부가가치세 및 법인세 부과처분취소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2012. 12. 3. 원고에 대하여 한 2010년 제1기 부가가치세 25,667,560원의 부과처분, 2013. 5. 2. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 44,884,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2001. 5. 15. 설립되어 컴퓨터 및 주변기기 판매업을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 2010. 7.경 사무기기 및 전산기기 도소매업을 영위하는 주식회사 OO과(이하 ‘OO과’라 한다)와의 사이에 2010. 2. 1.자로 ‘인터넷 데이터 센터(Internet Data Center, 이하 ’IDC‘라 한다)1) 구축 및 클라우드 컴퓨팅 솔루션 구축 컨설팅 용역(이하 ’이 사건 용역‘이라 한다)계약서‘를 작성하고, OO과로부터 이 사건 용역대금 명목으로 공급가액 138,200,000원(부가가치세 포함 152,020,000원)의 2010. 6. 11.자 세금계산서와 공급가액 -200,000(부가가치세 포함 -220,000원)의 2010. 7. 1.자 세금계산서를 각 교부받았다[그로써 원고는 이 사건 용역 대금으로 합계 138,000,000원(부가가치세 포함151,800,000원)의 세금 계산서를 수취하였다. 이하 이들 세금계산서를 일괄하여 ’이 사건 세금계산서‘라 하고, 위 138,000,000원을 이 사건 용역대금이라 한다].
• 다. 원고는 이 사건 용역대금에 대한 부가가치세를 매입세액으로 공제하여 2010년제1기 부가가치세를 신고납부하고, 이 사건 용역대금을 손금에 산입하여 2010 사업연도 법인세를 신고납부하였다.
• 라. OO세무서장은 2011. 7. 27.부터 2011. 10. 26.까지 OO과에 대한 세무조사를실시하고, oo가 2010년 부가가치세 과세기간 동안 발행한 세금계산서의 88.6%(제1기 82.4%, 제2기 100%)가 실물거래 없이 발행되었다고 판단하고는, 그 사실을 피고에게 통보하였다.
• 마. 피고는 이 사건 세금계산서가 실질거래 없이 발행된 것으로 보아 부가가치세법상 매입세액 공제를 인정하지 않고, 아울러 이 사건 용역대금이 법인세법상 손금에 해당하지 않는다고 하여, 아래 표와 같이 2013. 12. 3. 원고에게 2010년 제1기 부가가치세 25,667,560원을 경정·고지하였고(이하 ‘이 사건 부가가치세 경정처분’이라 한다), 2010 사업연도 법인세에 대하여 2012. 12. 3. 34,885,670원을, 2013. 5. 2. 9,998,330원을 각 경정·고지함으로써 합계 44,884,000원을 경정․고지하였다(이하 2013. 5. 2.까지이루어진 44,884,000원의 증액경정처분을 ‘이 사건 법인세 경정처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2013. 2. 26. 이의신청을 거쳐 2013. 6. 19. 조세심판원에심판청구를 하였으나, 2013. 11. 15. 기각되었다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 이양훈의 일부 증언, 변론 전체의취지

• 가. 원고의 주장 원고는 OO과의 대표이사인 kkk의 소개로 주식회사 ppp디스트리뷰션(이하‘ppp’라고만 한다)에 서버(Blade)와 스토리지(NetApp FAS2040A)(이하 ‘이 사건 장비’라 한다)를 2억 5천만 원(부가가치세 포함 2억 7,500만 원)에 납품하기로 하면서, oo과에 그 납품계약의 알선 및 계약에 따른 납품이 원활하게 이루어지도록 하는 컨설팅 용역 업무를 의뢰하고 그 대가로 이 사건 용역대금을 지급하기로 약정하였으며, 이에 따라 2010. 6. 11. oo과로부터 이 사건 세금계산서를 수취한 후 2010. 7. 20. 이 사건 용역대금을 oo과에 지급하였다. 따라서 이 사건 세금계산서는 실제로 용역을 제공받고 발행된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않고 이 사건 용역대금 또한 업무와 관련이 있는 비용으로서 법인세법상 손금에 해당하므로, 피고가 실질거래가 없음을 전제로 하여 이 사건 부가가치세 및 법인세 경정처분을 한 것은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 부가가치세 경정처분의 적법 여부

• 가) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제17조제2항 제2호는 “세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617판결 참조). 한편 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, oo과의 대표이사 kkk이 그 직원인 이승엽과 공모하여 2010.

