무효로 되었던 등기를 후에 다시 유용하는 경우에는 최초 등기접수일이 아닌 이후소유권이전의 효력이 발생한 날을 양도시기로 보아야 함

사 건 2013구단1640 양도소득세부과처분취소 원고, 항소인 이AA 피고, 피항소인 대전세무서장 제1심 판 결 변 론 종 결

2013. 12. 13. 판 결 선 고

2014. 1. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2012. 11. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 1,932,400,080원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 〇〇시 〇〇구(이하 ‘〇〇구’라고만 한다)는 2006. 12. 14.경 원고에게, 당시 원고가 소유하고 있던 〇〇시 〇〇구 〇〇동 126-1 전 4,069㎡(이하 '이 사건 토지‘라 한다)를 〇〇구에게 매도할 것을 권유하면서, ’2007년부터 비업무용 토지에 대한 양도소득세가 공시지가가 아닌 실거래가 기준으로 부과된다‘는 취지로 안내하였다.
• 나. 이에 원고는 2006. 12. 22. 〇〇구와 사이에, 원고가 〇〇구에게 이 사건 토지를 대금 4,716,543,330원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약(이하 '이 사건 계약‘이라 한다)을 체결하였다. 위 매매계약에 따라 〇〇구는 원고에게 2006. 12. 22.계약보증금2,840,000,000원을, 2007. 10. 22. 잔금 1,876,543,330원을 각 지급하였고, 원고는 2006.12. 26. 〇〇구에게 이 사건 토지에 관하여 2006. 12. 22.자 공공용지의 협의취 득을 원인으로 한 소유권이전등기(이하 '이 사건 소유권이전등기‘라 한다)를 마쳐주었다.
• 다. 원고는 2007. 2. 22. 이 사건 토지의 위 양도와 관련하여 조세특례제한법 제85조 에 정한 ‘공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례’의 적용대상에 해당하는 것으로 보아 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 산정하여 당시 원고의 주소지 관할 BB세무서에 양도소득세 248,969,810원을 신고․납부하였다.
• 라. 그 후 BB세무서장은 2008. 8월경 감사결과 이 사건 토지가 사업인정고시 없이 당사자 간 계약에 의하여 매매되어 과세특례요건을 갖추지 못하였고 비사업용토지에 해당되므로 실지거래가액으로 산정한 양도소득세를 과세하여야 한다는 지적을 받자, 2008. 8. 28.경 원고에게 위와 같이 과세할 것을 예고통지하였고, 그 후 당시 원고의 주소지를 관할하는 CC세무서장이 2009. 2. 6. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 1,387,115,600원을 경정, 고지하였다.
• 마. 원고는 2009. 1. 9. 〇〇구를 상대로 〇〇중앙지방법원 2009가합〇〇〇〇호 소유권말소등기 등 소송을 제기하여 ‘이 사건 매매계약으로 인한 양도소득세가 공시지가를 기준으로 부과될 것으로 알고 매도하였는데 〇〇구의 설명과 달리 실거래가를 기준으로양도소득세가 부과되었으므로 착오를 이유로 이 사건 매매계약을 취소하고 이 사건 소유권이전등기의 말소를 구한다’는 취지로 주장하였다. 위 소송에서 원고의 청구 및 〇〇구의 동시이행 항변이 받아들여져 ‘〇〇구는 원고로부터 4,716,543,330원을 지급 받음과 동시에 원고에게 이 사건 토지에 관하여 이 사건 소유권이전등기의 말소등기 절차를 이행하라’는 취지의 판결(이하 ‘이 사건 등기말소 판결’이라 한다)이 2009. 8. 21. 선고되어 그 무렵 확정되었다.
• 바. 한편, 원고는 CC세무서장을 상대로 〇〇지방법원 2009구합〇〇〇〇호로 위 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였는데, 〇〇지방법원은 이 사건 등기말소 판결의 취지에 따라 위 양도소득세 부과처분의 근거가 된 이 사건 매매계약이 취소되었음을 이유로 CC세무서장에게 양도소득세 부과처분을 취소하는 것으로 조정권고하였고, CC세무서장은 이를 받아들여 원고가 납부한 양도소득세를 모두 환급하였다.
• 사. 〇〇구는 원고로부터 매매대금을 반환받지 못하자, 원고를 상대로 〇〇중앙지방법원 2009가합□□□□호로 매매대금의 반환을 구하는 소송을 제기하여 승소판결을 받았고, 2011. 6. 2. 위 판결에 기하여 원고 소유의 〇〇 〇〇구 〇〇동 산17-29 임야 1,238㎡(이하 ‘〇〇동 임야’라 한다)에 대하여 강제경매개시결정을 받았다.
• 아. 그 후 원고와 〇〇구는 2011. 9. 1. 대물변제계약(이하 ‘이 사건 대물변제계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다.

