추계결정의 합리성, 타당성에 관한 입증책임은 과세관청에게 있다

사 건 2012구단1711 양도소득세경정결정처분취소 원 고 곽AA 피 고 대전세무서장 변 론 종 결

2014. 6. 20. 판 결 선 고

2014. 9. 19.

1. 피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 양도소득세(가산세 포함) OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2004년 귀속 양도소득세(가산세 포함) OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 양도소득세(가산세 포함) OOOO원의 부과처분, 2004년 귀속 양도소득세(가산세 포함) OOOO원의 부과처분을 각 취소한다{변경된 청구취지에 기재된 "2011. 2. 24."은 감액경정을 예고하는 세무조사결과통지일(갑 3호증)이므로 최초 부과처분을 한 2010. 12. 1.로 선해한다}.

• 가. 원고는 BB건설산업 주식회사(이후 주식회사BB건설로 명칭 변경되었다. 이하 '이 사건 회사'라 한다)와 건축 중인 'OO2지구 OO마을 3단지 OOO 단지 내 근린생활시설'(이하 '이 사건 상가'라 한다) 전체 호수에 대하여 호수별로 2003. 5. 17.자 상가공급계약(이하 '이 사건 분양계약'이라 한다)을 체결하고 계약금 합계 OOOO원을 지급하였다. 호수별 이 사건 분양계약서의 내용과 이 사건 회사가 이 사건 분양계약서의 목적물을 실제 보존등기한 호수 및 이 사건 회사로부터 보존등기된 호수의 소유권이전등기를 받은 사람은 별지 1 분양계약서 및 등기내역 기재와 같다{201호 분양계약서는 203호로 수정 날인되었고, 203호 분양계약서는 201호로 수정날인 되었으며, 105호 분양계약서의 목적물은 1/2씩 나뉘어 105호, 106호로 보존등기 되었다. 이하 이 사건 분양계약서를 특정할 경우에는 수정 전 호수를 기준으로 '000호 분양계약서'라 하고, 이 사건 상가 중 해당 호수를 특정할 경우에는 보존등기된 호수를 기준으로 '000호 상가'라 한다}.
• 나. 원고는 이 사건 상가의 분양권을 매매하면서 계약서를 작성하는 대신에 이 사건 분양계약서를 이 사건 회사에 반납하고 이 사건 회사가 발행한 영수증의 계약자 명의를 원고에서 매수인으로 정정해주었으며, 매수인은 이 사건 회사로부터 새로운 분양계약서를 받았다.
• 다. 피고는 2010. 12. 1. 원고에 대하여 101호 내지 106호, 202호 상가의 분양권 양도를 원인으로 2003년 귀속 양도소득세(가산세 포함) OOOO원의 부과처분(양도가액 OOOO원, 취득가액 OOOO원, 양도차익 OOOO원)을, 201호, 203호 상가의 분양권 양도를 원인으로 2004년 귀속 양도소득세(가산세 포함) OOOO원의 부과처분(양도가액 OOOO원, 취득가액 OOOO원, 양도차익 OOOO원)을 각각 하였다.
• 라. 원고의 이의신청에 따라 대전지방국세청장은 2011. 1. 19. "처분청이 경정·고지한 청구인의 2003년, 2004년 양도소득세에 대하여 중개업자 이CC과 전매자 조DD 등의 진술에 신빙성이 없어 보여 청구인의 주장이 이유 있다 판단되므로 청구인이 쟁점분양권을 양도하고 실현한 프리미엄 등에 대한 사실관계를 추가적으로 재조사하여 양도소득세 과세표준과 세액을 결정한다"는 결정을 하였다.
• 마. 피고는 재조사를 거쳐 원고가 이 사건 회사 분양소장 이EE에게 지출한 소개비 OOOO원을 필요경비로 인정하고, 105호 상가 분양권의 양도대금 반환액 OOOO원을 양도차익에서 공제한 다음 2011. 2. 25. 2003년 귀속 양도소득세(가산세 포함)를 OOOO원(양도가액 OOOO원, 취득가액 OOOO원, 필요경비 OOOO원, 양도차익 OOOO원)으로, 2004년 귀속 양도소득세(가산세 포함)를 OOOO원(양도가액 OOOO원, 취득가액 OOOO원, 필요경비 OOOO원, 양도차익 OOOO원)으로 각각 감액경정하였다(이하 감액경정된 2010. 12. 1.자 각 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).
• 바. 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2012. 5. 25. "대전세무서장이 2010. 12. 1. 청구인에게 한 2003년 귀속 양도소득세 OOOO원, 2004년 귀속 양도소득세 OOOO원, 합계 OOOO원의 부과처분은 매수인들이 지급한 분양권 양도대금이 실질적으로 청구인에게 귀속되었는지 여부와 청구인이 분양권에 대한 1차 중도금을 납부했는지 여부 등 BB건설산업 주식회사의 분양대금 납입현황을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다"는 결정을 하였다.
