농지대토에 따른 양도소득세 비과세 대상인지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 11. 2. 원고에 대하여 한 양도소득세 35,654,180원의 부과처분을 취소한다.

다음의 각 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증 내지 갑 제4호증, 갑 제14호증, 을 제1호증, 을 제2호증, 을 제4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 1999. 3. 5. 대전 구 *동 150-16 답 4,060㎡ 중 1/2지분(이하 ‘종전 토지’라고 한다)을 취득하여 보유하다가 2005. 10. 7. 공공용지의 협의취득을 원인으로 대한주택공사에 이를 양도한 후 2006. 1. 17. 김@@으로부터 대전 유성구 @@동 88 답 1,225㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하였다.
• 나. 원고는 종전 토지를 양도하고 이 사건 토지를 취득한 것이 소득세법 제89조 에 규정된 농지의 대토로써 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 2006. 5. 31. 피고에게 양도소득세를 신고하면서 양도소득금액 전액을 공제하여 신고하였다.
• 다. 그런데 감사원은 2009. 7. 6.부터 2009. 9. 8.까지 국세청에 대한 조세특례제도운영 및 사후 관리실태를 감사한 결과 원고가 소득세법상의 농지대토 비과세요건에 해당하지 아니한다고 지적하면서 피고에게 원고에 대한 양도소득세를 부과할 것을 요구하였다. 이에 피고는 감사원의 처분요구에 따라 원고가 종전 토지를 양도할 당시에 직접 경작하지 아니하였음을 이유로 2009. 11. 2. 원고에 대하여 2005년 귀속 양도소득세 38,654,180원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 2. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 4. 21. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

• 가. 원고의 주장 원고가 종전 토지를 양도할 당시인 2005년에 자경하지 아니한 사실은 인정하지만, 1999년 종전 토지를 취득한 이래 2004년까지 원고와 원고의 처가 직접 경작하여 오던 중 2005년에는 원고 및 원고의 처의 질병으로 인하여 부득이하게 휴경을 한 것이고, 대토로 취득한 이 사건 토지에서도 현재까지 계속 자경하고 있으므로 소득세법 소정의 농지대토 비과세요건에 해당함에도 이와 다른 전제에서 행해진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조는 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제153조 제2항 제1호는 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우를 그 요건으로 규정하고 있다.

(2) 위와 같이 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지에 대하여 일정한 경우에 양도소득세를 과세하지 아니하는 취지는 농지의 자유로운 대체를 허용·보장함으로써 농민을 보호하여 농업의 발전·장려를 도모하기 위한 것이므로 종전 토지 및 새로 취득하는 토지는 농지여야 하고 종전 토지의 양도 당시 그 양도인이 그 토지를 자경하는 자이어야 하며 자경할 목적으로 새로 토지를 취득할 것을 전제로 하는 것이고(대법원 1995. 09. 29 선고 95누3695 판결) 이 경우 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 여기서 말하는 ‘자경’에 해당할 것이지만, 다른 직업에 전념하면서 농업을 간접적으로 경영 하는 것에 불과한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2002 두844 판결 등 참조).

(3) 이 사건에서 보면 원고는 종전 토지를 취득한 이래 2004년경까지 직접 자경하였고, 이 사건 토지를 취득한 이후에도 현재까지 직접 자경하였다고 주장하나, 이에 부합하는 듯한 갑 제6호증의 1의 기재는 아래 인정사실에 비추어 믿기 어렵고, 농기구를 구입한 내역이 기재된 갑 제7호증의 1 내지 4의 각 기재만으로는 원고의 주장사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(4) 오히려, 원고가 2005년경 대한주택공사에 종전 토지를 양도할 당시에 경작하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 갑 제5호증, 갑 제9호증, 갑 제14호증, 을 제3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2000년부터 2008년까지 주식회사 @@산기에 근무하면서 연 평균 4,000만 원 정도의 급여를 지급 받아 온 사실, 원고의 처인 이종덕은 2003. 10.경부터 건강이 악화되어 2004. 11.경 서울 아산병원에서 뇌하수체 종양으로 수술을 받았고 그 이후에도 수술후유증으로 농사에 종사하지 못한 사실, 대한주택공사는 원고로부터 종전 토지를 양수하면서 원고가 경작을 하고 있지 아니하여 농업손실보상의 대상이 아니라고 보아 원고에게 농업손실보상금을 지급하지 아니한 사실을 각 인정할 수 있는바, 이에 의하면 원고 및 원고의 처는 종전 토지 및 이 사건 토지에서 직접 자경하였다고 보기 어렵고, 원고가 일부 농사를 지은 일이 있다고 하더라도 이는 다른 직업에 전념하면서 간접적으로 경작한 것에 불과하다고 봄이 상당하다.

(5) 따라서 원고가 소득세법상의 농지대토 비과세요건에 해당하지 아니한다고 보아서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.