다고 보아 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 차. 원고는 이에 불복하여 2020. x. xx. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2020. x. xx. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

• 가. 원고 주장의 요지 원고가 철도시설관리권에 터 잡아 △△△△에 선로를 제공하고 그 사용료를 징수하는 이 사건 임대사업은 부가가치세 과세사업임이 명백한데, 원고가 이 사건 임대사업을 영위함에 있어 △△△△에게 선로 등을 안전하고 사용가능한 상태로 제공할 의무가 있으므로, 이 사건 용역은 이 사건 임대사업을 영위하기 위하여 당연히 필요한 필수 불가결한 것이다. 이러한 점을 고려하면 이 사건 용역대금은 모두 이 사건 임대사업과 관련된 매입세액으로 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 에 따라 매출세액에서 공제되어야 한다. 그럼에도 피고는 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않았는바, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 가) 부가가치세법 제4조 제1호 는 부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부과한다고 규정하고, 제11조 제1항은 ‘용역의 공급’은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하며, 제12조 제2항은 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 또한 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 는 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있으나, 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 규정하고 있고, 제29조 제8항은 ‘면세사업과 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 ‘면세사업등’으로 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 제40조 는 “사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.“라고 규정하고 있다.

• 나) 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 제81조 를 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다. 다만 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방에게서 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체에서 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조). 한편 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다(대법원 2001. 10. 9. 선고 2000두369 판결, 대법원 2018. 1. 25. 선고2017두55329 판결 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 원고가 정부와 이 사건 관리위탁계약을 체결하고 정부로부터 철도시설자산의 유지보수 관리 등의 업무를 위탁받아 수행하는 사실, 원고가 △△△△와 이 사건 사용계약을 체결하여 △△△△로부터 선로사용료를 지급받는 한편 이 사건 유지보수계약을 체결하여 △△△△로부터 일반철도시설 유지보수 용역을 제공받고, 그 용역대금은 이 사건 선로사용료와 이 사건 출연금으로 지급하는 사실은 앞서 본 바와 같다. 그런데 △△△△가 원고에게 지급하는 이 사건 선로사용료가 다액일 경우 그에 따른 운임이 높게 책정되어 국민에게 부담을 줄 수 있으므로 이러한 정책적 고려로, 이 사건 선로사용료는 실제 선로유지ㆍ보수비용에 미치지 못하는 금액(선로유지ㆍ보수비용의 70%로 산정)으로 책정되고 그 부족분을 국가로부터 지급받는 이 사건 출연금으로 충당하게 된다. 이는 정부가 원고의 선로유지ㆍ보수 등의 일반철도시설 관리사업이 그 자체로는 수익성이 없고 손실 발생이 예정되어 있어 이를 보전하기 위하여 원고에게 이 사건 선로사용료로 충당되지 않은 부분에 대하여 이 사건 출연금을 교부하고, 원고는 국가로부터 직접적인 대가관계 없이 이 사건 출연금을 교부받아 선로유지ㆍ보수 등의 일반철도시설 관리업무를 수행하게 되는 것이다(비록 원고가 △△△△와 이 사건 유지보수계약을 체결하여 위 업무를 △△△△에게 다시 위탁하였다 하더라도 선로유지ㆍ보수 등의 일반철도시설 관리업무는 원고의 업무에 해당한다).
