법률행위에 대한 해석의 문제로 과세시 당사자간의 종합적인 거래관계를 파악하여 판단하여야 함.

사 건 2012구합2391 법인세부과처분취소 원 고 GGG 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고

1. 피고가 2011. 3. 30. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 1,989,762,950원의 부과처분 중 625,754,277원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 건설.토목업 등을 영위하는 회사로서 2004. 10. 11. AAA 주식회사 (이하 ’AAA’이라 한다)를 흡수합병하였다.
• 나. AAA은 1999. 6. 23. BBB 주식회사(이하 ’BBB’이라 한다)，CCC 주식회사(이하 'CCC1이라 한다)와 AAA의 유상증자와 관련하여 다음과 같은 내용의 거래이행약정(이하 ’이 사건 약정’이라 한다)을 체결하였다.

(1) BBB은 BBB 또는 BBB이 지정하는 자를 통해 300억 원의 범위 내에서 AAA의 요청시 AAA의 주식을 발행가(1 주당 15,000원)로 매입한다(제1조 제1항).

(2) AAA은 위 제1항의 주식매입금액 300억 원 중 230억 원을 그 익일에 BBB의 직장인파워 재테크 보험에 가입하고, 70억 원은 CCC을 통하여 BBB의 증자시 참여하거나 BBB의 요청에 따라 발행가(1 주당 5,000원)로 매입한다(제1조 제2항).

(3) 제1조에 의거 BBB 측과 CCC이 인수한 주식은 2년간 보유하기로 하며, 상호 협의하여 2년 연장할 수 있으며, 동 거래의 약정기간의 개시는 제1조 제1항의 BBB의 주식매입일로부터 한다例2조 제1항). ⑷ BBB 측이 인수한 AAA의 주식 중 230억 원은 그 보유기간 동안 매입가 이상으로 주식시장에서 매각하는 것을 원칙으로 한다(제2조 제3항).

(5) BBB 측이 AAA의 주식을 매각하였을 때에는 그 주식매입가에 해당하는 금액의 FFF보험을 해약하고, 상호 손익을 정산한다(제2조 제4항).

(6) 위 제1 내지 4항에도 불구하고 본 거래기간 중 BBB, AAA에게 다음 각 호의 어느 한 사유가 발생하는 경우 BBB, AAA의 어느 일방의 판단에 의한 통보로서 동 거래를 해지할 수 있다(제2조 제5항). (a) 어음(수표) 거래정지처분을 받거나 지급정지 또는 지급불능이 된 때 (b) 영업정지나 영업허가 취소처분이 있는 때 (c) 회사정리, 파산, 화의 또는 이에 준하는 절차의 개시신청이 있거나 주주총회의 해산결의나 법원 기타 감독당국의 해산명령 또는 해산판결의 청구가 있는 경우 또는 청산절차가 개시된 때

(7) 제2조 제1항 및 제S항에 의하여 본 약정을 해지하는 경우, BBB이 보유하고 있는 AAA의 주식은 AAA의 요청에 의거 시장을 통해 매각하거나 AAA 또는 AAA이 지정하는 제3자가 환매하기로 하며, CCC이 보유하고 있는 BBB의 주식은 BBB의 요청에 의해 BBB 또는 BBB이 지정하는 제3자가 액면가에 환매하기로 한다(제2조 제7항).

(8) 제2조 제1항 및 제5항에 의해 본 거래이행약정이 종료될 때에는 BBB은 AAA에게 다음과 같이 손익을 정산한다(제3조). (a) 매매익 발생시: 해약일자 해약환급금 + (매매이익 _ 주식매매거래세 및 매매비용) x 80% - (기납입보험료를 초과하는 해약환급금 + 제1조 제1항의 BBB의 AAA 주식 매입금액을 기준으로 한 수수료 3%) - 소정의 금융비용 (b) 매매손 발생시: 해약일자 해약환급금 - (매매손 + 주식매매거래세 및 매매비용) - (기납입보험료를 초과하는 해약환급금 + 제1조 제1항의 BBB의 AAA 주식 매입금액을 기준으로 한 수수료 3%) - 소정의 금융비용 (c) BBB이 AAA 주식을 매각하는 것이 불가능할 때에는 BBB은 AAA의 주식시가를 ‘0'으로 하여 해약환급금으로 BBB의 손실부분을 정산하며, BBB은 보유하고 있는 AAA의 주식을 AAA 또는 AAA이 지정하는 자에게 인도한다.

