원고가 지방이전을 하기 전에 특수관계법인이 지방에서 사업을 영위하고 있는 거래처를 인수하는 것은 사실상 사업양수에 해당되고, 조특법 제63조의2의 입법취지는 수도권과밀화를 억제하는데 있는 바, 기왕에 지방에서 사업을 영위하고 있는 특수관계법인의 거래처를 인수하는 것은 본사 지방이전에 해당한다고 할 수 없어 감면을 배제하는 것은 타당함
원고가 지방이전을 하기 전에 특수관계법인이 지방에서 사업을 영위하고 있는 거래처를 인수하는 것은 사실상 사업양수에 해당되고, 조특법 제63조의2의 입법취지는 수도권과밀화를 억제하는데 있는 바, 기왕에 지방에서 사업을 영위하고 있는 특수관계법인의 거래처를 인수하는 것은 본사 지방이전에 해당한다고 할 수 없어 감면을 배제하는 것은 타당함
사 건 대전지방법원 2014구합104642 법인세부과처분취소 원 고 00000약품 피 고 00세무서장 변 론 종 결 2015.12.09. 판 결 선 고 2016.01.13.
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분 및 2011 사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
1. 원고는 1991. 3. 7. 의약품도매업을 주목적으로 설립된 법인으로, 2010. 2. 10.본점소재지를 ‘서울 000구 00로 000 (00동)’에서 ‘천안시 00구 00로 000(00동, 000 1층)’으로 이전하면서 상호를 ‘주식회사 00000’에서 현재 상호인‘주식회사 #####’으로 변경하였다.
2. 원고와 특수관계에 있는 의약품 도소매 법인의 현황은 아래와 같다. -표생략-
1. 주식회사 △△△△(이하 ‘△△△△’이라 한다)은 2004. 1. 3. 본점을 ‘서울 00구 00동 00-0’에서 ‘대전 00구 00동 00’로 이전하였다.
2. △△△△은 본사 이전 당시 수도권에 소재한 약국 등의 거래처는 서울에 본점을 두고 있던 원고에게 인계하고, 학교법인 00대학병원(대전 00구 소재), 의료법인 00병원(서울 00구 소재), 00 00약국(대전 00구 소재), 00약국(서울 00구 소재),00약품(대전 00구 소재, 이하 위 5개 업체를 ‘쟁점 거래처’라 한다) 등 일부 대형고정거래처를 유지하면서 2004년부터 2010년까지 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것) 제63조의2에 의거 본사 지방이전에 따른 법인세 000억 원을 감면받았다.
3. △△△△은 2010. 3.경 00에 위치한 학교법인 00학원과 00원이 운영하는 병원에 약품을 납품하기로 협약을 체결하였으나 위 협약은 파기되었고, 현재 △△△△의 본점 소재지는 ‘대전 00구 00로 00 (00동)’이다.
1. 원고는 2009. 5. 21. 주식회사 000네트웍스에게 매출의 대부분을 차지하는 약국영업부문(2009. 5. 31. 기준 원고의 약국영업에 관련된 매출채권, 거래처와의 계약관계 및 근로관계)을 000억여 원에 매각하였고, 2010. 2. 10. 본점을 서울 00구에서 천안시로 이전하면서 수도권 소재 약국 등의 거래처 일부는 주식회사 ■■약품(이하 ‘■■약품’이라 한다)에게 인계하고, △△△△으로부터 쟁점 거래처를 인수 하였다. 위와 같은 거래처 인수과정에서 원고, ■■약품, △△△△ 사이에 대가가 지급된 적은 없다.
2. 원고의 본사 이전으로 원고 직원 21명이 2010. 1.경, 같은 5명이 2010. 2.경 각 원고를 퇴사하고 특수관계법인인 ■■약품에 재입사하였으며, 특수관계법인인 △△△△에 근무하던 직원 7명은 △△△△을 퇴사한 후 원고에 재입사하였다.
