구 조특법 제121조의2 제3항에 따른 감면배당소득이 있을 경우 대한 원천세 계산 방법 및 기존취득주식 감면 적용여부

사 건 대전지법 2019구합101921 원고, 항소인 *** 피고, 피항소인 00세무서장 제1심 판 결 국패 변 론 종 결 2020.01.09. 판 결 선 고 2020.02.06.

1. 피고가 2015. 7. 10. 원고에게 한 별지 목록 기재 2010년 내지 2012년 귀속 법인(원천)세(각 가산세 포함) 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 영상디스플레이 및 평판정보디스플레이를 위한 유리 및 기타 관련 제품의 제조 및 판매업을 목적으로 하여 미국 소재 법인인 AAA (이하 ‘AAA’라 한다)과 BBB 주식회사(이하 ‘BBB’라 한다) 사이의 합작투자계약에 의해 1995. 4. 20. 설립된 회사로서, 외국인투자 촉진법 제2조 제1항 제6호 소정의 외국인투자기업이다.
• 나. 원고는 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 제7항에 따라 2005. 5. 4. 재정경제부장관에게 TFT-LCD용 정밀평판유리 제조, 판매 및 수출입에 대한 조세감면대상 해당여부 사전확인 신청을 하였고, 재정경제부장관은 2005. 6. 4. 원고에게 위 법 제121조의2 제8항에 따라 ‘TFT-LCD용 정밀평판유리 제조(이하 ‘이 사건 감면사업’이라 한다)가 조세감면 대상사업에 해당함을 사전 확인한다‘는 내용의 통보를 하였다. 또한, 원고는 2005. 9. 14. 재정경제부장관으로부터 이 사건 감면사업에 관하여 위 법 제121조의2 제8항에 따른 조세감면 결정을 받았다.
• 다. AAA는 2005. 12. 12. 당시 보유 중이던 원고 회사의 주식 120만 주(이하 ‘이 사건 기존주식’이라 한다)를 헝가리 소재 법인인 CCC(이하 ‘CCC’라 한다)에 현물출자 하였다.
• 라. 원고는 이 사건 감면사업을 영위하기 위하여 2006. 2. 3. CCC 및 BBB로부터 각 000억 원씩 총 000억 원의 증자를 받아 000만 주(주당 000원)의 주식을 발행하였고, CCC는 그 중 000만 주를 배정받았다(이하 CCC가 배정받은 위 000만 주를 ‘이 사건 증자주식’이라 하고, CCC가 보유하는 원고 회사의 주식 000만 주를 ‘CCC 보유 전체주식’이라 한다).
• 마. 원고는 2010. 11.부터 2012. 11.까지 CCC에게 2007 ~ 2010 사업연도 발생이익을 원천으로 총 5회에 걸쳐 000원의 배당금(이하 ‘이 사건 배당금’이라 한다)을 지급하였다(구체적인 지급내역은 아래 표와 같다).
• 바. 원고는 구 조세제한특례법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의2 제3항에 따라 법인세 감면세액을 산출한 후 이를 공제하여 약 00억 원의 법인(원천)세를 신고·납부하였는데, 당시 원고는 CCC가 실제 지급받은 이 사건 배당금이 아닌 ‘총 배당금에 잉여금 발생 당시 CCC의 외국인투자비율을 곱한 금액’을 감면대상 배당금으로 산출하고, 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11603호로 개정되기 전의 것) 제98조 제1항 제3호 소정의 배당소득에 대한 원천세율인 20%를 적용하였다.
• 사. 피고는 원고가 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 의 ‘① 외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금을 실제 지급된 배당금이 아니라 총배당금에 외국인투자비율을 곱한 금액으로 잘못 보고, ② 감면대상 배당금 산정과정에서 이미 감면기간이 종료한 이 사건 기존주식까지 반영함으로써 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세가 과소신고·납부되었다’고 판단하고, 이 사건 배당금 중 CCC 보유 전체주식에 대하여 이 사건 증자주식이 차지하는 비율(750/870, 이하 ‘이 사건 증자주식 비율’이라 한다)에 해당하는 부분만을 감면대상 배당금으로 산정하여 2015. 7. 10. 원고에게 별지 목록 기재와 같이 2010 ~ 2012 사업연도 귀속 법인(원천)세를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 2015. 10. 5. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 2018. 12. 14. 이를 기각하는 결정이 내려졌다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 제1 주장 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따라 이 사건 배당금에 대한 법인세 감면액을 계산함에 있어 이 사건 증자주식 비율을 반영하는 것은 법령상 아무런 근거가 없어 위법하다.

