공통매입세액 안분계산 특례규정은 “전 사업장”으로 해석함

사 건 2010구합2786 부가가치세부과처분취소 원 고 한국AAAA 피 고 서대전세무서장 변 론 종 결

2011. 7. 18. 판 결 선 고

2011. 9. 21.

1. 피고가 2009. 5. 21. 원고에 대하여 한 부가가치세 2005년 제1기분 19，229，836，520 원, 2005년 제2기분 10，811，702，170원, 2006년 제 1기분 17，458，551，950원, 2006년 제2기분 10，817，901，090원, 2007년 제1기분 21，726，260，530원, 2007년 제2기분 3，976，520，830원, 2008년 제1기분 11，684，908，140원, 2008년 제2기분 9，353，192，730 원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2005. 1. 1. 한국AAAA법에 기하여 철도여객사업, 화물운송사업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2008년을 기준으로 640개 철도역과 87개의 사무소로 구성 된 17개의 지사, 3개의 차량관리단, 1개의 인력개발원으로 조직되어 있었다.
• 나. 원고가 영위하고 있는 사업 중 고속철도 여객운송사업(KTX 서울역에서 동대구역까지 및 용산역에서 서대전역까지 구간), (소)화물운송사업, 고속철도유지보수 위탁사업, 일반철도유지보수 위탁사업, 국가·지방자치단체 등 수탁사업, 기타 과세공급사업 (임대, 광고, 매각 등)은 부가가치세 과세사업이고, 일반철도 여객운송사업(새마을호, 무 궁화호, 통근형동차), 광역철도사업, 고속철도 여객운송사업(동대구역에서 부산역까지 및 서대전역에서 목포역까지 구간)은 부가가치세 면세사업이다.
• 다. 원고는 피고에게 부가가치세를 선고·납부함에 있어 구 부가가치세법 시행령 (2010.2.18.대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 부가가치세법 시행령’ 이라 한다) 제61조 제5항의 규정을 ’매입한 재화나 용역이 실지 귀속되는 관련 사업을 구분하지 않고 과세기간별로 전체 사업장을 대상으로 모든 면세사업과 과세사업의 총 공급가액에서 모든 면세사업의 수입금액이 차지하는 비율을 공통매입세액에 곱하는 방 식(이하 ’전체 사업장 방식’이라 한다)으로 불공제 매입세액을 산정’하는 것으로 해석하 여 그와 같은 방식에 따라 다음과 같은 안분비율을 적용하여 부가가치세를 신고·납부 해 왔다.
• 라. 그런데 감사원은 2009. 2.경 대전지방국세청에 대하여, 원고의 부가가치세 신고·납부와 관련하여 경유, 기관차 구입비, 일반철도선로 등 사용료, 고속열차차량 매 입비와 같이 그 실지 귀속을 확인할 수 있는 재화나 용역은 ’설지 귀속되는 과세 및 면세 사업부문의 전체 사업장의 총공급가액에서 면세사업 부문의 전체 사업장 수입금이 차지하는 비율’을 해당 재화나 용역의 매입세액에 곱하는 방식으로 다음과 같은 안분비율을 적용하여 불공세 매입세액을 산정하여 부가가치세를 신고·납부하여야 할 것 임에도, 원고가 위와 같이 전체 사업장 방식에 따라 공통매입세액을 안분한 결과 2005 년 제171분부터 2008년 제2기분까지 부가가치세를 과소신고·납부하였다는 이유로 그 상당액을 추정하라는 내용의 시정요구를 하였다.
• 마. 이에 피고는 감사원이 지적한 바와 같은 방식에 따라 부가가치세를 재 산정(가산 세 포함)하여 2009. 5. 21. 원고에 대하여 2005년 제1기분 19，229，836，520원, 2005년 제2기분 10，811，702，170원, 2006년 저11171분 17，458，551，950원, 2006년 제271분 10，817，901，090원, 2007년 제171분 21，726，260，530원, 2007년 저11271분 3，976，520，830원, 2008년 제l기분 11，684，908，140원, 2008년 저11271분 9，353，192，730원 합계 105，058，873，960원의 부가가치를 부과(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 8. 19. 조세심판원에 심판청구를 제기하 였으나, 조세심판원은 2010. 4. 2. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4, 9호증, 을 1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

