쟁점법인이 중소기업에 해당하지 아니하며, 대주주 요건에 해당되어 양도소득세 과세대상에 해당됨

사 건 2013구단180 양도소득세부과처분취소 원 고 이○○ 피 고 서대전세무서장 변 론 종 결

2014. 1. 17. 판 결 선 고

2014. 2. 7.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2012. 4. 3. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 3,711,489,652원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2008 사업연도 종료일 현재 주권상장법인인 주식회사 ▲▲소프트(이하 ‘▲▲소프트’라 한다) 주식을 161,214주를 보유하고 있었는데, 2009년에 주식 43,465주를 추가로 매입하여 ▲▲소프트 주식 204,679주(이하 '이 사건 주식‘이라 한다)를 보유 하게 되었고, 원고가 95%의 출자지분을 가지고 있는 주식회사 ◆◆거인(이하 ‘◆◆거인’이라 한다)은 2008 사업연도 종료일 현재 ▲▲소프트 124,331주를 보유하고 있었다.
• 나. 원고는 2009. 1. 1.부터 2009. 5. 13.경까지 이 사건 주식을 양도하였으나 양도소 득세 신고를 하지 않았다.
• 다. 피고는 2012. 4. 3. 이 사건 주식의 각 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연 도(2008년) 종료일 현재 원고와 ◆◆거인이 소유한 ▲▲소프트 주식 합계 285,545주 (161,214주 + 124,331주)의 시가총액이 15,019,667,000원{285,545주 × 52,600원(2008 년 최종 시세가액)}으로 100억 원을 초과함으로써 원고가 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다)상 대주주에 해당하여 양도소득세 과세대상이라고 보고, ▲▲소프트가 중소기업에 해당하지 아니함을 전제로 소득세법 제104조 제1항 제4호 가목의 세율(30%)을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세 3,711,784,610원을 부과하였다.
• 라. 피고는 이 사건 소가 제기된 후 위와 같이 양도소득세를 부과함에 있어 후입선 출법 방식을 적용한 취득가액의 계산에 일부 오류가 있었음을 발견하였고, 이 사건 주 식의 취득가액을 당초 10,593,216,600원에서 10,594,092,900원으로 변경하여 양도소득세를 재산정함에 따라 원고에 대한 위 양도소득세 중 294,958원을 감액하는 경정결정 을 한 다음, 2013. 10. 23. 원고에게 이를 통지하였다(이하 위 2012. 4. 3.자 양도소득 세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 을 1 내지 5, 10 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. ▲▲소프트는 2005년까지 중소기업이었다가 2006년부터 중소기업 기준을 초과하였으므로 이 사건 주식의 각 양도일에 속하는 사업연도의 직전사업연도인 2008년에는 중소기업기본법 제2조 제3항 에 정한 유예기간 중이어서 여전히 중소기업에 해당한다. 그럼에도 이와 달리 ▲▲소프트가 2008 사업연도 종료일 현재 중소기업에 해당하지 않음을 전제로 양도소득세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 원고로서는 원고와 특수관계인인 ◆◆거인의 소유하고 있는 주식의 시가총액 합계가 100억 원 이상이어서 이 사건 주식의 양도가 양도소득세 과세대상이라는 점을 알 수 없었으므로 원고에게 이러한 사정을 모두 파악하여 양도소득세를 신고.납부할 것 을 기대하는 것은 무리라고 할 것이다. 따라서 원고가 양도소득세 신고.납부를 해태 함에 정당한 사유가 있다고 보아야 하므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법뜹 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. ▲▲소프트가 중소기업에 해당하는지 여부 주식에 대한 양도소득세율 적용 시 중소기업인지 여부는 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업 에 해당하는지 여부에 따라 결정되는데{구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제167조의8}, 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘중소기업기본법’이라 한다) 제2조의 위임을 받은 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 중소기업기본법 시행령’이라 한다) 제3조 제1호는 중소기업은 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 [별표 1]의 기준에 맞을 것을 요건으로 규정하고, [별표 1]은 중소기업의 규모기준을 해당 업종별로 분류하여 규정하고 있다{위 해당 업종의 분류 및 분류부호는 통계법 제17조 에 따라 통계청장이 고시(2000. 1. 7.)한 한국표준산업분류(이하 ‘8차 개정 분류’라고 한다)에 따른다고 규정하고 있다. 통계청장은 2007. 12. 28. 제2007-53호로 9차 개정 한국표준산업분류(이하 ‘9차 개정 분류’라 한다)를 확정·고시하였는데, 9차 개정 분류는 2008. 2. 1.부터 시행되었고, 이 사건 각 주식의 양도 당시 시행되고 있던 시행령은 8차 개정 분류를 따르도록 하고 있었다}. 이 사건의 경우, 을 6 내지 9, 13, 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 ▲▲소프트는 게임소프트웨어 제작 및 정보통신 관련 소프트웨어 개발 등을 주된 사업으로 하는 회사로서, 2000 사업연도부터 매출액이 300억원을 초과하고, 2001 사업연도부터 상시근로자수가 300명을 초과한 사실이 인정된다. 이러한 사실에 비추어 볼 때, ▲▲소프트는 8차 개정 분류 기준상 게임소프트웨어 제작업체로서 중소기업기본법 시행령 제3조 [별표 1]의 해당업종 중 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터 운영 관련업(72)에 해당하고, 위 [별표 1]은 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터운영 관 련업의 경우 상시 근로자 수 300명 미만 또는 매출액 300억 원 이하일 때 중소기업에 해당하는 것으로 규정하고 있으므로, 결국 ▲▲소프트는 2001년부터 이미 중소기업 요 건 기준을 초과하였고, 중소기업기본법 제2조 제3항 소정의 유예기간이 경과한 2005년 부터는 중소기업에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 주식의 각 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도(2008년) 종료일 현재 ▲▲소프트가 중소기업에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하므로 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

2. 원고의 양도소득세 신고.납부 불이행에 정당한 사유가 있는지 여부 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납 세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되 지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니 었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자 에게기대하는 것이 무리라고하는 사정이 있을 때 등 그의무해태를 탓할 수 없는 정 당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대 법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조). 이 사건 관계법령에 의하면, 주주와 친족 기타 특수관계에 있는 자의 범위 뿐 아 니라, 주식의 양도일이 속하는 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 특수관계인이 소유 하고 있는 당해 법인의 주식의 시가총액이 100억 원 이상인 경우 주주 및 특수관계인 이 주식을 양도함으로 인하여 발생하는 소득은 양도소득세의 부과대상에 해당함을 명 백하게 규정하고 있는 점, 원고가 소유하고 있는 주식의 시가총액 및 원고와 ◆◆거인 의 관계 등에 비추어 원고가 이 사건 주식의 양도 당시 대주주에 해당하여 양도소득세 과세대상이라는 점을 알 수 없었다거나 원고에게 이러한 점을 파악하여 양도소득세를 납부할 것을 기대하는 것이 무리라고 보기는 어려운 점 등의 사정을 종합하면, 원고들 에게 이 사건 각 주식의 양도에 따른 양도소득세 신고.납부 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.