1. 처분의 경위
- 가. 원고는 1955. 3. 31. 육아사업, 요보호아동의 휴양시설사업, 청소년선도 및 직업 보도사업, 지역사회복지증진사업 등을 목적으로 하여 설립된 사회복지법인이다.
- 나. 원고는 1971. 10. 1.부터 1971. 11. 5.까지 사이에 천안시 ○○면 XX리 896-1 답 1,309㎡ 등 32필지 합계 662,354㎡의 소유권을 취득하였다가 2007. 3. 9. 주식회사 XX(이하 ’XX’이라고 한다)에 위 토지 및 그 지상에 건축한 건물 전체(이하 ’이 사건 부동산’이라고 한다)를 000원에 매도하고, 2007. 7. 6. 매매대금을 모두 수령하였으며, 2008. 6. 20. 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
- 다. 원고는 2008. 3. 28. 2007 사업연도 귀속 법인세를 신고하면서 이 사건 부동산의 양도소득 000원(= 양도가액 000억 원 - 장부가액 000원)의 30%에 해당하는 000원을 법인세로 신고 • 납부하였다가, 2008. 12. 23. 비영리사업 자인 원고가 위 토지를 목적사업에 직접 사용하였으므로 이는 구 법인세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제55조의2의 ’비사업용 토지’에 해 당하지 않는다는 이유로 피고에게 법인세 경정청구를 하였다.
- 라. 피고는 2009. 3. 24. 천안시 ○○면 XX리 000-00 대지 000㎡ 토지를 제외한 나머지 31필지 합계 000,000㎡(이하 ’이 사건 토지’라고 하고, 천안시 ○○면 XX리 915-30 대지 000㎡ 토지를 포함하는 경우에는 ’이 사건 토지 등’이라고 한다)는 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 그 부분 법인세 000원에 대한 경정청구를 거부하는 처분을 하였고(이하 ’이 사건 거부처분’이라 한다), 2009. 4. 10. 천안시 ○○면 XX리 000-00 대지 000㎡에 대해서는 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 그 부분 법인세 000원을 환급하였다.
- 마. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2009. 5. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나, 조세심판원은 2009. 10. 27. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 38, 45호증, 을 1, 2, 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 거부처분의 적법 여부
1. 원고는 1950. 4.경부터 농촌복지사업을 하였는바, 1971.경 그 일환으로 축산업과 낙농업을 통한 농촌의 복지증진을 꾀하며 천안목장단지 000,000평의 조성사업을 시작 하였고, 이를 위하여 1971. 11.경 이 사건 토지 등을 취득하여 1997. 말경까지 이를 목장용지로 사용하며 원고의 목적사업에 직접 사용하였다. 원고는 1996. 8. 26. 이 사건 부동산을 주식회사 OO화학 외 6인(이하 ’OO계열사’라고 한다)에 매도하고, 1997. 말경까지 목장사업을 모두 정리한 후 1998. 1.경 이 사건 부동산의 점유를 OO계열사에 이전하였으며, 2001. 4.경 대전광역시로부터 이 사건 부동산의 처분과 대체재산 취득 및 정관변경에 대한 허가를 받았고, 2004. 11.경까지 OO계열사로부터 매매대금의 대부분을 수령하였다. 그러나 OO계열사는 자신들의 사정으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 하지 않고 있다가 2007. 3. 9. 새로운 매수인 XX을 소개하였고, 원고는 이들의 요청을 받아들여 OO계열사와의 매매계약을 해제하고 XX에 이 사건 부동산을 다시 매도 하게 되었다. 따라서 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부는 1996. 8. 26. 또는 늦어도 처분허가를 받은 2001. 4.경을 기준으로 판단하여야 하는바, 그 당시에 이 사건 토지는 모두 목적사업에 이용되고 있었거나 이용을 그만둔 지 얼마 되지 않아 비사업용 토지에 해당한다고 보기 어렵고, 당시에는 비사업용 토지의 양도소득에 대한 중과 규정이 신설되기도 전이므로, 그러한 점에서도 이 사건 거부처분은 부적법하다. 설사 기준시점을 2007.경으로 본다고 하더라도, 위와 같은 사실관계에 비추어 보면, 1998.경부터 2007.경까지 사이에 원고가 이 사건 토지를 목적사업에 사용하지 못한 데에는 구 법인세법 제55호 의2 제3항, 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제92조의11 제1항 제3호, 구 법인세법 시행 규칙(2008. 3. 21. 기획재정부령 제10호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제46조의2 제1항 제10호, 제13호의 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 토지는 ’비사업용 토지’에 해당하지 않는다.