• 사. 피고는 2012. 7. 27. 원고에게 이 사건 처분을 그대로 유지한다는 처리결과를 통지하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5, 12, 23호증, 을 1 내지 4, 14, 23호증(을 1, 2, 4, 23호증은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 2003. 4. 14.경 부동산중개인 이CC(106호 상가 소유권이전등기 명의자 유FF의 배우자)으로부터 "분양예정인 상가를 사전에 일괄 분양받도록 해주겠다. 계약금만 지급하면 1개월 내에 분양권 전매를 하여 상당액의 전매차익을 얻도록 해주겠다"는 권유를 받아 이 사건 분양계약을 체결하였고, 이 사건 회사에 계약금 OOOO원을 지급하고, 이 사건 회사 분양소장 이EE에게 수수료 명목으로 OOOO원을 지급하였다. 원고는 이 사건 분양계약을 체결하고 1개월이 지나도록 한 채도 재분양이 되지 않았고, 오히려 이CC으로부터 "이 사건 분양계약의 1차 중도금을 납부하지 않으면 계약금마저 몰취될 수 있다"는 말을 듣자 2003. 5.경 이 사건 상가 분양권을 반품하고 계약금을 돌려받겠다고 하였으나, 이CC이 당장 계약금 전액 반환은 어려우니 이 사건 분양계약상 권리를 양도해주면 알아서 재분양을 하여 원고에게 지출비용을 반환하고 중도금 및 잔금 지급의무 등 일체의 책임을 떠안겠다고 하기에 이에 동의하였다. 이후 분양계약은 모두 해지되었고, 원고는 이CC의 연락을 받고 분양사무실로 가서 이CC이 매수인들과 분양권 전매계약을 체결하면 이CC의 요구에 따라 원분양계약서를 돌려주고, 이CC으로부터 투자원금과 그에 대한 금융권 이자 상당액만을 지급받았을 뿐이다. 원고는 계약금 및 수수료 상당액만을 반환받았을 뿐 피고가 주장하는 양도차익의 귀속 주체가 아니고, 중간전매자인 조DD, 이CC 등이 양도차익을 얻었다. 이CC은 별도의 금전거래관계로 인하여 원고에게 앙심을 품고 피고에게 탈세제보를 하였고, 피고는 양도소득세 납부의무를 면하고 이를 원고에게 전가하려는 중간전매자들의 진술만을 그대로 받아들여 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 국세기본법 제16조, 국세청 훈령 제1945호 제32조 제1항 등 규정에 위배되는 위법·부당한 처분이다. 그리고 소득세법 기본통칙 80-0···1 【과세표준과 세액의 경정결정】 제1항은 "당초 결정 또는 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 경정 또는 재경정을 할 수 없다"고 규정하고 있는바, 실지조사와 추계방법은 과세방법을 달리하는 것으로 각각의 방법에 따른 결정은 전혀 새로운 처분이므로 단순히 경정의 방법으로 할 수 없다는 취지이다. 피고가 과세방법을 달리하고자 한다면 실지조사 방법에 의한 이 사건 처분을 취소한 뒤 매매사례가액 등 추계방법에 의하여 다시 결정을 해야 하는 것이므로 이 사건 처분을 유지한 채 경정의 방법으로 부과세액의 조정만을 할 수 없고, 이 사건에서 정상적인 거래라고 객관적으로 인정되는 소득세법상 매매사례가액은 존재하지 않는다.
• 나. 피고의 주장 이 사건 처분의 근거가 된 이 사건 상가의 호수별 양도차익 산출내역과 양수인은 별지 2. 주장 양도차익 및 양수인 기재와 같다(다만 201호 상가의 실제 취득가액은 OOOO원이다). 거래기간인 2003. 6. 1.~2004. 6. 25. 원고의 계좌에 유입 된 자금은 OOOO원이고, 양수인들이 원고에게 지급하였다고 진술한 매매대금은 OOOO원인 점, 관련인 정GG, 조DD, 이CC 등의 진술이 구체적이고 현실적인 점, OO시 OO구 OO지구가 2003. 5. 경 투기지역으로 지정되는 등 부동산 호황기를 맞고 있었던 점, 이 사건 분양계약서의 내용이 일반적인 분양계약서와는 달리 계약금을 40%로 책정하고, 계약금 지급일자와 중도금 지급일자 사이의 간격이 짧으며, 잔금 지급일자를 실제 입주일인 2006. 3.경보다 빠른 2005. 7. 30.로 정하고 있는데, 이는 수분양자가 분양회사에 분양대금을 조기에 납부함으로써 계약시 분양대금을 더 많이 할인받으면서 전매시 더 많은 양도차익을 얻을 수 있는 조건인 점, 원고가 이 사건 상가 외에 다른 부동산에도 투자를 하여 노련하고, 대부분의 거래를 현금으로 하여 은닉한 점, 이 사건 분양계약서 및 세금계산서상 원고가 102호 상가를 제외한 나머지 상가에 대하여 계약금 및 1차 중도금을 납부한 사실이 확인되는 점, 원고가 이 사건 상가 분양권 양도차익이 있었음을 일부분 시인한 점 등에 비추어 이 사건 처분의 과세요건은 추정되고, 이에 대하여 부당함을 주장하는 원고가 입증책임을 부담한다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.
• 다. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 라. 인정사실