• 가) 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자 중에서도 사업의 특성상 매입자산 등이 여러 사업장과 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 매입세액을 사업장별로 관련 여부를 파악하여 정확히 계산하기 어려운 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자와 한국AAAA법에 의한 한국AAAA(원고)에게만 적용되는 특례조항으로, 전체 사업장을 기준으로 공통매입세액을 안분할 수 있도록 한 것이고, 피고의 주장과 같이 사업부문별로 매입세액의 귀속을 구분한 후 귀속이 불명한 매입세액에 대해서만 안분계산하라는 취지라면 이는 일반적인 공통매입세액 안분방식(같은 법 시행령 제61 조 제1항)과 같은 것으로서 위 시행령 조항을 입법할 이유가 없다.
• 나) 조세법규의 해석은 엄격하게 법문대로 해석되어야 할 것이므로, 공통매입 세액 안분계산방식을 규정하고 있는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 의 ’전 사업장’의 의미는 문언 그대로 원고가 영위하는 전체 사업장을 뭇하는 것으로 해석함이 상당하고, 피고의 주장과 같이 ’공통매입세액과 관련된 사업부문별 전 사업장으로 해석하는 것은 조세법률주의나 엄격해석의 원칙에 반하는 것이다.
• 다) 설령 이 사건 처분과 관련한 피고의 법령 해석이 적법하다고 하더라도, 피고가 지적한 주요 매입 재화나 용역(즉, 경유, 기관차 구입비, 일반철도선로 등 사용료, 고속열차차량 매입비)은 피고가 실지귀속 사업부문으로 판단한 사업 외에 다른 사업과도 관련되므로, 피고의 위 재화나 용역에 대한 공통매입세액 안분계산은 잘못 되었고(예컨대, 경유 및 기관차 구입비는 면세사업인 일반철도 여객운송사업, 과세사업인 화물운송사업 외에 일반철도 및 화차를 통하여 수익이 창출되는 과세사업인 임 대사업, 광고사업 및 수탁사업 등과 단전 및 정전시 기관차가 수행도구로 사용되는 과세사업인 유지보수위탁사업 등과도 관련된다), 그렇지 않다고 하더라도 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 및 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제4항 의 각 문언 과 입법취지, 원고 사업의 특성 등에 비추어 볼 때 원고가 피고와 같이 해석하여 부가가치세를 신고·납부한다는 것은 기대하기 어려운 일이므로, 원고에게는 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이고, 따라서 적어도 가산세 부분 은 취소되어야 한다.

2. 피고의 주장 피고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다.

• 가) 실질과세 원칙과 전단계 매입세액 공제방식 및 관련 면세분 매입세액 불공제를 근간으로 하는 부가가치세제 기본원리에 따라 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업과 관련된 매입세액의 계산은 우선 실지귀속에 따르고, 실지귀속이 불분명한 경우에만 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 공통매입세액에 곱하는 방식에 따르도록 규정하고 있는바, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화나 용역의 설지귀속을 구분할 수 없는 경우에도 해당 재화나 용역이 실제 사용되는 관련 사업장에 대해서만 공통매입세액을 안분하는 것이 부가가치세법 취지에 부합한다. 따라서 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 은 위와 같은 안분원칙에 부합하도록 합목적적으로 해석하여 안분대상 사업장은 ’원고의 전 사업장’이 아닌 ’공통매입세액과 관련된 사업부문별 전 사업장’으로 해석함 이 타당하고, 이는 실지귀속에 따른 것일 뿐, 납세자의 재산권을 침해하는 것이 아니므 로 조세법률주의에 위반되지도 않는다.
• 나) 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 의 전 사업장을 원고의 모든 사업장으로 해석한다면, 이는 면세 사업 관련 매입세액에 대한 매입세액 불공제를 규정한 모법인 구 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것, ’구 부가가치세 법’이라 한다) 제17조 제2항 제4호의 취지에 반하는 것이어서 허용될 수 없다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관계 법령의 검토