• 원고가 〇〇구에게 반환하여야 할 이 사건 토지의 매매대금 4,716,543,330원의 변제에 갈음하여 이 사건 토지의 소유권을 〇〇구에게 이전한다.

• 원고가 〇〇구에게 지급하여야 할 위 매매대금반환채권의 지연손해금 및 이 사건 토지의 매매계약 취소와 관련한 소송비용 및 강제경매신청비용 등 모든 비용에 대한 변제에 갈음하여 원고 소유의 〇〇동 임야의 소유권을 〇〇구에게 이전한다.

• 이 사건 토지에 관하여 대물변제를 원인으로 소유권을 이전함에 있어 이 사건 소유권이전등기를 유용한다.

• 〇〇구는 〇〇동 임야에 대한 소유권이전등기신청과 동시에 원고 소유의 〇〇동 임야에 대한 강제경매 및 채권압류 및 전부명령 신청을 모두 취하한다.

• 본 계약의 이행으로 소유권이 이전되는 이 사건 토지 및 〇〇동 임야에 대한 양도소득세는 원고가 부담하여야 하고 원고는 양도소득세가 부과되는 것을 이유로 본 계약을 취소할 수 없다.

• 자. 이 사건 대물변제계약에 대하여 2012. 2. 25. 〇〇구의회의 승인이 이루어졌고, 〇〇동 임야에 대하여는 2012. 2. 24. ‘2011. 9. 1. 대물변제’를 원인으로 하여 〇〇구 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌다.
• 차. 〇〇지방국세청의 정기종합감사결과 원고가 이 사건 토지의 대물변제에 따른 양도에 대하여 양도소득세를 신고․납부하지 않은 사실이 지적됨에 따라 원고의 주소지를 관할하는 피고는 2012. 11. 1. 이 사건 토지의 양도시기를 2012. 2. 25.로 보아 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 1,932,400,080원을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 8, 10호증, 을 1호증(각 가지번호 포함)의 각기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지의 양도와 관련한 양도소득세의 기준이 되는 양도시기는 이 사건 대물변제계약에 대한 의회승인일이 아니라 〇〇구 앞으로 소유권이전등기가 된 2006. 12. 26.로 보아야 하고, 이와 같이 본다면 이 사건 토지는 당초 〇〇구의 도시관리계획에 따른 문화예술회관건립계획에 의해 매매된 것으로 조세특례제한법 제85조 가 적용되어 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의하여 산정하여야 한다. 그럼에도 이 사건 토지의 양도시기를 이 사건 대물변제계약의 효력이 발생한 날로 보아 실지거래가액으로 양도차익을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 위 인정사실에 의하면 이 사건 소유권이전등기는 원고와 〇〇구 사이의 2006.12. 22.자 이 사건 매매계약에 기한 것으로, 그 매매계약이 원고의 착오를 이유로 취소됨으로써 계약의 효력이 상실되었고, 이에 따라 위 이전등기도 무효의 등기가 되었으므로 그 등기일에 〇〇구가 이 사건 토지를 취득하였다고 볼 수 없다. 〇〇구는 이후 이루어진 이 사건 대물변제계약에 의하여 이 사건 토지를 취득한 것이고, 이 사건 소유권이전등기는 원고와 〇〇구 사이의 ‘무효등기의 유용’ 합의에 따라 위 대물 변제 계약의 공시방법으로 이용된 것이므로 이 사건 대물변제계약의 효력이 발생한 날 비로소 그 등기도 유효해졌다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 토지의 양도시기를 이 사건 대물변제계약의 효력이 발생한 2012. 2. 25.로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

2. 원고는 이 사건 대물변제계약의 효력발생일과 등기접수일이 상이하기 때문에 ‘ 소득세법 제98조 전단의 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 때’에 해당하고, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 의 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우’에 해당하므로 이 사건 소유권이전등기 접수일을 이 사건 토지의 양도시기로 보아 양도소 득세가 산정되어야 한다고 주장하나, 위 소득세법 관련 규정의 ‘소유권이전등기’는 취득에 따른 유효한 소유권이전등기를 의미하는 것이지 이 사건과 같이 일단 무효로 되었던 등기를 후에 다시 유용하는 경우에는 최초 등기접수일을 취득시기로 볼 수 없으므로 위 주장은 받아들이기 어렵다. 따라서 이 사건 토지의 양도시기가 이 사건 소유권이전등기 접수일임을 전제로 한 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.