과・면세 겸영사업자가 매입처별세금계산서합계표를 법정기한 내에 제출하지 아니하였음을 이유로 부과한 가산세 처분은 적법

사 건 2011구합2516 가산세부과처분취소 원 고 AAAA공사 피 고 대전세무서장 변 론 종 결

2011. 11. 16. 판 결 선 고

2012. 2. 1.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 7. 9.1) 원고에 대하여 한 가산세 300,000,000원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2005. 1. 1. AAAA공사법에 기하여 철도여객사업, 화물운송사업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 부가가치세 과세사업과 부가가치세 면세사업을 함께 영위 하고 있다.
• 나. 원고는 서울 BBB(당시 명칭은 ’서울특별시CCC공사’)와 사이에 부가가치세 면세사업인 일산선 여객운수사업과 관련하여 체결한 전동차 위·수탁 검수협약과 관련하여 2007 사업 연도부터 2009 사업 연도까지 공급가액 총 49,943,939,000원(2007 사업 연도 16,360,852,000원, 2008 사업연도 16,226,249,000원, 2009 사업 연도 17,356,838,000원)의 매입세금계산서를 교부받았으나 이를 법정기한 내에 피고에게 제출하지 않았고, 서울 BBB가 원고에 대하여 청구한 검수용역비용이 부당하게 높다는 이유로 2006. 1.부터 2009. 9.까지 사이에 발생한 비용에 대하여 2006년경 서울 BBB 를 상대로 채무부존재확인의 소를 제기하고(서울중앙지방법원 2006가합71572), 서울 BBB가 원고에게 청구한 검수비용 중 33,891,000,000원만 공탁하였으며, 이에 대응하 여 서울 BBB도 원고를 상대로 검수비용 등 청구의 소를 제기하였고(서울중앙지방법 원 2007가합36037), 결국 2009. 9. 28. 조정에 갈음하는 결정에 의해 검수비용이 확정 되었다(서울중앙지방법원 2009머4752). 이후 원고는 조정에 갈음하는 결정에 따라 검수비용을 정산하고 2009. 12. 31. 공급가액 36억 9,013만원을 감액하는 매입세금계산서를 교부받았다.
• 다. 이어 원고는 2009 사업연도에 대한 법인세 세무조정시 조정에 갈음하는 결정에 의해 확정된 금액과 원고가 공탁한 위 금액과의 차액(36억 9,013만원)을 손금불산입(유보)하고, 이를 해당 사업연도의 법인세 손금에 산입한 다음, 이로 인하여 발생되는 법인세 환급액에 대하여 피고에게 경정청구를 하고, 2010. 3. 남대문세무서장에게 부가 가치세 수정신고를 하면서 당해 매입처별세금계산서합계표를 함께 제출하였다.
• 라. 이에 피고는 2010. 7. 16. 원고가 2007, 2008, 2009 사업연도 귀속 매입처별세금 계산서합계표를 당초 법정기한 내에 제출하지 않고 사업장별 수정신고와 함께 제출하 였다는 이유로 법인세법(2010.12.30.법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제9항 제3호, 제120조의3에 의하여 2007, 2008, 2009 사업연도별도 각 1억 원씩 합계 3억원의 가산세를 부과(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 10. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하 였으나, 조세심판원은 2011. 3. 10. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 1) 법인세법 제76조 제9항 제3호, 제120조의3 제1항의 ’부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 법인’에는 순수 부가가치세 면세사업자만 포함되고, 원고가 같이 부가가 치세 과세사업과 부가가치세 면세사업을 함께 영위하는 사업자(이하 ’겸영사업자’라 한 다)는 포함되지 않는다.