2. 제2 주장 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세는 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 및 구 국제조세조정에 관한 법률(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제29조 제1항의 문언에 따른 방식[외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금에 대한 법인세(= 전체 배당금 × 제한세율 5%) - (위 법인세 × 감면사업소득비율 × 기간별 감면율)] 또는 과세배당금(총배당금 - 감면배당금)에 제한세율을 곱하는 방식에 따라 산정하여야 한다(둘 중 어떠한 방식에 따르더라도 동일한 납부세액이 도출된다).

• 나. 제1 주장에 대한 판단

1. 관련법리 조세법률주의 원칙은 과세요건 등 국민의 납세의무에 관한 사항을 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용을 허용하지 아니함을 뜻한다. 그러므로 법률의 위임 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006두8648 전원합의체 판결 등 참조).

2. 판 단 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 모아보면, 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따라 이 사건 배당금에 대한 법인세 감면세액을 산출함에 있어 이 사건 증자주식 비율을 반영하는 것은 법령상 아무런 근거가 없어 위법하다고 봄이 타당하다.

• 가) 구 조세특례제한법 제121조의2 제1항 은 고도의 기술을 수반하는 사업 등 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 ‘감면대상사업’이라 한다)을 하기 위한 외국인투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서 같은 조 제2, 3항에 따라 법인세 또는 소득세, 배당금에 대한 법인세 또는 소득세를 감면하도록 하고 있다. 구 조세특례제한법 제121조의2 제2항 은 외국인투자기업에 대한 법인세 또는 소득세의 감면에 대해 정하고 있는데, 총산출세액에 감면대상사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율(이하 ‘감면사업소득비율’이라 한다)과 외국인투자비율을 곱한 금액에 기간별 감면율을 곱한 금액을 감면하도록 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 은 외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세의 감면에 대하여 감면사업소득비율과 기간별 감면율을 반영하여 감면액을 정하도록 하고 있다.
• 나) 위 규정들을 모아보면, 구 조세특례제한법 제121조의2 제1항 은 ① 감면대상사업 및 ② 외국인투자를 요건으로 하여 법인세 등을 감면한다는 내용의 통칙적인 규정이고, 같은 조 제2, 3항은 해당 법인세 또는 소득세 산출세액 중 감면대상사업 및 외국인투자와 관련된 부분을 산출하여 이를 감면액으로 정하고 있는 것으로 보인다. 즉, 구 조세특례제한법 제121조의2 제2항 은 산출세액 중 감면대상사업 및 외국인투자와 관련된 부분을 산출해내기 위하여 감면사업소득비율 및 외국인투자비율을 반영하도록 하는 방법을 취하고 있다. 한편, 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 은 제2항과 마찬가지로 감면사업소득비율을 반영하여 산출세액 중 감면대상사업과 관련된 부분을 산출하도록 하면서 외국인투자와 관련된 부분을 산출해내기 위한 요소는 별도로 두고 있지 않은데, 이는 배당금 자체가 외국투자가가 취득한 주식 또는 출자지분으로부터 생기는 것이고, 아래 다)항에서 보는 바와 같이 외국인투자는 기존주식의 취득을 포함하는 개념이라서 외국인투자와 관련한 다른 요소를 고려할 필요가 없기 때문이다.
