관계기업 판단시 매출액 산정의 기준시점은 직전 사업연도 종료일로 하여야 함

사 건 대전지방법원-2017-구합-102470 원 고 회@@@@(주) 피 고 @@세무서장 변 론 종 결

2017. 11. 01 판 결 선 고

2017. 11. 29

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 7. 11. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 279,863,830원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1999. 10. 23. 설립된 이후 LCD 세정제 등 정밀세정제의 제조·판매·개발및 수출업 등을 영위하며 매년 12. 31. 결산하는 법인이다.
• 나. 원고는 2012 사업연도 귀속 법인세를 신고하면서 원고가 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항에 의한 중소기업에 해당한다고 보아 중소기업 특별세액감면 75,741,096원, 연구인력개발비 세액공제 153,225,290원을 신청하였고, 중소기업 접대비 기본한도액을 적용하여 법인세를 신고하였다.
• 다. 피고는 2016. 7. 11. 원고에 대하여 원고의 2012 사업연도 종료일 현재 원고와 관계회사 # 주식회사(이하 ‘#’이라 한다)간 매출액을 합산하면 원고가 중소기업 졸업기준에 해당한다는 이유로 원고에 대한 중소기업 특별세액감면 및 인력개발비 세액공제를 배제하고 재계산하여 2012년 사업연도 귀속 법인세 279,863,830원(일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 포함)을 경정·고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2016. 8. 19. 조세심판원장에게 위 부과처분의 취소를 구하는 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원장은 2017. 2. 16. 피고가 2016. 7. 14. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 279,863,830원의 부과처분은 일반과소신고가산세115,680원을 제외하는 것으로 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다는 결정을 하였다(이하 위 부과처분 중 일반과소신고가산세 부분을 제외한 나머지 부분을‘이 사건 처분’이라 한다). 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1, 5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1. 조세법률주의 위반 구 조세특례제한법 시행령에 규정된 ‘중소기업’에 해당하는지 여부를 판단할 때 관계기업 매출액 계산에 적용되는 주식보유비율의 기준시는 ① 구 조세특례제한법시행령은 중소기업의 요건과 관련하여 중소기업기본법을 준용하고 있었던 점, ② 조세특례제한법 시행규칙이 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되면서 제2조 제8항이 신설되었으나 그 부칙 제1조에 의하여 공포일부터 시행되었던 점, ③ 위 시행규칙신설 이전에는 구 중소기업기본법 시행령(2013. 10. 16. 대통령령 제24799호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조의2 제1항에 의하여 ‘직전 사업연도 말일’을 기준으로 관계기업 여부를 판단해온 점을 종합하여 보면, 중소기업기본법 시행령 제3조의2 제1항 에 따라 직전 사업연도 말일을 기준으로 하여야 함에도 불구하고, 명시적 규정 없이 당해 사업연도 종료일을 적용한 것은 헌법상 원칙인 조세법률주의와 권력분립원칙을 위반한 것이다.

2. 신뢰보호원칙 및 신의성실원칙 위반 대전지방국세청장은 원고의 추가 해명자료에 대한 검토결과 원고의 법인세신고가 적법하였음을 확인하였고, 당시 원고도 같은 판단을 하였으며, 피고는 이를 모두 인정하였다. 위와 같은 피고의 공적견해에 기인한 원고의 신뢰는 합리적이고도 정당한 것으로서 보호되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실 앞서 든 증거, 갑 제7 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면,다음과 같은 사실이 인정된다.

1. 원고의 연도별 주주현황은 아래 표 기재와 같고, # # 최대주주인 한%%와 함께 원고의 총 발행주식의 100분의 30 이상을 보유하고 있는 최다출자자에 해당한다.

2. 원고와 # 2011년도 및 2012년도 각 매출액 현황은 아래 표 기재와 같다.

3. 원고가 2012 사업연도 법인세 신고를 하면서 작성한 관계기업 매출액 산정내역서에 의하면 원고와 # 매출액은 2012 사업연도 말일을 기준으로 하고, 지배기업인 # 지분율은 직전 사업연도인 2011 사업연도 말일을 기준으로 하여 계산한 매출액이 중소기업 졸업요건(1천억 원)에 해당하지 않는 것으로 판단되었다.

4. 감사원은 2016. 3. 7.부터 2016. 3. 25.까지 국세청 본청에 대한 기관운영감사를 실시하여 2016. 5. 26. 중소기업 조세특례 관련 사후관리 부적정 사항에 대하여 시정조치를 요구하였다.

5. 피고는 감사원의 감사지적 사항을 반영하여 원고의 관계기업매출액을 2012사업연도 종료일을 기준으로 하여 아래 표 기재와 같이 산정하였고, 원고의 관계기업매출액이 중소기업 졸업요건(1천억 원)에 해당한다고 판단하였다.

