국내미등록 특허권 사용료 소득이 국내원천소득인지 여부

사 건 대전지방법원-2019-구합-108533 원 고 OOO 주식회사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 2021.06.09 판 결 선 고 2021.07.21

1. 피고가 2019. 9. 2. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 귀속 법인세 309,563,883원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2015. 7. 7. 미국법인인 AAA와 사이에, AAA가 원고에게 MMM 지원 시스템, 장치 및 기판 처리 방법과 관련한 특허(이하 ‘이 사건 특허들’이라 한다)의 사용권을 부여하고 원고가 그 사용료를 지급하기로 하는 특허 라이선스 설정계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 이 사건 계약에 의하면, 이 사건 특허들은 ‘별지 A에 기재된 특허와 특허 출원(여기에는 해당 특허와 특허 출원의 분할, 갱신, 연장, 계속, 부분 계속, 재발급, 재검토 등이 포함됨) 및 외국에서 취득한 특허’를 의미하고, 위 별지 A 기재된 특허는 미국 등에 등록된 특허 44개(그중 국내에 등록된 특허는 5개) 및 출원 중인 특허 6개 합계 50개이다.
• 다. 원고는 2015. 7. 16. 이 사건 계약에 따라 AAA에게 이 사건 특허들의 사용료로 미화 1,700,000달러(원화 2,293,065,864원, 이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)를 지급하고, 이 사건 사용료가 국내원천소득에 해당한다고 보아 ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한·미조세협약‘이라 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 343,959,870원을 법인세로 원천징수하여 피고에게 납부하였다.
• 라. 원고는 2019. 8. 29. 피고에게 ’이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 사용료 2,063,759,278원(= 이 사건 사용료 2,293,065,864원 × 국내에 등록되지 않은 특허 45개/총 50개, 원 미만 반올림)은 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 이에 대한 법인세 원천징수액 309,563,883원을 환급해달라’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2019. 9. 2. 위 경정청구를 거부하였고(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 원고가 이에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2019. 10. 16. 위 심사청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 8호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 사용료는 한·미조세협약상 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 피고의 주장

1. 한·미조세협약에서 특허권 등의 사용지를 그 사용료 소득의 원천지로 보는 ‘사용지주의’를 채택하면서도 ‘사용’의 의미에 관하여 규정하고 있지 않으므로, 한·미조세협약 제2조 제2항에 따라 ‘사용’의 의미는 국내법에 의하여 판단하여야 한다. 그런데 2008. 12. 26. 법인세법의 개정으로 제93조 제8호 단서 후문이 신설되어 위 규정에 따라 특허권 등이 국내에서 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내원천소득으로 의제되므로, 이 사건 사용료는 모두 원천징수 대상인 국내원천소득에 해당한다.

2. 원고가 출원 중인 특허에 대한 사용료까지 지급한 점에 비추어 이 사건 계약은 이 사건 특허들 자체가 아니라 이 사건 특허들의 내용이 되는 산업상 정보 및 노하우를 도입·사용하여 제품을 생산하고 그 대가를 지급하는 계약으로 볼 수 있다. 이 경우에는 특허권의 속지주의가 문제될 여지가 없으므로 위 산업상 정보나 노하우를 국내에서 사용한 이상 국내원천소득으로 보아야 한다.

3. 출원 단계에 있어 등록절차를 마치지 못한 특허에 대하여는 특허권의 속지주의원칙이 적용될 수 없으므로, 적어도 이 부분에 대한 사용료는 국내원천소득으로 보아야 한다.

4. 설령 이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허를 제외한 나머지 부분에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고의 주장처럼 이 사건 계약의 대상이 된 개별 특허의 가치를 모두 동일하다고 보아 전체 50개의 특허 가운데 국내에 등록된 5개의 특허가 차지하는 비율에 따라 정당세액을 산정할 수는 없고, 스스로 신고한 내용의 경정을 청구하는 원고가 국내에 등록된 개별 특허의 가치를 평가하여(이때 등록되지 않고 출원만 되어 가치가 없는 특허는 제외하여야 하고, 동일한 내용의 특허가 여러 국가에 등록되어 있는 경우에는 그 가치를 중복적으로 인정하여서는 안된다) 정당한 세액을 입증하여야 한다.

