농업회사법인의 소유 부동산 양도차익은 2006.12.30. 개정전 구 조세특례제한법 제68조에 따라 농업소득외 소득에 해당함

사 건 2012구합456 법인세부과처분취소 원 고 농업회사법인 유한회사 AAAAA 피 고 논산세무서장 변 론 종 결

2012. 5. 30. 판 결 선 고

2012. 6. 27.

1. 피고가 2011. 1. 7. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 000원의 부과 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2005. 1. 20. 병아리 육성 및 채란업， 축산물의 가공과 판매대행에 관한 사업 등을 목적으로 설립되어 현재까지 축산(양계)업을 영위하고 있는 농업회사법인이다.
• 나. 원고는 2006. 2.경 원고가 소유하고 있던 충청남도 연기군 남면 OO리 0 잡종지 4，213㎡외 9필지 및 그 지상 건물(이하 ’이 사건 부동산’이라 한다)을 공공용지 협의취득을 원인으로 하여 한국토지공사에 양도함에 따라 000원의 양도차익(이하 ’이 사건 양도차익’이라 한다)이 발생하였다.
• 다. 원고는 이 사건 양도차익이 구 조세특례제한법 제68조 제1항 에서 정하고 있는 ’농업소득 외의 소득’이라고 보아 2006 사업연도 법인세 신고 당시 산출세액의 50%에 상당한 금액인 000원에 대한 감면을 신청하였다.
• 라. 대전지방국세청장은 원고의 감면 신청에 대하여 검토한 후， 2010. 12. 31. 피고에게 이 사건 양도차익이 조세특례제한법 제68조 제1항 에서 규정하는 감면대상인 ’농 업소득 외의 소득’에 해당하지 않는 것으로 보아 법인세의 감면을 배제하라는 취지의 과세자료를 통보하였고， 피고는 2011. 1. 7. 원고에게 2006 사업연도 법인세 000원(가산세 000원 포함)을 경정·고지하는 처분(이하 ’이 사건 처분’ 이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2011. 4. 5. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소 심판을 청구하였으나， 2011. 10. 24. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 5호증， 을 제1호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 이 사건 양도차익은 조세특례제한법 제68조 의 농업회사법인의 농업소득 외의 소득에 해당하여 법인세의 50% 감면을 받아야 한다.

(2) 이 사건 양도차익은 조세특례제한법 제85조 의 2에 해당하므로 원고의 2006 사업연도의 소득금액예산에서 익금에 산입하지 않아야 한다.

(3) 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 구 조세특례제한법(2006.12.26.법률 제8086호로 개정되기 전의 것) 제68조는 ’농업회사법인에 대하여는 2006. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대 한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다’고， 같은 법 제6조는 ’당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다’고 각 규정하여 법인세의 감면대상 인 농업소득 외의 소득의 종류를 한정하지 않았던 점， 2006. 12. 30. 법률 제8146호로 조세특례제한법이 개정되면서 제68조에서 ’농업회사법인에 대하여는 2009. 12. 31. 이 전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한 다’라고 규정하여 비로소 법인세의 감면대상인 농업소득 외의 소득의 범위를 대통령령 이 정하는 소득으로 한정한 점，농업회사법인에 대한 법인세 감면규정은 농촌경제의 대내·외의 급격한 환경변화에 대응하고 농업의 부가가치를 높이고자 하는 설립취지를 가진 농업법인을 세제상 지원하기 위한 조세감면의 혜택언 점 등에 비추어 볼 때 구 조세특례제한법(2006.12.26.법률 제8086호로 개정되기 전의 것) 제68조에서 법인세 의 감면대상으로 정하고 있는 농엽회사법인의 농업소득 외 소득을 위 법률 문언과 달 리 농업경영과 관련된 분야에서 발생한 소득으로 축소하여 해석할 이유가 없으므로，이 사건 양도차익은 구 조세특례제한법(2006.12.26.법률 제8086호로 개정되기 전의 것) 제68조에서 법인세의 감면대상으로 정하고 있는 농업회사법인의 농업소득 외 소득 에 해당한다. 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한 다.

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.