• 다) 이에 대하여 피고는, 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 소정의 ‘외국인 투자가가 취득한 주식’이 ‘출자 등 감면요건과 직결되는 행위를 통해 얻은 당해 주식’만을 의미하므로, 이 사건 증자주식과 관련된 부분을 특정하기 위해 위 증자주식의 비율을 추가로 반영하여야 한다는 취지로 주장한다. 살피건대, 취득한 주식 또는 출자지분의 범위를 명시적으로 제한하고 있는 구 조세특례제한법 제14조 제1항 각 호 1) 와 달리 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 은 외국투자가가 취득한 주식 또는 출자지분이라고만 규정할 뿐 그 취득의 시기나 방법 등에 대하여 아무런 제한을 두고 있지 않다. 한편, 구 조세특례제한법 제121조의2 에서 감면의 요건으로 정하고 있는 ‘외국인투자’는 대한민국법인 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 이미 발행한 주식을 취득하는 것을 포함하는 개념이고(외국인투자 촉진법 제2조 제1항 제4호), ‘외국투자가’의 개념 역시 외국인투자 촉진법에 따라 주식등을 소유하고 있거나 출연을 한 외국인을 말하는 것일 뿐인바(외국인투자 촉진법 제2조 제1항 제5호), 외국인이 이미 발행된 주식을 취득하였다고 하여 ‘외국인투자’ 및 ‘외국투자가’에 해당하지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 주장과 같이 CCC가 감면대상사업과 관련하여 증자를 통해 취득한 이 사건 증자주식만이 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 소정의 ‘외국인 투자가가 취득한 주식’에 해당한다고 해석하는 것은, 앞서 나)항에서 본 바와 같이 감면의 요건인 외국인투자와 관련하여 ‘외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금’ 이외에 별도의 기준을 두고 있지 아니한 위 조항 문언의 통상적인 의미를 벗어난 확장해석에 해당한다고 봄이 타당하다. 이와 관련하여서는 기획재정부 역시 2018. 7. 4. ‘구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따른 감면액의 산정 기준이 되는 외국투자가가 취득한 주식 또는 출자지분에 외국투자가가 증자 전에 취득한 주식 또는 출자지분이 포함된다’는 내용으로 ‘외국투자가에게 지급하는 배당금에 대한 감면세액 계산방법 질의에 대한 회신’을 한 바 있다(갑 제4호증 참조).
• 라) 또한 피고는, ‘원고가 주장하는 계산방식에 따르면, 이미 감면기간이 종료된 이 사건 기존주식에 대해서까지 추가적으로 7년간 감면을 받을 수 있게 되어 부당하다’는 취지로 주장한다. 그러나, 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에서 정한 감면은 감면대상사업을 기준으로 하여 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 대해 적용되는 것일 뿐, 주식의 취득일을 기준으로 하여 적용되는 것이 아닌바, 피고가 주장하는 ‘이미 감면기간이 종료된 주식’의 개념은 법령상 아무런 근거가 없어 받아들이기 어렵다. 