2. 원고는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제74조에 따라 이 사건 부동산 양도로 인한 소득을 전액 고유목적사업 준비금으로 손금에 산입하였는바, 이 사건 거부처분은 조세특례제한법 제74조, 법인세법 제55조의2 에 반하여 위법하다.
3. 원고는 OO계열사와 기존의 매매계약을 해제하면서 이미 지급받은 매매대금 외에 손해배상금으로 000원을 반환하였으므로, 이를 양도소득을 계산하기 위한 장부가액에 산업하여야 하는바, 이 사건 거부처분 중 적어도 000원에 대한 부분은 위법하다.
4. 이 사건 토지 등은 원고가 1990. 12. 31. 이전에 취득한 토지로서 양도소득을 산정함에 있어 그 취득가액을 장부가액과 1991. 1. 1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조, 제61조의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것인데, 피고는 장부가액만을 기초로 하였는바, 이 사건 거부처분 중 1991. 1. 1.자 개별공시지가로 계산한 취득가액을 기초로 하여 산출한 법인세를 초과하는 부분은 위법하다.
- 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
- 다. 인정사실
1. 원고의 이 사건 토지 등의 취득 및 이용
- 가) 원고는 1971. 6. 30.부터 천안목장단지 조성사업을 추진하였고, 이를 위하여 1971. 8. 20. 또는 1971. 10. 21. 이 사건 토지 등을 비롯한 55필지의 토지를 대금 합계 000원에 매수하여(갑 제39호증의 5 ’원고의 운영과 사회 선교’ 중 185쪽) 1971. 10. 1.부터 1971. 11. 5.까지 사이에 이 사건 토지 등에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.
- 나) 원고는 1972. 4.경 한국에 온 AA(Robert AA)의 도움을 받아 본격적으로 목장 조성사업을 시작하였고, 1973. 8-9.경 00,000평의 초지를, 1974. 8-9.경 0,000평의 초지를 각 조성하였으며, 1974. 3.경 사택 1동, 축사 2동을, 1977. 4.경 사택 1동, 축사 2동을, 1978. 8.경 본 축사 및 부대시설을 각 건립하였다. 천안목장단지의 가축은 1972. 3.경 젖소 00두에서 시작하여 1981년에는 00두까지 증식하였다.
- 다) 원고의 50년사를 기록한 책자에서는 천안목장단지 조성사업의 운영방침이 ’우량종축을 생산하여 지역 단지에 보급하고, 축산 기술과 지도교육을 실시하고 인근 지역 농민에게 노동력을 제공하는 데 있었고, 농기계 및 원동기 교육을 실시하여 기계화 농업의 지원에 앞장서며, 축산물을 증산하여 원고의 제반 사업을 경제적으로 지원함은 물론 국민보건에 이바지하는 데 있었다’는 취지로 기재되어 있다.
- 라) 위 책자 및 그 부록 연표에서는 ’1983. 8.경 천안목장을 임대하기로 결의하고 무료 직업안내사업 허가를 신청하였다’고 기재되어 있다.
- 마) 이 사건 토지 면적 합계 000,000㎡ 중 직접 목장용지로 사용된 부분은 000,000㎡ 정도이고, 나머지 000,000㎡는 전·답 또는 임야 상태로 유지되었다. 특히 이 사건 토지 전체 면적의 5/6에 해당하는 천안시 ○○면 XX리 산00-00 임야 000,000㎡ 중 목장용지로 개간된 000,000㎡를 제외한 나머지 부분은 대부분(000,000㎡) 임야 상태로 유지되었다.
- 바) 원고의 목장사업으로 인한 매출액은 1996년 000원, 1997년 000원이었고, 같은 기간 동안 부동산임대사업으로 인한 매출액은 1996년 000원, 1997년 000원이었으며, 그 이후에는 목장사업으로 인한 매출액은 전혀 없고, 부동산임대사업으로 인한 매출액은 꾸준히 있어 왔다.