별지 기재와 같다

• 가. 관련 규정의 내용과 해석

1. 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호 등은 외국법인에 대하여는 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 제93조 는 ‘외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다’고 하면서, 제8호에서 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.’고 규정하고 있다. 한편, 한·미조세협약 제14조 제4항은 ‘사용료’의 의미에 관하여 제a호에서 ‘문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정하고, 제6조는 ‘이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다’고 하면서, 제3항에서 ‘제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다’고 규정하고 있다.

2. 위와 같이 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 ‘비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다’고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한·미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한·미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두9670 판결 등 참조).

• 나. 판단

1. 국내원천소득 인정 여부 앞서 본 사실관계와 갑 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허를 제외한 나머지 부분에 대한 사용료는 모두 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 피고의 이 부분주장은 이유 없다.

① 한·미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 대한민국과 미국의 각 거주자 사이에 특허권 등에 대하여 지급되는 사용료에 관하여 그 소득의 원천이 어느 국가인지 여부는 해당 특허권 등이 등록되는 국가의 영역을 기준으로 판단하여 정한다는 취지이지, 해당 특허권으로 보호되는 특허발명이 사실상 어느 국가의 지리적인 영역에서 실시되고 있는지를 직접적인 기준으로 삼고 있지 않다. 따라서 법인세법 제93조 제8호 단서의 규정은 단지 한·미조세협약이 규정하고 있지 않은 ‘사용’의 의미에 관하여 규정하고 있는 조항이 아니라, 국내원천소득으로 보는 사용료의 범위에 관하여 한·미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항의 내용과 다른 내용을 규정하고 있는 조항이라 할 것이고, 이러한 경우 한·미조세협약이 우선하여 적용된다.

② 앞서 본 바와 같이 한·미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항의 해석상 ‘특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념하기 어려워 국내에 등록하지 아니한 특허와 관련하여 지급받은 소득은 국내원천소득이 되지 않는다’는 것이고, 이는 미국법인이 국내에 등록하지 않은 특허와 관련하여 지급받는 소득은 국내원천소득이 될 수 없다는 의미이다. 같은 맥락에서 미국법인이 국내에 등록하지 아니한 특허가 미국이 아니라 제3국에 등록되었다고 하더라도 국내에서 그 특허권의 침해가 발생할 수 없음은 마찬가지이므로, 해당 특허가 국내에 등록되지 아니한 이상 그 특허의 등록지가 미국이든 제3국이든 관계없이 그 사용대가는 한·미조세협약에 의하여 국내원천소득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

③ 이 사건 사용료 중 미국 등 국외에 등록된 특허권에 대한 사용대가는 원고가생산한 제품이 해당 국가에 수입, 판매되어 AAA가 해당 국가 내에서 가지는 특허실시권을 침해할 것에 대비하여 지급된 것이고, 국외에서 등록되었지만 국내에는 미등록된 특허를 국내에서 상품의 제조에 사용하였더라도 국외 등록 특허권자가 특허권을 주장하여 대가를 청구할 법적 권리가 인정되지 않는 점 등에 비추어, 이 사건 사용료 중 국외에 등록되었을 뿐 국내에 등록되지 아니한 특허에 관한 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다.