즉, 앞서 다)항에서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 이 ‘외국인 투자가가 취득한 주식’과 관련하여 별다른 제한을 두고 있지 않은 이상, 기존의 다른 감면대상사업과 관련한 이 사건 기존주식의 배당금에 대해 위 조항에 따른 감면이 이루어진 바 있다고 하더라도, 이 사건 감면사업과 관련한 위 기존주식의 배당금에 대해 위 조항에 따른 감면을 하는 것이 위 조항의 문언에 반한다고 볼 수 없으며, 이는 오히려 취득한 주식의 범위를 제한하지 아니하고, 감면대상사업을 기준으로 하여 감면기간 및 감면율을 정하는 위 조항의 취지에 부합하는 것이다. 뿐만 아니라, 원고가 2006. 2. 3.경 CCC 및 BBB로부터 증자 받은 000억 원과 유보금 등 위 증자 이전에 보유하고 있던 자금이 회계상 엄격히 구분되어 있었다거나, 원고가 오로지 위 000억 원만을 이용하여 이 사건 감면사업을 수행하였다고 볼만한 자료가 기록상 나타나지 않으므로, 이 사건 기존주식의 발행과정에서 원고가 취득한 금원 역시 이 사건 감면사업에 기여하였다고 보이는데, 이러한 점에서도 위 기존주식에 대한 배당금을 감면대상에서 제외하는 것은 타당하지 않다. 그리고, CCC는 이 사건 감면사업과 관련한 소득이 발생한 과세연도인 2006년부터 7년간 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에서 정한 감면을 적용받는 것이고, 그 사이에 위 감면사업과 관련한 소규모 증자를 반복하더라도 피고의 주장과 같이 위 7년의 감면기간이 연장되는 결과가 발생하지 않는다.
• 마) 나아가 피고는, ‘이 사건 기존주식은 구 조세특례제한법 제121조의2 제9항 에서 말하는 외국인투자 촉진법 제6조 에 따른 외국인투자에 해당하므로, 위 기존주식에 대해서는 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따른 감면이 적용될 수 없다’는 취지로도 주장한다. 살피건대, 구 조세특례제한법 제121조의2 제9항 이 외국인투자 촉진법 제6조 에 따른 외국인투자에 대해서는 같은 조 제3항을 적용하지 않는다고 규정하고, 구 외국인투자 촉진법(2016. 1. 27. 법률 제13854호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항은 ‘대한민국국민 또는 대한민국법인이 경영하는 기업이 이미 발행한 주식의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우’에 대해 정하고 있다. 그러나, 위 규정은 내국법인 또는 내국인이 보유하던 주식을 외국인이 취득한 경우를 가리키는 것이라고 봄이 타당하다. 구 외국인투자 촉진법 제7조 1항 제3호 는 ‘외국인이 제21조에 따라 등록된 외국인투자기업의 주식등을 외국투자가로부터 매입, 상속, 유증 또는 증여에 의하여 취득한 경우’를 규정하고 있다. 즉 동일한 기존주식의 취득이지만, 외국인이 외국투자가로부터 취득하는 경우에는 제6조 외에 별도의 규정을 두고 있으며, 이 경우에는 구 조세특례제한법상의 조세 감면이 여전히 적용된다. 이 사건에서 CCC는 외국투자가인 AAA로부터 이 사건 기존주식을 취득하였으므로, 위 취득은 구 외국인투자 촉진법 제7조 제1항 제3호 에 해당할 여지가 있을 뿐 같은 법 제6조 제1항에 해당하지 않는다. 또한, 구 조세특례제한법 제121조의2 제9항 은 그 문언상 구 외국인투자 촉진법 제6조 제1항 에 따라 오로지 기존주식 또는 지분만을 취득함으로써 외국인투자를 하는 경우에 구 조세특례제한법 제121조의2 에서 정한 법인세 등의 감면을 배제하겠다는 내용으로 보아야 할 것이다. 앞서 처분의 경위 부분에서 살펴 본 이 사건 감면사업의 전체적인 진행과정을 고려하면, CCC가 이 사건 기존주식을 취득한 것은 이 사건 감면사업에 투자하기 위한 준비작업의 일환으로 보이고, CCC가 이 사건 감면사업을 영위하기 위한 원고의 증자에 참여하여 이 사건 증자주식을 취득하였던 이상 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 의 적용이 배제된다고 볼 수 없다.
• 다. 제2 주장에 대한 판단