1. 이 사건 분양계약서 마지막 면에는 '공급대금 납입내역'이란 제목으로 약정불입금, 납입내역, 수납확인란으로 구분된 표가 있다. 이 사건 분양계약서 수납확인란에 날인이 된 공급대금 납입내역은 별지 3. 분양계약서 납입내역 기재(수납확인된 납입일자는 이 사건 분양계약서의 약정 지급일자와 동일하게 기재되어 있다)와 같다.

2. 이 사건 회사는 원고에게, ① 101호 내지 105호, 202호 분양계약서에 수납확인을 한 대금에 대하여 각 분양계약서 기재 납입일자와 같은 날을 작성일로 기재한 세금계산서를 교부하였다가 (101호, 103호, 104호 상가는 각 계약금 및 1회 중도금 합계 OOOO원, 102호 상가는 계약금 OOOO원, 105호 분양계약서는 계약금 및 1회 중도금 합계 OOOO원, 202호 상가는 계약금 및 1회 중도금 합계 OOOO원), 101호 상가 해약에 대한 2003. 7. 2.자 OOOO원 세금계산서, 102호 상가 해약에 대한 2003. 5. 22.자 OOOO원 세금계산서, 103호 상가 해약에 대한 2003. 6. 5.자 OOOO원 세금계산서, 104호 상가 해약에 대한 2003. 7. 2.자 OOOO원 세금 계산서, 105호 분양계약서 해약에 대한 2003. 10. 14.자 OOOO원 세금계산서, 202호 상가 해약에 대한 2003. 11. 24.자 OOOO원 세금계산서를 각 교부하였으며, ② 201호, 203호 분양계약서 기재 납입일자와 같은 날을 작성일로 기재한 세금계산서를 교부하였으며(201호 상가는 계약금, 1회, 2회 중도금 합계 OOOO원, 203호 상가는 계약금, 1회, 2회 중도금 합계 OOOO원), ③ 203호 상가 해약에 대한 2004. 6. 25.자 OOOO원 세금계산서를 교부하였다(이상 원고가 받은 세금계산서에는 해당 호수 상가와 동일한 호수가 기재되어 있다).