• 가) 구 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제4호의 각 규정은, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되, 부가가치세 가 면제되는 재화나 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 조 제7항의 위임을 받은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ’공통매입세액’이라 한다)은 ’면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액’의 산식에 의하여 계산하도 록 규정하고 있다.
• 나) 한편, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 은, 같은 시행령 저1161조 제l항을 적용함에 있어 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및 한국AAAA법에 의한 한국 AAAA(원고)의 경우 ’면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 전 사업장의 면세공급가액/전 사업장의 총공급가액’의 산식에 의하여 공통매입세액을 안분계산할 수 있다고 규정하고 있다가, 이 사건 이후인 2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되면 서 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 적용할 때 전기통신사업자 및 원고는 실지귀 속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대하여만 ’면세사업에 관련된 매입세액 = 공 통매입세액 × 전 사업장의 면세공급가액/전 사업장의 총공급가액’의 산식에 의하여 공 통매입세액을 안분계산할 수 있다고 규정하고 있다. 또, 2007. 4. 2. 재정경제부령 제549호로 신설된 부가가치세법 시행규칙 제18 조의2 제4항은 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 의 산식에서 ’전 사업장의 총공급 가액’이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, ’전 사업장의 면세공급가액’이라 함은 해당 과세 기간의 모든 사업장의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다고 규정하고 있다.

2. 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 의 입법 취지와 그 경위

• 가) 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 은 1997. 12. 31. 부가가치세법 시행령 이 대통령령 제15563호로 개정되면서 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자에 대하 여 같은 시행령 제61조 제1항에 대한 특례로서 신설된 규정인데, 그 취지는 전기통신 사업의 경우 통신사업의 특성상 자산 등의 매입은 여러 사업장과 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되며, 이러한 자산을 사업장별로 일 일이 구분하여 과세사업에 쓰이는 매입세액과 면세사업에 사용되는 매입세액을 구분하 도록 하는 경우에는 정확한 계산이 어려울 뿐만 아니라 납세협력비용이 커지게 됨을 감안하여 개별사업장 단위가 아닌 전체 사업장의 과세공급가액과 면세공급가액의 비율 로 공통매입세액을 안분계산할 수 있도록 한 것이었다. 또, 위와 같은 개정과 더불어 사업장별로 납부하는 것이 원칙(부가가치세법 제4조 제1항)인 부가가치세에 대하여 같 은법 시행령 제4조 제l항 제8호에 통신요금통합청구1)의 방법으로 요금을 청구하는 전기통신사업자의 특성의 감안하여 사업장 범위의 예외를 인정하여 납세 편의를 제고 하기 위해 통신요금통합청구의 방법으로 요금을 청구하는 전기통신사업자가 그 업무를 총괄하는 장소를 사업장으로 한다는 내용이 추가되었다.
• 나) 이후, 고속철도 운영사업자의 특성상 매입한 자산 등이 여러 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 계산 이 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 매입세액을 안분계산할 수 있도록 하기 위해 기존에 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자에 대하여 적용되던 위 구 부가가치세법 시행령(1997. 12. 31. 부가가치세법 시행령이 대통령령 제15563호로 개정된 것) 제61조 제5항을 원고에 대하여도 적용할 수 있도록 2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 부가 가치세법 시행령 제61조 제5항 이 개정되었고, 이와 더불어 위 시행령 제4조 제1항 제10호는 원고가 영위하는 고속철도건설촉진법에 의한 고속철도의 운영사업에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 지역별로 총괄하는 장소를 사업장으로 한다고 규정하였다.

