조특법상 자경농지 양도소득세 감면규정이 적용되는지 여부

사 건 대전지방법원 2019구단100198 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 KK 변 론 종 결 2019.9.5. 판 결 선 고 2019.10.17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 5. 2. 원고에 대하여 한 2017년도 귀속 양도소득세 186,821,690원의 부과처분 중 47,550,525원(가산세 7,338,664원 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 1989. 12. 1. 시 구 **동 168-3 답 1,362㎡(이하 ‘이 사건 토지’라한다)에 관한 소유권이전등기를 마쳤다. 이후 2015. 9. 22. 분할로 인해 이 사건 토지의 면적이 1,361㎡가 되었고, 2015. 10. 19. 지목이 ‘대’로 변경되었다.
• 나. 시 구청장은 2014. 11. 7. 원고에게 “이 사건 토지에 대하여 농지전용허가를 받지 않고 주차장(잡석포설, 콘크리트포장)으로 사용하고 있는바, 2014. 12. 7.까지 원상회복하라”는 취지로 원상회복명령을 하였고, 2014. 12. 17. 다시 2015. 1. 17.까지 원상회복하라는 명령을 하였다.
• 다. 원고는 2014. 12. 29. 시 구청장에게 이 사건 토지 지상에 근린생활시설 1동에 관한 건축 신고를 하였고, 2015. 2. 13. 수리를 받았다. 원고는 2015. 2. 9. 시 구청장에게 위 건물 신축을 위한 농지전용허가를 신청하였고, 2015. 5. 27. 위 건물 신축을 위한 착공신고를 하였다.
• 라. 원고는 BBB와 2015. 3. 10. 다음과 같은 내용이 포함된 합의서(이하 ‘이 사건 합의서’라 한다)를 작성하였다.
• 마. 원고는 2015. 12. 1. 이 사건 토지 지상 에이동 일반철골구조 일반철골조지붕 단층 제2종근린생활시설 170.79㎡, 같은 지상 비동 일반철골구조 판넬지붕 단층 제2종근 린생활시설 100㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.
• 바. 원고와 BBB는 2017. 5. 11.자로 이 사건 토지 및 건물을 포함하여 매매대금을 9억 9,000만 원으로 하는 매매계약서를 작성하였고, 원고는 같은 날 BBB에게 위 매매를 원인으로 이 사건 토지 및 건물에 관하여 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
• 사. 원고는 2017. 7. 31. 위 토지 양도에 따른 양도소득세 신고를 하면서, 자경농지에 의한 양도소득세 감면을 적용하여 2017년도 귀속 양도소득세로 22,348,656원을 신고․납부하였다.
• 아. 피고는 2018. 2. 20.부터 2018. 3. 11.까지 양도소득세 실지 조사를 한 후 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2017. 9. 12. 법률 제14874호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다고 판단하여 양도소득세 감면을 배제하고 2018. 5. 2. 원고에게 2017년 귀속 양도소득세 186,821,690원을 경정․고지하였다
• 자. 원고는 이에 불복하여 2018. 7. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 11. 15. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 6, 8, 9호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 2012. 9. 28. CCC와 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하였는데, CCC가 위 계약 조건을 이행하지 않고 원고의 동의 없이 이 사건 토지에 잡석포설 및 콘크리트 포장을 하였다. CCC는 위 계약상 의무를 이행하지 못하게 되자 원고에게 BBB를 소개해 주었고, 이에 원고와 BBB가 이 사건 합의서에 따라 이 사건 토지에 관한 매매계약(사실상 계약인수)을 체결한 것이다. 위와 같은 계약 체결 이후 이 사건 토지의 매수인인 CCC와 BBB가 계약 조건에 따라 이 사건 토지의 형질을 변경하고 건축을 하는 등 행위를 하였으므로, 이 사건 토지에 관한 양도일은 위 2012. 9. 28.로 보아야 할 것인데, 당시 이 사건 토지는 농지였고, 설령 양도일을 원고와 BBB 사이의 이 사건 합의서 작성일인 2015. 3. 10.로 보더라도 당시 이 사건 토지는 농지였다. 또한 원고는 1989. 9. 18.부터 2001. 4. 5.까지(적어도 1997. 10. 13.경까지) 8년 이상 이 사건 토지에서 옥수수, 들깨, 부추 등을 직접 경작하였으므로, 8년 이상의 자경기간의 요건도 갖추었다. 