1. 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 은 외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금에 대한 법인세를 감면사업소득비율에 따라 감면하도록 규정하고 있다. 한편, 구 국제조세조정법 제29조 제1항 은 조세조약의 규정상 외국법인의 국내원천소득 중 이자, 배당 또는 지식재산권 등의 사용대가에 대해서 조세조약상의 제한세율과 법인세법 제98조 제1항 제3호 에서 규정하는 세율(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 구 법인세법상 20%, 이하 ‘국내세율’이라 한다) 중 낮은 세율을 적용하도록 규정하고, ‘대한민국 정부와 헝가리 인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약’(이하 ‘한·헝가리 조세조약’이라고 한다) 제10조 제2항 가.목은 수령인이 상대방 국가의 거주자인 수익적 소유자로서 배당을 지급하는 법인의 지분 25% 이상을 직접 소유하는 법인인 경우에는 배당에 대한 원천지국 과세가 총 배당액의 5%(이하 ‘이 사건 제한세율’이라 한다)를 초과할 수 없도록 규정하고 있다.

2. 이 사건 배당금에 대한 법인세 감면액은 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따라 위 배당금에 법인세율을 곱하여 감면 전 법인세를 먼저 산정하고, 여기에다가 감면사업소득비율 및 기간별 감면율을 곱하여 산출하는 것인바, 국내세율보다 낮은 이 사건 제한세율은 구 국제조세조정법 제29조 제1항 에 따라 위 법인세를 산정하는 세율로서 적용되고, 위 법인세를 기초로 그에 대한 감면세액이 결정된다고 보아야 할 것이다. 한·헝가리 조세조약상 이 사건 제한세율은 상한의 의미로 규정되어 있으나, 이 사건 배당금에 대한 외국투자가의 법인세와 관련하여 국내법에 그 적용세율을 따로 정한 바가 없고, 앞서 본 바와 같이 구 국제조세조정법은 이 사건 제한세율 자체를 적용세율로 보고 국내세율과 비교하도록 하고 있기 때문이다. 이를 산식으로 나타내면 아래 표와 같다[위와 같은 계산방식에 따르면, 과세배당금(총배당금 - 감면배당금)에 이 사건 제한세율을 곱하여 이 사건 배당금에 대해 원고가 납부하여야 하는 법인(원천)세를 산출하는 원고 주장의 계산방식과 그 결과가 같다. 이하 통칭하여 ‘원고 주장 계산방식’이라 한다]. [이 사건 배당금에 대해 원고가 납부하여야 하는 법인(원천)세액] = ① 이 사건 배당금에 대한 법인세(이 사건 배당금 × 이 사건 제한세율)

• 감면세액[① 이 사건 배당금에 대한 법인세 × ② 감면사업소득비율 × ③ 기간별 감면율]

3. 이에 대하여 피고는, 원고 주장 계산방식이 총 배당액을 기준으로 이 사건 제한세율을 적용하도록 하는 한·헝가리 조세조약의 문언에 반한다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고 주장 계산방식에 의하더라도 결과적으로는 총 배당액에 대해 이 사건 제한세율이 적용되는 것이고, 이에 따라 산출되는 법인세를 기초로 감면세액이 결정되므로, 원고 주장 계산방식이 위 조세조약의 문언에 반한다고 볼 수 없다. 또한, 위와 같이 이 사건 제한세율을 적용한 법인세를 기준으로 하여 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따른 감면세액을 산출해내는 방법은 위 조항의 문언에 의하여 명확하게 도출되는 것이고, 구 국제조세조정법 제29조 제1항 에 따라 이 사건 제한세율이 적용된다고 하여 위 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따른 감면이 배제된다고 볼만한 아무런 근거가 없으므로, 위 방법이 피고의 주장과 같이 ‘조세조약상의 제한세율과 국내세율 중 낮은 세율을 택일하도록 규정하고 있는 구 국제조세조정법 제29조 제1항 의 취지에 반하여 원고가 조세조약과 내국세법의 유리한 부분만을 중복적으로 취하였다’고 보기 어렵다.

