선의의 거래당사자로서 매입세액 공제함이 타당함

사 건 2010구합5051 부가가치세부과처분취소 원 고 김AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2011.4.20. 판 결 선 고 2011.5.25.

1. 피고가 2010. 9. 5. 원고에 대하여 한 2006년도 제2기분 부가가치세 82,163,100원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2006. 8.경 □□시 □□동 000 지상에 근린생활시설 3층(연면적 884.02 ㎡) 건물(이하 ’이 사건 건물’이라 한다)을 신축함에 있어 그 건축공사(이하 ’이 사건 공사’라 한다)를 △△지 주식회사(이하 ’△△지’라 한다)에 도급하고 공사대금으로 515,000,000원을 지급하였다는 이유로, 피고에게 △△지가 2006. 11. 6.경 발행한 매 입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 제출하고 매입세액 51,500,000원을 공제하여 2006년도 제2기분 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 그런데 피고는 △△지가 이 사건 공사에서 명의를 대여한 자에 불과하고 실제로 이 사건 공사를 도급받은 자는 주식회사 ○○(이하 ’○○’라 한다)이므로 이 사건 매입세금계산서는 그 기재내용 중 ’공급하는 사업자’ 부분이 사실과 다른 경우에 해당 한다고 보아 구 부가가치세법(2006.12.30.법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 부가가치세법’이라고만 한다) 제17조 제2항에 의하여 매입세액 공제를 부인하고, 2010. 9. 5. 원고에 대하여 2006년도 제2기분 부가가치세 82,163,100원(=매입세액 51,500,000원+가산세 30,663,100원)을 경정부과·고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 이에 원고는 2010. 9. 16. 조세심판원에 심사청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 12. 3. 이를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5호증, 을 제1 내지 3, 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 실제로 △△지로부터 이 사건 공사 용역을 공급받았으므로 이 사건 매입세금계산서는 허위의 매입세금계산서가 아니고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 원고가 그 사실을 알지 못한데 아무런 과실이 없으므로, 이 사건 매입세금계산서에 기재된 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고의 아들 김AA는 ○○의 이사인 장EE와 사이에 2006. 8. 14.경 이 사건 공사계약의 도급인을 원고, 수급인을 ○○(대표이사 김BB, 지사장 남CC)로, 공사기간은 2006. 8. 17.부터 2006. 10. 31.까지로 하는 공사도급계약서를 작성하였다.

2. 이후 장EE는 ○○의 경영사정이 좋지 않고 건물을 신축할 능력이 되지 않는다는 이유로 자신이 사원으로 있는 △△지와 다시 계약을 체결할 것을 요청하였고, 이에 김AA는 국세청 홈페이지에서 △△지가 정상적인 사업자등록을 마친 회사라는 점을 확인하고, △△지의 사무실을 방문하여 당시 대표이사였던 김DD과 면담한 후, 장EE와 사이에 계약체결일을 2006. 8. 10.로 소급하여 기재하고, 도급인을 원고, 수급인을 △△지(대표이사 김DD, 지사장 남CC)로, 공사기간을 2006. 8. 10. 부터 2006. 11. 20.까지로 변경하되 나머지는 이전에 작성된 공사도급계약서와 동일한 내용으로 하는 공사도급계약서를 다시 작성하였다.

3. 장EE는 2003. 10. 14.경 ○○의 이사로 등재되고, △△지에서 2006. 7. 2. 경부터 2007. 4. 1.경까지 사원으로 근무한 자인바, 이 사건 공사는 실질적으로 장EE가 현장책임자로 있으면서 하도급을 맡기는 형식으로 진행되었고, 이 사건 매입세금계산서도 장EE가 직접 김AA에게 교부하였다.

4. 김AA가 △△지의 사무실을 방문할 당시 ○○와 △△지는 동일한 사무실을 사용하고 있었고, 법인등기부상으로도 ○○와 △△지의 본점소재지가 2005. 경부터 ○○ ○○구 ○○3동 000, ○○ ◇◇구 ◇◇동 000 상◇◇리 2층, ○○ ○○구 ○○동7가 000로 동일한 사실, 당시 △△지의 대표이사였던 김DD이 2004. 7. 13.경부터 ○○의 이사로 등재되어 있는 사실 등을 확인할 수 있었다.

5. 원고는 공사대금으로 2006. 8. 14.경부터 2006. 12. 29.경까지 장EE, 남CC에게 수차례에 걸쳐 수천만 원씩을 직접 현금오로 지급하였고, 그 후 2006. 12. 21.경부터 2007. 1. 31.경까지 3차례에 걸쳐 △△지 명의의 신한은행 계좌로 합계 1억 1,500만 원을 송금하였다.

