쟁점매입세액을 안분함에 있어 과・면세사업의 공급가액 비율이 아니라 면적비율로 안분계산하여야 한다는 주장의 당부

사 건 2019구합101341 부가가치세경정거부처분취소 원 고 ××× 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2020. 3. 26. 판 결 선 고

2020. 4. 09.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 12. 01. 원고에게 한 별지1 목록 기재 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 전국에 다수의 점포를 운영하면서 도·소매업을 영위하는 법인으로, ① 청과, 농산, 축산물 등 면세물품을 판매하고 문화센터를 운영하는 등의 면세사업과 ② 의류, 잡화류, 공산품 등 과세물품을 판매하고 점포의 일부를 임대하는 등의 과세사업(이하 원고가 영위하는 사업을 포괄하여 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 겸영하고 있다.
• 나. 원고는 아래 12개 점포에 대하여 건물(이하 12개 점포 전부를 통틀어 ‘이 사건 임차건물’이라 한다)을 임차하여 이 사건 사업을 영위하였다.
• 다. 원고는 2012년 제2기부터 2017년 제1기 과세기간 동안 부가가치세를 신고하면서, 이 사건 임차건물의 임차료에 대한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 부가가치세법 제40조 후단, 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제1항1에 따라 과세사업과 면세사업의 공급 가액 비율로 안분하여 별지1 표 ‘당초 불공제 매입세액’란 기재와 같이 면세사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 불공제하였다.
• 라. 원고는 2017. 10. 24. 피고를 상대로 ‘이 사건 매입세액을 안분함에 있어 실지 귀속을 구분할 수 있으므로, 공급가액비율이 아니라 면적비율에 따라 안분하여야 한다’는 이유로 과다하게 신고된 부가가치세 합계 3,00,000,000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 12. 22. 이 사건 매입세액은 과세사업 및 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구별할 수 없는 공통매입세액에 해당한다는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 2018. 3. 13. 이 사건 처분에 대하여 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2018. 11. 28. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

1. 이 사건 임차건물의 경우 도면 작성 시부터 각 용도를 특정하여 스페이스 프로그램(Space Program)에 입력하여 용도를 구분하고 있다. 또한 공간관리 프로그램(JDA)를 통하여 점포에 진열되는 제품을 관리하고 있어서 제품의 배치를 임의로 변경할 수 없다. 그렇다면 이 사건 매입세액은 과세사업과 면세사업으로 사용되는 면적이 분명하게 구분되는 때에 해당하므로, 과세면적에 상응하는 부분은 매입세액으로 공제되어야 하고, 면세면적에 상응하는 부분은 매입세액에서 불공제되어야 하며, 나머지 부분에 대하여만 공통매입세액 안분기준이 적용되어야 한다.

2. 적어도 판매 영역(Selling Area)과 달리 임대 영역(Tenant Area)은 입점업체와의 별개의 임대차계약을 통하여 입점업체 사업에 이용되어 왔으므로, 과세사업에만 사용된 면적임이 분명하다.

별지2 관련 법령 기재와 같다.

• 가. 관련 법리 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제7항, 그 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제61조 제1항 본문에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라고 한다)은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여야 하고,그 안분은 원칙적으로 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다. 다만 이처럼 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결 참조).
• 나. 판단 앞서 든 증거에 갑 제5 내지 9호증, 을 제1, 4, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면, 이 사건 매입세액의 실지귀속이 이 사건 임차건물 중 면세사업과 과세사업에 사용되는 전용면적 비율에 따라 분명하게 구분된다고 볼 수 없으므로 이 사건사업은 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없는 때에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 매입세액에 관하여는 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 에서 규정하는 공통매입세액 안분기준에 따라 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

