사업시행자의 사업 또는 보상을 지연시키는 부득이한 사유에 해당하지 않아 양도소득세 감면배제는 적법함.

사 건 대전지방법원 2014구단100087 원 고 성AA 외 1명 피 고 대전세무서장 변 론 종 결

2014. 6. 20. 판 결 선 고

2014. 7. 25.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 피고가 2013. 1. 21. 원고들에 대하여 한 경정청구 거부처분을 모두 취소한다(소장 청 구취지에 기재된 원고 이BB에 대한 경정청구 거부처분의 일자 ‘2013. 1. 23.’은 오기 임이 분명하므로 위와 같이 선해한다).

• 가. 원고 성AA가 소유하던 대전 유성구 □□동 108-4 전 149㎡ 외 6필지와 원고 이BB가 소유하던 같은 동 110 답 1,325㎡ 외 1필지(이하 위 9필지를 모두 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)는 모두 환지되었고, 2012. 10. 3. 원고 성AA는 0000원 의 환지청산금을, 원고 이BB는 0000원의 환지청산금을 각각 교부받았다.
• 나. 2012년 귀속 양도소득세에 대하여 2012. 10. 31. 원고 성AA는 0000원의 예정신고 및 납부를, 원고 이BB는 000원의 예정신고 및 납부를 각각 하였다.
• 다. 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조 세특례제한법’이라 한다) 제69조 제1항에 근거하여 2012. 11. 22. 피고에 대하여 원고 성AA는 0000원의 환급을 구하는 경정청구를, 원고 이BB는 000원의 환급을 구하는 경정청구를 각각 하였다.
• 라. 피고는 2013. 1. 21. 원고들에게 각각 “주거지역으로 편입된 연도가 1998. 1. 14. 로 주거지역 편입 후 3년이 기 경과하여 환지청산금에 관한 조항을 적용할 수 없다”는 이유로 경정청구 거부처분(이하 원고들에 대한 각 거부처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이 라 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) ‘제66조 제4항 제1호 단서 가목’, ‘제66조 제4항 제1호 단서 나목’, ‘제66조 제4항 제2호 단서’ 중 어느 하나에 해당하면 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액은 감면된다.

(2) 원고들은 환지청산금을 받았으므로 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제2 호 단서에 해당한다.

(3) 이 사건 토지상 이루어진 도시개발사업은 외환위기가 극복된 뒤에 본격적으로 추진되어 외환위기와 관련이 없고, 설령 외환위기 및 부동산 경기 침체로 인하여 사업 시행이 지연되었다고 하더라도 사업시행자는 사전에 향후 부동산 경기 전망 등 여러 가지 사정을 충분히 검토하여 사업을 시행하였어야 하므로 사업 또는 보상 지연의 책 임은 사업시행자에게 있다. 따라서 원고들은 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 나목에 해당한다.

(4) 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목은 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 경우에만 감면대상으로 규정하고 있다. 그러나 모법인 조세특례제한법은 토지소유자의 수나 사업시행면적을 기준으로 감면을 하도록 시행령에 위임하지 않았고, 토지소유자 자신의 의지와는 전혀 무관하게 사업시행자의 의사에 따라 정해지는 토지소유자의 수 나 사업시행면적에 따라 감면 여부를 달리 규정하는 것은 토지소유자의 재산권을 중대 하게 제한하는 것으로 헌법이 정한 평등의 원칙이나 재산권 보장에 위배되므로 구 조 세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목 중 위 부분은 법률의 위임이 없 는 무효의 규정이다. 따라서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역 등에 편입된 농지 로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 경우에 해당하면 이 사건과 같이 소규모 사업시행지역 안의 농지가 양도된 경우도 감면대상으로 보는 것이 합리적이다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 각 호 외의 부분은 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 양도소득세 감면 대상으로 정한 “대통령령으로 정하는 토지”에 대하여 규정하면서 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다”고 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문과 제2호 본문 중 어느 하나에 해당하는 것은 양도소득세 감면 대상에서 제외되므로 양도소득세감면 대상이 되는 토지는 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문과 제2호 본문 모두에 해당하지 않아야 한다. 그리고 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목 또는 나목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제1호 본문에서 제외되고, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제2호 단서에 해당하는 경우는 제2호 본문에서 제외되는데, 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있으므로(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조), 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목 또는 나목의 어느 하나에 해당한다는 점, 같은 항 제2호 단서에 해당한다는 점은 감면요건으로서 그 증명책임은 납세의무자에게 있다.

(2) 살피건대, 이 사건 토지가 양도일 현재 광역시에 있는 농지 중 주거지역 안에 있 는 농지로서 주거지역에 편입된 1998. 1. 14.부터 3년이 지난 농지라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목이 정한 “사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우”에 해당한다거나 또는 제1호 단서 나목, 구 조세특례제한법 시행규칙(2012.

12. 31. 기획재정부령 제309호로 개정되기 전의 것) 제27조 제5항이 정한 “사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유”에 해당 한다는 점에 관하여 이를 인정할 증거가 없으므로(오히려 을 4호증의 1의 기재에 의하 면 1998. 1. 14.부터 3년이 훨씬 경과한 2004년 이후가 되어서야 사업시행자가 지정된 사실을 인정할 수 있으므로 3년이 경과한 것에 대하여 사업시행자의 책임이 인정될 여지가 없다), 이 사건 토지는 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문에 해당하여 양도소득세 감면 대상이 되는 토지에서 제외된다. (원고들은 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 가목 중 “사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인” 부분의 무효를 주장하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 가목이 정한 “사업시행자 의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우” 에 해당한다는 점에 관하여 이를 인정할 증거가 없는 이상 원고들은 가목에 해당하지 아니하므로 가목 중 위 부분이 무효임을 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 다툴 수 없다.)

(3) 따라서 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다. 3.결 론 그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.