2. 원고와 OO계열사들 사이의 매매계약의 체결 및 이행경위
- 가) 원고는 1996. 8. 26. OO계열사에 이 사건 부동산을 대금 00,000,000,000원(평당 000원)에 매도하였고, 같은 날 계약금으로 000원을 지급받았으며, 1996. 12. 2. 1차 중도금으로 000원, 2001. 4. 25. 2차 중도금으로 000원을 각 지급받았고, 잔금으로 2002. 9. 11. 000원, 2003. 11. 12. 000원, 2004. 11. 17. 000원, 2004. 11. 19. 000원을 각 지급받아 그 무렵까지 전체 매매대금의 99.97%인 000원을 지급받았다(나머지 000원은 소유권이전등기를 마치면서 지급하기로 하여 형식적으로 남겨 두었다).
- 나) 원고는 1997. 7. 14. 목장에 있던 가축 00두를 0,000만 원에 처분하고, 1997. 하반기에는 이 사건 부동산에 있던 000여기의 분묘를 이장하거나 화장을 하여 납골당에 안치하는 방법으로 정리하였으며, 1997. 12. 말경 목장에 근무하던 직원들과 관련 장비들을 모두 정리한 후 1998. 1.경 이 사건 부동산의 점유를 OO계열사에 이전하였다.
- 다) 원고는 이 사건 부동산의 처분대금으로 대전 시내에서 아동복지시설, 노인복지 시설 등을 설치하여 운영하는 사업을 하기로 하고 2001. 4. 3. 대전광역시장으로부터 이 사건 부동산의 처분과 대체재산(대전 ○구 OO동 산00-0 외 00필지 000,000㎡, 대전 ○구 AA동 000-0 외 00필지 0,000㎡, 대전 ○구 BB동 000 외 0필지 0,000㎡ 및 그 지상건물, 대전 ○구 DD동 000-0 외 0필지 0,000㎡ 및 그 지상건물)의 취득 및 이에 따른 정관변경에 대한 허가를 받았다.
3. OO계열사들과의 매매계약의 해제 및 새로운 매매계약의 체결
- 가) 위와 같이 원고가 매도인측의 의무를 모두 이행하였고, OO계열사도 매매대금의 대부분을 지급하였음에도 OO계열사는 자신들의 사정으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마치지 않고 있었는바, 원고는 2006. 3. 21. 주식회사 OO화학에 ’원고는 OO계열사에 조속히 소유권을 이전해 갈 것을 여러 차례 요구하였으나, 가능한 빨리 처리하겠다는 답변 외에 별다른 진전이 없다. 원고는 이러한 상태가 장기화될 때에는 부득이 해지하는 방법도 검토하고 있다. 원고가 납부하고 있는 제세공과금도 OO계열사가 납부해야 한다는 것이 원고의 입장이고 행정감사를 했던 대전광역시 감사의 지적사항이기도 하다’는 취지의 공문을 보냈다.
- 나) 이에 대하여 주식회사 OO화학은 2006. 4. 3. 원고에게 ’복합연수단지 건립을 위하여 국토이용계획 변경을 완료하였으나, 기업 업종간 구조조정 등으로 인하여 사업 계획의 재검토가 요구되는 상황이 되어 후속 업무가 중단된 바 있으며, 상반기 말경이면 가부의 결론이 예상되므로 그에 따라 소유권 정리 등의 후속업무를 속행하고자 한다. 잔금 지급 시에는 회계정리와 60일 이내 소유권 이전이 되어야 하나 행정절차 미완료로 규정 충족이 불가한 실정이어서 명목상의 잔금이 지급유보 되었는바, 행정절차를 조기에 이행하도록 하겠다. 잔금에는 시중은행 금리 가산하여 지급하겠다. 재산세에 대해서도 기본재산 대체승인 및 지장물정리 완료일을 기준으로 시중은행 금리 가산하여 부담하겠고, 다만, 고지서 명의상 직접정리가 불가하므로 종교단체 후원금으로 지급 하겠다’는 취지의 공문을 보냈다.