• 다. AAA은 1999. 9. 23. 이 사건 약정에 따라 제3자 배정 유상증자를 실시하였고, BBB은 유상신주 200만 주(1 주당 15,000원)를 합계 300억 원에 모두 인수하였다. 그러나 그 후 AAA의 주가가 계속 하락하자 BBB은 1999. 12. 30.경 AAA에게 약정 보유기간보다 빨리 주식의 인수를 요구하였고, AAA은 이 사건 약정에 따라 BBB으로부터 자기주식 1,671,930주를 270억 원에 취득하였다(이하 ’이 사건 거래'라 한다).
• 라. 원고는 2005년경 위 1,671,930주 중 1,361,883주(이하 ’쟁점주식'이라 한다)를 10,375,461,105원에 처분하였다.
• 마. 피고는 원고의 자기주식 취득가액은 그 취득일인 1999. 12. 30. 당시 종가인 1주당 5,450원을 기준으로 계산하여야 하고, 원고가 BBB에 지급한 270억 원은 자기주식 취득가액 9,112,018,500원(= 1주당 5,450원 x 1,671,930주)과 이 사건 약정에 따른 손해배상금 17,887,981,500원(= 270억 원 - 9,112,018,500원)의 합계액으로 보아야 한다는 전제에서，원고가 쟁점주식을 7,422,262,350원(= 1주당 5,450원 父 1,361,883주)에 취득한 후 10,375,461,105원에 처분하여 2,953,198,550원(= 10,375,461,105원 - 7,422,262,350원)의 양도차익을 얻었음에도 2005 사업연도에 신고를 누락하였다고 보아 위 양도차익 상당액을 익금산입하여 2011. 3. 30. 원고에게 2005 사업연도 법인세 1,989,762,950원(가산세 포함)을 경정.고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 바. 이에 불복하여 원고는 2011. 6. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나，2012. 3. 5. 심판청구가 기각되었다. [인정근게 다툼 없는 사실，갑 제1, 2, 4호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번 호 포함)의 각 기재，변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고 주장

• 가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '법’이라 한다) 제41조 제1항 제1호，같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것，이하 '영’이라 한다) 제72조 제1항 제1호에 의하면 자산의 취득가액은 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세.등록세 기타 부대비용을 더한 금액인바，AAA은 BBB이 1999. 12. 30. 이 사건 약정에 따른 풋백옵션(Put-back option)을 행사함에 따라 BBB으로부터 쟁점주식을 포함한 자기주식 1,671,930주를 270억 원(1 주당 16,149원)에 매입하였으므로, 쟁점주식의 취득가액은 1주당 16,149원이다.
• 나) 한편, 법 제52조 제1항에 정한 부당행위계산에 해당하는지를 판단하는 기준시 점은 거래대금 등을 확정짓는 거래 당시이므로 이 사건 약정일인 1999. 6. 23.을 기준으로 판단하여야 하는데 이 사건 약정 당시 원고와 BBB은 특수관계자 관계에 있지 않았으므로 부당행위계산 부인의 적용대상도 아니다.
• 다) 결국 원고는 쟁점주식을 21,993,048,567원(= 1주당 16,149원 x 1,361,883주)에 취득하여 10,375,461,105원에 처분하였으므로，원고가 쟁점주식을 처분하면서 얻은 이익이 없고 따라서 신고를 누락한 익금도 없으므로, 이 사건 처분 중 625,754,277원[=1,989,762,950원 - 1,364,008,673원 {= 피고가 2005 사업연도 익금에 산입한 2,953,198,755원에 대한 법인세 본세 738,299,688원(= 과세표준 2,953,198,755원 x 법인세율 25%) + 신고불성실가산세 221,489,906원(= 본세 738,299,688원 x 부당과소신고가산세율 30%) + 납부불성실가산세 404,219,079원(= 본세 738,299,688원 父 1일당 0.03% 父 1,825일)]을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

2. 피고 주장

• 가) 이 사건 약정은 단순한 풋백옵션 약정이 아니라 BBB이 AAA 주식을 시장 가격보다 높은 가격에 처분하여 이익이 발생할 경우 제비용 공제 후 남는 이익을 원고와 8:2의 비율로 나누되, 만약 인수 가격보다 낮은 가격에 처분하여 손해가 발생하면 제비용 등을 합산한 금액을 손해배상금으로 지급하기로 한 약정으로서 투자손익분배약정 또는 담보차입약정의 성격을 띠고 있다. 따라서 원고가 1999. 12. 30. BBB에 지급한 270억 원에는 그 당시 AAA의 주식의 시가에 따른 주식 취득금액 9，112,018,500원(= 1주당 5,450원 父 1,671,930주) 외에 위 손익분배약정에 따른 손해배상금 17,887,981,500원이 포함된 것으로 보아야 하고, 위 손해배상금은 법 제41조 제1항 제1호, 영 제72조 제1항 제1호에 규정한 매입자산의 부대비용에 해당하지 않는다.
• 나) 설령 위 17,887,981,500원을 손해배상금으로 볼 수 없다 하더라도, 이 사건 거래는 이 사건 약정과 별개의 계약으로서 그 거래 당시 BBB이 AAA의 주주였으므로 법 제52조 제1항, 영 제87조 제1항 제2호，제88조 제1항 제1항에 정한 특수관계자 사이의 부당행위에 해당되는바，법 제52조 제2항에 따라 이 사건 거래 당시의 쟁점주식의 종가인 1주당 5,450원으로 보아 그 취득가액을 계산하여야 한다.
• 다) 결국 원고는 쟁점주식을 7,422,262,350원(= 1주당 5,450원 x 1,361,883주)에 취득하여 10,375,461,105원에 처분함으로써 2,953,198,550원 (= 10,375,461,105원 -7,422,262,350원)의 양도차익을 얻었으므로, 이 사건 처분은 적법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 인정사실