④ 나아가 이 사건 사용료 중 등록된 특허권 이외에 특허출원 상태에 있는 특허에 관한 사용대가에 관하여 본다. 한·미조세협약 제14조 제4항 제a호는 사용료를 ‘문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술) 등의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’이라 규정함으로써 특허와 기타 지적재산권을 병렬적으로 나열하고 있을 뿐 따로 구분하여 취급하지 않고 있다. 위와 같이 열거된 자산 또는 권리 중 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 비밀 공식 또는 공정은 각 저작권법, 특허법, 상표법, 디자인보호법, 부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률 등의 법적 보호를 받아 배타적·독점적 사용이 가능한 무형자산으로 볼 수 있다는 공통점이 있지만, 해당 법률에 의하여 반드시 등록을 요하는 것은 아니다. 이 사건 계약 또한 별지 A에 기재된 모든 특허 일체를 대상으로 체결되었고, 등록된 특허와 그렇지 아니한 특허를 별도로 구별하지 않고 있다. 더욱이 이미 등록된 특허는 속지주의 원칙에 따라 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 특허실시에 관한 권리를 갖는다고 보는 반면, 특허출원 중에 있는 발명은 미등록 상태라는 이유로 권리 행사의 범위를 국내까지 확장한다면 미성숙한 권리에 대한 보호를 오히려 강화하는 것이 되어 모순이 발생하는 점 등을 고려하면, 등록된 특허와 아직 등록이 되지 않은 특허를 달리 볼 이유가 없으므로, 이 부분도 국내원천소득에 해당하지 않는다.

⑤ AAA가 원고에 대하여 특허권 침해를 주장함에 따라 원고와 AAA 사이에 이러한 분쟁을 원만하게 해결하기 위하여 이 사건 계약을 체결하였는바, 이 사건 계약이 체결된 경위 및 계약 내용 등에 비추어, 이 사건 계약은 원고가 AAA으로부터 이 사건 특허들의 사용권을 부여받고 그 대가로 AAA에게 이 사건 사용료를 지급하기로 하는 계약으로 보이고, 피고의 주장과 같이 원고가 AAA으로부터 이 사건 특허들의 내용이 되는 산업상 정보 및 노하우 등을 이전받기로 약정하였다고 볼만한 증거가 없다.

2. 취소의 범위

• 가) 일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은과세관청에게 있으므로 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 해당 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조). 한편 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있으므로 통상의 과세처분취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라고 할 것이고, 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 참조), 감액경정청구거부처분 취소소송에서도 거부처분의 적법성에 관하여 원칙적 으로 과세관청이 증명하여야 한다고 보는 것이 타당하다.
• 나) 이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허를 제외한 나머지 부분에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하지 아니함은 앞서 본 바와 같다. 이 사건 처분의 적법성은 피고가 증명하여야 하므로 이 사건 처분 중 일부가 위법하다고 인정될 경우 정당한 세액의 범위 역시 과세관청인 피고가 증명하여야 할 것인데, 피고는 정당세액에 관한 증명책임이 원고에게 있다고 주장할 뿐 이에 대한 아무런 주장·입증을 하고 있지 않다. 다만, 원고는 이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허에 대한 사용 대가 부분의액수는 이 사건 계약상 특정되어 있지 않고 달리 이를 확인할 자료가 없는 상황에서, 이 사건 특허들 총 50개 가운데 국내에 등록된 특허 5개가 차지하는 비율에 따라 정당한 과세표준을 산정하는 방법을 주장하고 있는바, 위 방법에 따라 산정한 세액에 대하여는 원고 스스로 그 적법성을 자인하고 있다고 보인다. 결국 원고가 위와 같은 방법으로 산정한 법인세 원천징수액 309,563,883원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다(한편, 특허권의 1국 1특허 원칙상 여러 국가에서 해당 기술에 대한 독점적·배타적 권리를 취득하고자 하는 자는 각 국가마다 개별적으로 특허를 출원하여야 하므로, 동일한 기술이라고 하더라도 여러 국가에서 특허로 인정받게 되었다면 그 각 개별 국가의 특허는 모두 독립적인 별개의 특허라고 보아야 할것이다. 따라서 이 사건 특허들 중 중복된 특허가 있다고 보기는 어려우므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.).

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.