6. 11. 원고에게 138,200,000원의 허위의 매출세금계산서를 발급한 것을 비롯하여 총 6장의 허위 매출세금계산서(공급가액 합계 948,000,000원 상당)를 발급하였다는 범죄사실로 징역 10월의 유죄판결을 받은 사실[서울중앙지방법원 2012. 8. 16. 선고 2012고단126, 3000(병합)]은 이 법원에 현저하고, 앞서 채택한 증거들 및 갑 제21, 22호증(각가지번호 포함), 을 제6, 7호증의 각 기재에 의하면 다음 사실을 인정할 수 있다.

① oo과는 2005. 1. 27. 개업하여 2010. 7. 31. 폐업한 업체로서, 2009년 이후대표이사 kkk과 직원 이승엽 등 2명으로 구성되어 있었다.

② 세무조사과정에서 kkk은, 원고와의 이 사건 용역계약 및 이 사건 세금계 산서가 허위냐는 질문에 “예. 그런 용역을 제공한 사실이 없습니다. 위에서 이야기 했듯이 그런 사유로 발행된 가공거래입니다.”라고 답변하였다.

③ 이 사건 용역계약상 kkk이 제공하기로 한 용역은 ‘IDC 운영 및 클라우드 컴퓨팅 구축을 위한 컨설팅용역’이고, 계약기간은 2010. 2. 1. ~ 2010. 5. 31.이며, 원고가 oo과에 이 사건 용역대금을 지급한 날은 2010. 7. 20.이다. 그런데 원고는 2010.7. 13.에서야 ppp에 납품한 장비 중 스토리지(NetApp FAS2040A)를 네덜란드의 넷앱(NetApp)사로부터 수입하였고, 2010. 8. 18.에서야 서버(Blade)를 주식회사 제이엔테크놀로지로부터 납품받았으며, 이 사건 장비를 원고가 ppp에 납품한 시기는 2010.8. 19.로 되어 있다. 사정이 이와 같다면, kkk이 원고에게 IDC 운영 및 클라우드컴퓨팅 구축을 위한 컨설팅용역을 제공하였다고 보기 어려우므로, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이허위로 작성되었음이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이다.

• 다) 이에 대하여 원고는 kkk도 세무조사당시에 원고와 이 사건 용역 거래가 있었음을 인정하는 취지의 진술을 한 사실이 있고 실제 원고와 kkk간의 메일 내용을 보더라도 oo과가 원고를 위해 용역을 제공한 사실은 분명히 존재한다고 주장한다. 살피건대, 갑 제11, 12, 20호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제7호증의 각 기재에 의하면, ① 세무조사 당시 kkk이 원고와의 이 사건 용역 거래는 어떤 거래냐는 질문에, “실제는 원고의 물건을 비싸게 팔게 해 준 건이 있습니다. 그 당시이 거래에 대한 일부 차익은 원고가 갖고 나머지는 우리 자금으로 활용하고자 차익을 수령하였는데, 그 관계를 만들어 두려고 세금계산서를 발행한 것입니다.”라고 답변한 사실, ② oo과의 kkk과 원고의 ddd 사이, ddd과 ppp 및 제이엔테크놀로지 사이 및 kkk과 ppp 및 제이엔테크놀로지 사이에 이메일이 오고 가고, 그 이메일 내용 중에는 “장비를 입고한다”는 내용의 기재가 있는 사실, ③ 이 사건 용역대금151,800,000원(부가가치세 포함)은 2010. 7. 20. oo과의 신한은행 통장에 입금되었는데, 같은 날 그 중 51,800,000원은 김혜민(kkk의 딸)의 외환은행 통장(kkk이 관리하는 통장이다)으로 이체된 후 2010. 7. 20.부터 2010. 8. 25.까지 사이에 수십회에 결쳐 소액으로 인출된 사실을 각 인정할 수 있기는 하다. 그러나 앞서 채택한 증거들 및 갑 제11 내지 20호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실에 비추어 보면, 위 인정사실만으로는 대금을 250,000,000원(부가가치세 별도)으로 하는 원고와 ppp 사이에 이 사건장비의 납품 거래 및 원고와 oo과 사이에 대금을 138,000,000원(부가가치세 별도)으로 하는 이 사건 용역 거래가 실제로 있었다고 보기는 부족하고(kkk이 ppp에 이사건 장비를 직접 납품한 것이고 위 대금은 허위가 아닌가 하는 의심이 든다), 이에 부합하는 증인 kkk과 ddd의 각 증언은 이를 믿지 아니하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① oo과의 kkk은 2010. 7. 6. 원고의 직원 ddd에게 “첨부된 내역으로 이시스에 매출을 해야 한다. 금액은 2억5천만 원(부가세별도), 매입금액은 서버가 7천만 원,스토리지는 한국넷앱의 이창원 이사가 정해주는 금액을 빼고, 원고 마진 10%를 제외한 나머지 금액을 oo과가 세금계산서 발행하여 지급하여 주면 된다. 내일 중에는 처리 를 완료하여야 하고 장비는 공급을 해 주면 된다”는 내용의 이메일을 보냈다.

