중소기업유예중인 기업이 새로 도입된 관계회사제도에 의해 유예기업에서 제외될 수는 없음

사 건 2014구합3176 법인세부과처분취소 원 고 ◯◯◯◯ 주식회사 피 고 ◯◯세무서장 변 론 종 결

2014. 11. 19. 판 결 선 고

2015. 01. 14.

1. 피고가 2013. 10. 15. 원고에 대하여 한 2012년도 법인세 824,367,060원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 자동차부품 제조업을 영위하는 자본금 48억 원의 법인으로서, 2009 사업연도에 860억 원(반올림하였다. 이하 같다)의 매출액을 달성하고, 2010 사업연도에 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하‘구법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 단서에 따라 중소기업에서 제외되는 매출액 기준인 1,000억 원 이상을 초과하여 1,018억 원의 매출액을 달성하였으며, 2011 사업연도에는 1,218억 원, 2012 사업연도에는 1,235억 원의 매출액을 달성하였다.
• 나. 원고는 2013. 3. 31. 2012년 귀속 법인세를 신고하면서 그 과세표준액을 6,277,928,702원, 그 산출세액을 1,235,585,740원으로 각 산출하고, 구 조세특례제한법시행령(2012. 12. 28. 대통령령 24271호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정법 시행령’이라한다) 제2조 제2항 본문에 따라 “원고가 2010 사업연도에 그 규모의 확대 등으로 매출액이 1,000억 원 이상이 되어 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 2010 사업연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 중소기업 유예기간(이하 ‘유예기간’이라고만 한다)을 적용받는다”는 이유로, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조, 개정법 시행령 제9조 등 중소기업관련 세액공제를 적용하여, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제로 1,028,706,434원, 외국 납부세액에 대한 세액공제로 16,105,526원, 합계 1,044,811,960원을 공제하고, 총 납부세액을 190,773,780원(= 산출세액 1,235,585,740원 - 세액공제1,044,811,960원)으로 신고․납부하였다.
• 다. AA지방국세청장은 2013. 7.경 “원고가 2008년경부터 주식회사 BBBB(이하 ‘BBBB’이라 한다)의 주식 48.15%를 보유하고 있었는데, 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되고 2012. 1. 1.부터 시행된 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항제3호 소정의 ‘관계회사제도’로 인하여 원고는 2012. 1. 1.부터 유예기간을 적용받을 수없어 중소기업이 아니게 되었다”고 판단하고는, 피고에게 원고로부터 중소기업 관련세액공제를 적용하여 과다 공제받은 연구·인력개발비에 대한 법인세를 추징하도록 과세자료를 통보하였다.
• 라. 이에 따라 피고는 2013. 10. 15. “원고가 개정법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호소정의 중소기업 독립성 기준 위배하여 중소기업 관련 세액공제를 받았다”는 이유로, 원고에 대하여 기 공제받은 세액공제 중 791,311,140원을 경정하고 여기에 미납부가산세 33,055,920원을 더하여 2012 사업연도 법인세로 합계 824,367,060원을 증액경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고가 이에 불복하여 2014. 1. 8. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2014. 5.13. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 개정법 시행령 제2조 제2항 단서, 제3호(이하 ‘이 사건 쟁점규정’이라 한다)는 “‘중소기업’이 같은 조 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”에만 적용될 뿐이고, “‘개정법 시행령 제2조 제2항 단서 각 호외의 다른 사유로 이미 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업으로서 유예기간을 적용받고 있는 기업’이 다시 같은 조 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당하는 경우”에까지 적용되는 것은 아니다. 이 사건에서 원고는 2010 사업연도에 최초로 매출액이 1천억 원을 초과하여 구법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 2010 사업연도부터 2013 사업연도까지 중소기업유예기간을 적용받고 있던 기업이다. 따라서 원고에게는 이 사건 쟁점규정이 적용될 수 없고, 그럼에도 피고가 이 사건 쟁점규정을 적용하여 원고에게 이 사건 처분을 한 것은 법리를 오해한 것이어서 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조). 개정법 시행령은 제2조 제1항 본문에서 같은 항 각 호의 요건을 모두 갖춘 본문소정의 기업(같은 항 단서에 해당하는 기업은 제외한다)을 ‘대통령령으로 정하는 중소기업’으로 정의한 후, 제2조 제2항 본문에서 ‘중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 각호 외의 부분 단서에 해당하게 되거나 제1항 제1호의 기준을 초과함에 따라 제1항의 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때’에도 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 이를 중소기업으로 보아 조세특례를 연장하여 주되, 다만 단서에서 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우(제1호), 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우(제2호) 및 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우(제3호, 이 사건 쟁점규정이다) 등 제2조 제2항 각 호가 정하는 사유로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있다. 나아가 개정법 시행령 제2조 제5항은 “제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 …… 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다”고 규정하여 조세특례를 연장하여 주고 있다. 