3. 이 사건 회사는 ① 원고에게 102호 상가에 대한 2003. 5. 17.자 계약금 OOOO원 영수증을 발행하였다가 영수증의 계약자 명의를 "곽AA"에서 "정GG"로, 다시 "정GG"에서 "박HH, 최II"으로 수정 날인하였고, 정GG에게 102호 상가에 대한 2003. 5. 30.자 1회 중도금 OOOO원 영수증을 발행하였다가 영수증의 계약자 명의를 "정GG"에서 "박HH, 최II"으로 수정 날인하였으며, ② 원고에게 202호 상가에 대한 2003. 5. 17.자 계약금 OOOO원 영수증, 2003. 5. 30.자 1회 중도금 OOOO원 영수증을 각 발행하였다가 영수증의 계약자 명의를 "곽AA"에서 "조DD"로 수정 날인하였고(이상 102호 상가, 202호 상가에 대한 영수증에는 해당 호수 상가와 동일한 호수가 기재되어 있다), ③ 원고에게 "201호"로 기재한 2003. 5. 17.자 계약금 OOOO원 영수증, 2003. 5. 30.자 1차 중도금 OOOO원 영수증을 각 발행하였다가, "201호"를 "203호"로, 계약자 명의를 "곽AA"에서 "이JJ"로 각각 수정 날인하고, 중소기업은행이 발행한 2004. 2. 25.자 OOOO원 송금확인증에 기재된 "곽AA"을 "이JJ"로 수정 날인하였다(201호 상가의 계약금, 1회, 2회 중도금과 같은 금액이다).

4. ① 101호 상가의 소유권이전등기 명의자 이RR과 이 사건 회사 사이에 체결된 2006. 3. 15.자 상가공급계약서에는 재산의 표시가 "101호, 분양면적 47.26㎡"로, 공급대금이 "계약금 OOOO원, 1회, 2회 중도금 및 잔금 각 OOOO원, 합계 OOOO원"(105호 분양계약서 대금의 1/2과 같다)으로, ② 102호 상가의 소유권이전등기 명의자 신KK와 이 사건 회사 사이에 체결된 2003. 10. 14.자 상가공급계약서(2006. 5. 8. 유성구청장 검인)에는 재산의 표시가 "102호, 분양면적 47.26㎡"로, 공급대금이 "계약금 OOOO원, 1회, 2회 중도금 및 잔금 각 OOOO원, 합계 OOOO원"(105호 분양계약서 대금의 1/2과 같다)으로, ③ 103호 상가의 소유권이전등기 명의자 서LL, 서MM, 서NN과 이 사건 회사 사이에 체결된 2006. 2. 27.자 상가공급계약서에는 재산의 표시가 "103호, 분양면적 47.26㎡"로, 공급대금이 "계약금 OOOO원, 1회, 2회 중도금 및 잔금 각 OOOO원, 합계 OOOO원"으로, ④ 104호 상가의 소유권이전등기 명의자 김PP와 이 사건 회사 사이에 체결된 2003. 6. 5.자 상가공급계약서에는 재산의 표시가 "103호, 분양면적 47.26㎡"에서 "104호, 분양 면적 47.26㎡"로 수정 기재 날인되었고, 공급대금이 "계약금 OOOO원, 1회, 2회 중 도금, 잔금 각 OOOO원, 합계 OOOO원"으로, ⑤ 106호 상가의 소유권이전등 기 명의자 유FF과 이 사건 회사 사이에 체결된 2006. 3. 14.자 상가공급계약서에는 재산의 표시가 "106호, 분양면적 48.105㎡"로, 공급대금이 "계약금 OOOO원, 1회, 2회 중도금 및 잔금 각 OOOO원, 합계 OOOO원"(101호 내지 104호 상가의 각 대금과 같다)으로, ⑥ 201호 상가 소유권이전등기 명의자 박QQ과 이 사건 회사 사이에 체결된 2006. 1. 25.자 상가공급계약서(2006. 3. 24. 유성구청장 검인)에는 재산의 표시가 "201호 분양면적 111.76㎡"(203호 상가의 분양면적과 같다)에서 "201호 분양면적 109.79㎡"로 수정 기재 날인되었고, 공급대금이 "계약금 OOOO원, 1회, 2회 중도금 및 잔금 각 OOOO원, 합계 OOOO원"(203호 상가의 대금과 같다)으로, ⑦ 202호 상가 소유권이전등기 명의자 오VV과 이 사건 회사 사이에 체결된 2006. 4. 5.자 상가공급계약서에는 재산의 표시가 "202호, 분양면적 85.71㎡"로, 공급대금이 "계약금 OOOO원, 1회, 2회 중도금 및 잔금 각 OOOO원, 합계 OOOO원"으로, ⑧ 203호 상가 소유권이전등기 명의자 이JJ와 이 사건 회사 사이에 체결된 2004. 6. 25.자 상가공급계약서에는 재산의 표시가 "203호, 분양면적 109.79㎡"로, 공급대금이 "계약금 OOOO원, 1회, 2회 중도금 및 잔금 각 OOOO원, 합계 OOOO원"(201호 상가의 분양면적 및 대금과 같다)으로 각 기재되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 4 내지 6, 23호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 을 31 호증의 2 내지 10의 각 일부 기재 변론 전체의 취지