4. 피고가 주장하는 계산방식은 ① 감면 후 배당세액[= 과세배당금 × 국내세율(20%)]과 ② 감면 전의 이 사건 배당금에 이 사건 제한세율을 곱한 금액을 비교하여 그 중 낮은 금액을 이 사건 배당금에 대해 원고가 납부하여야 하는 법인(원천)세로 하여야 한다는 것이다(이하 ‘피고 주장 계산방식’이라 한다). 그러나, 앞서 본 바와 같이 구 국제조세조정법 제29조 제1항 은 단순히 세율을 비교하여 낮은 세율을 적용하도록 규정하고 있으므로, 국내세율에 대해서는 감면 후의 과세배당금을, 이 사건 제한세율에 대해서는 감면 전의 이 사건 배당금을 각 곱하여 그에 따라 산출되는 세액을 비교하는 것은 위 조항의 문언에 어긋난다. 피고는 한․헝가리 조세조약 제10조 제2항의 문언상 제한세율은 ‘총배당액(the gross amount of the dividends)’에 적용하게 되어 있고, 위 총배당액은 결국 감면 전의 배당액을 가리키는 것이라고 주장한다. 그러나 위 조약에서 말하는 ‘총배당액’이 반드시 ‘조세감면 전의 배당액’이라고 단정할 수는 없고, ‘비용 등을 공제하기 전의 배당액’으로 볼 여지도 있으므로, 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다. 한편, 피고 주장 계산방식에 따르게 되면, 원고의 감면사업소득비율이 75%에 이를 때까지는 원고가 이 사건 배당금에 대해 납부하여야 할 법인(원천)세가 위 배당금에 이 사건 제한세율을 곱한 금액으로 동일하다. 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따르면, 감면사업소득비율의 증가에 따라 법인세 감면세액이 증가하여 결국 납부하여야 할 법인(원천)세가 감소하게 되는데, 위와 같이 이 사건 제한세율의 적용으로 인하여 감면사업소득비율이 75%에 이르기까지 감면사업소득비율 증가에 따른 납부세액 감소의 효과가 나타나지 않는다고 한다면, 이는 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 의 입법취지에 어긋난다.

5. 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 것) 제116조의2 제13항은 ‘조세조약에 따른 제한세율이 적용되는 외국투자가의 경우에는 감면을 적용한 후의 전체 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세와 국제조세조정에 관한 법률 제29조 에 따라 전체 배당금등에 대하여 제한세율을 적용하여 계산한 법인세 또는 소득세 중 적은 금액을 해당 배당금등에 대하여 납부할 세액으로 한다’고 규정하여 피고 주장 계산방식을 따랐으나, 위 시행령 부칙 제15조는 위 시행령 시행(2013. 2. 15.) 후 배당이나 분배를 받는 분부터 위 제13항의 규정을 적용하도록 하였는바, 위 시행령 시행 전에 지급된 이 사건 배당금에 대해서는 위 제13항이 적용되지 아니한다. 이와 관련하여 국세청 역시 위 시행령 시행 전에 지급된 배당금에 대해서는 ‘총 배당액을 과세소득분과 감면소득분으로 각각 구분하고 제한세율을 적용하여 납부세액을 산출하고(원고 주장 계산방식과 동일하다), 위 시행령 시행 후에 지급된 배당금에 대해서만 위 제13항이 정한 계산방식을 따라야 한다’는 입장이다(갑 제8호증 참조).

• 라. 소결론 따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 이 사건 증자주식 비율을 반영하여 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 따른 법인세 감면세액을 산출하고, 법령상 근거가 없는 피고 주장 계산방식에 따라 이 사건 제한세율을 적용한 것은 위법하며, 기록상 이 사건 처분에 따른 부과금액 중 적법하게 부과될 정당한 세액이 존재한다고 볼만한 자료가 나타나지 않으므로, 이 사건 처분 전체가 취소되어야 한다(대법원 2000. 6. 13. 선고 98두5811 판결, 2004. 7. 22. 선고 2002두868 판결 등 참조).

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 제14조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제2호의3·제3호·제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제2호의3·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

여신전문금융업법 제3조 제2항 에 따라 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2의 2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2의 3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

6. 부품·소재전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분