이미 매수인에게 건물이 귀속되어 있다면, 매매계약에 따라 재화의 공급이 새로 이루어졌다고 볼 수 없음

사 건 2012구합1794 부가가치세환급세액 감액결정처분취소 원 고 주식회사 XX 피 고 논산세무서장 변 론 종 결

2012. 10. 17. 판 결 선 고

2012. 11. 7.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 5 25. 원고에 대하여 한 2011년 제1기 부가가치세 환급세액 000원의 감액결정 처분을 취소한다.

• 가. 홍AA은 충남 논산 가야곡 XX리 483-29에서 ’XX홀딩스’라는 상호로 부동산업을 영위하는 개인사업자로, 원고의 대주주이다.
• 나. 원고는 2011. 3. 21. 홍AA으로부터 충남 논산 가야독 XX리 483-20 대 7,727㎡(이하 ’이 사건 토지’라 한다)와 그 지상 건물 3,134.61㎡(이하 ’이 사건 건물’이라 한다)를 000원에 취득하였다.
• 다. 원고는 2011. 4. 25. 다음과 같은 내용의 2011년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 건물에 대한 매입세액 000원을 포함한 총 000원의 부가가치세 환급신청을 하였다.
• 라. 피고는 원고가 과거에 원고의 비용으로 이 사건 건물을 증축하였고, 그 당시 이 사건 건물의 증축비용에 대하여 매입세액 공제를 받은 사실을 확인한 뒤, 원고가 이 사건 건물 중 증축된 부분에 관하여 매입세액 공제신청을 한 것은 중복공제신청이라고 보아, 2011. 5 25. 원고가 위와 같이 환급신청한 2011년 제1기 부가가치세 환급세액 000원 중 000원만 환급하고 나머지 000원1)은 그 환급을 거부하는 결정(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 12. 7. 국세청에 심사청구를 하였으나, 012. 1. 26. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 건물의 소유권 이전에 따라 발행된 세금계산서에 근거하여 적법하게 이 사건 건물에 관한 부가가치세액의 환급을 신청하였음에도, 피고는 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 이 사건 건물에 관한 부가가치세액의 환급을 거부하였는바, 피고의 위 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

(2) 설령, 피고의 이 사건 건물에 관한 부가가치세액 환급 거부 처분이 적법하다 하더라도, 원고가 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것은 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부가 착오 또는 과실로 사실과 다르게 적혀진 경우에 해당하므로, 그 공급가액의 100분의 1에 해당하는 가산세액만을 환급세액에서 공제하여야 함에도, 피고는 공급 가액의 100분의 2에 해당하는 세금계산서 가공 • 위장 가산세액을 환급세액에서 공제하고, 원고가 부당한 방법으로 초과환급신고를 하였다고 보아 부당초과환급신고 가산세액도 환급세액에서 공제하였는바, 피고의 위 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 이 사건 건물 중 증축부분에 관한 부가가치세 환급 거부 처분에 관하여 국세기본법 제14조 제2항 은 ’세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계 없이 그 실질 내용에 따라 적용한다’고 실질과세 원칙에 관하여 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 을 제6 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 여러 사정, 즉 ① 원고는 홍AA으로부터 이 사건 건물의 소유권을 이전받기 전 홍AA과 협의 하에 이 사건 건물 중 일반철골구조 일반 공장 2,150.4㎡, 블록구조 창고 20㎡, 강파이프구조 휴게실 21.09㎡의 증축공사(이하 ’이 사건 증축공사’라 한다)를 시행하였고, 설계용역비용 및 공사대금 등 000원의 비용을 모두 원고가 지급한 사실, ② 원고는 증축공사 중인 이 사건 건물을 건설 중인 자산 명목으로 회계장부에 계상한 사실, ③ 원고는 이 사건증축공사를 시행한 OO건설 주식회사로부터 이 사건 증축공사 금액에 상당하는 매입세금계산서를 교부 받았고, 2010년 제2기 부가가치세를 신고하면서 위 매입세금계산서에 해당하는 매입세액 공제를 받은 사실, ④ 원고의 회계장부에는 원고가 이 사건 증축공사의 공사비용 000원 및 이 사건 건물 중 증축부분에 대한 등록세 000원, 취득세 000원을 자신의 비용으로 지출한 것으로 기재되어 있는 사실, ⑤ 홍AA은 자신의 명의로 이 사건 건물 중 증축부분에 관한 소유권보존등기를 하였으나 이 사건 증축 공사와 관련하여 원고에게 아무런 비용도 지급하지 않았고, 원고도 홍AA에게 세금계산서를 발행하지 않은 사실, ⑥ 원고와 홍AA은 원고가 이 사건 증축공사를 원고의 비용으로 하는 대신, 추후 원고가 이 사건 토지 및 건물을 홍AA으로부터 양도받을 때 이 사건 증축공사 비용을 전체 매매대금에서 공제하기로 구두 약정한 사실, ⑦ 실제로 원고는 홍AA과 사이에 이 사건 토지 및 건물을 000원에 취득하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 홍AA으로부터 000원의 세금계산서를 수취하였으나, 실제로는 000원{= 매매대금 000원 - (공사비용 000원 + 취•등록세 000원)}만을 지급한 사실 등에 비추어 보면, 이 사건 건물 중 증축된 부분은 증축공사 당시부터 사실상 원고에게 귀속되어 있었다고 보아야 할 것인바, 원고가 홍AA으로부터 이 사건 토지 및 건물을 매수하여 그 소유권이전등기를 마침에 있어 이 사건 건물 중 증축된 부분에 관하여는 별도로 부가가치세의 과세 대상인 재화의 공급이 새로이 이루어졌다고 볼 수 없음에도 불구하고, 원고가 홍AA으로부터 이 사건 토지 및 건물 전체에 대한 매입세금계산서를 수취한 것은 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것이라 할 것이고, 이 부분에 관하여 부가가치세액의 환급을 거부한 피고의 이 사건 처분에는 아무런 위법이 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 가산세 부과 처분에 관하여 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제3호는 ’재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우 그 공급가액에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다’고, 구 국세기본법(2011. 5. 2. 법률 제10621호로 개정되기 전의 것) 제47조의4 제2항 제1호는 ’부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액은 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액’ 이라고 각 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 건물 중 증축 부분에 관하여 홍AA으로부터 재화를 공급받지 않았음에도 이 사건 건물 중 증축 부분을 포함하여 세금 계산서를 수취하고, 위와 같은 부당한 방법으로 이에 관한 부가가치세 환급신청을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이를 세금계산서의 일부가 착오 또는 과실로 사실과 다르게 적혀진 경우라고 볼 수 없으므로, 피고가 이 사건 건물 중 증축 부분의 공급가액 000원2)의 100분의 2에 해당하는 금액인 000원을 세금계산서 가공 • 위장 가산세로, 환급신청된 부가가치세액 중 이 사건 건물 증축 부분과 관련하여 신고 된 매입세액 000원의 100분의 40에 해당하는 금액인 000원을 부당초과환급신고 가산세로 원고에게 환급될 세액에서 공제한 것에는 아무런 위법이 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.