• 마. 판단

1. 이 사건 상가 분양권의 취득가액 앞서 본 이 사건 분양계약서, 이 사건 회사가 발행한 세금계산서 및 영수증에 의하면 원고가 취득한 이 사건 상가 분양권의 취득가액은 별지 4. 취득가액 기재와 같다.

2. 이 사건 상가 분양권의 양수인

• 가) 1층 상가

① 을 10호증의 1의 일부 기재, 증인 조DD의 일부 증언 및 변론 전체의 취지에 의 하면 조DD가 원고로부터 이 사건 상가 1층 중 101 내지 103호 3개의 분양권을 매입 하였는데, 그중 101호, 102호는 분양권 취득 당시 구분되지 않은 상태에 있었다는 것인바, 구분되지 않은 101, 102호는 105호 상가, 106호 상가로 구분되기 이전의 105호 분양계약서 목적물로 보이고, 103호는 101, 102호에 연달아 있어 104호 상가로 보이는 점, ② 101호 상가 소유권이전등기 명의자 이RR과 102호 상가 소유권이전등기 명의자 신KK가 각각 이 사건 회사와 체결한 상가공급계약서에는 105호 분양계약서 대금의 1/2과 같은 금액이 기재된 점, ③ 102호 상가에 대한 2003. 5. 17.자 계약금 영수증의 계약자 명의가 원고에서 정GG로 바뀌었고, 2003. 5. 30.자 1회 중도금 영수증의 계약자 명의가 정GG에서 제3자로 바뀌었으며, 102호 분양계약서상 수납확인된 납입내역에는 계약금 OOOO원밖에 존재하지 않으므로 피고 주장과 같이 정GG가 105호 상가의 분양권을 취득한 것으로 볼 수 없고, 영수증 문언 그대로 102호 상가의 분양권을 취득한 것으로 보이는 점, ④ 104호 상가 소유권이전등기 명의자 김PP가 이 사건 회사와 체결한 상가공급계약서에는 당초 103호가 기재되어 있었던 점, ⑤ 을 20호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면 조DD는 "104호, 전용면적 38.22㎡, 잔금 지불시 회사 2차 잔금 OOOO원을 공제, 매수인 이SS"이라 기재된 2003. 7. 7.자 전매계약서, "1층 105호, 면적 14.55평, 매매대금에서 매수인이 회사에 납부할 금액 OOOO원을 제외함, 매수인 신KK"라 기재한 2003. 8. 14.자 전매계약서(조DD의 장인 오TT 명의로 작성되었다), "101호, 면적 47.26㎡, 회사잔금 OOOO원, 매수인 이RR" 이라 기재된 2004. 7. 1.자 전매계약서를 각각 체결하였는데 2003. 8. 14.자 전매계약서의 1층 05호 면적 14.55평은 48.099㎡로 105호, 106호 상가의 각 분양면적 48.105㎡와 거의 일치하고, 그 매수인은 신KK이며, 2004. 7. 1.자 전매계약서의 회사잔금 OOOO원은 105호, 106호 상가의 각 잔금 OOOO원과 일치하고, 그 매수인은 이RR이며, 갑 2호증의 기재에 의하면 103호 상가 소유권이전등기 명의자인 서LL가 조DD로부터 상가 분양권을 매입한 사실을 인정할 수 있는바, 조DD가 처분한 2003. 7. 7.자 전매계약서에 104호가 기재된 점(매수인 이SS 명의는 차용된 것으로 보인다), ⑥ 103호 상가 해약에 대한 세금계산서 작성일자와 동일하게 김PP와 이 사건 회사 사이에 상가공급계약서가 작성되었고, 105호 분양계약서 해약에 대한 세금계산서 작성일자와 동일하게 신KK와 이 사건 회사 사이에 상가공급계약서가 작성된 점, ⑦ 106호 상가 소유권이전등기 명의자 유FF이 이 사건 회사와 체결한 상가공급계약서에는 101호 내지 104호 상가의 대금과 같은 금액이 기재된 점 등에 비추어 보면 원고는 이 사건 분양계약에 따라 취득한 101호 상가 분양권을 유FF에게, 102호 상가 분양권을 정GG에게, 103호 상가 분양권을 김PP에게, 104 내지 106호 상가 분양권을 조DD에게 각각 양도하였고, "1층 105호"로 기재되어 조DD와 신KK 사이에 체결된 전매계약서의 작성일자인 2003. 8. 14. 이후 소유권이전등기 이전까지 사이에 101호 상가부터 106호 상가까지의 상가공급계약은 차례대로 분양대금은 101호 분양계약서부터 106호 분양계약서까지와 마찬가지인 채로 목적물만 106호 상가부터 101호 상가까지로 변경된 것으로 보인다.

