합리성이 결여된 작업진행률에 의한 수익인식의 적법성

사 건 2016구합102503 법인세부과처분취소 원 고

○○○○공사 피 고 대전세무서장 변 론 종 결

2017. 2. 22. 판 결 선 고

2017. 3. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 4. 3. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 7,480,817,470원의 부과처분 중 4,967,927,546원을 초과하는 부분 및 2010 사업연도 법인세 12,392,917,480원의 부과처분 중 9,988,594,900원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 지방공기업법 제49조 와 대전광역시 ○○○○공사 설치조례에 의하여

1993. 2. 20. 설립된 지방공사로서 지역 내 택지/단지 조성, 주택건설 및 매입 임대 사업 등을 영위하고 있다.

• 나. 대전지방국세청장은 2013. 11. 26.부터 2014. 1. 13.까지 원고에 대한 세무조사 를 실시하여 원고가 ○○○시 9블록 소재 트리풀시티 아파트 신축·분양사업(이하 ‘9 블록건설사업’이라 한다), ○○○종합물류단지조성·분양사업(이하 ‘○○○물류단지사업’ 이라 하고, 위 각 사업을 통틀어 ’이 사건 각 사업‘이라 한다)과 관련하여 ① 총공사예 정원가 중 간접비를 사업초기에 과다 추정하고 이후 이를 수정·반영하지 않음으로써 작업진행률이 초기에 낮게 계산되도록 하여 수입금액을 지연인식하였다고 보고, 원고 가 실제 투입한 간접비를 적용하여 작업진행률을 재계산한 후 이를 적용하여 각 사업 연도 별 과소계상된 수입금액을 산정하여 이를 익금에 산입하고(이하 ’① 쟁점‘이라 한 다), ② 원고가 공공임대주택의 시설교체비로서 2008, 2009 사업연도에 수선비로 계상 한 금액은 자본적 지출에 해당하므로 손금불산입하여야 한다(이하 ’② 쟁점‘이라 한다) 는 등의 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 다. 피고는 이에 따라 2014. 4. 3. 원고에게 2009 사업연도 법인세를 10,033,000,213원(가산세 포함)으로, 2010 사업연도 법인세를 13,326,605,251원(가산세 포함), 2011 사업연도 법인세를 7,992,614,861원, 2012 사업연도 법인세를 3,077,309,014원으로 각 경정한 다음 그 차액인 2009 사업연도 법인세 5,540,941,644원을, 2010 사업연도 법인세 3,230,408,360원을, 2011년 사업연도 2,973,914,407원(환급)을, 2012 사업연도 1,889,898,893원(환급)을 각 경정·환급 고지하였다(이하 ‘당초 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2014. 7. 8. 조세심판원장에게 심판청구를 하였고, 조세심 판원장은 2016. 3. 16. ① 쟁점에 대하여는 피고의 작업진행률 재계산내역에 의하여 사업초기의 공사원가가 원고가 당초 계산한 것보다 증가된 금액을 손금에 산입해야 한다는 것 외에는 원고의 청구를 기각하였고, ② 쟁점에 대하여는 원고가 2009 사업연도에국고보조금으로 지출한 수선비 3,265,184,359원은 일시상각충당금으로 설정하여 이를손금에 산입해야 한다는 것 외에는 원고의 청구를 기각하였다.
• 마. 피고는 2016. 4. 1. 조세심판원장의 결정에 따라 2009 및 2010 사업연도 법인세 를 재경정하여, 2009 사업연도 법인세는 7,480,817,479원, 2010 사업연도 법인세는 12,392,917,481원으로 감액되었고, 2011 사업연도 법인세는 8,084,496,051원, 2012사업연도 법인세는 4,170,279,750원으로 각 증액되었다(이하 당초 처분 중 감액되고 남은 2009 사업연도 법인세 및 2010 사업연도 법인세 부과처분 부분을 ‘이 사건 처분’이라한다). 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 법인세법령 및 기업회계기준상 작업진행률은 비용을 성격별로 구별하지 아니하 고 ‘총공사예정비’만을 기준으로 산정하도록 규정하고 있고, 원고는 합리적인 방법에 의하여 이 사건 각 사업의 간접비를 추정하였으므로, 설령 그 예측치가 사후적으로 실 제의 지출액과 달라졌다고 하여 조세부과처분의 대상이 될 수 없다. 피고가 이 사건 처분을 하면서 직접비는 당초의 원고 예측치를 그대로 사용하고 간접비만을 실제 지출 분으로 조정하여 작업진행률을 재계산한 것은 기간손익의 왜곡을 발생시켜 부당하다. 또한 신고된 법인세 과세표준이 적절한지 여부는 납세의무자인 법인을 기준으로 판단 되어야 하는 것이므로 이 사건 각 사업의 작업진행률을 각기 별도로 계산하여 그 수 익·비용을 재계산한 것은 각 사업연도소득 계산의 기본원칙에 반한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 1 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 인정사실 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5, 6호증, 을 제3 내지 5호증의 각 기재에 변론 전 체의 취지를 보태어 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