6. ○○세무서는 △△지가 2005. 7. 1.경부터 2007. 6. 30.경까지 일부 공사를 직접 수주 및 시공하지 아니하였음에도 미등록사업자·현장소장 등을 위하여 사실과 다르게 △△지 명의의 세금계산서를 발행하여 주었다는 혐의를 포착하여 △△지를 자료상 거래자로 적발하였다. 다만, 거래현황조사 결과 △△지가 전적으로 허위 세금계산서만을 발급한 것으로 인정되지는 아니하였고, 실제로 일부 사업을 영위한 사실이 있는 것으로 확인되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 5, 6, 9 내지 11호증, 을 제3 내지 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 장EE, 김AA의 각 증언, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ’사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이고(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등), 한편 실제 공급하는 사업자와 세금계산서 상 공급자가 다른 세금계산서는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 본문의 ’그 내용이 사실과 다른 것’으로서 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액은 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1997. 6. 27. 선고 97누4920 판결, 1998. 12. 8. 선고 98두3068 판결, 2002. 6. 28. 선고 2002 두2277 판결 등 참조).

2. 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 △△지가 일부 자료상 거래를 한 것으로 확인된 점, △△지의 직원에 불과하였던 장EE가 이 사건 공사와 관련한 공사도급계약서를 작성하였고, 실제 현장에서 공사 진행을 도맡아 하였으며, 이 사건 매입세금계산서를 직접 교부하기까지 한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 공사의 용역을 공급한 자는 이 사건 매입세금계산서의 공급자란에 기재된 △△지가 아니라 제3자였을 가능성을 배제할 수 없다. 그러나 이 부분 입증책임이 피고에게 있음은 앞서 본 법리와 같고, 설령 이 사건 매입세금계산서가 공급자가 사실과 다르게 기재된 매입세금계산서라고 하더라도 원고가 이를 알지 못하였고 알지 못한데 과실이 없다는 특별한 사정이 인정되는 경우에는 여전히 그 매입세금계산서에 기재된 매입세액은 공제의 대상이 된다고 할 것인바, 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① △△지와 ○○의 본점소재지, 임원 등이 상당부분 겹치는 등 두 회사는 그 실체가 완전히 다른 회사라고 보이지 아니하고, 장EE 또한 △△지와 아무런 관련이 없는 자가 아니라 △△지의 사원으로서 이 법정에서 공사도급계약서 작성, 공사대금 수령, 매입세금계산서의 발행 등 이 사건 공사와 관련한 실무를 △△지에 보고하거나 그로부터 지시를 거쳐 처리하였다고 진술하고 있는 점, ② 김AA는 △△지와의 공사도급계약서를 작성하기 전 △△지의 사무실을 직접 방문하여 대표이사와 면담하였고, 원고는 이 사건 공사가 진행되는 도중에 △△지의 지사장이라고 칭하는 남CC에게 공사대금을 지급하였으며, 이 사건 공사가 완료된 후 △△지 명의의 계좌로 공사대금을 송금하기까지 한 점, ③ △△지가 전적으로 허위의 세금계산서만을 발급한 업체가 아니라 실제 일부 사업을 영위한 사실이 있는 업체임이 확인되는 등 이 사건 공사의 용역을 공급할 능력이 전혀 없는 회사로 보이지 아니하는 점, ④ 이 사건 공사는 실질적으로 하도급 형식으로 이루어졌으므로 원고로서는 원도급자의 사업자등록여부를 확인하고, 사무실을 방문하여 대표이사와 면담을 하는 등의 방법을 거친 후 실제로 공사가 완료된 다음 거래내용에 합당한 매입세금계산서를 교부받는 것 외에 별달리 원도급자가 누구인지 확인할 수 있는 방법이 없었을 것으로 보이고, 이러한 점에서 원고가 이 사건 공사의 실제 시공자(원도급자)가 누구인지 의심할만한 충분한 사정이 있었다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고로서는 이 사건 매입세금계산서의 공급자가 사실과 다르게 기재되어 있다는 점을 알지 못하였다고 봄이 상당하고, 알지 못한데 어떠한 과실이 있다고 볼 수도 없으며, 을 제5호증의 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

3. 따라서, 이 사건 매입세금계산서에 기재된 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하고, 그럼에도 앞서의 인정과 다른 전제 아래 한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.