• 나) 2층 상가

① 201호 상가 소유권이전등기 명의자 박QQ과 이 사건 회사 사이에 체결된 상가공급계약서에는 당초 203호 상가의 분양면적이 기재되어 있었고, 공급대금은 203호 상가의 대금과 같은 금액이 기재된 점, ② 을 31호증의 8의 일부 기재에 의하면 원고와 김UU 사이에 2004. 5.경 작성된 부동산임대차계약서에는 부동산의 표시가 "201호, 111.76㎡의 1/2"이라 기재되어 있고 특약사항의 "임대인은 매매로 인하여 명의변경" 옆에 "박QQ"이라고 기재되어 있는데, 111.76㎡는 203호 상가의 분양면적과 같은 점, ③ 203호 상가 소유권이전등기 명의자 이JJ와 이 사건 회사 사이에 체결된 상가공급계약서에 기재된 분양면적 및 공급대금이 201호 상가의 그것과 같은 점, ④ 이 사건 회사가 당초 "201호"로 기재하여 원고에게 발행한 영수증에는 201호 상가의 계약금, 1회 중도금과 같은 금액이 기재되어 있었고, "201호"가 "203호"로, 계약자 명의가 "곽AA"에서 "이JJ"로 수정 날인되었음에도 금액은 수정되지 아니한 점 등을 종합하면 원고는 이 사건 분양계약에 따라 취득한 201호 상가 분양권을 이JJ에게, 202호 상가분양권을 오VV에게, 203호 상가 분양권을 박QQ에게 각각 양도하였고, 소유권이전등기 이전까지 201호 상가부터 203호 상가까지의 상가공급계약은 차례대로 분양대금은 201호 분양계약서부터 203호 분양계약서까지와 마찬가지인 채로 목적물만 203호 상가부터 201호 상가까지로 변경된 것으로 보인다.