한편 개정법 시행령 제2조 제1항 제3호는 중소기업에 해당하기 위한 요건으로서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합하여야 할 것’을 들고 있는데, 같은 호 후문으로 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "개정법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다고 규정하고 있고, 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제2호는 중소기업의 요건의 하나로 ‘소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업’을 들면서, 다목에서 ‘관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업’을 들고 있으므로, 개정법 시행령 제2조 제1항 제3호는 ‘실질적인 독립성이 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 에 따라 관계기업과 합산하여 산정한 상시근로자수등이 개정법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준 즉, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억 원 이상, 매출액이 1천억 원 이상 또는 자산총액이 5천억 원 이상인 경우에 해당하지 아니하는 기업일 것’으로 해석된다. 다른 한편 구 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호 에 의하면, 관계기업이란 “주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단”을 의미하는데, 같은 시행령 제3조의2 제1항 본문은 “지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 ”지배기업“이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 ”종속기업“이라 한다) 의 관계를 말한다”고 규정하면서, 제1호로 ‘지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우’를 들고 있다. 이러한 관련 규정의 내용 및 형식 등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건쟁점규정은 “개정법 시행령 제2조 제1항 본문에 해당하는 중소기업이 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 에 해당하는 관계기업에 속하는 기업이어서 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 에 따라 관계기업과 합산하여 산정한 상시근로자수등이 개정법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준 즉, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억 원 이상, 매출액이 1천억 원 이상 또는 자산총액이 5천억 원 이상인 경우에 해당하게 됨으로써 비로소 제2조 제1항 본문의 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다”는 의미로 해석함이 타당하고, 그 문언의 객관적인 의미를 벗어나서 “개정법 시행령 제2조 제1항 본문의 중소기업이 아닌 기업으로서 같은 조 제2항 본문에 따라 이미 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 에 해당하는 관계기업에 속하는 기업이어서 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 에 따라 관계기업과 합산하여 산정한 결과 그 상시근로자수등이 개정법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하게 된 때에도 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다”는 의미로 해석하여 이미 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 규정으로 볼 것은 아니다. 위 법리에 따라 이 사건에서 보건대, 원고는 2010 사업연도에 매출액 1,000억 원을 초과하여 2010 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받고 있었고 2012 사업연도에 비로소 관계기업과 합산하여 산정한 상시근로자수등이 개정법 시행령 제2조 제1항 각호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하게 된 것이 아니므로, 원고에게는 이 사건 쟁점규정을 적용하여 개정법 시행령 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예기간의 적용을 배제할 수 없다. 따라서 이와 달리 이 사건 쟁점규정을 적용하여 원고에게 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ■ 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위)

① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29>

중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.[시행일:2012.1.1] 제2조제1항제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단 ■ 구 중소기업기본법(2014. 1. 14. 법률 제12240호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업자의 범위)

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

• 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는기준에 맞을 것
• 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2. 사회적기업 육성법 제2조제1호 에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. ■ 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의)

3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위)

① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금,매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의2(지배 또는 종속의 관계)

① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제15항 에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

• 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인
• 나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 다른 국내기업의 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 기업과 그 다른 국내기업은 제1항에 따른 지배기업과 종속기업의 관계로 보지 아니한다.

1. 중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자회사

2. 여신전문금융업법에 따른 신기술금융사업자

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 신기술창업전문회사

4. 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력기술지주회사

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자 끝.