• 나) 한편, 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 비과세사업이 부가가치세법상 문제되는 이유는, 매입세액을 비과세사업에 사용하고서도 이러한 비과세사업에 투입된 매입세액을 공제되는 매입세액에 포함시키거나, 공통매입세액에 포함시키고도 비과세사업이 사업자의 전체 사업에서 차지하는 비율을 공통매입세액의 안분계산에 반영하지 않는다면, 매입세액 불공제액이 부당하게 과소 계상되고, 그 결과 과세사업과 관련하여 지출된 매입세액에 한하여 매출세액에서 공제하여 부가가치세액이 계산되어야 한다는 원칙을 해하기 때문이다. 이러한 결과를 방지하기 위하여 앞서 본 법리에서와 같이 비과세사업에 실제로 투입된 매입세액(실지 귀속이 분명한 경우) 또는 공통매입세액의 안분계산을 통하여 비과세사업에 투입된 것으로 보는 매입세액(실지 귀속이 분명하지 아니한 경우)은 공제되지 아니하는 매입세액으로 볼 수밖에 없다. 이러한 관점에서 본다면, 매입세액 불공제 대상이 되는 ‘비과세사업’이란 반드시 다른 사업과 독립된 별개의 사업이어야 한다고 엄격히 볼 이유는 없고, 과세대상 또는 면세대상인 사업과 동시에 같은 장소에서 수행되어 외관상으로는 비과세사업을 구분해 낼 수 없더라도 무방하다.
• 다) 이러한 사정을 종합적으로 고려하면, 일반철도시설 관리사업이 오로지 과세 사업인 이 사건 임대사업에만 국한되어 수행되는 것으로 볼 수 없고, 오히려 원고가 이 사건 관리위탁계약에 따라 공익적인 목적에서 수행하는 사업에 해당한다고 볼 수 있는바, 원고가 수행하는 일반철도시설 관리업무는 △△△△와의 이 사건 사용계약에 따른 선로유지보수의무 이행으로서 과세사업의 성격과 원고가 정부와의 이 사건관리위탁계약에 따라 그 스스로의 설립목적(국가로부터 부여받은 철도시설관리권에 따라 철도시설을 건설ㆍ관리하고 국가의 위탁사무를 수행)을 달성하기 위하여 수행하는 비과세사업의 성격을 겸영하고 있다고 보아야 한다.
• 라) 그런데 원고는 위와 같이 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 이 사건 출연금을 교부받는 것으로, 이 사건 출연금은 일반철도시설 관리사업 수행에 필요한 경비로서 지원되었고, 원고도 위 사업 외의 다른 용도로 이 사건 출연금을 사용할 수 없는 점, 원고가 출연사업별로 회계를 구분하여 기록하고 있는 점, 원고가 이 사건 출연금을 받은 이유는 위와 같은 공익적 목적에서 선로유지ㆍ보수 등의 일반철도시설 관리사업을 영위하도록 하고자 그 비용 및 손실을 보전함에 있지 이 사건 임대사업의 수익을 증가시키기 위한 목적이 아닌 점 등을 모두 종합하여 보면, 일반철도시설관리사업에 사용된 재원을 기준으로 과세사업과 비과세사업의 비율을 정하는 것이 가장 합리적인 방법으로 인정된다. 결국 일반철도시설 관리사업에는 과세수입금액인 이 사건 선로사용료와 이 사건 출연금이 재원으로 사용되었으므로 그 비율에 따라 과세사업과 비과세사업의 비율을 정하고, 그 비율에 의하여 이 사건 용역대금 관련 매입세액 중 비과세사업으로 인한 부분을 정할 수밖에 없다. 따라서 이 사건 용역대금 중 비과세사업에 관련된 부분은 이 사건 출연금이 차지하는 비율만큼 실지귀속되었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 매입세액은 이 사건 임대사업이 아닌 비과세사업으로서의 일반철도시설 관리사업에만 관련된 것으로 봄이 타당하다.
• 마) 결국 원고는 과세사업이자 비과세사업인 일반철도시설 관리사업을 겸영하고 있고, 이 사건 매입세액은 그중 비과세사업에 관련된 매입세액으로 봄이 타당하므로, 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다. 【한편, 이 사건 용역대금 관련 매입세액이 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에 해당한다고 보더라도, 앞서 본 바와 같이 이 사건 출연금은 원고가 재화 또는 용역을 제공하고 받은 대가 그 자체로 볼 수 없어 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분 계산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 을 바로 유추 적용할 수는 없고, 그 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산법들 중에서 이 사건 매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾을 수밖에 없는데, 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 제1호 [총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율]에 따라 이 사건을 보면, 면세사업에 관련된 매입가액은 건널목 관리용역 및 방호용역 관련 매입가액이고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입가액(공통매입가액)은 이 사건 용역대금이므로, 결국 공통매입가액을 제외한 총매입가액은 모두 면세사업에 관련된 매입가액으로 계산되는바, 공통매입가액을 제외한 총매입가액에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율은 100%이다. 따라서 원고의 과세사업에 관련된 매입세액은 인정되지 않아 오히려 이 사건 용역대금과 관련된 매입세액은 모두 불공제대상이 된다는 결론에 이른다. 결국 이러한 점에 있어서도 이 사건 매입세액이 과세사업에 관련된 매입세액에 해당되어 공제되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.】

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.