- 다) 그러나 OO계열사는 이후에도 소유권이전 절차를 진행하지 못하고 있다가 2007. 3.경 원고에게 새로운 매수인 XX을 소개하며 OO계열사와의 매매계약을 해제 하고 XX에 이 사건 부동산을 000원에 매도할 것을 제안하였고, 원고가 이를 받아 들였다.
- 라) 이에 따라 원고와 OO계열사는 2007. 3. 9. 이 사건 부동산에 관한 1996. 8. 26.자 매매계약을 합의해제하고, 원고가 OO계열사에 2007. 7. 8.까지 지급받았던 매매대금 및 이에 대한 이자 명목으로 000원을 반환하기로 약정하였고, 같은 날 XX에 이 사건 부동산 등을 대금 000원에 매도하였으며, XX으로부터 계약금으로 000원을 지급받아 그 중 000원을 OO계열사에 지급하였다.
- 마) 원고는 2007. 7. 6. XX으로부터 잔금 000원을 지급받았고, OO계열사에 2007. 9. 4. 000원, 2007. 9. 11. 000원을 각 지급하였다. [인정근거] 갑 제1, 3, 5 내지 63호증, 95 내지 104호증, 을 제5 내지 10호증(가지 번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 증인 최CC의 증언, 변론 전체의 취지
- 라. 판단
1. 이 사건 토지가 비사업용 토지인지 여부에 대한 판단
- 가) 법인세 부과의 기준시점을 언제로 보아야 하는지에 대한 판단 살피건대, 구 법인세법 제55조의2 에서 규정하고 있는 법인세는 그 성질상 양도소득세의 일종인데, 양도소득세는 자산의 양도와 그에 따른 소득이 있음을 전제로 하여 과세하는 것으로서, 매매계약이 합의해제되었다면 매매계약의 효력은 상실되어 자산의 양도가 이루어지지 않는 것이 되므로 양도소득세의 과세요건인 자산의 양도가 있었다고 볼 수 없는바(대법원 1992. 12. 22. 선고 92누9944 판결), 원고가 1996. 8. 26. 이 사건 부동산을 OO계열사에 매도하고 2001. 4. 3. 대전광역시로부터 그 처분허가를 받았으며, 2004. 11. 19.까지 전체 매매대금의 99.97%에 해당하는 돈을 지급받아 매매계약이 대부분 이행되었던 사실은 앞서 본 바와 같으나, 그 매매계약이 2007. 3. 9. 합의 해제되어 소급적으로 그 효력을 상실한 이상, 매매계약 체결일인 1996. 8. 26. 또는 처분허가를 받은 2001. 4. 3.을 기준으로 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단할 것은 아니고, 원고가 이 사건 부동산을 XX에게 매도하고 그 매매대금을 모두 수령한 2007. 7. 6.을 양도시점으로 보아 이를 기준으로 비사업용 토지에 해당하는 지 여부를 판단해야 한다. 따라서 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 1996. 8. 26. 또는 늦어도 처분허가를 받은 2001. 4.경을 기준으로 판단해야 함을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.
- 나) 원고가 농업·임업·축산업을 주업으로 하는 법인인지 여부 구 법인세법 제55조의2 제2항 제1 내지 3호는 농업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 농지, 임업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 임야, 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지는 비사업용 토지에서 제외하고 있으므로, 원고가 농업·임업·축산업을 주업으로 하는 법인인지에 관하여 본다. 살피건대, 원고가 농업 또는 임업에 종사하였음을 인정할 만한 증거는 없고(원고도 그러한 주장을 하지는 않고 있다), 다만, 원고가 1971.경부터 1997.경까지 축산업을 영위한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 구 법인세법 시행령 제92조의7 제3항 제1호 는 ’둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다’고 규정하고 있는바, 원고의 수익사업 중 축산업으로 인한 매출액보다 부동산임대업으로 인한 매출액이 훨씬 큰 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 축산업을 주업으로 하는 법인에 해당되지는 않는다.