② kkk은 2010. 7. 8. 다시 ddd에게 “원고에 공급자는 ooo테크놀로지이다. 견적서 및 통장사본 받으시고 납품 직후 바로 입금바란다. 공급금액은 58,800,000원(부가세 별도)”라는 내용으로 각 이메일을 보냈고, ddd은 같은 날 ooo테크놀로지에 “견적일자는 6. 3.자로 해주고, 견적금액은 58,800,000원이다. 계산서 날짜는 6.28.로 보내주고, 견적서 오면 발주서를 6. 10.자로 보내겠다”는 내용으로 이메일을 보냈다.

③ kkk은 2010. 7. 8. ddd에게 이 사건 세금계산서, 이 사건 용역계약서, 원고가 ppp에 보낼 견적서 등을 이메일로 송부하였다. ddd은 2010. 7. 9. kkk에게 “납품은 언제해야 하는지 알려달라”는 내용의 이메일을 보냈다.

④ kkk은 2010. 7. 9. ddd에게 “ppp에다가 견적서 하단부에 ‘상기 물품을

6. 30.자로 계산서 발행하였으며 당사에게 보관중임을 확인합니다’라고 기술하여 보내 달라. 장비입고일자는 알려주겠다. 서버업체에서 계산서를 7월초에 발행해도 되는지 묻는다. 그래도 되는가”라는 내용의 이메일은 보냈다.

⑤ ddd은 2010. 7. 9. ppp에 “oo과건 견적서 다시 보내니, 계산서 승인해 주고, 발주서를 보내달라”는 내용의 이메일을 보내고, kkk에게는 “금일중으로 이시스에서 계산서 승인을 해야 하고, 전자세금계산서는 6. 30.자 승인이 금일까지 완료되어야 한다. 서버 매입 관련해서는 계산서 발행을 7. 1. 또는 7. 2.로 부탁한다”는 내용의 이메일을 보냈다.

⑥ kkk은 2010. 7. 21. ddd에게 “지난 번 보낸 세금계산서가 빠진 글씨가 있어서 다시 보낸다. ‘용역’인데 ‘역’자를 뺏다. 이것으로 철해 달라. 계약서는 날인해서우편으로 보내달라”는 내용으로 이메일을 보냈다.

⑦ ddd은 2010. 7. 22. kkk에게 “현재 ppp에서 원고로 발주서를 보내지 않았다. 발주서를 꼭 팩스나 메일로 보내달라”는 내용으로 이메일을 보냈다.

⑧ 원고가 ppp에게 납품한 이 사건 장비 중 넷앱사의 스토리지(NetApp FAS2040A)의 수입가는 약 8,880달러에 불과함에도(FAS2040-R5 6,195달러 +CS-S-SSP-4D 2,684달러) 원고가 ppp에 보낸 견적서상의 납품가는 총 69,790,000원에 이르고, ooo테크놀로지의 원고에 대한 서버(Blade)의 납품가는 58,800,000원임에도 원고가 ppp에 보낸 견적서상 서버의 납품가는 180,210,000원에 이른다.

⑨ 원고가 ppp에 납품한 이 사건 장비의 납품가 250,000,000원(부가가치세 별도)는 넷앱사의 스토리지 27,650,000원, ooo테크놀로지의 서버 58,800,000원, oo과의 컨설팅용역 138,000,000원으로 구성되어 있다.

• 라) 따라서 이 사건 세금계산서는 실제로 용역 거래 없이 발행된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 이를 이유로 피고가 이 사건 부가가치세 경정처분을 한 것은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2. 법인세 경정처분의 적법 여부 이 사건 용역 거래가 실제로 존재하지 않았음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 용역대금은 업무와 관련 없는 비용이어서, 법인세법상 손금에 해당하지 않는다.따라서 같은 취지에서 피고가 이 사건 용역대금을 익금에 산입하고 이 사건 법인세 경정처분을 한 것은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장 역시 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 각 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.