3. 이 사건 상가 분양권의 양도가액

• 가) 102호 상가 분양권 갑 15, 16호증, 을 9호증의 2 내지 4의 각 기재에 의하면 2010. 10. 26.자 문답서에서 정GG는 "2003. 5. 22. 원고에게 평당 OOOO원으로 하여 계약금 및 프리미엄으로 총 OOOO원을 지급하고, 1차 중도금 OOOO원은 이 사건 회사에 직접 납부했다"는 내용으로 진술하였고, 정GG의 은행계좌에서 2003. 5. 22. 14:30경 OOOO원이 출금되었으며, 같은 날 15:53경 정GG의 은행계좌에 원고로부터 OOOO원이 입금된 사실(타인이 원고 명의를 위장한 입금이라는 원고의 주장은 이를 인정할 증거가 없다)을 인정할 수 있는바, 102호 상가의 분양면적 47.26㎡는 약 14.3평으로 평당 OOOO원인 경우 OOOO원(= 14.3 x OOOO)이 되고, 여기서 원고가 아직 납입하지 않은 1, 2회 중도금 및 잔금을 제외할 경우 OOOO원(= OOOO - OOOOX3)이 되며, 이는 정GG가 원고에게 지급하였다는 OOOO원(= OOOO - OOOO)과 동일한 액수인 점, 정GG가 OOOO원을 지급하였다는 2003. 5. 22.은 이 사건 회사가 원고에게 발행한 102호 상가 해약에 대한 세금계산서의 작성일자와 같은 점에 비추어 보면 102호 상가 분양권의 양도일은 2003. 5. 22.이고, 양도가액은 OOOO원(=기납부 계약금 OOOO원 + 프리미엄 OOOO원)이라 할 것이다.
• 나) 201호 상가 분양권 갑 7호증, 을 25, 26호증의 각 기재에 의하면 이JJ가 2004. 6. 21. 원고 계좌로 OOOO원을 입금하였고, 2004. 6. 25. 이JJ 계좌에서 OOOO원을 출금하였으며, 원고 계좌에 2004. 6. 25. OOOO원이 입금된 사실을 인정할 수 있고, 이JJ와 이 사건 회사 사이에 2004. 6. 25.자 상가공급계약서가 작성된 사실은 앞서 본 바와 같으므로(203호 상가 해약에 대한 2004. 6. 25.자 OOOO원 세금계산서는 이 사건 회사가 201호 상가에 대한 계약금 및 1차 중도금 영수증의 호수 "201호"를 "203호"로, 계약자 명의 "곽AA"을 "이JJ"로 각각 수정하면서 201호 상가를 203호로 변경 인식하면서도 대금은 기존 201호 상가가 아닌 203호 상가의 것으로 기재한 것으로 보인다), 201호 상가 분양권의 양도일은 2004. 6. 25.이고, 양도가액은 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원 = 기납부 계약금, 1회, 2회 중도금 합계 OOOO원 + 프리미엄 OOOO원)이라 할 것이다.
• 다) 나머지 상가 분양권 조세부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실의 입증책임은 과세권자에게 있다. 한편 수사기관 또는 과세관청의 조사과정에서 작성된 납세의무자 아닌 자의 진술이 기재된 전말서 등은 그 진술내용에 부합하는 증빙자료가 있거나 납세의무자에 대한 사실확인 등의 보완조사가 이루어지지 않았다면 납세의무자 아닌 자의 일방적 진술을 기재한 것에 불과하여 다른 특별한 사정이 없는 한 이를 납세의무자에 대한 과세자료로 삼을 수 없다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2009두5022 판결 참조). 이 사건 상가 중 102호 상가와 201호 상가를 제외한 나머지 상가 분양권의 실지 양도가액에 관하여 을 10호증의 1 내지 3, 을 11호증의 1, 2, 을 16호증, 을 17호증의 1 내지 4의 각 기재, 을 29, 30호증의 1 내지 3, 31호증의 1 내지 10의 각 일부 기재, 증 인 이CC, 조DD의 각 증언은 양도소득세와 관련하여 원고와 이해관계가 상반되는 분양권 매수인들의 증빙자료 없는 일방적 진술 또는 피고의 주장을 정리한 표에 불과하여 원고에 대한 과세자료로 삼을 수 없는 것이거나, 진술자의 진술 상호간 양도가액을 도저히 산정할 수 없을 정도로 그 내용이 불일치하여 믿을 수 없는 것들이며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4. 원고의 양도소득세액 102호 상가 분양권의 양도가액은 OOOO원, 취득가액은 OOOO원, 필요경비는 OOOO원{= 이 사건 상가 전체 필요경비 OOOO원 x (102호 상가 분양권 취득가액 OOOO원 ÷ 이 사건 상가 전체 분양권 취득가액 OOOO원), 원 미만 버림}, 양도차익은 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원 - OOOO원)이고, 201호 상가 분양권의 양도가액은 OOOO원, 취득가액은 OOOO원, 필요경비는 OOOO원{= 이 사건 상가 전체 필요경비 OOOO원 x (201호 상가 분양권 취득가액 OOOO원 ÷ 이 사건 상가 전체 분양권 취득가액 OOOO원), 원 미만 버림}, 양도차익은 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원 - OOOO원)이다. 이를 토대로 계산한 원고의 가산세 포함 양도소득세액은 별지 5. 양도소득세액 기재와 같다(앞서 인정한 사실에 의하면 원고가 이 사건 상가 분양권을 양도하여 그 소득이 원고에게 귀속되었다 할 것이고, 이 사건 분양계약이 해지되었다거나 양도소득이 원고에게 귀속하지 않은 것으로 볼 수 없다).