- 다) 원고가 이 사건 토지를 사업에 직접 이용하였는지 여부 구 법인세법 제55조의2 제2항 제3호 는 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지를 비사업용 토지에 해당한다고 규정하면서, 단서에서 ’토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다’고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제92조의7 제2항 제3호 는 ’제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 목장용지’를 비사업용 토지에서 제외한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법(2009 6. 9. 법률 제9763호로 개정되기 전의 것) 제186조 제1호 및 그 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제136조 제2항, 제79조 제1항 제3호는 ’사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인’을 ’비영리사업자’의 하나로 규정하고 있는바, 원고가 위 법인세법 시행령에서 말하는 비영리사업자에 해당한다고 인정되므로, 원고가 이 사건 토지를 원고의 사업에 직접 사용하였는지 에 관하여 본다. 살피건대, 원고가 1971. 6.경부터 그 목적사업의 일환으로 천안목장단지 조성사업을 추진하였고, 이를 위하여 이 사건 토지 등을 취득하였으며, 1972.경부터 이 사건 토 지 면적 합계 000,000㎡ 중 000,000㎡ 정도를 직접 목장용지로 조성하여 1983.경까지는 이를 직접 운영한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 이 사건 토지 중 나머지 000,000㎡ 부분은 목장용지로 사용되지 않은 채 전·답 또는 임야 상태로 남아 있었던 것으로 보이고, 1983. 8.경 천안목장을 임대하기로 결의한 이후부터 1997. 말경까지는 위와 같이 목장용지로 사용되었던 토지 중에서도 일부만을 원고가 직접 운영한 것으로 보이므로 (1997.경까지 축산업으로 인한 매출이 있었던 것으로 보아 원고가 직접 운영한 부분이 있었던 것으로 인정되나, 그 정확한 면적은 알 수 없다), 그 일부 토지는 1997. 말경까지 원고의 사업에 직접 사용되는 목장용지에 해당하고, 처음부터 목장용지로 사용되지 않았던 000,000㎡ 부분이나 1983. 8.경 이후 임대해서 운영하였던 부분은 비사업용 토지에 해당한다(따라서 그 부분에 대한 원고의 주장은 이유 없다).
- 라) 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니한 토지에 해당하는지 여부 구 법인세법 제55조의2 제2항 은 ”’비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다’고 규정하고, 구 법인세법 시행령 제92조의3 제l호는 ’법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 ”대통령령으로 정하는 기간”이라 함은 ”토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하는 기간”을 말한다’고 규정하면서, 구 법인세법 제55조의2 제3항 은 ’토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 는 ’법 제55조의2 제3항의 규정에 따라 ”공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지(제3호)"는 재정경제부령이 정하는 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다’고 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제10호 는 ’법인이 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지’의 경우 휴업·폐업 또는 이전일부터 2년을, 같은 항 제13호는 ’당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’의 경우 당해 사유가 발생한 기간을 각 법 제55조의2 제2항 각 호에 해당하지 아니하는 기간으로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다고 규정하고 있다. 이 사건 토지 중 1997. 말경까지 목장용지로 사용되었던 부분에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 토지 소유기간은 약 35년 9개월(13,059일)로 그 중 20%의 기간은 7년 1개월 25일(2,612일) 정도인데, 원고가 1997. 말경 폐업 이후 2년간은 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제10호 에 따라 비사업용 토지로 보는 기간에서 공제되므로, 2000. 1. 초부터 계산하면 원고가 이 사건 토지의 양도 기준시점인 2007. 7. 6.까지 직접 사용하지 않은 기간은 7년 6개월 6일 정도가 되어, 소유기간의 20%를 초과하므로, 원고가 그 기간 동안 이 사건 토지 중 위 해당 부분을 사용하지 않은 것이 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 의 ’정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 않은 경우’에 해당하는지에 따라 그 부분 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부가 달라진다. 