• 가) 원고가 당초 이 사건 각 사업에 소요될 간접비와 직접비를 추정하여 이 를 합한 총공사예정비로 계산한 작업진행률과 피고가 이 사건 각 사업에 실제로 투입 된 간접비와 원고가 추정한 직접비를 합한 총공사예정비로 각 사업연도의 작업진행률 을 재계산한 내역은 별지 2 기재 표 해당란 각 기재와 같다.
• 나) 원고가 추정하였던 이 사건 각 사업의 간접비는 공사현장 관리감독업무 를 하는 원고 소속 직원의 인건비, 복리후생비, 기타관리비로 대부분 구성되고, 그 비 용이 이 사건 각 사업연도 동안 거의 일정하게 지출되었으나, 원고는 이 사건 각 사업 의 간접비를 추정할 당시 실제 지출될 비용을 토대로 추정하지 아니하였다. 원고는 최 초 사업연도 이후에도 원고가 추정한 간접비와 실제 발생액의 차이를 반영하지 아니하 다가 마지막 사업연도에 이르러서야 간접비를 실제 발생한 액수로 조정하였다.
• 다) 원고는 원고에 대한 세무조사 당시 간접비 추정근거를 제대로 제시하지 못하였고, 원고의 사장은 2014. 1. 10. ‘이 사건 각 사업의 총공사예정원가 중 간접비를 과다하게 추정한 사실이 있고, 이는 사업시행에 있어 예산금액의 범위를 초과하지 않는 범위 내에서 공사를 완공하는 것이 예산을 초과하여 사업을 진행하는 것보다 상대적으로 업무 수행 및 평가에 유리하여 간접비 예정금액을 실발생 금액보다 과다하게 추정한 것임을 확인한다‘는 취지의 확인서를 작성하였다.

2. 작업진행률 재계산의 적법 여부 위 인정사실에다가 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 아 래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 각 사업별로 실제 투입된 간접비 를 가지고 작업진행률을 재계산하고 그에 따른 수익금액을 익금에 산입한 것은 적법하 고, 원고의 주장은 이유 없다. 가) 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제69조 제2항 및 법인세법 시행규칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제138호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’이라 한다)제34조는 건설 착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 경우 그 기간 동안의 손익의 귀속과 관련하여 당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비누적액을 총공사예정비로 나누어 산출한 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하고, 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 당해 사업연도 말까지의 변동 상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 하도록 규정하고 있다. 한편, 기업회계기준 제12호 문단 31은 ‘총공사예정원가를 정확히 계산하기 위해서는 건설공사를 완료하기 위해 추가적으로 소요될 공사예정원가를 적절히 추정하여야 한다’고 규정하고, 같은 문단 34는 ‘공사진행률은 실제공사비 발생액을 토지의 취득원가와 자본화대상 금융비용 등을 제외한 총공사예정원가로 나눈 비율로 계산함을 원칙으로 한다’고 규정하고 있다. 기업회계기준 제12호 문단 31과 관련한 실무지침은 아래 표 기재와 같다. 『A30. 문단31의 공사예정원가를 적절히 추정하기 위하여는 다음과 같은 제도와 절차를 취하여야한다(문단31). ㈎ 실제발생원가와 추정원가를 정기적으로 비교하기 위하여 원가회계시스템과 연계된 조직적이고 일관성있는 추정절차를 사용한다. ㈏ 공사예정원가를 추정함에 있어서 모든 중요한 원가구성요소들의 수량과 가격을 파악해야 한다. ㈐ 공사예정원가를 추정할 때는 실제발생원가에 포함된 모든 원가구성요소들을 포함하고, 예상되는 가격인상을 반영하여야 한다. ㈑ 공사예정원가를 추정할 때는 임금과 가격상승 효과를 고려해야 하며, 특히 공사기간이 장기인 경우에 더욱 그러하다. 예상되는 원가상승은, 과거의 경험이나 기타 관련자료를 이용하여 계산한 비율이나 통계치를 근거로 하여 인건비, 재료비, 그리고 간접비 등의 각각에 대해 구체적으로 추정한다. ㈒ 공사예정원가의 추정은 매기 재검토하여야 하며 새로운 정보를 적절히 반영하여 수정한다(SOP 81-1 문단78).』