2. 원고는 검수비용과 관련하여 소송 계속 중에 있었는바, 이는 매입처별세금계산서합계표를 제출할 수 없었던 정당한 사유에 해당한다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 순수 부가가치세 면세사업자뿐 아니라 겸영사업자의 경우에도, 면세사업과 관련된 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 않더라도 면세사업과 관련하여 공제받는 매입세액이 존재하지 않아 부가가치세법 제22조 제5항 제2호 에 의한 가산세 부과대상이 되지 않으므로, 비록 원고와 같이 겸영사업자로서 부가가치세법(2010.1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제1항, 제4항에 의하여 면세 사업과 관련하여서도 매입처별세금계산서합계표 제출의무가 있다 하더라도 이를 강제 할 수단이 없는 반면, 2006. 12. 30. 법률 제8141호로 신설된 위 법인세법 제76조 제9 항 제3호, 제120조의3 제1항에 의하여 비로소 순수 면세사업자뿐 아니라 겸영사업자의 경우에도 가산세 부과의 방법으로 면세사업과 관련된 매입처별세금계산서합계표 제출 의무가 강제되는 점, 원고 주장과 같이 법인세법 제76조 제9항 제3호, 제120조의3 제1 항의 ’부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 법인’에 순수 면세사업자만 포함되고, 겸영사업자의 경우 면세사업에만 관련되는 경우에도 위 법인세법 규정이 적용되지 않는다고 해석할 경우 매입처별세금계산서합계표 제출의무와 관련하여 겸영사업자에게만 특혜를 주는 결과가 되는 점, 부가가치세법에서 과세사업과 관련하여 교부받은 매입세 금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 것에 대하여 가산세를 부과하지 아니하는 것은 가산세를 부과하는 것보다 매입처별세금계산서합계표를 제출 하지 아니함으로 인하여 매입세액을 공제받지 못하게 되는 불이익이 더 크기 때문인 점(부가가치세법 제17조 제2항 참조) 등에 비추어 볼 때, 법인세법 제76조 제9항 제3호, 제120조의3 제l항에서 규정하고 있는 ’부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 법 인’에는 순수 면세사업자뿐 아니라 원고와 같은 겸영사업자도 포함된다고 봄이 상당하고, 이러한 해석을 허용되지 않은 확장해석 내지 유추해석이라고 볼 수 없다. 한편, 원고가 서울 BBB로부터 면세사업과 관련하여 2007 사업연도부터 2009 사업연도까지 공급가액 총 49,943,939,000원(2007 사업 연도 16,360,852,000원, 2008 사업연도 16,226,249,000원, 2009 사업연도 17,356,838,000원)의 매입세금계산서를 교부 받았음에도 이에 대한 매입처별세금계산서합계표를 법정기한 내에 피고에게 제출하지 아니하였음은 앞서 인정한 바와 같고, 원고가 법정기한 이후인 2010. 3.에 부가가치세 수정신고를 하면서 매입처별세금계산서합계표를 제출하였다고 하더라도 법인세법상 별 도의 가산세 대상 제외 규정이 없는 이상 법정기한 내에 적법하게 매입처별세금계산서 합계표를 제출하였다거나 가산세 부과대상에서 제외된다고 볼 수는 없다. 따라서 피고가 원고에 대하여 2007, 2008, 2009 사업연도 귀속 매입처별세금계산서합계표를 법정기한 내에 제출하지 아니하였음을 이유로 한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이고, 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.

2. 원고의 두 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 위 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 경우 서울 CCC로부터 2007, 2008, 2009 사업연도의 매입세금계산서를 이미 교부받은 상태이어서 법정기한 내에 이를 피고에게 얼마든지 제출할 수 있었고, 교부받은 위 매입세금계산 서와 관련하여 다툼이 있어 소송 계속 중에 있었다 하더라도 일단 교부받은 위 매입세금계산서를 제출한 다음 소송종료 후에 경정청구를 할 수 있었는바, 원고가 서울 메트 로로부터 교부받은 매입세금계산서의 내용(즉 검수비용)에 대한 다툼이 있어 민사소송 계속 중에 있었다는 사정만으로는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다 할 것이다. 따라서 원고의 두 번째 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.