여기서 말하는 ’정당한 사유’라 함은, 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 이를 할 수 없었던 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단하는 데에는 비업무용 부동산의 양도소득에 대하여 특별히 중과규정을 두고 있는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 5. 10. 선고 2000두4989 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 1996. 8. 26. 이 사건 부동산을 OO계열사에 매도하고, 1997. 말경 목장사업을 정리한 후 1998. 1. 초경 OO계열사에 이 사건 부동산의 점유까지 이전해 주었으며, 2001. 4. 3. 대전광역시로부터 그 처분허가를 받았던 사실은 앞서 본 바와 같으나, 앞서 인정한 사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 위와 같이 이 사건 부동산의 처분을 위한 행정절차까지 마쳐 매도인측의 의무를 모두 이행하였음에도 매수인인 OO계열사가 잔금 일부를 지급하지 않고 소유권 이전등기를 하지 않아 매매계약상의 의무를 불이행하고 있었던 이상, 원고는 조속히 그 매매계약을 해제하고 새로운 매수인을 물색하여 이 사건 부동산의 처분허가에 따른 조치를 취할 수 있었고, 재산세 등의 문제를 고려할 때 그와 같은 조치를 취할 필요도 있었던 점, ② 그럼에도 원고는 그와 같은 조치를 취하지 않고 OO계열사의 기다려 달라는 부탁을 받아들여 2007.경까지 이 사건 부동산을 보유하고 있었고, 2007. 3. 9. 이 사건 부동산을 000원에 매도함으로써 1996. 8. 26. 매매게약에 따라 지급받은 매매대금 및 그에 대한 이자의 반환 명목으로 OO계열사에 지급한 000원 을 제하더라도 000원에 상응하는 지가상승의 이익을 얻게 된 점 등을 종합 하여 보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 2000. 1.경부터 2007. 7. 6.까지 이 사건 토지를 보유하면서 사용하지 않았던 데 정당한 사유가 있었다고 인정하기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.
- 마) 따라서 이 사건 토지는 모두 구 법인세법 제55조의2 제l항 제3호의 ’비사업용 토지’에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.
2. 구 조세특례제한법 제74조 에 따른 손금산입이 가능한지에 대한 판단 살피건대, 구 조세특례제한법 (2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제2호는 ’사회복지사업법에 의한 사회복지법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제29조 의 규정을 적용하는 경우 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다’고 규정하고 있으나, 위 규정은 법인세법 제29조 의 규정을 적용하는 경우를 전제로 하고 있는 것인데, 법인세법 제29조 는 비영리 국내법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하는 경우 그 범위를 제한하고 있는 규정인바, 이는 법인의 수익사업에서 발생한 사업소득에 대한 것이지, 비사업용 토지의 양도소득에 대한 규정이 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3. OO계열사에 반환한 돈 중 기존의 매매대금 이외의 부분을 장부가액으로 보아 양도가액에서 공제해야 하는지에 대한 판단 살피건대, 원고가 OO계열사로부터 매매대금 중 합계 000원을 지급받았다가 2007. 3. 9. 매매계약을 해제한 이후 3차례에 걸쳐 합계 000원을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 양도소득의 과세대상인 양도행위 이전에 한 별도의 매매계약을 해제하기 위하여 지출한 위약금은 양도행위와는 직접 관련이 없는 것일 뿐만 아니라 필요경비도 아니므로 양도행위로 인한 총수입 금액인 양도가액에서 이를 공제하거나 필요경비로 처리될 성질의 것이 아니라고 할 것인바(대법원 2007. 9. 20. 선고 2005두15380 판결 참조), 원고가 OO계열사와의 매매계약을 합의해제하고 지급받았던 매매대금을 반환하면서 추가로 지급하였던 000원은 소유권 확보를 위하여 지출한 비용이라기보다는 이미 소유권을 확보한 부동산에 대하여 더 많은 양도소득을 얻을 수 있는 세황과의 새로운 매매계약을 체결하기 위하여 지출한 비용에 불과 하므로, 이를 장부가액으로 보아 양도가액에서 공제해야 하는 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
4. 양도소득을 산정함에 있어 그 취득가액을 장부가액으로 한 것이 위법한지에 대한판단 살피건대, 구 법인세법 부칙 제8조는 ’제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다’고 규정하고 있으나, 이는 그 문언상으로도 분명히 드러나듯이 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 규정을 적용하여 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 소득으로 하여 일반적인 법인세를 산정하는 경우에 적용되는 것일 뿐이고, 구 법인세법 제55조의2 제6항 은 ’토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다’고 명확히 규정하고 있는바, 위 부칙 제8조는 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 적용되는 규정이 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.