• 가) 1990년대 말 IMF 관리체제 하에서 정부는 기업에게 자기자본대비 부채비율이 200% 이하가 유지되도록 권고하는 한편, 금융기관은 이러한 기준비율에 못 미칠 경우 대출금의 상환압력은 물론 만기연장을 거부하였다.
• 나) AAA은 이 사건 유상증자 전 1999년 3월말 현재 부채비율이 338.3%에 달 해 그 비율을 200% 이하로 유지하지 않으면 자금운용의 위기에 처하게 되는 입장이었다.
• 다) 당시 BBB도 7~8년간의 누적 결손으로 인하여 지급여력비율이 낮아 퇴출 될 위기에 처해 있었고，이를 막을 방법은 자본금을 확충하거나 증가를 해서 자본금을 늘리는 방법뿐이었다.
• 라) AAA과 BBB은 서로 증자하여 자본금을 늘려야 할 필요성을 확인한 뒤，BBB이 AAA의 주식을 주당 15,000원에 인수하되，2001. 6. 30.경 주당 주가가 15,000원에 미치지 못하는 경우라도 AAA이 15,000원에 이를 인수하여 주고, 총액의 3%를 수수료로 지급하는 조건，즉 실질적인 풋백옵션을 BBB이 갖는 것으로 하고，앞서와 같이 이 사건 약정을 체결하게 되었다.
• 마) AAA은 이 사건 약정에 따라 1999. 6. 23.에 주식 200만 주를 주당 15,000원에 유상증자를 실시하고 1999. 6. 24. 자본변경 등기를 마쳤다. 증자대금 300억 원은 1999. 6. 23. 입금되었고, 300억 원 중 230억 원은 1999. 6. 24. 당초 약정대로 BBB에 입금되었으며, 나머지 70억 원은 BBB의 후순위채 발행이 취소되어 운영자금으로 사용되었다.
• 바) BBB은 1999. 6. 23. DDD 주식회사(이하 ’DDD’라 한다)와 사 이에 DDD가 BBB이 이 사건 약정으로 취득하는 AAA의 주식을 1주당 15,000원에 매입하되 BBB이 그 주식보유에 필요한 자금을 단기회수자금(콜론, Call Loan)으로 30일간 지원하고, 만기일에 BBB은 AAA의 주식을 305억 원에 되사주기로 하는 내용의 약정을 체결하였고, 위 약정에 따라 DDD는 BBB이 AAA로부터 인수한 200만 주를 인수하였다.
• 사) 위 200만 주는 BBB이 단기회수자금을 지원하는 조건으로 DDD 주식회사를 거 쳐 EEE 주식 회사(이 하 ’EEE’라고 한다)가 인수하였다. BBB이 단기회수자금을 회수하게 되자，AAA은 270억 원을 금융기관에 예치해 두고 이를 담보로 금융기관이 EEE에 자금을 지원하게 하였다.
• 아) 이렇게 하여 EEE는 1999. 9. 3. 위 200만 주에 대한 인수대금 270억 원을 금융기관으로부터 차용하는 형식으로 위 주식을 인수하여 보유하고 있다가 1999. 12. 29. AAA로부터 직접 위 인수대금 270억 원을 차용하게 되었다.
• 자) 그 후 AAA의 주가가 하락하자 BBB은 1999. 12. 30. AAA과의 사이에 BBB 측(EEE)이 인수한 AAA 주식 200만 주 중 1,671,930 주를 AAA이 다시 매입하되 그 인수대금을 270억 원으로 보아 AAA이 EEE에 대하여 가지고 있던 위 270억 원의 대여금채권과 상계하였다. [인정근게 다툼 없는 사실, 갑 제3, 8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 판단

• 가) 이 사건 쟁점주식의 취득가격에 관하여 자기주식의 환매와 관련하여 지급한 금액 전부가 자기주식의 취득의 대가로 지급 한 것인지 또는 일부는 자기주식의 취득의 대가로 나머지는 손해배상금으로 지급한 것 인지는 법률행위의 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약 체결의 경위, 대금의 지급방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다. 위 법리와 앞서 인정한 사실로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보 면，AAA은 1999. 12. 30. BBB이 이 사건 약정에 부여된 풋백옵션을 행사함에 따라 BBB 측으로부터 자기 주식을 인수하면서 그 주식인수대금으로 당초 합의한 270억 원을 지급하였다고 봄이 상당하다.