3. 판단

• 가) 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 에서 규정하고 있는 ”전 사업장”의 의미를 어떻게 해석할 것인지에 관하여 보건대, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5 항 및 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제4항 의 그 각 문언(즉, 시행령에서 ’전 사업장의 면세공급가액’ 및 ’전 사업장의 총공급가액’이라고 일의적으로 규정하고 있고, 시행규칙에서 그 의마에 대하여 ’해당 과세기간의 모든 사업장’이라고 규정하면서 다만 괄호안에서 전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우 ’공통매입세액과 관련된 해 당과세기간의 모든 사업장’이라는 형식으로 규정하여 행정청 스스로도 시행령에서 규정하고 있는 위 ’전 사업장’의 원칙적인 의미가 그 문언 그대로 ’공통매입세액과의 관련 여부를 구분하지 않고 모든 사업장’으로 해석됨으로 전제로 하고 있는 점)과 그 내용(즉, 위 규정 자체가 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하기 위하여 공통매입세액의 불공제 비울을 산정하는 기술적인 문제에 관한 것이고, 그 비율을 계산함에 있어 총공급가액뿐 아니라 면세공급가액도 전사업장을 기준으로 하고 있으며, 이에 따라 산정한 비율을 공통매입세액에 곱하는 방식으로 면세사업에 관련된 매입세액을 산출한 다음 이를 제외한 나머지 매입세액에 대해서만 공제하도록 하여 관련 면세분 매입세액 불공제라는 원칙을 그대로 취하고 점), 입법경위(통신사업 및 고속철도운영사업의 특성상 매입한 자산 등이 여러 사업장에 함께 관련될 뿐 아니라, 대부분의 시설이 ”과세사업 과 면세사업에 공통으로 사용”되어 사업장별로 계산이 어렵다는 점도 함께 고려하여 입법되었고, 이에 더하여 위 각 사업 자체가 공공적 성격을 강하게 띠며, 특히 원고의 경우 정부가 100% 출자2)한 기관이라는 점도 고려된 것으로 보이는 점) 등에 비추어 볼 때, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 은 원고가 매입한 재화나 용역이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 경우 원고가 영위하는 사업의 특성상 매입한 자산 등이 여러 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 관련 여부를 파악하여 정확하게 계산하기 어렵다는 점과 원고가 영위하는 사업의 강한 공공적 성격 등을 고려하여 원고에게 부가가치세를 신고·납부함에 있어 그 문언 그대로 전체 사업장의 과세공급가액과 면세공급가액의 비율’로 공 통매입세액을 안분계산할 수 있도록 매입세액의 안분계산방법에 관한 선택권을 부여한 규정이라 할 것이다.
• 나) 피고의 주장에 대한 판단 살피건대, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 은 앞서 본 바와 같은 원고가 영위하는 사업의 여러 가지 특성을 고려하여 부가가치세법 제17조 제7항 의 위임에 따 라 공제되지 않는 매입세액의 범위와 관련하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하기 위하여 공통매입세액의 불공제 비율을 산정하는 기술적인 문제에 관하여 규정한 것 에 불과하고, 이에 따라 산출된 면세사업에 관련된 매입세액을 제외한 나머지 매입세액에 대해서만 공제한다는 원칙 자체를 벗어나는 것은 아니므로, 전단계 매입세액 공제 및 면세사업 관련 매입세액 불공제 규정하고 있는 부가가치세법 제17조 제1항, 제2 항 제4호나 실질과세의 원칙에 반한다고 보기 어렵다. 또, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조), 구 부가가치세법 시행령 저1161조 제5항은 공통매입세액의 안분대상 사업장을 명문으로 ’전 사업장’이라고 규정하고 있고, 부가가치법 시행규칙 제18조의2 제4항에서 ’전 사업장’의 의미와 관련하여 해당 과세기간의 ’모든 사업장’이라고 규정하여 위 시행령 규정을 뒷받침하고 있으므로, 구 부가가치세법 시행 령 제61조 제5항은 그 문언 그대로 ’전 사업장’으로 해석함이 상당하고, 피고의 주장과 같이 ’공통매입세액과 관련된 사업부문별 전 사업장’으로 달리 해석할 수는 없다 할 것 이다. 다)소결론 따라서 피고가 구 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 의 ’전 사업장’의 의미를 ’공통매입세액과 관련된 사업부문별 전 사업장’으로 해석하여 원고에 대하여 한 이 사 건 처분은 더 나아가 살필 필요 없이 위법하므로 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.