따라서 구 조세특례제한법 제69조 에 따라 원고에 대하여 양도소득세가 감면되어야 하는바, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 원고가 계산한 정당한 양도소득세액 47,550,525원(가산세 7,338,664원 포함)을 초과하는 부분에 한하여 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 구 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2017. 6. 27. 대통령령 제28152호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항, 제5항 등 관계 법령에따르면, 양도한 토지에 대해 자경농지로 양도소득세를 감면받기 위해서는 농지소재지에 8년 이상 거주하면서 당해 토지를 직접 경작하여야 하고 그 토지가 양도일 현재 농지여야 한다. 구 조세특례제한법 시행규칙(2017. 12. 29. 기획재정부령 제649호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항에 의하면, 양도소득세 감면규정을 적용받는 농지는 전․답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지이다. 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 않은 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어양도소득세 비과세대상인 토지에 해당하지 않는다(대법원 1991. 11. 12. 선고 91누7422 판결 등 참조). 한편 농지소재지에 거주하면서 양도한 토지를 8년 이상 자경한 사실에 대한 증명책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원1994. 10. 21. 선고 94누996 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 이 사건에서 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고와 BBB는 2017. 5. 11.자 매매계약서에 기하여 이 사건 토지 및 건물에 대한 소유권이전등기를 마쳤는바, 양도소득세의 기준이 되는 양도일은 위 등기원인일인 ‘2017. 5. 11.’이라고 봄이 타당하고, 원고가 제출한 증거만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 비록 이 사건 합의서에 이 사건 토지 지상의 건물을 완공 후 원고가 BBB에게 이 사건 토지 및 지상 건물 등에 대하여 소유권을 이전하기로 하고, 그 매매대금을 정하기는 하였으나, 위 합의서에는 원고를 ‘소유자’로, BBB를 ‘임차인’으로 규정하고 있고, 임차인인 BBB가 이 사건 토지 지상에 건물을 신축하여 완공하게 되면 3년 내에 이 사건 토지 및 지상 건물 등에 대하여 소유권을 이전하기로 한 것에 불과하므로, 이는 확정적인 매매계약이 아니라 매매예약으로 봄이 상당하므로, 이 사건 합의서 작성일인 ‘2015. 3. 10’을 양도소득세의 기준이 되는 양도일로 보기는 어렵다. 또한 원고는 2012. 9. 28.을 양도일로 보아야 한다고도 주장하나, 원고가 제출한 증거만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 위 주장도 받아들일 수 없다. 따라서 원고와 BBB 사이의 이 사건 토지 등에 대한 양도일은 ‘2017. 5. 11.’인바, 앞서 본 사실들과 증거들에 갑 제6, 10호증, 을 제11, 12호증의 각 기재 및 변론전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉, ① 2014. 1. 27.자 항공사진에 의하면, 이 사건 토지는 주차장 등으로 사용되고 있을 뿐 농지로 사용되고 있지 않고, 2015년 항공사진에서도 이 사건 토지는 농지로 사용되고 있지 아니한 점, ② 게다가 원고는 2018. 3. 7. 피고 담당 직원 조사 당시 “2015. 2.경 이 사건 토지를 복구하고 농지로 사용한 사실은 없다”는 취지로 말하기도 한 점(을 제7호증) 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 2017. 5. 11. 당시 이 사건 토지가 농지라고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 또한 설령 이 사건 합의서 작성일인 ‘2015. 3. 10.’을 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항 단서 제1호에 따라 양도일로 보더라도 앞서 본 바와 같이 2015. 3. 10. 당시에 이 사건 토지가 농지에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이점에서도 원고의 주장을 받아들일 수 없다. 그러므로 피고의 이 사건 처분은 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 자경한 사실이 있는지 여부에 관하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.