6. 이에 따라 피고는 원고의 2012 사업연도 법인세 신고사항 중 중소기업 관련세액공제·감면신청사항을 배제(연구인력개발비 세액공제는 일반기업으로 적용, 중소기업 특별세액감면은 배제, 접대비한도액 재계산)하여 원고에게 2012 사업연도 법인세279,863,830원을 경정·고지 하였다.

• 라. 판단

1. 조세법률주의 위반 여부

• 가) 관련 법리 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 및 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 에 따르면, 구 중소기업기본법 시행령의 경우 관계기업이 중소기업에 해당하기 위해서는 별표 1에 따른 업종별 규모기준(제조업의 경우 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억 원 이하)과 상한기준(상시 근로자 수 1,000명 미만, 자산총액 5,000억 원 미만, 자기자본 1,000억 원 미만, 매출액 1,000억 원 미만)을 모두 충족하여야 하지만, 구 조세특례제한법 시행령의 경우에는 상한기준만 충족하면 중소기업에 해당하게 된다. 그러나 구 중소기업기본법 시행령이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문)하고 있는 점, 또한 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 그 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당여부나 유예 여부는 구 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 등 참조). 그리고 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니된다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단

(1) 구 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 “실질적인 독립성이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것”을 요구하면서, “구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목을 적용할 때 ’별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는‘은 ’구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는‘으로 본다”라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분단서는 “다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억 원 이상, 매출액이 1천억 원 이상 또는 자산총액이 5천억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령에서는 구 중소기업기본법시행령 제3조 제1항 제2호 다.목의 ”관계기업“의 의미를 별도로 규정하고 있지 않다.

(2) 그러나 을 제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고의 관계기업 매출액 계산에 적용되는 주식보유비율에 대한 판단 기준시는 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012 사업연도종료일을 기준으로 판단함이 타당하고, 이러한 해석이 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확장하여 해석한 것으로서 조세법률주의에 위반한다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분주장은 이유 없다. (가) 조세특례제한법이 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위한 목적으로 설립된 법인 반면, 중소기업기본법은 중소기업이 나아갈 방향과 중소기업을 육성하기 위한 시책의 기본적인 사항을 규정하여 창의적이고 자주적인 중소기업의 성장을 지원하고 나아가 산업구조를 고도화하고 국민경제를 균형 있게 발전시키는 것을 목적으로 설립된 법으로 그 입법취지가 서로 다르다. 그러므로 조세특례제한법에서 중소기업기본법을 준용하도록 하는 명확한 규정이 없는 한 조세특례제한법에 의한 세제혜택 부여 대상의 기준은 조세특례제한법의 독자적인 기준에 따라 판단해야 할 것이고, 조세감면을 위한 경우에는 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이 그 입법취지에 비추어 더욱 합리적이다. (나) 구 조세특례제한법에 따라 중소기업 해당 여부를 판단할 때 일반적인 상한기준(상시 사용하는 종업원수 1,000명 미만, 자산총액 5,000억 원 미만, 자기자본 1,000억 원 미만, 매출액 1,000억 원 미만)을 판단하는 경우에는 “해당 과세연도 매월 말일 또는 해당 과세연도 종료일”을 기준으로 하면서, 관계기업에 대한 위와 같은 상한기준의 판단에서 “직전 사업연도 말일”을 기준으로 한다는 것은 관계기업의 경우 일반적인 기준에 더하여 판단요건을 강화하고자 하는 법의 취지에 반할 뿐만 아니라 조세특례제한법에 의한 중소기업의 판단기준이 일관되지 못하게 되는 문제가 있다. (다) 따라서 구 조세특례제한법 시행령상 관계기업, 즉 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단에 해당하는지 여부에 대한 판단시점과 관계기업 매출액 계산에 적용되는 주식보유비율 판단시점 역시 해당 사업연도로 하는 것을 전제로 한다고 봄이 타당하다. (라) 국세청 법규과는 관계기업 기준 신설에 따른 중소기업 규모 판단기준일에 대한 자문신청에 2013. 7. 11. “구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호외의 부분 단서의 ‘상시 사용하는 종업원수․자기자본․매출액 및 자산총액’은 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이다”라는 취지로 회신한 바 있다. (마) 조세특례제한법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로개정된 것) 제2조 제8항의 개정취지는 중소기업 판단 시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 명확히 한 것일 뿐이고, 전혀 새로운 내용을 창설적으로 규정한 것이 아니다.

2. 신뢰보호원칙 위반 여부

• 가) 관련 법리 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(대법원 2003.9. 5. 선고 2001두403 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 살피건대, 갑 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 대전지방국세청장은 2013. 7. 원고의 해명자료에 대한 검토결과 통지서를 발송하면서 위 통지서에 추후 세무조사 또는 새로운 내용 발견 시 재검토 될 수 있다는 취지의 문구를 기재한 점, ② 원고가 피고로부터 2012 사업연도 법인세와 관련하여 과세당하지 않을 것이라는 신뢰를 하여 그 신뢰에 따라 어떠한 행위를 하였다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 처분이 신뢰보호원칙 또는 신의칙에 위반된다고 보기 어렵다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다