① 이 사건 유상증자는 IMF 당시 부채비율의 개선 목적으로 불리한 거래조건에도 불구하고 회사생존차원에서 이루어진 것이고，실제로 주식이 발행되고, BBB 측의 DDD 등이 이를 인수하였다.

② BBB은 인수한 AAA주식의 가격이 인수 가격 미만으로 하락하는 경우 AAA이 1주당 15,000원에 연 3%의 수수료를 합한 금액을 보장하여 주는 조건으로 이 사건 유상증자에 참가하였고，이 사건 약정에 따라 AAA은 BBB이 요구하는 경우 유상증자한 주식을 환매하여야만 하였다.

③ 이 사건 약정 제3조에 의하면 BBB이 AAA의 주식을 매도하여 매매손 이 발생하는 경우에도 AAA은 BBB에게 매매손과 BBB의 AAA 주식 매입금액을 기준으로 한 수수료 3%를 지급하도록 규정하고 있어 BBB이 손해를 보지 않게 되어 있으므로, 이 사건 약정을 투자손익분배 약정이라고 보기는 어렵다.

④ AAA이 1999. 12. 30. BBB 측으로부터 이 사건 자기주식을 270억 원 에 매입할 당시 AAA은 BBB 측에 어떠한 채무를 불이행하였거나 위약금을 지급할 사정이 없었으므로, 위 대금 중 일부를 손해배상금이나 손실보상금이라고 보기도 어렵다.

⑤ AAA이 지급한 270억 원 중 일부가 손해배상금라고 한다면, 이는 1999 사업연도의 손금으로 산입되어야 한다. 그러나 시효가 이미 지나 원고는 이를 손금으로 산입하여 법인세를 감액 경정받을 수도 없다. 따라서 이 사건 쟁점주식의 취득가격은 법 제41조 제1항 제1호, 영 제72조 제1항 제1호에 따라 자산의 매입가격에 부대비용을 더한 금액인 1주당 16,149원(= 270억 원 + 1,671,370주)이라고 할 것이다.

• 나) 부당행위계산 부인을 할 수 있는지에 관하여 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 이른바 '고가매입’으로 인한 부당행위계 산 부인의 경우, 자산의 취득이 부당행위계산에 해당하는지 여부의 기준시기는 거래 당시이고 만약 거래계약 체결 시기와 양도 시기가 다르다면 그것이 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 하므로(대법원 2010. 5. 14. 선고 2007두14978 판결 등 참조)，만약 풋백옵션 조항이 있는 약정이 체결된 경우 그 약정 및 풋백옵션의 행사가 부당행위인지 여부를 판단하는 기준일 역시 풋백옵션을 부여한 약정일을 기준으로 보아야 할 것이다(대법원 2010. 5. 27. 선고 2010두1484 판결 참조). 앞서 본 바와 같이 이 사건 약정에 부여된 풋백옵션 행사에 따라 쟁점주식을 취 득한 것으로 볼 경우 부당행위계산 부인의 기준시점은 이 사건 약정일인 1999. 6. 23. 로 보아야 하고, 당시 원고와 BBB 측은 아무런 관계에 있지 아니하였으므로，이 사건 약정 내지 이 사건 거래를 법 제52조 제1항，영 제87조 제1항 제2호, 제88조 제1 항 제1호의 부당행위계산에 해당한다고 보기도 어 렵다.
• 다) 이 사건 처분의 적법여부 그렇다면，AAA이 BBB 측으로부터 인수한 자기주식 1,671,930주의 취득대가는 270억 원이고, 이를 기준으로 계산한 쟁점주식의 취득가액은 21,993,048,567원 (1 주당 16,149원 x 1,361,883주)인바, 원고가 쟁점주식을 10,375,461,105원에 처분하면서 얻은 이익이 없으므로, 원고가 쟁점주식을 처분함으로써 2,953,198,755원의 양도차익을 얻었음을 이유로 한 피고의 이 사건 처분 중 625,754,277원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여，주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ■ 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제41조(자산의 취득가액)

① 내국법인이 매입.제작.교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액 제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 11특수관계자11라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율.이자율.임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며，이하 이 조에서 11시가"라 한다)을 기준으로 한다. ■ 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제72조(자산의 취득가액 등)

① 법 제41조제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다응 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세.등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 제87조 (특수관계자의 범우I)

① 법 제52조 제1항에서 11대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자‘1라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 11특수관계자"라 한다)를 말한다.

2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우11란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우