3. 원고는 구 조세특례제한법(2010. 12. 20. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것,이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제63조의2의 지방이전 본사에 대한 세액감면 규정에 따라 아래 표와 같은 계산 하에 2010 사업연도에 000원을, 2011년 사업연도에 000aaaa원을 감면세액(이하 ‘지방이전 감면세액’이라 한다)으로 하여 각 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
1. 00지방국세청은 2012. 11.경 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, 원고가 특수관계법인인 △△△△으로부터 쟁점 거래처 및 직원을 인계받은 것은 사실상 영업양수에 해당한다고 판단하였다. 이에 따라 ‘법인 본사가 지방으로 이전한 후에 합병 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하는 경우에는 승계 또는 인수한 사업 부분에서 발생한 소득은 감면을 적용하지 아니하고, 감면비율 산정시에도 합병 또는 사업의 양수로 승계한 인원 및 급여는 제외되어야 한다’는 이유로 아래 표와0같은 계산 하에 2010 사업연도 지방이전 감면세액 중 000원(= 000원-000원)을, 2011 사업연도 지방이전 감면세액 중 000원(=000원 - 000원)을 배제하기로 하였다. -표생략
2. 피고는 00지방국세청의 지방이전 감면세액 배제결정을 반영하여, 2013. 1. 2.원고에게 2010 사업연도 법인세 000원(가산세 000원 포함), 2011 사업연도 법인세 000원(가산세 000원 포함)을 경정·고지하였다.
3. 이후 피고는 2011 사업연도에 대해 주식가액 000,000,000원에 관한 손금을 추가로 인정하여 산출세액을 산정한 후 2011 사업연도 지방이전 감면세액을 000원으로 재계산하여, 2011 사업연도 법인세 000원(가산세 000원)을 재경정·고지하였다(이하, 일부 취소되고 남은 위 2013. 1. 2.자 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
1. 감면소득의 범위에 관한 법리오해
2. 감면비율 적용의 오류 설령 △△△△으로부터의 쟁점 거래처 인수가 사업양수에 해당하고 이를 이유로 지방이전 감면세액 배제가 이루어진다고 하더라도, 피고는 감면비율 중 인원비율을 산정함에 있어 2010년 1월 및 2월의 원고 전체 근무인원을 잘못 계산하여 인원비율을 낮게 산정하였고, △△△△ 이직자의 급여액을 제외시킬 법적 근거가 없음에도 이직자 급여를 제외함으로써 급여비율 역시 낮게 산정하였다. 따라서 이 사건 처분에 적용된 감면비율에는 오류가 있으므로, 이 사건 처분은 위법하다.
1. 감면소득의 범위에 관한 법리오해 주장에 관하여
2. 감면비율 적용 오류 주장에 관하여 먼저 2010. 1, 2월의 근무인원을 잘못 계산하였는지 보건대, 원고의 2010. 1.경 근무인원은 총 51명으로 그 중 21명이 중도퇴사하였고, 2010. 2.경 근무인원은 총 17명으로 그 중 5명이 중도퇴사하였음은 앞서 본 바와 같다. 따라서 원고의 1월 법인전체근무인원은 30명, 2월 법인전체 근무인원은 12명이므로, 이에 기초하여 이루어진 피고의 감면비율 중 인원비율(69.73%) 산정은 적법하다. 다음으로, △△△△ 전입자의 급여액을 제외한 것이 적법한지에 관하여 본다. 구 조특법 제63조의2 제3항은 “제2항 제2호를 적용할 때 이전 본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 ‘이전본사’라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.”라고 규정하고 있으므로, 감면비율 계산을 위해 ‘본사 근무인원’을 산정함에 있어서는 지방이전 전부터 수도권 외의 지역에서 본사 업무에 종사하는 근무인원 및 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 근무인원을 제외하여야 한다. 이 사건에서 보건대, △△△△ 전입자들은 대전에 소재한 △△△△에서 근무하던 직원들로서 서울에 소재한 원고에서 근무하던 직원이 아니었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로, △△△△ 전입자들은 ‘지방이전 전부터 수도권 외의 지역에서 본사 업무에 종사하던 근무인원’에 해당하므로 ‘본사 근무인원’에서 제외되어야 한다. 따라서 피고가 감면비율 중 급여비율 산정시 △△△△ 전입자에게 지급한 급여를 제외하고, 이에 기초하여 급여비율을 72.62%로 산정한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [별지] 관계 법령 ■ 구 조세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의)
③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다. 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)
① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.
③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전 본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.
④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.
2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우
⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.
1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우
3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우
5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우
6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 경우
⑧ 제2항에 따라 감면받은 법인세액을 제7항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.
⑩ 제1항부터 제5항까지 및 제7항을 적용하는 경우 기간 계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제143조(구분경리)
① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. ■ 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제63조의2(법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면등)
② 수도권생활지역외 지역이전법인은 다음 각 호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
2. 본사를 이전한 경우에는 당해 사업에서 발생하는 소득(토지 및 건물의 양도차익을 제외한다)에 수도권생활지역외의 지역으로 이전한 본사근무인원의 연간급여총액이 법인전체인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 ■ 구 조세특례제한법 시행령(2010. 9. 20.대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제60조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)
② 법 제63조의2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.
2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것
판결 내용은 붙임과 같습니다.