1. 원고는 이 사건 임차건물에 대하여 하나의 계약으로 건물 전체를 임차하여 하나의 점포로 활용하면서 이 사건 사업을 영위하고 있다. 그런데 이 사건 임차건물은 여러 층에 넓은 면적을 가지고 있는 건물로, 각 층수, 출입구와의 위치, 면적 등에 라서 각 임대 부분의 가치평가가 달라질 수 있으므로, 이 사건 임차건물의 임대료가 전용면적의 넓이에 반드시 비례하는 것이라고 볼 수 없다. 또한 을 제5호증(임대차 계약서)의 기재에 의하면, 원고는 2016. 5. 1. 주식회사 AAA NPS 제2호 기업구조조정 부동산투자회사로부터 이 사건 임차건물 중 OO점과 OO점을 제외한 10개 점포를 임차하면서 임대차보증금을 점포별로 구분하지 않고 40,000,000,000원으로 총액만 설정하였을 뿐만 아니라(월 차임은 점포별로 상이하다), 각 점포별 구체적인 면적을 임대료 산정의 주된 근거로 삼았다고 볼 만한 기재가 없으므로, 원고와 임대인이 이 사건 임차건물의 임대료를 면적에 비례하여 산정 하였다고 보기 어렵다.

2. 판매 영역의 경우 ① 이 사건 사업인 대형종합소매업은 단일 경영 체제 아래 주된 취급품목 없이 각종 유형의 상품을 종합적으로 소매하는 산업활동이어서 효율적 인 사업영위를 위하여 부가가치세 면제대상과 부과대상을 같이 판매하는 것에 불가피하다는 점, ② 판매되는 부가가치세 면제대상과 부과대상이 배치되어 있는 매대만 다를 뿐, 하나의 공간 안에서 매대들이 장소적으로 인접하여 있고 최종적으로 하나의 계산대에서 매매 및 계산이 이루어지고 있어서 일체로서 운용된다는 점, ③ 재배치하려면 ‘Refit'라고 하는 매우 복잡한 절차를 거쳐야만 한다는 원고의 주장과 달리 원고가 특판을 하거나 ’스페셜‘이라고 하여 매대 면적, 진열 방식, 상품 등을 변동하는 계획을 발표하는 등 그 판매상품 및 그 배치 등의 구성에 변동을 주는 것이 어렵다고 할 수 없다는 점 등에 비추어 보면, 판매 영역은 면세사업에 전적으로 사용되는 부분을 특정할 수 없어 겸영사업에 사용되는 부분에 해당한다고 보아야 한다.

3. 임대 영역과 관련하여 원고가 운영하는 이 사건 임차건물 중 A OO점의 경우를 살펴보면, 임대 구역은 1, 4층의 일부 해당하고, 판매 구역은 2, 3층의 일부에 해당되어 층수를 달리한다고 하더라도, ① 임대 구역이 판매 구역과 본질적으로 구분되는 통행로나 출입구를 가진 것이 아니라, 임대 구역과 판매 구역은 고객주차장, 통로, 출입구, 에스컬레이터 등을 공용으로 사용하고 있어서 구조적으로 연결되어 있고, 판매 구역으로 가기 위하여서는 임대 구역을 지날 수밖에 없는 동선구조상 운영상으로도 밀접한 관계에 있다는 점, ② 원고가 이 사건 임차건물 중 일부를 임대구역으로 제공하는 것은 이 사건 사업을 영위함에 있어서 서비스를 다양하게 제공하여 더 많은 고객을 유인하려고 하는 목적도 있는 것으로 보이는 점, ③ 임대 구역의 임차인들도 이 사건 임차건물에 방문하는 일반 고객들을 고려하여 원고와 임대차계약을 체결하였을 것이라는 점 등에 비추어 보면, A OO점의 경우 이 사건 매입세액이 발생한 임대 구역에서의 사업이 판매 영역에서 이루어진 이 사건 사업과 독립되었다고 할 수 없고, 두 사업은 관련성이 있다고 보아야 한다. 또한 원고의 주장에 의하더라도 A OO점과 이 사건 임차건물의 운영 형태가 다르지 않으므로, 이사건 임차건물도 마찬가지라고 보아야 한다.

4. 원고가 제출한 갑 제4 내지 제9호증은 이 사건 임차건물 중 극히 일부분에 대한 ‘샘플 도면, 샘플 스페이스 프로그램, 샘플 JDA 화면, A 매장 사진 자료’에 불과하고, 어느 매장의 어느 부분인지조차 알 수 없어서, 이 사건 임차건물 중 면세사업 및 과세사업에 사용되는 전용면적의 구체적인 위치, 면적이나 이를 구분할 수 있는 기준을 알기 어렵다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.