5. 추계결정 여부 과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이므로 (대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두OOOO 판결 참조), 실지 양도가액에 의한 양도소득세 부과처분 취소소송에 있어서도 과세관청은 부과처분한 세액이 추계결정에 의한 정당한 세액을 초과하지 아니함을 주장할 수 있다 할 것이다. 다만, 추계결정의 합리성, 타당성에 관한 입증책임은 과세관청에게 있다(대법원 1986. 9. 9. 선고 85누967 판결 참조). 살피건대, 피고는 105호 상가 분양권의 양도가액을 매매사례가액으로 하여 이 사건 상가 전부의 양도가액을 추계결정해야 한다고 주장하나 105호 상가 분양권은 실지 양도가액을 인정할 수 없고, 실지 양도가액이 인정되는 102호 상가 분양권, 201호 상가 분양권에 관하여 보더라도, 102호 상가 분양권은 계약금만 지급한 상태에서 양도한 것으로 1회 중도금 이후까지 대금을 지급한 나머지 상가 분양권과 차이가 있는 점, 201호 상가는 2층에 위치하여 1층 상가와 동일성 또는 유사성이 있다고 할 수 없고, 그 분양권은 2회 중도금까지 지급한 상태에서 양도한 것으로 1회 중도금까지 지급한 202 호 상가 분양권과 차이가 있으며, 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705 호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제3항 제1호는 "양도일 또는 그 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액"이라 규정하고 있는바, 201호 상가 분양권의 양도일이 203호 상가 분양권의 양도일 전후 각 3월 이내라고 인정할 증거가 없는 점(을 15. 16호증의 각 기재에 의하면 2010. 10. 21.자 문답서에서 박QQ은 "우체국에서 퇴직금을 중간 정산한 OOOO원을 찾아 원고에게 지급하였고, 이 사건 회사에 별도로 분양대금을 지급한 것이 없다"는 내용으로 진술하였고, 박QQ의 계좌내역상 2004. 8. 31. 분할해지를 이유로 OOOO원 및 OOOO원이 지급된 사실을 인정할 수 있으나 2004. 8. 31.은 이 사건 상가의 잔금 지급일인 2005. 7. 30. 이전 시점으로 위 박QQ의 진술은 믿기 어렵다)에 비추어 위 주장은 이유 없다.

6. 소결론 따라서 원고의 2003년 귀속 양도소득세(가산세 포함)는 OOOO원, 2004년 귀속 양도소득세(가산세 포함)는 OOOO원이고, 이 사건 처분은 이 범위 내에서 적법하며, 이를 초과하는 부분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.