• 나) 위 각 규정의 취지는 공사가 여러 회계기간에 걸쳐 이루어지는 장기도 급계약에 있어서도 권리의무확정주의를 엄격히 적용하면 공사가 완성되어 인도될 때까 지 수익을 계상하지 않고 있다가 공사가 완성된 때 일시에 거액의 수익을 계상하게 되 기 때문에 기간수익이 불균형적으로 나타나는 불합리한 결과를 가져오게 되는 경우가 있으므로, 이러한 불합리한 점을 제거하기 위함이다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누 3469 판결 등 참조).
• 다) 위 각 규정을 종합하여 보면, 기업회계기준에 따라 공사원가를 구성하 는 각 항목별로 구분하여 합리적으로 추정한 총공사예정비를 바탕으로 작업진행률을 계산하는 것이 기간손익의 왜곡을 방지하려는 입법취지에 부합한다고 봄이 상당하다.
• 라) 원고는 9블록건설사업의 경우 설계보상비, 감리비, 시설부대비, 학교용 지부담금, 일반관리비에 관하여 지방자치단체 입찰 및 계약집행 기준(2007. 3. 27. 행 정자치부 예규 제234호로 개정된 것), 원고가 지방자치단체 예산편성 운영 기준 및 기 금운용계획 수립기준에 따라 자체적으로 마련한 2007년도 예산편성지침, 학교용지확보 등에 관한 특례법(2009. 5. 28. 법률 제9743호로 개정되기 전의 것) 규정, 다른 주택단지 건설공사에서 일반관리비 산정에 이용한 비율 등을 참조하였고, 남대전물류단지사업의 경우, 직접인건비, 판매비·일반관리비를 공공택지 조성원가 산정기준 및 적용방법(건설교통부고시), 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙, 지방자치단체를당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 규정을 참조하여 합리적으로 간접비를 산출하였다고 주장한다. 그러나 이 사건 각 사업의 간접비는 거의 원고 직원들의 인건비, 복리후생비, 기타관리비로 구성되어 있었음에도 원고가 위와 같이 간접비를 산출한 근거가 명확하지 아니하다. 또한 원고가 최초로 추정한 간접비는 실제 발생한 간접비에 대비하여 3~4배에 달한다.
• 마) 더욱이 원고는 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 원가를 기준으로 작업진행률을 산정하여야 하나 원고는 각 사업연도마다 간접 비가 큰 변동없이 발생하고 있음에도 불구하고 공사완료 전까지 공사 초기에 추정한 간접비를 기준으로 계속하여 작업진행률을 산정하였다.
• 바) 원고가 총공사예정비를 합리적으로 추정하지 아니하였다고 판단한 피고 가 작업진행률을 재계산함에 있어 직접비는 합리적인 절차에 따라 추정되었다는 전제 하에 그 예측치를, 간접비는 실제 발생한 원가를 이용하여 작업진행률을 재계산하여 수익금액을 다시 계산한 것은 정당하다. 원고는 이에 대하여 피고가 직접비는 추정치 를 이용하고 간접비는 실제 비용을 가지고 작업진행률을 계산한 것은 기간 손익의 왜 곡을 발생시켜 부당하다고 주장하나, 원고의 주장과 같이 원고의 2008 내지 2010 사업연도의 공사수익을 계산하더라도 그 금액이 피고가 경정한 금액을 초과하므로 원고의 위 주장을 받아들이기는 어렵다.
• 사) 이 사건 각 사업의 작업진행률을 각기 별도로 계산하여 그 수익·비용을 재계산한 점에 관하여 보면, 기업회계기준서 제12호 문단 9는 ‘이 기준서는 공사계약별로 적용함을 원칙으로 한다’고 규정하고 있고, 이 사건 각 사업은 기업회계기준서 제12호 문단 11에서 복수계약 전체를 단일 건설형 공사계약으로 보는 ‘㈎ 복수의 계약이 일괄적으로 협상된다. ㈏ 설계, 기술, 기능 또는 최종용도에서 복수의 계약이 상호 밀접하게 연관되어 사실상 단일 목표이윤을 추구하는 하나의 프로젝트가 된다. ㈐ 복수의 계약이 동시에 진행되거나 연쇄적으로 이행된다’는 요건에도 해당하지 않으므로, 원고를 기준으로 그가 수행한 공사들의 합계액으로 작업진행률을 산정할 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 각 사업의 작업진행률을 각기 별도로 계산하여 그 수익·비용을 재계산한 것은 정당하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. (별지 1) 관계 법령 ■ 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조 (손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조 (기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. ■ 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)

① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제2항의 규정은 건설등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. ■ 법인세법 시행규칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제138호로 개정되기 전의 것) 제34조 (작업진행률의 계산등)

① 영 제69조제2항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 작업진행률 = 해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 ─────────────────────── 총공사예정비

2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

당해사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조제2항 단서에서 "기획재정부령이 정하는 경우"라 함은 법인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.